#METABOLOMICS WORKBENCH cnoecker_20230317_182722 DATATRACK_ID:3793 STUDY_ID:ST002510 ANALYSIS_ID:AN004133 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Systems biology illuminates the alternative metabolic niche of the human gut PR:PROJECT_TITLE bacterium Eggerthella lenta PR:PROJECT_TYPE Untargeted LC-MS PR:PROJECT_SUMMARY Human gut bacteria perform diverse metabolic functions with consequences for PR:PROJECT_SUMMARY host health. The prevalent and disease-linked Actinobacterium Eggerthella lenta PR:PROJECT_SUMMARY performs several unusual chemical transformations, but it does not metabolize PR:PROJECT_SUMMARY sugars and its core growth strategy remains unclear. To obtain a comprehensive PR:PROJECT_SUMMARY view of the metabolic network of E. lenta, we generated several complementary PR:PROJECT_SUMMARY resources: defined culture media, metabolomics profiles of strain isolates, and PR:PROJECT_SUMMARY a curated genome-scale metabolic reconstruction. Stable isotope-resolved PR:PROJECT_SUMMARY metabolomics revealed that E. lenta uses acetate as a key carbon source while PR:PROJECT_SUMMARY catabolizing arginine to generate ATP, traits which could be recapitulated in PR:PROJECT_SUMMARY silico by our updated metabolic model. We compared these in vitro findings with PR:PROJECT_SUMMARY metabolite shifts observed in E. lenta-colonized gnotobiotic mice, identifying PR:PROJECT_SUMMARY shared signatures across environments and highlighting catabolism of the host PR:PROJECT_SUMMARY signaling metabolite agmatine as an alternative energy pathway. Together, our PR:PROJECT_SUMMARY results elucidate a distinctive metabolic niche filled by E. lenta in the gut PR:PROJECT_SUMMARY ecosystem. PR:INSTITUTE University of California, San Francisco PR:DEPARTMENT Microbiology and Immunology PR:LABORATORY Peter Turnbaugh PR:LAST_NAME Noecker PR:FIRST_NAME Cecilia PR:ADDRESS 513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143 PR:EMAIL cecilia.noecker@ucsf.edu PR:PHONE 415-502-3264 PR:FUNDING_SOURCE This work was supported by the National Institutes of Health (2R01HL122593; PR:FUNDING_SOURCE 1R01AT011117; 1R01DK114034 to P.J.T., F32GM140808 to C.N.). P.J.T. is a Chan PR:FUNDING_SOURCE Zuckerberg Biohub Investigator and held an Investigators in the Pathogenesis of PR:FUNDING_SOURCE Infectious Disease Award from the Burroughs Wellcome Fund. PR:PUBLICATIONS https://doi.org/10.1101/2022.09.19.508335 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M89B04 #STUDY ST:STUDY_TITLE Strain supernatants: Strain diversity of Eggerthella lenta metabolites in ST:STUDY_TITLE defined media ST:STUDY_TYPE Untargeted LC-MS ST:STUDY_SUMMARY This dataset contains untargeted metabolomics analysis of supernatants from ST:STUDY_SUMMARY stationary phase of a collection of 30 strains of Eggerthella lenta grown in ST:STUDY_SUMMARY defined EDM1 media. ST:INSTITUTE University of California, San Francisco ST:LAST_NAME Noecker ST:FIRST_NAME Cecilia ST:ADDRESS 513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143 ST:EMAIL cecilia.noecker@ucsf.edu ST:PHONE 415-502-3264 ST:SUBMIT_DATE 2023-03-17 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Bacteria SU:SUBJECT_SPECIES Eggerthella lenta SU:TAXONOMY_ID 84112 SU:GENOTYPE_STRAIN various (see sample table) #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Ctrl_B3 Ctrl_B3_1 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:1 Row=B; Column=3; Normalized final OD600=0.016; IsCtrl=Ctrl; BadSampOD=None; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_Ctrl_B3_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_Ctrl_B3_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_Ctrl_B3_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_Ctrl_B3_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Ctrl_B3 Ctrl_B3_2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:2 Row=B; Column=3; Normalized final OD600=0.018; IsCtrl=Ctrl; 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Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0182_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0182_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0182_3.