#METABOLOMICS WORKBENCH cclish_20231002_095918 DATATRACK_ID:4363 STUDY_ID:ST002903 ANALYSIS_ID:AN004764 VERSION 1 CREATED_ON 04-30-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE A metabolomics pipeline highlights microbial metabolism in bloodstream PR:PROJECT_TITLE infections PR:PROJECT_SUMMARY The growth of antimicrobial resistance (AMR) highlights an urgent need to PR:PROJECT_SUMMARY identify bacterial pathogenic functions that may be targets for clinical PR:PROJECT_SUMMARY intervention. Although severe infections profoundly alter host metabolism, prior PR:PROJECT_SUMMARY studies have largely ignored microbial metabolism in this context. Here we PR:PROJECT_SUMMARY describe an iterative, comparative metabolomics pipeline to uncover microbial PR:PROJECT_SUMMARY metabolic features in the complex setting of a host and apply it to investigate PR:PROJECT_SUMMARY gram-negative bloodstream infection (BSI) in patients. The data from each stage PR:PROJECT_SUMMARY of this analysis pipeline are included here. We find elevated levels of PR:PROJECT_SUMMARY bacterially-derived acetylated polyamines during BSI and discover the enzyme PR:PROJECT_SUMMARY responsible for their production (SpeG). Blocking SpeG activity reduces PR:PROJECT_SUMMARY bacterial proliferation and slows pathogenesis. Reduction of SpeG activity also PR:PROJECT_SUMMARY enhances bacterial membrane permeability and increases intracellular antibiotic PR:PROJECT_SUMMARY accumulation, allowing us to overcome AMR in culture and in vivo. This study PR:PROJECT_SUMMARY highlights how tools to study pathogen metabolism in the natural context of PR:PROJECT_SUMMARY infection can reveal and prioritize new therapeutic strategies for addressing PR:PROJECT_SUMMARY challenging infections. PR:INSTITUTE Broad Institute of MIT and Harvard PR:DEPARTMENT Metabolomics Platform PR:LAST_NAME Clish PR:FIRST_NAME Clary PR:ADDRESS 415 Main Street, Cambridge, MA, 02142, USA PR:EMAIL clary@broadinstitute.org PR:PHONE 617-714-7654 PR:PUBLICATIONS submitted PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M84Q6N PR:CONTRIBUTORS Courtney Beaulieu, Amy Deik, Kerry Pierce, Clary B. Clish, Jared R. Mayers, Jack PR:CONTRIBUTORS Varon, Ruixuan R. Zhao, Martin Daniel-Ivad, , Amrisha Bholse, Nathanial R. PR:CONTRIBUTORS Glasser, Franziska M. Lichtenauer, Julie Ng, Mayra Pinilla Vera, Curtis PR:CONTRIBUTORS Huttenhower, Mark A. Perrella, Sihai D. Zhao, Rebecca M. Baron, Emily P. Balskus #STUDY ST:STUDY_TITLE Identification and targeting of microbial putrescine acetylation in bloodstream ST:STUDY_TITLE infections ST:STUDY_TYPE comparison of septic shock versus control plasma ST:STUDY_SUMMARY To identify bacterial metabolites elevated in human plasma during infection, we ST:STUDY_SUMMARY performed metabolomics on an existing cohort of patient plasma samples from 21 ST:STUDY_SUMMARY septic shock patients admitted to the intensive care unit (ICU) with culture ST:STUDY_SUMMARY positive gram-negative BSIs (Escherichia coli, Klebsiella spp., Pseudomonas ST:STUDY_SUMMARY spp.) who had banked blood samples drawn contemporaneously or ST:STUDY_SUMMARY near-contemporaneously with their positive blood cultures as well from 22 ST:STUDY_SUMMARY controls admitted to the ICU for other reasons. ST:INSTITUTE Broad Institute of MIT and Harvard ST:DEPARTMENT Metabolomics Platform ST:LAST_NAME Clish ST:FIRST_NAME Clary ST:ADDRESS 415 Main Street, Cambridge, MA, 02142, USA ST:EMAIL clary@broadinstitute.org ST:PHONE 617-714-7654 ST:SUBMIT_DATE 2023-10-02 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Human SU:SUBJECT_SPECIES Homo sapiens SU:TAXONOMY_ID 9606 SU:AGE_OR_AGE_RANGE 22-93 SU:GENDER Male and female #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 392 Group:Control Age=26; Gender=M; Control diagnosis=Crohn's, desens adm; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=9; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0007_MAY_RoCI-StEM_CP-392.raw; RAW_FILE_NAME=0007_MAY_ROCI-StEM_HN_392.raw; RAW_FILE_NAME=0007_MAY_ROCI-StEM_HP-392.