#METABOLOMICS WORKBENCH katharine_irvine_20221127_224412 DATATRACK_ID:3598 STUDY_ID:ST002369 ANALYSIS_ID:AN003864 VERSION 1 CREATED_ON 12-12-2022 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE The impact of acute Colony Stimulating Factor 1 treatment on serum and liver PR:PROJECT_TITLE metabolites in fed and fasted mice PR:PROJECT_TYPE Drug treatment PR:PROJECT_SUMMARY Groups of male mice were treated with 4 x daily injections of Colony Stimulating PR:PROJECT_SUMMARY Factor (1), followed by normal feeding or a 24 h fast from day 6 to day 7. Serum PR:PROJECT_SUMMARY and liver were collected for GC-MS metabolomic analysis on a Shimadzu TQ8050NX. PR:INSTITUTE The University of Queensland PR:DEPARTMENT Mater Research-UQ PR:LABORATORY Irvine PR:LAST_NAME Irvine PR:FIRST_NAME Katharine PR:ADDRESS Translational Research Institute, 37 Kent St, Woolloongabba, 4102, QLD, PR:ADDRESS Australia PR:EMAIL katharine.irvine@uq.edu.au PR:PHONE +61734437655 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8TQ5G #STUDY ST:STUDY_TITLE The impact of acute Colony Stimulating Factor 1 treatment on serum and liver ST:STUDY_TITLE metabolites in fed and fasted mice LIVER ST:STUDY_TYPE Drug treatment ST:STUDY_SUMMARY The aim of the study was to investigate the impact of expanding tissue ST:STUDY_SUMMARY macrophage populations on systemic metabolism. Groups of male mice were treated ST:STUDY_SUMMARY with 4 x daily injections of Colony Stimulating Factor (1), followed by normal ST:STUDY_SUMMARY feeding or a 24 h fast from day 6 to day 7. Serum and liver were collected for ST:STUDY_SUMMARY GC-MS metabolomic analysis on a Shimadzu TQ8050. ST:INSTITUTE The University of Queensland ST:DEPARTMENT Mater Research-UQ ST:LABORATORY Irvine ST:LAST_NAME Irvine ST:FIRST_NAME Katharine ST:ADDRESS Translational Research Institute, 37 Kent St ST:EMAIL katharine.irvine@uq.edu.au ST:PHONE +61734437655 ST:SUBMIT_DATE 2022-11-27 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENOTYPE_STRAIN wild type C57BL6/J SU:AGE_OR_AGE_RANGE 8 weeks SU:WEIGHT_OR_WEIGHT_RANGE 25-30g SU:GENDER Male SU:ANIMAL_ANIMAL_SUPPLIER Animal Resource Centre, Western Australai SU:ANIMAL_HOUSING standard SU:ANIMAL_LIGHT_CYCLE 12 h light dark cycle SU:ANIMAL_FEED normal chow SU:ANIMAL_WATER autoclaved #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m314 Treatment:Fasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=4.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m315 Treatment:Fasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=5.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m318 Treatment:Fasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=8.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m319 Treatment:Fasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=9.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m321 Treatment:Fasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=11.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m322 Treatment:Fasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=12.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m311 Treatment:Fasted/Saline sample type=liver; RAW_FILE_NAME=1.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m312 Treatment:Fasted/Saline sample type=liver; RAW_FILE_NAME=2.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m316 Treatment:Fasted/Saline sample type=liver; RAW_FILE_NAME=6.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m320 Treatment:Fasted/Saline sample type=liver; RAW_FILE_NAME=10.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - liverPBQC_1 Treatment:Pooled Biological Quality Control sample type=liver; RAW_FILE_NAME=liverPBQC_1.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - liverPBQC_2 Treatment:Pooled Biological Quality Control sample type=liver; RAW_FILE_NAME=liverPBQC_2.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - liverPBQC_3 Treatment:Pooled Biological Quality Control sample type=liver; RAW_FILE_NAME=liverPBQC_3.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - liverPBQC_4 Treatment:Pooled Biological Quality Control sample type=liver; RAW_FILE_NAME=liverPBQC_4.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - liverPBQC_5 Treatment:Pooled Biological Quality Control sample type=liver; RAW_FILE_NAME=liverPBQC_5.