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0182_3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0183 PTJ0183_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0183 PTJ0183_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_2.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0183 PTJ0183_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_3.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0185 PTJ0185_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0185 PTJ0185_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_2.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0185 PTJ0185_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_3.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0234 PTJ0234_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0234 PTJ0234_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_2.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0234 PTJ0234_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_3.mzML; RAW_FILE_NAME=- SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0292 PTJ0292_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0292 PTJ0292_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_2.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0292 PTJ0292_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_3.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0293 PTJ0293_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0293_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0293_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0293 PTJ0293_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0293_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_2.mzML; RAW_FILE_NAME=- SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0293 PTJ0293_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0293_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_3.mzML; RAW_FILE_NAME=- #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY For the comparative strain metabolomics experiment, 96-well polypropylene deep CO:COLLECTION_SUMMARY well plates were prepared with 800μL of fresh media in each well. Starter CO:COLLECTION_SUMMARY cultures and inocula for 29 isolates of Eggerthella lenta and 1 isolate of CO:COLLECTION_SUMMARY Eggerthella sinensis [26] were prepared as described above for growth assays, CO:COLLECTION_SUMMARY except without final dilution, and 80 μL was used to inoculate wells, leaving a CO:COLLECTION_SUMMARY blank well in between every culture well to prevent cross-contamination. After CO:COLLECTION_SUMMARY 72 hours, OD600 measurements were taken, plates were centrifuged, and CO:COLLECTION_SUMMARY supernatants were collected. Plates were centrifuged at 1,928 rcf at 4°C for 8 CO:COLLECTION_SUMMARY minutes, after which supernatants were collected into fresh polypropylene tubes CO:COLLECTION_SUMMARY or plates, sealed, and flash-frozen in liquid nitrogen. CO:SAMPLE_TYPE Bacterial culture supernatant CO:COLLECTION_FREQUENCY single time point (72 hours) CO:STORAGE_CONDITIONS -80℃ #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY For growth and metabolomics experiments, glycerol stocks of the 3 E. lenta TR:TREATMENT_SUMMARY strains were first streaked on BHI+ agar plates and incubated at 37°C for 2-3 TR:TREATMENT_SUMMARY days. Individual colonies were inoculated into 3-4 mL liquid BHI+ and incubated TR:TREATMENT_SUMMARY at 37°C for 40-48 hours, or until approximately early stationary phase. Culture TR:TREATMENT_SUMMARY optical density (600 nm wavelength absorbance, OD600) was measured using a Hach TR:TREATMENT_SUMMARY DR1900 spectrophotometer. 1 mL samples of BHI starter cultures were then TR:TREATMENT_SUMMARY centrifuged at 1,568 rcf for 4 minutes in a microcentrifuge (ThermoScientific TR:TREATMENT_SUMMARY mySpin 12) in the anaerobic chamber and resuspended in 1 mL sterile TR:TREATMENT_SUMMARY phosphate-buffered saline (PBS). The resulting suspension was vortexed and TR:TREATMENT_SUMMARY diluted to an approximate OD600 of 0.1, and used as inoculum into defined TR:TREATMENT_SUMMARY experimental conditions. Varying media conditions were prepared separately and TR:TREATMENT_SUMMARY all allowed to fully reduce in the anaerobic chamber prior to inoculation. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Bacterial culture supernatant and sterile media, used in culture, were thawed on SP:SAMPLEPREP_SUMMARY wet ice. Once thawed, samples were homogenized by inversion five times. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Extracellular culture supernatant samples were prepared as follows: 20 μL of SP:SAMPLEPREP_SUMMARY culture supernatant were extracted using 80 μL of a chilled extraction solvent SP:SAMPLEPREP_SUMMARY at −20°C (1:1 acetonitrile:methanol, 5% water containing stable SP:SAMPLEPREP_SUMMARY isotope-labeled internal standards). Samples were homogenized via pipette SP:SAMPLEPREP_SUMMARY action, incubated for 1 hour at −20°C, centrifuged at 4°C at 6000 rcf for 5 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY min. The supernatant was transferred to a new plate and immediately sealed and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY kept at 4°C prior to prompt analysis via LC-MS/MS. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Samples, sterile media, pools, and blanks were promptly added to a Thermo CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Vanquish Autosampler at 4°C in a Vanquish UHPLC (Thermo Fisher Scientific, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Waltham, MA). Chromatographic separation was performed using an ACQUITY Bridged CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Ethylene Hybrid (BEH) Amide column 2.1 x 150 mm, 1.7-micron particle size, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (Waters Corp. Milford, MA), using chromatographic conditions published elsewhere CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (HILIC method described in the Supplementary Methods of CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY doi.org/10.1038/s41586-021-03707-9). CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Vanquish CH:COLUMN_NAME Waters ACQUITY UPLC BEH Amide (150 x 2.1mm,1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 40 CH:FLOW_GRADIENT The gradient profile was held at 100% B for 2 minutes, from 100% B to 70% B in 5 CH:FLOW_GRADIENT minutes, holding at 70% B for 0.7 minute, from 70% B to 40% B for 1.3 minutes, CH:FLOW_GRADIENT holding at 40% B for 0.5 minutes, from 40% B to 30% B for 0.75 minutes, before CH:FLOW_GRADIENT returning to 100% B for 2.5 minutes and holding at 100% B for 4 minutes. CH:FLOW_RATE 400 μL per minute CH:SOLVENT_A 100% water; 0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate, pH 3 CH:SOLVENT_B 95% acetonitrile/5% water; 0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive HF hybrid Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Full MS-ddMS2 data was collected, an inclusion list was used to prioritize MS2 MS:MS_COMMENTS selection of metabolites from our in-house ‘local’ library, when additional MS:MS_COMMENTS scan bandwidth was available MS2 was collected in a data-dependent manner. Mass MS:MS_COMMENTS range was 60-900 mz, resolution was 60k (MS1) and 15k (MS2), centroid data was MS:MS_COMMENTS collected, loop count was 4, isolation window was 1.5 Da. Metabolomics data was MS:MS_COMMENTS processed using MS-DIAL v4.60. Features were excluded from analysis if peak MS:MS_COMMENTS height was not at least 5-fold greater in one or more samples compared to the MS:MS_COMMENTS procedural blank average. MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS relative ion counts MS_METABOLITE_DATA_START Samples Ctrl_B3_1 Ctrl_B3_2 Ctrl_B3_3 Ctrl_D9_2 Ctrl_F5_1 Ctrl_F5_2 Ctrl_F5_3 Ctrl_G12_1 Ctrl_G12_2 Ctrl_G12_3 PTJ0086_1 PTJ0086_2 PTJ0086_3 PTJ0087_1 PTJ0087_2 PTJ0087_3 PTJ0089_1 PTJ0089_3 PTJ0090_1 PTJ0090_3 PTJ0092_1 PTJ0092_2 PTJ0092_3 PTJ0093_1 PTJ0093_2 PTJ0093_3 PTJ0109_1 PTJ0109_2 PTJ0109_3 PTJ0110_1 PTJ0110_2 PTJ0110_3 PTJ0111_1 PTJ0111_2 PTJ0111_3 PTJ0112_1 PTJ0112_2 PTJ0112_3 