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 419 Group:Control Age=68; Gender=F; Control diagnosis=ASA desense; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=9; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0010_MAY_RoCI-StEM_CP-419.raw; RAW_FILE_NAME=0010_MAY_ROCI-StEM_HN_419.raw; RAW_FILE_NAME=0010_MAY_ROCI-StEM_HP-419.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 561 Group:Control Age=43; Gender=M; Control diagnosis=volume overload, ?PNA; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=34; Baseline SOFA=8; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0019_MAY_RoCI-StEM_CP-561.raw; RAW_FILE_NAME=0019_MAY_ROCI-StEM_HN_561.raw; RAW_FILE_NAME=0019_MAY_ROCI-StEM_HP-561.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 594 Group:Control Age=58; Gender=F; Control diagnosis=angioedema; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=15; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0022_MAY_RoCI-StEM_CP-594.raw; RAW_FILE_NAME=0022_MAY_ROCI-StEM_HN_594.raw; RAW_FILE_NAME=0022_MAY_ROCI-StEM_HP-594.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 596 Group:Control Age=61; Gender=F; Control diagnosis=ALS; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=14; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0023_MAY_RoCI-StEM_CP-596.raw; 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RAW_FILE_NAME=0026_MAY_ROCI-StEM_HP-600.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 650 Group:Control Age=79; Gender=M; Control diagnosis=mouth bleeding; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=15; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0030_MAY_RoCI-StEM_CP-650.raw; RAW_FILE_NAME=0030_MAY_ROCI-StEM_HN_650.raw; RAW_FILE_NAME=0030_MAY_ROCI-StEM_HP-650.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 658 Group:Control Age=58; Gender=M; Control diagnosis=s/p cardiac arrest; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=7; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0031_MAY_RoCI-StEM_CP-658.raw; RAW_FILE_NAME=0031_MAY_ROCI-StEM_HN_658.raw; RAW_FILE_NAME=0031_MAY_ROCI-StEM_HP-658.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 694 Group:Control Age=57; Gender=F; Control diagnosis=resp failure, flu (neg cx); Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=17; Baseline SOFA=1; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0034_MAY_RoCI-StEM_CP-694.raw; RAW_FILE_NAME=0034_MAY_ROCI-StEM_HN_694.raw; RAW_FILE_NAME=0034_MAY_ROCI-StEM_HP-694.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 698 Group:Control Age=66; Gender=F; Control diagnosis=COPD; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=27; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0037_MAY_RoCI-StEM_CP-698.raw; RAW_FILE_NAME=0037_MAY_ROCI-StEM_HN_698.raw; RAW_FILE_NAME=0037_MAY_ROCI-StEM_HP-698.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 700 Group:Control Age=57; Gender=M; Control diagnosis=Pneumonitis; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=28; Baseline SOFA=11; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0039_MAY_RoCI-StEM_CP-700.raw; RAW_FILE_NAME=0039_MAY_ROCI-StEM_HN_700.raw; RAW_FILE_NAME=0039_MAY_ROCI-StEM_HP-700.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 701 Group:Control Age=42; Gender=F; Control diagnosis=HypoNa (PCP PNA); Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=19; Baseline SOFA=5; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0040_MAY_RoCI-StEM_CP-701.raw; RAW_FILE_NAME=0040_MAY_ROCI-StEM_HN_701.raw; RAW_FILE_NAME=0040_MAY_ROCI-StEM_HP-701.