#METABOLOMICS WORKBENCH jmhoffm_20210901_060953 DATATRACK_ID:2819 STUDY_ID:ST001926 ANALYSIS_ID:AN003130 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Modular evolution of the Drosophila metabolome PR:PROJECT_SUMMARY Analyze targeted and untargeted metabolomic profiles of 11 species of Drosophila PR:INSTITUTE University of Washington PR:LAST_NAME Hoffman PR:FIRST_NAME Jessica PR:ADDRESS 1300 University Blvd, CH464 PR:EMAIL jmhoffm@uab.edu PR:PHONE 6789100585 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8J11K #STUDY ST:STUDY_TITLE Modular evolution of the Drosophila metabolome ST:STUDY_SUMMARY In this study, we look at both targeted and untargeted metabolomic data from ST:STUDY_SUMMARY both sexes and 11 species of Drosophila. For the targeted analysis, we also ST:STUDY_SUMMARY looked at two ages to understand conserved changes with age in the Drosophila ST:STUDY_SUMMARY genus. ST:INSTITUTE University of Washington ST:LAST_NAME Promislow ST:FIRST_NAME Daniel ST:ADDRESS 1959 NE Pacific Street, Seattle, Washington, 98195, USA ST:EMAIL promislo@uw.edu ST:PHONE 206-616-6994 ST:SUBMIT_DATE 2021-09-01 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Invertebrate SU:SUBJECT_SPECIES Drosophila melanogaster SU:TAXONOMY_ID 7227 SU:GENDER Male and female #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 119 Line:Ana-00 | Sex:females | Species:ananassae | Age:- Dataset=Untargeted; RAW_FILE_NAME=Pos-FLY-119.mzXML Neg-FLY-119.mzXML; RAW_FILE_NAME=POS mzXML.zip; RAW_FILE_NAME=NEG mzXML.zip SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 74 Line:Ana-00 | Sex:females | Species:ananassae | Age:- Dataset=Untargeted; RAW_FILE_NAME=Pos-FLY-074.mzXML Neg-FLY-074.mzXML; RAW_FILE_NAME=POS mzXML.zip; RAW_FILE_NAME=NEG mzXML.zip SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 76 Line:Ana-00 | Sex:females | Species:ananassae | Age:- Dataset=Untargeted; RAW_FILE_NAME=Pos-FLY-076.mzXML Neg-FLY-076.mzXML; 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RAW_FILE_NAME=tube.94; RAW_FILE_NAME=June23-2015.wiff.scan June23-15.wiff; RAW_FILE_NAME=- SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - tube.54 Line:wil-15 | Sex:M | Species:willistoni | Age:5 Dataset=Targeted; RAW_FILE_NAME=tube.54; RAW_FILE_NAME=June23-2015.wiff.scan June23-15.wiff; RAW_FILE_NAME=- SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 131 Line:Yak-00 | Sex:females | Species:yakuba | Age:- Dataset=Untargeted; RAW_FILE_NAME=Pos-FLY-131.mzXML Neg-FLY-131.mzXML; RAW_FILE_NAME=POS mzXML.zip; RAW_FILE_NAME=NEG mzXML.zip SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 160 Line:Yak-00 | Sex:females | Species:yakuba | Age:- Dataset=Untargeted; RAW_FILE_NAME=Pos-FLY-160.mzXML Neg-FLY-160.mzXML; RAW_FILE_NAME=POS mzXML.zip; RAW_FILE_NAME=NEG mzXML.zip SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 72 Line:Yak-00 | Sex:females | Species:yakuba | Age:- Dataset=Untargeted; RAW_FILE_NAME=Pos-FLY-072.mzXML Neg-FLY-072.mzXML; RAW_FILE_NAME=POS mzXML.zip; RAW_FILE_NAME=NEG mzXML.zip SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - tube.95 Line:yak-00 | Sex:F | Species:yakuba | Age:31 Dataset=Targeted; RAW_FILE_NAME=tube.95; RAW_FILE_NAME=June23-2015.wiff.scan June23-15.wiff; RAW_FILE_NAME=- SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - tube.55 Line:yak-00 | Sex:F | Species:yakuba | Age:5 Dataset=Targeted; RAW_FILE_NAME=tube.55; RAW_FILE_NAME=June23-2015.wiff.scan June23-15.wiff; RAW_FILE_NAME=- SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 140 Line:Yak-00 | Sex:males | Species:yakuba | Age:- Dataset=Untargeted; RAW_FILE_NAME=Pos-FLY-140.mzXML Neg-FLY-140.mzXML; RAW_FILE_NAME=POS mzXML.zip; RAW_FILE_NAME=NEG