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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST000081","ANALYSIS_ID":"AN000132","VERSION":"1","CREATED_ON":"2016-09-17"},

"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"Metabolic Profiling of Visceral and Subcutaneous Adipose Tissue from Colorectal Patients: Unraveling the Link Between Adipose Tissue and Cancer","PROJECT_TYPE":"biomarker study","PROJECT_SUMMARY":"This West Coast Metabolomics Center pilot and feasibility project was granted Johanna Lampe (Fred Hutchinson Cancer Research Center at Univ. of Washington, In the current investigation, unbiased profiling of the metabolome and lipidome adipose tissue samples (visceral(VAT) and subcutaenous (SAT)) and serum of 50 patients, including stages I-IV, from the Fred Hutchinson Cancer Center and the German Cancer Research Center (Heidelberg, Germany) was conducted. The and metabolome of adipose tissue (VAT/SAT) and serum were analyzed using UPLC-QTOFMS analysis and GC-TOFMS analyses, respectively. The primary of this project were to 1) compare the metabolome and lipidome of matched VAT SAT adipose tissue of n=50 Colorectal Cancer Cell (CRC) patients, 2) the associations between the lipidome and metabolome in adipose tissue and serum of n=50 CRC patients and 3) test the associations between the of VAT and serum with the tumor stage of CRC patients.","INSTITUTE":"University of California, Davis","DEPARTMENT":"Genome and Biomedical Sciences Facility","LABORATORY":"WCMC Metabolomics Core","LAST_NAME":"Fiehn","FIRST_NAME":"Oliver","ADDRESS":"1315 Genome and Biomedical Sciences Facility,451 Health Sciences Drive, Davis, 95616","EMAIL":"ofiehn@ucdavis.edu","PHONE":"(530) 754-8258","FUNDING_SOURCE":"NIH U24DK097154"},

"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Metabolic Profiling of Visceral and Subcutaneous Adipose Tissue from Colorectal Patients: UHPLC-QTOF MS analyis of subcutaneous and visceral adipose tissue","STUDY_TYPE":"biomarker study","STUDY_SUMMARY":"This West Coast Metabolomics Center pilot and feasibility project was granted Johanna Lampe (Fred Hutchinson Cancer Research Center at Univ. of Washington, In the current investigation, unbiased profiling of the metabolome and lipidome adipose tissue samples (visceral(VAT) and subcutaenous (SAT)) and serum of 50 patients, including stages I-IV, from the Fred Hutchinson Cancer Center and the German Cancer Research Center (Heidelberg, Germany) was conducted. The and metabolome of adipose tissue (VAT/SAT) and serum were analyzed using UPLC-QTOFMS analysis and GC-TOFMS analyses, respectively.  The primary of this project were to 1) compare the metabolome and lipidome SAT adipose tissue of n=50 Colorectal Cancer Cell (CRC) patients, 2) the associations between the lipidome and metabolome in adipose tissue and serum of n=50 CRC patients and 3) test the associations between the of VAT and serum with the tumor stage of CRC patients. ","INSTITUTE":"University of California, Davis","DEPARTMENT":"Genome and Biomedical Sciences Facility","LABORATORY":"WCMC Metabolomics Core","LAST_NAME":"Fiehn","FIRST_NAME":"Oliver","ADDRESS":"1315 Genome and Biomedical Sciences Facility451 Health Sciences DriveDavis, CA","EMAIL":"ofiehn@ucdavis.edu","PHONE":"(530) 754-8258","NUM_GROUPS":"2","TOTAL_SUBJECTS":"59","STUDY_COMMENTS":"Lipidomics profiles for studyThis is the SAT and VAT part of the studyLabel-ID conserved for all parts of the study---The samples had to be diluted for mode measurements (therefore 2 dilutions are measured for the same sample). are then combined and scaling factor is used for final results."},

"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"adipose tissue","SUBJECT_SPECIES":"Homo sapiens","TAXONOMY_ID":"9606","SPECIES_GROUP":"Human"},
"SUBJECT_SAMPLE_FACTORS":[
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"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"-","COLLECTION_PROTOCOL_FILENAME":"Data_Dictionary_Fiehn_laboratory_CSH_QTOF_lipidomics.pdf","SAMPLE_TYPE":"Adipose tissue:"},

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"CHROMATOGRAPHY":{"CHROMATOGRAPHY_SUMMARY":"UPLC","CHROMATOGRAPHY_TYPE":"Reversed phase","INSTRUMENT_NAME":"Waters Acquity","COLUMN_NAME":"Waters Acquity CSH C18 (100 x 2.1mm, 1.7um) Pre-Column","METHODS_FILENAME":"Data_Dictionary_Fiehn_laboratory_CSH_QTOF_lipidomics.pdf","COLUMN_PRESSURE":"450-850 bar","COLUMN_TEMPERATURE":"65 C","FLOW_GRADIENT":"15% B to 99% B","FLOW_RATE":"0.6 mL/min","INTERNAL_STANDARD":"See data dictionary","RETENTION_TIME":"See data dictionary","SAMPLE_INJECTION":"1.67 uL","SOLVENT_A":"60:40 Acetonitrile:Water +10mM Ammonium Formate +10mM Formic Acid","SOLVENT_B":"9:1 Isopropanol:Acetonitrile +10mM Ammonium Formate +10mM Formic Acid","ANALYTICAL_TIME":"13 min","CAPILLARY_VOLTAGE":"3500","TIME_PROGRAM":"15 min","WEAK_WASH_SOLVENT_NAME":"Isopropanol","WEAK_WASH_VOLUME":"5 seconds","STRONG_WASH_SOLVENT_NAME":"Same","TARGET_SAMPLE_TEMPERATURE":"Autosampler temp 4 C","RANDOMIZATION_ORDER":"Excel"},

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