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 704 Group:Control Age=75; Gender=F; Control diagnosis=Tumor impinging on trachea; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=18; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0042_MAY_RoCI-StEM_CP-704.raw; RAW_FILE_NAME=0042_MAY_ROCI-StEM_HN_704.raw; RAW_FILE_NAME=0042_MAY_ROCI-StEM_HP-704.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 705 Group:Control Age=68; Gender=F; Control diagnosis=RF, ILD -> transplant eval; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=17; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0043_MAY_RoCI-StEM_CP-705.raw; RAW_FILE_NAME=0043_MAY_ROCI-StEM_HN_705.raw; RAW_FILE_NAME=0043_MAY_ROCI-StEM_HP-705.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 710 Group:Control Age=22; Gender=F; Control diagnosis=Asthma exacerbation; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=12; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0046_MAY_RoCI-StEM_CP-710.raw; RAW_FILE_NAME=0046_MAY_ROCI-StEM_HN_710.raw; RAW_FILE_NAME=0046_MAY_ROCI-StEM_HP-710.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 712 Group:Control Age=68; Gender=F; Control diagnosis=RF 2/2 SCLC; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=19; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0047_MAY_RoCI-StEM_CP-712.raw; RAW_FILE_NAME=0047_MAY_ROCI-StEM_HN_712.raw; RAW_FILE_NAME=0047_MAY_ROCI-StEM_HP-712.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 718 Group:Control Age=30; Gender=F; Control diagnosis=Flu B c/b ARDS; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=23; Baseline SOFA=10; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0050_MAY_RoCI-StEM_CP-718.raw; RAW_FILE_NAME=0050_MAY_ROCI-StEM_HN_718.raw; RAW_FILE_NAME=0050_MAY_ROCI-StEM_HP-718.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 719 Group:Control Age=31; Gender=F; Control diagnosis=Pancreatitis 2/2 hyperTG; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=9; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0051_MAY_RoCI-StEM_CP-719.raw; RAW_FILE_NAME=0051_MAY_ROCI-StEM_HN_719.raw; RAW_FILE_NAME=0051_MAY_ROCI-StEM_HP-719.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 720 Group:Control Age=76; Gender=M; Control diagnosis=CAP, MERS r/o; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=19; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0052_MAY_RoCI-StEM_CP-720.raw; RAW_FILE_NAME=0052_MAY_ROCI-StEM_HN_720.raw; RAW_FILE_NAME=0052_MAY_ROCI-StEM_HP-720.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 721 Group:Control Age=61; Gender=F; Control diagnosis=pulmonary hypertension; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=NA; Baseline SOFA=NA; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0053_MAY_RoCI-StEM_CP-721.raw; RAW_FILE_NAME=0053_MAY_ROCI-StEM_HN_721.raw; RAW_FILE_NAME=0053_MAY_ROCI-StEM_HP-721.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 287 Group:Septic Shock Age=64; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=GU; Baseline APACHE II=28; Baseline SOFA=6; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0001_MAY_RoCI-StEM_CP-287.raw; RAW_FILE_NAME=0001_MAY_ROCI-StEM_HN_287.raw; RAW_FILE_NAME=0001_MAY_ROCI-StEM_HP-287.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 289 Group:Septic Shock Age=93; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=GU; Baseline APACHE II=28; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0002_MAY_RoCI-StEM_CP-289.raw; RAW_FILE_NAME=0002_MAY_ROCI-StEM_HN_289.raw; RAW_FILE_NAME=0002_MAY_ROCI-StEM_HP-289.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 328 Group:Septic Shock Age=87; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Klebsiella species; Source=unknown; Baseline APACHE II=30; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0003_MAY_RoCI-StEM_CP-328.raw; RAW_FILE_NAME=0003_MAY_ROCI-StEM_HN_328.raw; RAW_FILE_NAME=0003_MAY_ROCI-StEM_HP-328.