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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST002991","ANALYSIS_ID":"AN004911","VERSION":"1","CREATED_ON":"November 29, 2023, 1:55 pm"},

"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"DNA replication stress underpins the vulnerability to oxidative phosphorylation inhibition in colorectal cancer","PROJECT_SUMMARY":"Although targeting oxidative phosphorylation (OXPHOS) for cancer treatment is currently impeded due to dose-limiting toxicities, there remain opportunities through combinations that provide therapeutic benefits at doses attainable in patients. On the other hand, while glycolysis-deficient cancers are generally vulnerable to OXPHOS inhibition in preclinical models, the full extent of phenotypical and mechanistic consequences of inhibiting OXPHOS in cancers capable of glycolysis is not yet well understood. We aimed to clarify the response and underlying mechanisms of colorectal cancer (CRC) that commonly exhibit the glycolytic phenotype to OXPHOS inhibition and to identify potential approaches to render such cells more sensitive to OXPHOS inhibitors.","INSTITUTE":"The University of Newcastle","LAST_NAME":"Zhao","FIRST_NAME":"Xiaohong","ADDRESS":"University Drive, Callaghan, NSW, 2308, Australia","EMAIL":"xiaohong.zhao@newcastle.edu.au","PHONE":"61 0466219528"},

"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Metabolomics studies on human colorectal cancer cell lines","STUDY_SUMMARY":"Although targeting oxidative phosphorylation (OXPHOS) for cancer treatment is currently impeded due to dose-limiting toxicities, there remain opportunities through combinations that provide therapeutic benefits at doses attainable in patients. On the other hand, while glycolysis-deficient cancers are generally vulnerable to OXPHOS inhibition in preclinical models, the full extent of phenotypical and mechanistic consequences of inhibiting OXPHOS in cancers capable of glycolysis is not yet well understood. We aimed to clarify the response and underlying mechanisms of colorectal cancer (CRC) that commonly exhibit the glycolytic phenotype to OXPHOS inhibition and to identify potential approaches to render such cells more sensitive to OXPHOS inhibitors. The responses of glycolysis-competent CRC cells to targeting OXPHOS were tested using targeted meatbolomics.","INSTITUTE":"The University of Newcastle","LAST_NAME":"Zhao","FIRST_NAME":"Xiaohong","ADDRESS":"University Drive, Callaghan, NSW, 2308, Australia","EMAIL":"xiaohong.zhao@newcastle.edu.au","PHONE":"61 0466219528"},

"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"Cultured cells","SUBJECT_SPECIES":"Homo sapiens","TAXONOMY_ID":"9606"},
"SUBJECT_SAMPLE_FACTORS":[
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"Subject ID":"Colo205_DMSO1",
"Sample ID":"LJ_001",
"Factors":{"Factor":"Control"},
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"Subject ID":"Colo205_DMSO2",
"Sample ID":"LJ_002",
"Factors":{"Factor":"Control"},
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"Subject ID":"Colo205_DMSO3",
"Sample ID":"LJ_006",
"Factors":{"Factor":"Control"},
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"Subject ID":"Colo205_ASP1",
"Sample ID":"LJ_008",
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"Subject ID":"Colo205_ASP2",
"Sample ID":"LJ_009",
"Factors":{"Factor":"10 mM Aspartate"},
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"Subject ID":"Colo205_ASP3",
"Sample ID":"LJ_010",
"Factors":{"Factor":"10 mM Aspartate"},
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"Subject ID":"Colo205_IACS1",
"Sample ID":"LJ_026",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759"},
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"Subject ID":"Colo205_IACS2",
"Sample ID":"LJ_027",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759"},
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"Subject ID":"Colo205_IACS3",
"Sample ID":"LJ_029",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759"},
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"Subject ID":"Colo205_IACS+ASP1",
"Sample ID":"LJ_031",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759+10 mM Aspartate"},
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"Subject ID":"Colo205_IACS+ASP2",
"Sample ID":"LJ_032",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759+10 mM Aspartate"},
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"Subject ID":"Colo205_IACS+ASP3",
"Sample ID":"LJ_034",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759+10 mM Aspartate"},
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"Subject ID":"LIM1215_DMSO1",
"Sample ID":"LJ_014",
"Factors":{"Factor":"Control"},
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"Subject ID":"LIM1215_DMSO2",
"Sample ID":"LJ_015",
"Factors":{"Factor":"Control"},
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"Subject ID":"LIM1215_DMSO3",
"Sample ID":"LJ_018",
"Factors":{"Factor":"Control"},
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"Subject ID":"LIM1215_ASP1",
"Sample ID":"LJ_020",
"Factors":{"Factor":"10 mM Aspartate"},
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"Subject ID":"LIM1215_ASP2",
"Sample ID":"LJ_023",
"Factors":{"Factor":"10 mM Aspartate"},
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"Subject ID":"LIM1215_ASP3",
"Sample ID":"LJ_024",
"Factors":{"Factor":"10 mM Aspartate"},
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"Subject ID":"LIM1215_IACS1",
"Sample ID":"LJ_037",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759"},
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"Subject ID":"LIM1215_IACS2",
"Sample ID":"LJ_038",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759"},
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{
"Subject ID":"LIM1215_IACS3",
"Sample ID":"LJ_041",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759"},
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{
"Subject ID":"LIM1215_IACS+ASP1",
"Sample ID":"LJ_045",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759+10 mM Aspartate"},
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{
"Subject ID":"LIM1215_IACS+ASP2",
"Sample ID":"LJ_046",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759+10 mM Aspartate"},
"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME":"LJ_046.d"}
},
{
"Subject ID":"LIM1215_IACS+ASP3",
"Sample ID":"LJ_048",
"Factors":{"Factor":"100 nM IACS-010759+10 mM Aspartate"},
"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME":"LJ_048.d"}
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],
"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"1. Metabolic Arrest 1.1 Remove culture from incubator 1.2 Aspirate media from wells using vacuum sipper 1.3 Dispense about 1mL of 37oC MilliQ water to the cell surface 1.4 Briefly ‘rock’ the plate for 2 secs 1.5 Aspirate the water off the cells 1.6 Wait 3 more secs then add ~ enough LN2 to cover surface of well/plate 1.7 Briefly store on dry ice, and transfer to a -80oC freezer if not extracting immediately. 1.8 Extract/assay within 7 days 1.9 Time to complete steps 1.3 – 1.5 should be minimised to prevent changes in metabolic state due to cells being stressed 2. Metabolic Extraction 2.1 Transfer plates from the -80 deg C freezer to a 4 deg C cold room 2.2 Add 500μL of ice cold 9:1 MeOH:CHCl3, v/v (+ internal standards, allow to incubate for 10 minutes 2.3 Scrape/suspend with a cell lifter 2.4 Transfer to 1.5mL microcentrifuge tubes, Vortex for 30s 2.5 Thermomix at 950rpm for 5 mins 2.6 Centrifuge at 15,000rpm for 5 mins","SAMPLE_TYPE":"Cultured cells"},