mzXML.zip SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 16 Line:Yak-00 | Sex:males | Species:yakuba | Age:- Dataset=Untargeted; RAW_FILE_NAME=Pos-FLY-016.mzXML Neg-FLY-016.mzXML; RAW_FILE_NAME=POS mzXML.zip; RAW_FILE_NAME=NEG mzXML.zip SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 22 Line:Yak-00 | Sex:males | Species:yakuba | Age:- Dataset=Untargeted; RAW_FILE_NAME=Pos-FLY-022.mzXML Neg-FLY-022.mzXML; RAW_FILE_NAME=POS mzXML.zip; RAW_FILE_NAME=NEG mzXML.zip SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - tube.96 Line:yak-00 | Sex:M | Species:yakuba | Age:31 Dataset=Targeted; RAW_FILE_NAME=tube.96; RAW_FILE_NAME=June23-2015.wiff.scan June23-15.wiff; RAW_FILE_NAME=- SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - tube.56 Line:yak-00 | Sex:M | Species:yakuba | Age:5 Dataset=Targeted; RAW_FILE_NAME=tube.56; RAW_FILE_NAME=June23-2015.wiff.scan June23-15.wiff; RAW_FILE_NAME=- #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY We collected virgin males and females into vials with banana medium under light CO:COLLECTION_SUMMARY CO2 anesthesia within 8 hours of eclosion, except D. virilis, which was CO:COLLECTION_SUMMARY collected within 12 hours of eclosion. Flies were reared on banana media. For CO:COLLECTION_SUMMARY targeted analysis 3 flies from each sex/genotype combination at 5 and 31 days of CO:COLLECTION_SUMMARY age were flash frozen and stored at -80°C. For untargeted analysis five days CO:COLLECTION_SUMMARY old flies in groups of 10 flies were flash frozen in 1.5 mL tubes in liquid N2 CO:COLLECTION_SUMMARY and stored at -80°C until metabolite extraction CO:SAMPLE_TYPE Insect tissue CO:STORAGE_CONDITIONS -80℃ #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Sex, genotype, and age. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Metabolites were extracted by homogenizing samples in 200uL HPLC water (Sigma) SP:SAMPLEPREP_SUMMARY using a TissueLyser (TissueLyser II, Qiagen) for 6 minutes at 25 Hz at 4°C. We SP:SAMPLEPREP_SUMMARY then added 800uL methanol and incubated for 30 minutes on dry ice. The SP:SAMPLEPREP_SUMMARY suspension was homogenized again for 10 minutes at 25Hz, then spun at 14,000rcf SP:SAMPLEPREP_SUMMARY for 10 minutes at 4°C. The supernatant was transferred to a new tube and dried SP:SAMPLEPREP_SUMMARY in a Speed-Vac at 30°C. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Targeted LC/MS-MS 1st column. LC-MS/MS experiments were performed on an Agilent CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY 1260 LC (Agilent Technologies, Santa Clara, CA)-AB Sciex QTrap 5500 mass CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY spectrometer (AB Sciex, Toronto, ON, Canada) system at the University of CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Washington Northwest Metabolomics Research Center (UWNMRC). Each sample was CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY injected twice, 10 µL for analysis using negative ionization mode and 2 µL for CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY analysis using positive ionization mode. Both chromatographic separations were CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY performed in hydrophilic interaction chromatography (HILIC) mode on two Waters CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY XBridge BEH Amide columns (150 x 2.1 mm, 2.5 µm particle size, Waters CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Corporation, Milford, MA) connected in parallel. The flow rate was 0.300 mL/min, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY auto-sampler temperature was kept at 4 °C, and the column compartment was set CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY at 40 °C. The mobile phase was composed of Solvents A (5 mM ammonium acetate in CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY 90%H2O/ 10% acetonitrile + 0.2% acetic acid) and B (5 mM ammonium acetate in CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY 90%acetonitrile/ 10% H2O + 0.2% acetic acid). After the initial 2 min isocratic CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY elution of 90% B, the percentage of Solvent B decreased to 50% at t=5 min. The CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY composition of Solvent B maintained at 50% for 4 min (t=9 min), and then the CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY percentage of B gradually went back to 90%, to prepare for the next injection. CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Targeted data acquisition was performed in multiple-reaction-monitoring (MRM) CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY mode. The LC-MS system was controlled by Analyst 1.5 software (AB Sciex). The CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY extracted MRM peaks were integrated using MultiQuant 2.1 software (AB Sciex). CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Samples were spiked with 13C internal standards, and two types of LC-MS/MS CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY quality control (QC) samples were run at 11 evenly-spaced intervals throughout CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY the run to track potential drift in the assay. One QC sample was a pool of 10 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY fly samples, and the other was a sample of human serum. The CV for these QCs was CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY 8.2% and 7.7% respectively CH:INSTRUMENT_NAME Agilent 1260 CH:COLUMN_NAME Waters Xbridge BEH HILIC (75 x 2.1mm,2.5um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 40 CH:FLOW_RATE 0.300 mL/min CH:INTERNAL_STANDARD 13C CH:SOLVENT_A 90% water/10% acetonitrile; 0.2% acetic acid; 5 mM ammonium acetate CH:SOLVENT_B 90% acetonitrile/ 10% water; 0.2% acetic acid; 5 mM ammonium acetate CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME ABI Sciex 5500 QTrap MS:INSTRUMENT_TYPE Other MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Targeted data acquisition was performed in multiple-reaction-monitoring (MRM) MS:MS_COMMENTS mode. The LC-MS system was controlled by Analyst 1.5 software (AB Sciex). The MS:MS_COMMENTS extracted MRM peaks were integrated using MultiQuant 2.1 software (AB Sciex). MS:MS_COMMENTS Both positive and negative ionization modes were used. MS:ION_MODE UNSPECIFIED #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak counts MS_METABOLITE_DATA_START Samples tube.57 tube.1 tube.58 tube.2 tube.59 tube.3 tube.60 tube.4 tube.61 tube.5 tube.62 tube.6 tube.63 tube.7 tube.64 tube.8 tube.97 tube.9 tube.10 tube.65 tube.11 tube.12 tube.66 tube.13 tube.84 tube.14 tube.85 tube.15 tube.16 tube.86 tube.17 tube.87 tube.18 tube.19 tube.20 tube.21 tube.22 tube.23 tube.24 tube.69 tube.25 tube.70 tube.26 tube.67 tube.27 tube.28 tube.68 tube.29 tube.30 tube.71 tube.31 tube.72 tube.32 tube.73 tube.33 tube.74 tube.34 tube.75 tube.35 tube.36 tube.88 tube.37 tube.89 tube.38 tube.76 tube.39 tube.77 tube.40 tube.78 tube.41 tube.79 tube.42 tube.80 tube.43 tube.90 tube.44 tube.45 tube.81 tube.46 tube.82 tube.47 tube.83 tube.48 tube.92 tube.49 tube.93 tube.53 tube.94 tube.54 tube.95 tube.55 tube.96 tube.56 Factors Line:ana-00 | Sex:F | Species:ananassae | Age:31 Line:ana-00 | Sex:F | Species:ananassae | Age:5 Line:ana-00 | Sex:M | Species:ananassae | Age:31 