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 348 Group:Septic Shock Age=44; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=unknown; Baseline APACHE II=28; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0004_MAY_RoCI-StEM_CP-348.raw; RAW_FILE_NAME=0004_MAY_ROCI-StEM_HN_348.raw; RAW_FILE_NAME=0004_MAY_ROCI-StEM_HP-348.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 372 Group:Septic Shock Age=53; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=Lung; Baseline APACHE II=24; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0005_MAY_RoCI-StEM_CP-372.raw; RAW_FILE_NAME=0005_MAY_ROCI-StEM_HN_372.raw; RAW_FILE_NAME=0005_MAY_ROCI-StEM_HP-372.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 383 Group:Septic Shock Age=60; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Klebsiella species; Source=unknown; Baseline APACHE II=18; Baseline SOFA=5; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0006_MAY_RoCI-StEM_CP-383.raw; RAW_FILE_NAME=0006_MAY_ROCI-StEM_HN_383.raw; RAW_FILE_NAME=0006_MAY_ROCI-StEM_HP-383.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 399 Group:Septic Shock Age=73; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=GU; Baseline APACHE II=36; Baseline SOFA=7; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0008_MAY_RoCI-StEM_CP-399.raw; RAW_FILE_NAME=0008_MAY_ROCI-StEM_HN_399.raw; RAW_FILE_NAME=0008_MAY_ROCI-StEM_HP-399.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 405 Group:Septic Shock Age=72; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=Lung and GU; Baseline APACHE II=26; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0009_MAY_RoCI-StEM_CP-405.raw; RAW_FILE_NAME=0009_MAY_ROCI-StEM_HN_405.raw; RAW_FILE_NAME=0009_MAY_ROCI-StEM_HP-405.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 422 Group:Septic Shock Age=62; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=Lung; Baseline APACHE II=42; Baseline SOFA=9; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0011_MAY_RoCI-StEM_CP-422.raw; RAW_FILE_NAME=0011_MAY_ROCI-StEM_HN_422.raw; RAW_FILE_NAME=0011_MAY_ROCI-StEM_HP-422.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 435 Group:Septic Shock Age=56; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=unknown; Baseline APACHE II=27; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0012_MAY_RoCI-StEM_CP-435.raw; RAW_FILE_NAME=0012_MAY_ROCI-StEM_HN_435.raw; RAW_FILE_NAME=0012_MAY_ROCI-StEM_HP-435.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 443 Group:Septic Shock Age=45; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=GU; Baseline APACHE II=35; Baseline SOFA=9; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0013_MAY_RoCI-StEM_CP-443.raw; RAW_FILE_NAME=0013_MAY_ROCI-StEM_HN_443.raw; RAW_FILE_NAME=0013_MAY_ROCI-StEM_HP-443.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 464 Group:Septic Shock Age=85; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=unknown; Baseline APACHE II=33; Baseline SOFA=6; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0014_MAY_RoCI-StEM_CP-464.raw; RAW_FILE_NAME=0014_MAY_ROCI-StEM_HN_464.raw; RAW_FILE_NAME=0014_MAY_ROCI-StEM_HP-464.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 473 Group:Septic Shock Age=58; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=GU; Baseline APACHE II=19; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0015_MAY_RoCI-StEM_CP-473.raw; RAW_FILE_NAME=0015_MAY_ROCI-StEM_HN_473.raw; RAW_FILE_NAME=0015_MAY_ROCI-StEM_HP-473.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 488 Group:Septic Shock Age=42; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Klebsiella species; Source=GU; Baseline APACHE II=27; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0016_MAY_RoCI-StEM_CP-488.raw; RAW_FILE_NAME=0016_MAY_ROCI-StEM_HN_488.raw; RAW_FILE_NAME=0016_MAY_ROCI-StEM_HP-488.