"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"After seeding cells in 6-well plates for 24 hours, Colo205 and LIM1215 cells were treated with Vehicle control DMSO, 100 nM IACS-010759, 10 mM Aspartate, 100 nM IACS-010759 combined with 10 mM Aspartate, for 24 hours."},

"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Add 500uL of ice cold 1:9 chloroform:methanol (+ internal standards) and scrape/suspend with a cell lifter Transfer to 1.5 mL microcentrifuge tubes Vortex for 30s Thermomix at 950rpm for 5 mins Centrifuge at 15,000rpm for 5 mins"},

"CHROMATOGRAPHY":{"CHROMATOGRAPHY_TYPE":"HILIC","INSTRUMENT_NAME":"Agilent 1200","COLUMN_NAME":"Merck Millipore SeQuant ZIC-pHILIC column (150 mm × 4.6 mm, 5 μm)","SOLVENT_A":"20 mM (NH4)2CO3, pH 9.0, Sigma-Aldrich","SOLVENT_B":"100% acetonitrile, Hypergrade for LCMS LiChrosolv, Merck","FLOW_GRADIENT":"time (t) =0 min, 80% B; t =0.5 min, 80% B; t =15.5 min, 50% B; t =17.5 min, 30% B; t =18.5 min, 5% B, t =21.0 min, 5% B; t =23 min, 80% B, t =33 min, 80% B.","FLOW_RATE":"300 μL/min","COLUMN_TEMPERATURE":"30 ◦C"},

"ANALYSIS":{"ANALYSIS_TYPE":"MS"},

"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"Agilent 6545 QTOF","INSTRUMENT_TYPE":"Single quadrupole","MS_TYPE":"ESI","ION_MODE":"NEGATIVE","MS_COMMENTS":"Peak intensity data was analyzed using MetaboAnalyst. Briefly, data was normalized using median, log2FC, and p-value was generated using one-factor statistical analysis."},

"MS_METABOLITE_DATA":{
"Units":"peak intensity",

"Data":[{"Metabolite":"ISTD_13C Sorbitol","LJ_001":"44197","LJ_002":"34178","LJ_006":"31413","LJ_008":"44601","LJ_009":"56437","LJ_010":"33122","LJ_014":"34270","LJ_015":"32892","LJ_018":"31533","LJ_020":"28186","LJ_023":"31423","LJ_024":"29020","LJ_026":"35993","LJ_027":"39245","LJ_029":"33456","LJ_031":"28669","LJ_032":"44744","LJ_034":"32536","LJ_037":"31693","LJ_038":"35251","LJ_041":"27853","LJ_045":"29759","LJ_046":"25871","LJ_048":"28656"},{"Metabolite":"ISTD_13C Valine","LJ_001":"27466","LJ_002":"26403","LJ_006":"23367","LJ_008":"25813","LJ_009":"25858","LJ_010":"25559","LJ_014":"21878","LJ_015":"20244","LJ_018":"21689","LJ_020":"22515","LJ_023":"22828","LJ_024":"24827","LJ_026":"25068","LJ_027":"24059","LJ_029":"22952","LJ_031":"23014","LJ_032":"27597","LJ_034":"25101","LJ_037":"22824","LJ_038":"23394","LJ_041":"22529","LJ_045":"23187","LJ_046":"24443","LJ_048":"22222"},{"Metabolite":"ISTD_13C 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