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - liverPBQC_6 Treatment:Pooled Biological Quality Control sample type=liver; RAW_FILE_NAME=liverPBQC_6.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m323 Treatment:Unfasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=13.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m326 Treatment:Unfasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=16.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m327 Treatment:Unfasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=17.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m330 Treatment:Unfasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=20.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m334 Treatment:Unfasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=23.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m335 Treatment:Unfasted/CSF1-FC sample type=liver; RAW_FILE_NAME=24.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m324 Treatment:Unfasted/Saline sample type=liver; RAW_FILE_NAME=14.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m328 Treatment:Unfasted/Saline sample type=liver; RAW_FILE_NAME=18.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m332 Treatment:Unfasted/Saline sample type=liver; RAW_FILE_NAME=21.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - m333 Treatment:Unfasted/Saline sample type=liver; RAW_FILE_NAME=22.mzXML #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Liver samples were obtained from the same region of the left lateral lobe for CO:COLLECTION_SUMMARY each mouse. CO:COLLECTION_PROTOCOL_FILENAME Irvine_methods.docx CO:SAMPLE_TYPE Liver #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Groups of male mice were treated with 4 x daily injections of Colony Stimulating TR:TREATMENT_SUMMARY Factor (1), followed by normal feeding or a 24 h fast from day 6 to day 7. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Metabolites were extracted from 50 µl serum using 150 µl methanol and 50 µl SP:SAMPLEPREP_SUMMARY chloroform, including 13C-sorbitol and 13C,15N-valine internal standards, and 30 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY µl of clarified sera was prepared for GC-MS analysis. Liver metabolites were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY extracted from 20-40 mg liver tissue (sampled from the same region of the left SP:SAMPLEPREP_SUMMARY lateral lobe) in 600 µl methanol:MilliQ water (3:1), including 13C-sorbitol and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 13C,15N-valine internal standards. The tissue was cryomilled at 4°C. 110 µl SP:SAMPLEPREP_SUMMARY chloroform was added to 440 µg homogenate which was transferred to a new tube SP:SAMPLEPREP_SUMMARY and the sample thermomixed for 20 minutes then centrifuged at 13,000 rpm for 15 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY minutes. 30 µl supernatant was dried in inserts for GC-MS analysis. Dried SP:SAMPLEPREP_SUMMARY samples for targeted analysis were derivatised online using the Shimadzu AOC6000 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY autosampler robot. Derivatisation was achieved by the addition of 25 µL SP:SAMPLEPREP_SUMMARY methoxyamine hydrochloride (30 mg/mL in pyridine, Merck) followed by shaking at SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 37°C for 2h. Samples were then derivatised with 25 µL of N,O-bis SP:SAMPLEPREP_SUMMARY (trimethylsilyl)trifluoroacetamide with trimethylchlorosilane (BSTFA with 1% SP:SAMPLEPREP_SUMMARY TMCS, Thermo Scientific) for 1h at 37°C. The sample was allowed to equilibrate SP:SAMPLEPREP_SUMMARY at room temperature for 1 h before 1 µL was injected onto the GC column using a SP:SAMPLEPREP_SUMMARY hot needle technique. Split (1:10) injections were performed for each sample. #CHROMATOGRAPHY CH:INSTRUMENT_NAME Shimadzu TQ8050NX CH:COLUMN_NAME Agilent DB5-MS (30m) CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE None (Direct infusion) #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Shimadzu TQ8050NX MS:INSTRUMENT_TYPE Triple quadrupole MS:MS_TYPE Other MS:MS_COMMENTS The GC-MS system used comprised of an AOC6000 autosampler, a 2030 Shimadzu gas MS:MS_COMMENTS chromatograph and a TQ8050NX triple quadrupole mass spectrometer (Shimadzu, MS:MS_COMMENTS Japan). The mass