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 539 Group:Septic Shock Age=57; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=unknown; Baseline APACHE II=27; Baseline SOFA=12; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0017_MAY_RoCI-StEM_CP-539.raw; RAW_FILE_NAME=0017_MAY_ROCI-StEM_HN_539.raw; RAW_FILE_NAME=0017_MAY_ROCI-StEM_HP-539.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 541 Group:Septic Shock Age=58; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=GU; Baseline APACHE II=31; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0018_MAY_RoCI-StEM_CP-541.raw; RAW_FILE_NAME=0018_MAY_ROCI-StEM_HN_541.raw; RAW_FILE_NAME=0018_MAY_ROCI-StEM_HP-541.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 565 Group:Septic Shock Age=22; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Klebsiella species; Source=GI; Baseline APACHE II=21; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0020_MAY_RoCI-StEM_CP-565.raw; 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RAW_FILE_NAME=0029_MAY_ROCI-StEM_HP-633.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 716 Group:Septic Shock Age=91; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=GI; Baseline APACHE II=22; Baseline SOFA=9; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0049_MAY_RoCI-StEM_CP-716.raw; RAW_FILE_NAME=0049_MAY_ROCI-StEM_HN_716.raw; RAW_FILE_NAME=0049_MAY_ROCI-StEM_HP-716.raw #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Patient samples were selected from the pre-existing Registry of Critical Illness CO:COLLECTION_SUMMARY (RoCI) cohort, housed at Brigham and Women’s Hospital (BWH) in Boston, MA, CO:COLLECTION_SUMMARY USA. RoCI is approved by the Partners Human Research Committee. Informed consent CO:COLLECTION_SUMMARY was obtained for blood collection. Curation of the database identified 21 CO:COLLECTION_SUMMARY patients with positive blood cultures growing either Escherichia coli, CO:COLLECTION_SUMMARY Klebsiella pneumoniae, or Pseudomonas aeruginosa with contemporaneous or near CO:COLLECTION_SUMMARY contemporaneous plasma samples banked and available for metabolomic analysis. CO:COLLECTION_SUMMARY Twenty-two controls admitted to the intensive care unit for reasons other than CO:COLLECTION_SUMMARY septic shock were identified for use as controls. CO:SAMPLE_TYPE Blood (plasma) CO:STORAGE_CONDITIONS -80℃ #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY No treatment was used in the study #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Plasma samples were thawed on ice and aliquoted to prepare extracts for three SP:SAMPLEPREP_SUMMARY different LC-MS methods: HILIC-pos: 10 µL of plasma sample was extracted using SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 90 µL of acetonitrile/methanol/formic acid (74.9:24.9:0.2 v/v/v) containing SP:SAMPLEPREP_SUMMARY stable isotope-labeled internal standards (valine-d8, Sigma-Aldrich; St. Louis, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY MO; and phenylalanine-d8, Cambridge Isotope Laboratories; Andover, MA). The SP:SAMPLEPREP_SUMMARY samples were centrifuged (10 min, 9,000 x g, 4°C), and the supernatants were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY transferred to autosampler vials containing deactivated glass inserts. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY HILIC-neg: 30 µL of each plasma sample was extracted using 120 µL of 80% SP:SAMPLEPREP_SUMMARY methanol containing inosine-15N4, thymine-d4 and glycocholate-d4 internal SP:SAMPLEPREP_SUMMARY standards (Cambridge Isotope Laboratories; Andover, MA). The samples were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY centrifuged (10 min, 9,000 x g, 4°C), and the supernatants were transferred to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY autosampler vials containing deactivated glass inserts. C8-pos: 10 µL of plasma SP:SAMPLEPREP_SUMMARY sample was extracted using 190 µL of isopropanol containing SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 1,2-didodecanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (Avanti Polar Lipids; Alabaster, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY AL). The samples were centrifuged (10 min, 9,000 x g, ambient temperature), and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY the supernatants were transferred to autosampler vials containing deactivated SP:SAMPLEPREP_SUMMARY glass inserts. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY C8-pos: Reversed-phase C8 chromatography analysis of polar and nonpolar lipids CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY in the positive ionization mode CH:INSTRUMENT_NAME Shimadzu Nexera X2 CH:COLUMN_NAME Waters ACQUITY UPLC BEH C8 (2.1 mm X 100 mm,1.7 µm,130Å) CH:COLUMN_TEMPERATURE 40 CH:FLOW_GRADIENT 0-1 min, isocratic 20% B; 1-3 min, gradient to 80% B; 3-10 min, gradient to 100% CH:FLOW_GRADIENT B; 10-13 min, isocratic 100% B; 13-14 min, gradient to 20% B CH:FLOW_RATE 450 uL/min CH:SOLVENT_A 95% water/5% methanol; 0.1% formic acid; 10 mM ammonium acetate CH:SOLVENT_B 100% methanol; 0.1% formic acid CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Exactive Plus Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS MS analyses were carried out using electrospray ionization in the positive ion MS:MS_COMMENTS mode using full scan analysis over 200–1100 m/z at 70,000 resolution and 3 Hz MS:MS_COMMENTS data acquisition rate. Other MS settings were: sheath gas 50, in source CID 5 MS:MS_COMMENTS eV, sweep gas 5, spray voltage 3 kV, capillary temperature 300°C, S-lens RF 60, MS:MS_COMMENTS heater temperature 300°C, microscans 1, automatic gain control target 1e6, and MS:MS_COMMENTS maximum ion time 100 ms. Representative standards from each lipid class were MS:MS_COMMENTS used to identify lipids based on RT and m/z patterns, and characteristic product MS:MS_COMMENTS ion spectra. Lipid identities were denoted by total acyl carbon number and total MS:MS_COMMENTS number of double bond number. MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS integrated peak area MS_METABOLITE_DATA_START Samples 392 419 561 594 596 597 598 600 650 658 694 698 700 701 704 705 710 712 718 719 720 721 287 289 328 348 372 383 399 405 422 435 443 464 473 488 539 541 565 575 602 633 716 Factors Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock 7-Dehydrodesmosterol 11574.0000 10021.0000 6909.0000 10569.0000 8385.0000 7429.0000 6631.0000 7895.0000 7821.0000 7057.0000 8060.0000 7345.0000 10984.0000 6195.0000 6803.0000 7993.0000 7088.0000 7203.0000 10893.0000 15051.0000 6660.0000 8543.0000 8531.0000 8726.0000 7470.0000 8110.0000 7457.0000 7602.0000 6829.0000 7289.0000 6863.0000 7442.0000 6673.0000 6768.0000 9318.0000 6374.0000 7616.0000 6576.0000 6651.0000 6342.0000 6791.0000 7489.0000 6738.0000 C14:0 CE 32264.0000 180083.0000 52361.0000 221807.0000 102762.0000 44798.0000 142140.0000 24684.0000 94240.0000 264943.0000 158883.0000 357752.0000 234648.0000 283946.0000 240447.0000 140808.0000 188004.0000 67530.0000 21391.0000 59600.0000 109165.0000 20860.0000 91092.0000 68573.0000 252908.0000 48380.0000 64269.0000 93665.0000 140909.0000 228535.0000 26800.0000 65788.0000 137003.0000 222792.0000 193127.0000 64890.0000 21883.0000 82738.0000 56832.0000 68054.0000 47837.0000 98051.0000 C14:0 LPC 411228.0000 410414.0000 101571.0000 296369.0000 157311.0000 44479.0000 150771.0000 56518.0000 222438.0000 336811.0000 436722.0000 824882.0000 820107.0000 373853.0000 760976.0000 214589.0000 741470.0000 250489.0000 111872.0000 220599.0000 73189.0000 338109.0000 