PTJ0166_1 PTJ0166_2 PTJ0166_3 PTJ0169_1 PTJ0169_2 PTJ0169_3 PTJ0170_1 PTJ0170_2 PTJ0170_3 PTJ0171_1 PTJ0171_2 PTJ0171_3 PTJ0173_2 PTJ0173_3 PTJ0174_1 PTJ0174_3 PTJ0175_1 PTJ0175_2 PTJ0175_3 PTJ0176_1 PTJ0176_2 PTJ0176_3 PTJ0177_1 PTJ0177_2 PTJ0177_3 PTJ0178_1 PTJ0178_2 PTJ0178_3 PTJ0179_1 PTJ0179_2 PTJ0179_3 PTJ0180_1 PTJ0180_2 PTJ0180_3 PTJ0237_1 PTJ0237_2 PTJ0237_3 PTJ0240_1 PTJ0240_2 PTJ0240_3 PTJ0261_1 PTJ0261_2 PTJ0261_3 PTJ0289_1 PTJ0289_2 PTJ0289_3 PTJ0290_1 PTJ0290_2 PTJ0290_3 PTJ0295_1 PTJ0295_2 PTJ0295_3 PTJ0296_1 PTJ0296_2 PTJ0296_3 PTJ0297_1 PTJ0297_2 PTJ0297_3 Factors Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:1 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:3 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_D9 | Condition:GL_Ctrl_D9 | PlateNum:2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_F5 | Condition:GL_Ctrl_F5 | PlateNum:1 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_F5 | Condition:GL_Ctrl_F5 | PlateNum:2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_F5 | Condition:GL_Ctrl_F5 | PlateNum:3 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_G12 | Condition:GL_Ctrl_G12 | PlateNum:1 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_G12 | Condition:GL_Ctrl_G12 | PlateNum:2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_G12 | Condition:GL_Ctrl_G12 | PlateNum:3 Strain:PTJ0086 | Strain name:Eggerthella_lenta_1160AFAABroad | Condition:GL | PlateNum:1 Strain:PTJ0086 | Strain name:Eggerthella_lenta_1160AFAABroad | Condition:GL | PlateNum:2 Strain:PTJ0086 | 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Arg-Trp 361.1973 Betaine 118.08599 Biotin 245.09468 Cadaverine 103.12296 Choline 104.10684 cis-3-Hydroxyproline 132.06479 Citrulline 351.19748_176.10237_159.07599 Creatinine 114.06609 Creatinol 118.09722 Cyclohexylamine 100.11192 Cyclo(Leu-Pro) 211.14349 Cystine 241.03021 Cytidine 244.09181 Cytosine 112.05039 Deoxyadenosine 252.10815 Deoxyguanosine 290.08499_268.10345 Deoxyinosine 137.04549_253.09229_275.07419 Dimethylarginine 203.14984 Dimethyl sulfoxide 79.02097 Edetic acid 293.09689 Epsilon-caprolactam 227.17462_114.09101 epsilon-Caprolactam1 114.09096_227.17453 Glutamic acid 148.05995_130.04962 Glutamine 147.07597_130.04955 Glutamine1 147.07603_130.04961 Glycine 76.03911 Guanine 152.05637 Guanosine 284.09821 Hexaethylene glycol 283.17404 Hexaethylene glycol1 283.17407 His-Leu 269.15979 His-Pro 235.11848 Histamine 112.08678 Histidine 110.07108_156.07628 Homoarginine 189.13405 Homocitrulline 190.11821_173.09163 Hydroxyproline 132.06523 Hypoxanthine 137.0455 Ile-Arg 288.20221 Ile-Ile 245.18512 Ile-Trp 318.17966 Imidazoleacetic acid 127.04984 IMP 349.05295 Indoleacetic acid 176.07001 Indoline 120.0806 Inosine 137.04541_291.06915_269.08713_537.1684 Insource frag that looks like tryptophan 188.06993_205.09647 Isoleucine 86.09624_132.10156 Isonicotinamide 123.05511 Leu-Arg 288.20227 Leucine 86.09624_132.10153 Leu-Leu-Arg 401.28616 Lysine 147.11232_130.08597 Maltitol 367.12024 Melamine 127.07233 Methionine 150.05797_133.03156 Methionine sulfoxide 166.05283 Methioninesulfoxide1 188.03447_166.05273 Methylguanidine 74.0713 N(2)-Acetyllysine 189.12285 N5-(1-Iminoethyl)-ornithine 174.12315 N6-Acetyllysine 189.12296_211.10489 N(6)-Methyllysine 161.12794 N-6-Trimethyllysine 189.15921 N-Acetyl-D-galactosamine 204.08589_186.07541_244.0782 N-Acetyl-D-galactosaminitol 224.11214 N-Acetyl-D-glucosamine 138.05453_186.07556_204.08603 N-Acetylglutamic acid 190.07043 N-Acetylglutamine 154.09766 N-Acetylhistidine 198.0869_156.07629 N-Acetylleucine 174.11206 N-Acetylornithine 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Trehalose 360.14926 Tributylamine 186.22127 Triethylcitrate 277.12769 Tris(2-butoxyethyl) phosphate 399.24942 Tris(hydroxymethyl)aminomethane 122.08083 Trp-Phe 352.16428 Trp-Trp 391.17615 Tryptamine 161.1069_144.08043 Tryptophan 205.0966_188.07011 Tyramine and/or Phenylethanolamine 138.09109 Tyrosine 182.0808 UMP 325.04202 Urea 61.03968 Urocanic acid 139.04999 Val-Arg 274.18677 Valine 118.08567_72.08064 METABOLITES_END #END