spectrometer was tuned according to the manufacturer’s MS:MS_COMMENTS recommendations using tris-(perfluorobutyl)-amine (CF43). GC-MS was performed on MS:MS_COMMENTS a 30m Agilent DB-5 column with 0.25mm internal diameter column and 1µm film MS:MS_COMMENTS thickness. The injection temperature (inlet) was set at 280°C, the MS transfer MS:MS_COMMENTS line at 280°C and the ion source adjusted to 200°C. Helium was used as the MS:MS_COMMENTS carrier gas at a flow rate of 1 mL/min and argon gas was used in the collision MS:MS_COMMENTS cell to generate the MRM product ion. The analysis of TMS samples was performed MS:MS_COMMENTS under the following oven temperature program; 100°C start temperature, hold for MS:MS_COMMENTS 4 minutes, followed by a 10°C min-1 oven temperature ramp to 320°C with a MS:MS_COMMENTS following final hold for 11 minutes. Approximately 520 targets were collected MS:MS_COMMENTS using the Shimadzu Smart Metabolite Database, where each target comprised a MS:MS_COMMENTS quantifier MRM along with a qualifier MRM, which covers approximately 350 MS:MS_COMMENTS endogenous metabolites and multiple stable isotopically labelled internal MS:MS_COMMENTS standards. Resultant data was processed using Shimadzu LabSolutions Insight MS:MS_COMMENTS software, where peak integrations were visually validated and manually corrected MS:MS_COMMENTS where required. MS:ION_MODE UNSPECIFIED #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS area MS_METABOLITE_DATA_START Samples m314 m315 m318 m319 m321 m322 m311 m312 m316 m320 liverPBQC_1 liverPBQC_2 liverPBQC_3 liverPBQC_4 liverPBQC_5 liverPBQC_6 m323 m326 m327 m330 m334 m335 m324 m328 m332 m333 Factors Treatment:Fasted/CSF1-FC Treatment:Fasted/CSF1-FC Treatment:Fasted/CSF1-FC Treatment:Fasted/CSF1-FC Treatment:Fasted/CSF1-FC Treatment:Fasted/CSF1-FC Treatment:Fasted/Saline Treatment:Fasted/Saline Treatment:Fasted/Saline Treatment:Fasted/Saline Treatment:Pooled Biological Quality Control Treatment:Pooled Biological Quality Control Treatment:Pooled Biological Quality Control Treatment:Pooled Biological Quality Control Treatment:Pooled Biological Quality Control Treatment:Pooled Biological Quality Control Treatment:Unfasted/CSF1-FC Treatment:Unfasted/CSF1-FC Treatment:Unfasted/CSF1-FC Treatment:Unfasted/CSF1-FC Treatment:Unfasted/CSF1-FC Treatment:Unfasted/CSF1-FC Treatment:Unfasted/Saline Treatment:Unfasted/Saline Treatment:Unfasted/Saline Treatment:Unfasted/Saline 13C5_15N1-Valine 1505213.0000 1539371.0000 1393698.0000 1434756.0000 1414292.0000 1600634.0000 1736641.0000 1542741.0000 1363582.0000 1453251.0000 1737163.0000 1595536.0000 1557162.0000 1552549.0000 1557175.0000 1506596.0000 1400580.0000 1499395.0000 1346575.0000 1424304.0000 1946559.0000 1520476.0000 1311047.0000 1231625.0000 1705913.0000 1678544.0000 13C6-Sorbitol 641105.0000 617913.0000 545330.0000 642313.0000 647902.0000 574781.0000 731180.0000 691956.0000 675878.0000 663558.0000 908287.0000 813973.0000 803589.0000 753757.0000 748373.0000 735307.0000 719904.0000 685708.0000 579696.0000 610806.0000 886771.0000 723803.0000 706613.0000 680387.0000 915270.0000 1097111.0000 1_5-Anhydro-glucitol-4TMS 24814.0000 19131.0000 22005.0000 26510.0000 21746.0000 24903.0000 28465.0000 14645.0000 20211.0000 17438.0000 22479.0000 19849.0000 23092.0000 19709.0000 22435.0000 21757.0000 23121.0000 18612.0000 23824.0000 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98115.0000 211243.0000 283936.0000 612275.0000 111830.0000 2-Aminobutyric acid-2TMS 85821.0000 94556.0000 228264.0000 85881.0000 102121.0000 77046.0000 212950.0000 80494.0000 130289.0000 108640.0000 123731.0000 110219.0000 111085.0000 111871.0000 115117.0000 111975.0000 94458.0000 70244.0000 75521.0000 43090.0000 139211.0000 55869.0000 64745.0000 33473.0000 149221.0000 41745.0000 2-Aminoethanol-3TMS 3093021.0000 3203180.0000 3075765.0000 4203434.0000 3439303.0000 1862162.0000 4903789.0000 2316322.0000 2166994.0000 1804966.0000 2495507.0000 2796185.0000 1981532.0000 1822995.0000 1705482.0000 1078818.0000 1941611.0000 1065073.0000 2480886.0000 947225.0000 5250563.0000 1219824.0000 943360.0000 1307333.0000 1610301.0000 8664922.0000 2-Aminopimelic acid-3TMS 252640.0000 245119.0000 321639.0000 330097.0000 277713.0000 281060.0000 304641.0000 39320.0000 127932.0000 275939.0000 