89118.0000 232795.0000 128027.0000 435794.0000 79050.0000 71912.0000 79908.0000 60677.0000 159506.0000 25015.0000 22348.0000 46362.0000 755184.0000 86131.0000 12647.0000 44686.0000 70492.0000 52568.0000 64095.0000 50029.0000 80361.0000 C14:0 SM 1739618.0000 4257627.0000 1582939.0000 2010991.0000 3169638.0000 2085666.0000 1845180.0000 1192033.0000 1937550.0000 2494046.0000 1593367.0000 4804630.0000 3388852.0000 2300466.0000 2591992.0000 3117741.0000 2092013.0000 2339475.0000 3224526.0000 2399665.0000 1698785.0000 1665803.0000 4335656.0000 1823602.0000 2302837.0000 4269043.0000 2214374.0000 1904366.0000 3140200.0000 1227647.0000 1982097.0000 1580863.0000 1345783.0000 2102915.0000 2744564.0000 1695574.0000 1339913.0000 1317678.0000 2350147.0000 1015970.0000 1161064.0000 1148870.0000 1102732.0000 C14:1 MAG 5574.0000 2939.0000 3732.0000 5201.0000 7960.0000 3026.0000 3207.0000 1984.0000 3040.0000 2286.0000 2414.0000 4690.0000 1990.0000 2291.0000 2468.0000 3383.0000 3634.0000 2399.0000 1464.0000 6718.0000 4219.0000 3927.0000 2305.0000 7376.0000 2580.0000 2498.0000 2687.0000 1954.0000 2877.0000 1510.0000 4692.0000 1503.0000 1275.0000 2383.0000 6085.0000 4117.0000 5628.0000 4341.0000 2188.0000 5387.0000 1680.0000 2497.0000 7160.0000 C16:0 CE 665974.0000 1090182.0000 1488851.0000 1026967.0000 1567559.0000 399977.0000 1603639.0000 1413352.0000 1746110.0000 1724102.0000 1806376.0000 1981806.0000 1559178.0000 1631522.0000 1738891.0000 1475834.0000 1906783.0000 1666765.0000 985647.0000 160537.0000 1099891.0000 1715698.0000 645340.0000 1631612.0000 921733.0000 1578724.0000 1184252.0000 1329578.0000 1757737.0000 1521454.0000 1425539.0000 669277.0000 844634.0000 1470008.0000 934907.0000 1618356.0000 946227.0000 1224390.0000 1393616.0000 1463298.0000 1108757.0000 1639055.0000 1609856.0000 C16:0 Ceramide (d18:1) 43691.0000 66685.0000 77731.0000 52985.0000 80274.0000 89002.0000 33962.0000 95680.0000 33838.0000 41759.0000 69217.0000 56544.0000 70801.0000 61163.0000 61012.0000 78850.0000 31999.0000 148483.0000 157435.0000 137714.0000 110659.0000 49025.0000 155060.0000 46419.0000 82335.0000 76160.0000 102026.0000 188531.0000 67172.0000 107834.0000 78600.0000 121871.0000 131173.0000 72518.0000 91576.0000 91363.0000 133055.0000 94675.0000 82973.0000 39958.0000 78916.0000 58849.0000 70545.0000 C16:0 LPC 34915536.0000 37709288.0000 19729424.0000 17435922.0000 46333677.0000 7136207.0000 33999479.0000 19677814.0000 31971167.0000 26366932.0000 65567033.0000 59828511.0000 57803816.0000 47183075.0000 61246426.0000 43747097.0000 72290538.0000 81315416.0000 89114036.0000 39136363.0000 17913246.0000 49946455.0000 13033525.0000 20271258.0000 11483003.0000 28150467.0000 8577732.0000 11180732.0000 13928833.0000 10354723.0000 12865932.0000 2870556.0000 2822386.0000 5170946.0000 37233168.0000 15628332.0000 1909292.0000 8979163.0000 8640839.0000 6722209.0000 8059246.0000 10904277.0000 17541055.0000 C16:0 LPC_Na 6905703.0000 7495056.0000 4612863.0000 4131766.0000 8354347.0000 1596118.0000 7202893.0000 4640246.0000 6817471.0000 5883094.0000 9904226.0000 9565718.0000 9280677.0000 8609293.0000 9640180.0000 8019028.0000 10169326.0000 10858764.0000 11175359.0000 7731505.0000 4232405.0000 8842351.0000 3145257.0000 4761646.0000 2829836.0000 6223388.0000 2022416.0000 2725658.0000 3463712.0000 2519807.0000 3020544.0000 560768.0000 532854.0000 1077658.0000 7506917.0000 3700376.0000 349516.0000 2107424.0000 1989007.0000 1484307.0000 1837121.0000 2586238.0000 4213363.0000 C16:0 LPE 73988.0000 66085.0000 42171.0000 41849.0000 42312.0000 18528.0000 76185.0000 46162.0000 47392.0000 31041.0000 54458.0000 85596.0000 117470.0000 66396.0000 91905.0000 58144.0000 40278.0000 133330.0000 193535.0000 40687.0000 43374.0000 93982.0000 37030.0000 28971.0000 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