Line:ana-00 | Sex:M | Species:ananassae | Age:5 Line:ana-12 | Sex:F | Species:ananassae | Age:31 Line:ana-12 | Sex:F | Species:ananassae | Age:5 Line:ana-12 | Sex:M | Species:ananassae | Age:31 Line:ana-12 | Sex:M | Species:ananassae | Age:5 Line:ana-15 | Sex:F | Species:ananassae | Age:31 Line:ana-15 | Sex:F | Species:ananassae | Age:5 Line:ana-15 | Sex:M | Species:ananassae | Age:31 Line:ana-15 | Sex:M | Species:ananassae | Age:5 Line:ere-00 | Sex:F | Species:erecta | Age:31 Line:ere-00 | Sex:F | Species:erecta | Age:5 Line:ere-00 | Sex:M | Species:erecta | Age:31 Line:ere-00 | Sex:M | Species:erecta | Age:5 Line:mel-14 | Sex:F | Species:melanogaster | Age:31 Line:mel-14 | Sex:F | Species:melanogaster | Age:5 Line:mel-14 | Sex:M | Species:melanogaster | Age:5 Line:mel-56 | Sex:F | Species:melanogaster | Age:31 Line:mel-56 | Sex:F | Species:melanogaster | Age:5 Line:mel-56 | Sex:M | Species:melanogaster | Age:5 Line:mel-61 | Sex:F | Species:melanogaster | Age:31 Line:mel-61 | Sex:F | Species:melanogaster | Age:5 Line:mel-61 | Sex:M | Species:melanogaster | Age:31 Line:mel-61 | Sex:M | Species:melanogaster | Age:5 Line:moj-1002 | Sex:F | Species:mojavensis | Age:31 Line:moj-1002 | Sex:F | Species:mojavensis | Age:5 Line:moj-1002 | Sex:M | Species:mojavensis | Age:5 Line:moj-2008 | Sex:F | Species:mojavensis | Age:31 Line:moj-2008 | Sex:F | Species:mojavensis | Age:5 Line:moj-2008 | Sex:M | Species:mojavensis | Age:31 Line:moj-2008 | Sex:M | Species:mojavensis | Age:5 Line:per-02 | Sex:F | Species:persimilis | Age:5 Line:per-02 | Sex:M | Species:persimilis | Age:5 Line:per-17 | Sex:F | Species:persimilis | Age:5 Line:per-17 | Sex:M | Species:persimilis | Age:5 Line:per-23 | Sex:F | Species:persimilis | Age:5 Line:per-23 | Sex:M | Species:persimilis | Age:5 Line:pse-217 | Sex:F | Species:pseudoobscura | Age:31 Line:pse-217 | Sex:F | Species:pseudoobscura | Age:5 Line:pse-217 | Sex:M | Species:pseudoobscura | Age:31 Line:pse-217 | Sex:M | Species:pseudoobscura | Age:5 Line:pse-33 | Sex:F | Species:pseudoobscura | Age:31 Line:pse-33 | Sex:F | Species:pseudoobscura | Age:5 Line:pse-33 | Sex:M | Species:pseudoobscura | Age:5 Line:pse-96 | Sex:F | Species:pseudoobscura | Age:31 Line:pse-96 | Sex:F | Species:pseudoobscura | Age:5 Line:pse-96 | Sex:M | Species:pseudoobscura | Age:5 Line:sec-07 | Sex:F | Species:sechellia | Age:31 Line:sec-07 | Sex:F | Species:sechellia | Age:5 Line:sec-07 | Sex:M | Species:sechellia | Age:31 Line:sec-07 | Sex:M | Species:sechellia | Age:5 Line:sec-28 | Sex:F | Species:sechellia | Age:31 Line:sec-28 | Sex:F | Species:sechellia | Age:5 Line:sec-28 | Sex:M | Species:sechellia | Age:31 Line:sec-28 | Sex:M | Species:sechellia | Age:5 Line:sec-31 | Sex:F | Species:sechellia | Age:31 Line:sec-31 | Sex:F | Species:sechellia | Age:5 Line:sec-31 | Sex:M | Species:sechellia | Age:5 Line:sim-006 | Sex:F | Species:simulans | Age:31 Line:sim-006 | Sex:F | Species:simulans | Age:5 Line:sim-006 | Sex:M | Species:simulans | Age:31 Line:sim-006 | Sex:M | Species:simulans | Age:5 Line:sim-286 | Sex:F | Species:simulans | Age:31 Line:sim-286 | Sex:F | Species:simulans | Age:5 Line:sim-286 | Sex:M | Species:simulans | Age:31 Line:sim-286 | Sex:M | Species:simulans | Age:5 Line:sim-287 | Sex:F | Species:simulans | Age:31 Line:sim-287 | Sex:F | Species:simulans | Age:5 Line:sim-287 | Sex:M | Species:simulans | Age:31 Line:sim-287 | Sex:M | Species:simulans | Age:5 Line:vir-00 | Sex:F | Species:virilis | Age:31 Line:vir-00 | Sex:F | Species:virilis | Age:5 Line:vir-00 | Sex:M | Species:virilis | Age:31 Line:vir-00 | Sex:M | Species:virilis | Age:5 Line:vir-08 | Sex:F | Species:virilis | Age:5 Line:vir-08 | Sex:M | Species:virilis | Age:31 Line:vir-08 | Sex:M | Species:virilis | Age:5 Line:vir-48 | Sex:F | Species:virilis | Age:31 Line:vir-48 | Sex:F | Species:virilis | Age:5 Line:vir-48 | Sex:M | Species:virilis | Age:31 Line:vir-48 | Sex:M | Species:virilis | Age:5 Line:wil-02 | Sex:F | Species:willistoni | Age:31 Line:wil-02 | Sex:F | Species:willistoni | Age:5 Line:wil-15 | Sex:F | Species:willistoni | Age:31 Line:wil-15 | Sex:F | Species:willistoni | Age:5 Line:wil-15 | Sex:M | Species:willistoni | Age:31 Line:wil-15 | Sex:M | Species:willistoni | Age:5 Line:yak-00 | Sex:F | Species:yakuba | Age:31 Line:yak-00 | Sex:F | Species:yakuba | Age:5 Line:yak-00 | Sex:M | Species:yakuba | Age:31 Line:yak-00 | Sex:M | Species:yakuba | Age:5 1/3-Methylhistidine 144465.0000 286457.0000 151073.0000 255585.0000 258252.0000 40706.0000 141342.0000 228019.0000 456363.0000 58532.0000 181543.0000 88164.0000 667440.0000 940174.0000 349527.0000 635336.0000 872659.0000 269942.0000 340013.0000 357653.0000 419510.0000 548635.0000 519734.0000 32169.0000 282840.0000 322101.0000 480664.0000 441532.0000 328328.0000 81698.0000 197552.0000 875544.0000 266802.0000 667731.0000 364725.0000 876412.0000 167050.0000 467213.0000 1057548.0000 106481.0000 486580.0000 579065.0000 1178606.0000 944558.0000 326075.0000 1432548.0000 399416.0000 578525.0000 344283.0000 272173.0000 299837.0000 485127.0000 376999.0000 345644.0000 253026.0000 295813.0000 406240.0000 295695.0000 93234.0000 298768.0000 34196.0000 116293.0000 326575.0000 506922.0000 220727.0000 257224.0000 195432.0000 281888.0000 37904.0000 296819.0000 512604.0000 893010.0000 146931.0000 488100.0000 684390.0000 83213.0000 999865.0000 228176.0000 223424.0000 130958.0000 344228.0000 242692.0000 185014.0000 457470.0000 274161.0000 100228.0000 252015.0000 151771.0000 142738.0000 104835.0000 1C13-Lactate 22492420.0000 24057757.0000 23504878.0000 23312875.0000 22602238.0000 23327702.0000 22002042.0000 22941139.0000 23903669.0000 24104031.0000 22755917.0000 22836513.0000 22250277.0000 22636362.0000 23042131.0000 23288637.0000 23420596.0000 23096750.0000 21645729.0000 23623196.0000 23761623.0000 24061143.0000 22664360.0000 24300372.0000 23947651.0000 22841058.0000 21831387.0000 23778542.0000 22360657.0000 22272473.0000 23288153.0000 21793245.0000 21489418.0000 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3-Methyl-2-Oxovaleric.acid 4-Hydroxybutyrate 4-Pyridoxic.acid 5-Aminovaleric.acid Acetoacetate Acetylcarnitine Acetylcholine Adenine Adenosine Adipic.acid ADP Agmanite Alanine Allantoin Alpha-Ketoglutaric.acid Aminoisobutyrate AMP Anthranilate Arachidonate Arginine Asparagine Aspartic.acid Azelaic.acid Benzoic.acid Betaine Biotin Cadaverine Carnitine Choline Citraconic.acid Citrulline CMP Cystathionine Cysteinyl-Glycine(Cys-Gly) Cystine Cytidine DCMP Deoxycarnitine D-GA3P Dimethylglycine D-Leucic.acid Fumaric.acid G1P/G6P/F6P/F1P gama-Aminobutyrate Glucoronate Glucose Glutamic.acid Glutamine Glutaric.acid Glyceraldehyde Glycerate Glycerol-3-P Glycine GMP Guanosine Histamine Histidine Homocysteine Homovanilate Hypoxanthine IMP Inosine Inositol iso-Leucine isoValeric.acid lactate Lactose Leucine Linolenic.acid L-Kynurenine Lysine Margaric.acid Methionine.150.1 Mevalonate Myristic.acid Niacinamide Nicotinate(Niacin) Ornithine Oxaloacetate Oxidized.glutathione Oxypurinol Pentothenate Phenylalanine Pipecolate Proline Putrescine Pyruvate Reduced.glutathione Ribose-5-P Sarcosine Serine Sorbitol Succinate Sucrose Taurine Threonine Trimethylamine-N-oxide(TMAO) Trimethylamine(TMA) Tryptamine Tryptophan Tyrosine UDP Uracil Urate Uridine Valine Xanthine Xanthosine Xanthurenate METABOLITES_END #END