325229.0000 282462.0000 282164.0000 261385.0000 267063.0000 260974.0000 264307.0000 212906.0000 215275.0000 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89343.0000 88885.0000 81655.0000 64060.0000 57318.0000 72945.0000 40265.0000 101507.0000 34539.0000 66469.0000 79869.0000 89124.0000 181765.0000 Phenylacetic acid-TMS 22894.0000 24729.0000 27298.0000 23488.0000 20020.0000 26517.0000 24835.0000 19586.0000 12694.0000 23954.0000 20318.0000 18558.0000 18970.0000 18988.0000 19714.0000 20225.0000 9787.0000 11711.0000 12422.0000 13461.0000 27742.0000 17002.0000 7222.0000 6410.0000 11042.0000 11312.0000 Phenylalanine-2TMS 3030917.0000 3513776.0000 2553563.0000 3824405.0000 3426491.0000 2820470.0000 5471767.0000 4271778.0000 2708800.0000 2198523.0000 4436635.0000 3939272.0000 3917684.0000 3642144.0000 3677193.0000 3450984.0000 2787429.0000 2497269.0000 7645369.0000 1805074.0000 12070909.0000 2124052.0000 1806491.0000 2259785.0000 2079536.0000 6516661.0000 Phosphoric acid-3TMS 52849129.0000 53492781.0000 53940964.0000 59592543.0000 54564267.0000 51224923.0000 63899340.0000 46240723.0000 53949879.0000 58373311.0000 55586115.0000 55559213.0000 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382500.0000 352939.0000 328984.0000 318953.0000 324083.0000 349861.0000 226014.0000 210909.0000 444106.0000 204975.0000 696207.0000 203869.0000 132977.0000 138253.0000 137119.0000 670492.0000 Ribose 5-phosphate-meto-5TMS(1) 32735.0000 43324.0000 65423.0000 71468.0000 51641.0000 34888.0000 79737.0000 26240.0000 78034.0000 126037.0000 73837.0000 63771.0000 60774.0000 57876.0000 63053.0000 50001.0000 75804.0000 44206.0000 27022.0000 34415.0000 26565.0000 24896.0000 69420.0000 59837.0000 71517.0000 54171.0000 Ribose-meto-4TMS 59063.0000 56551.0000 57430.0000 87101.0000 64488.0000 61671.0000 183782.0000 80318.0000 103496.0000 104878.0000 102642.0000 91203.0000 99375.0000 88001.0000 80807.0000 74899.0000 70389.0000 47771.0000 76410.0000 39930.0000 89591.0000 46184.0000 52466.0000 76223.0000 95214.0000 419203.0000 Sarcosine-2TMS 563258.0000 466787.0000 682431.0000 427827.0000 485441.0000 570057.0000 562286.0000 519162.0000 530126.0000 528221.0000 745535.0000 662159.0000 492598.0000 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1441337.0000 1596116.0000 150138.0000 245946.0000 1080845.0000 1046666.0000 113519.0000 949930.0000 1486900.0000 1678602.0000 2116107.0000 2486231.0000 1740958.0000 1655947.0000 1777242.0000 1962655.0000 2763676.0000 2125817.0000 1822036.0000 1807692.0000 2575843.0000 2944794.0000 Succinic acid-2TMS 1459665.0000 2057797.0000 5314876.0000 6549167.0000 4009315.0000 3281668.0000 2543891.0000 1155913.0000 3221956.0000 8303540.0000 5151701.0000 4629557.0000 4519674.0000 4354880.0000 4342122.0000 4384020.0000 5517779.0000 4882798.0000 1219772.0000 3326628.0000 2918143.0000 3439599.0000 6566164.0000 3663699.0000 5395389.0000 2754975.0000 Sucrose-8TMS 176515.0000 285063.0000 217047.0000 239728.0000 790324.0000 241112.0000 845504.0000 202703.0000 5409029.0000 193283.0000 585260.0000 564977.0000 482605.0000 581837.0000 576745.0000 563443.0000 230113.0000 366150.0000 198321.0000 1268733.0000 629261.0000 491332.0000 464190.0000 6615273.0000 343017.0000 381094.0000 Tagatose-meto-5TMS(1) 117406.0000 101640.0000 73212.0000 199484.0000 153327.0000 91164.0000 155697.0000 97593.0000 129947.0000 128017.0000 144559.0000 175863.0000 118981.0000 157665.0000 162263.0000 157454.0000 111113.0000 111704.0000 98986.0000 99375.0000 149841.0000 137369.0000 113597.0000 106948.0000 109502.0000 176413.0000 Taurine-3TMS 33571063.0000 34088239.0000 36501643.0000 35724945.0000 34731592.0000 35185533.0000 36118839.0000 30582901.0000 33016639.0000 31161563.0000 33104433.0000 32827582.0000 32363252.0000 32942720.0000 32838059.0000 32149687.0000 31142627.0000 29970700.0000 31770369.0000 30952063.0000 33849143.0000 30218784.0000 25838855.0000 28957470.0000 24321715.0000 29369726.0000 Threonic acid-4TMS 4282719.0000 5547641.0000 7306269.0000 5714177.0000 3877611.0000 7828714.0000 7140029.0000 2842637.0000 3768217.0000 3742588.0000 5713283.0000 3595052.0000 5113916.0000 3174970.0000 3190902.0000 3520716.0000 2434659.0000 4717787.0000 1282944.0000 5604438.0000 7416606.0000 6434210.0000 1267086.0000 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