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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST000417","ANALYSIS_ID":"AN001448","VERSION":"1","CREATED_ON":"November 3, 2017, 1:33 pm"},

"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"Controlled Human Exposure to Particulate matter (PM) and Gaseous Co-Pollutants","PROJECT_TYPE":"Exposome Evaluation","PROJECT_SUMMARY":"During the past decade, several epidemiological studies have reported statistically significant positive correlations between daily concentrations of ambient air particles and acutely increased mortality and morbidity. It has been estimated that 50,000 - 60,000 excess deaths in the U.S. each year may be attributable to ambient particles. Several panel studies have reported associations between fine PM and decreased heart rate variability and increased vascular markers of inflammation. In addition, recent controlled human exposure studies have reported that fine particles can increase pulmonary inflammation, decrease heart rate variability, and increase vascular factors of inflammation and blood coagulation. However, these latter studies only assessed the effects of particulate matter. In the real world, people are simultaneously exposed to both gaseous pollutants (e.g. ozone, nitrogen dioxide) and particles. Recognition of this leads the National Research Council to list studies of PM and gaseous co-pollutants as one of the ten highest priorities in PM research. One of these co-pollutants that frequently occur together with PM is nitrogen oxides (NOx), which is produced during combustion processes. NOx consists of nitric oxide (NO) and nitrogen dioxide (NO2). NO dominates near roadsides and peaks in morning rush hours while NO2 levels show less temporal and spatial variability. NO and NO2 concentrations may reach values over 1 ppm and 0.5 ppm respectively during smog situations. NO2 is an oxidant capable of oxidizing and nitrating lipids and proteins and can cause cytotoxic effects on the cell membranes of epithelial cells as well as macrophages. Controlled exposure of healthy humans to 2 ppm NO2 reduced phagocytic capacity in macrophages. At similar concentrations controlled NO2 exposure produced small changes in large airway function and increased airway reactivity to methacholine. The inflammatory effects of NO2 may thus enhance the adverse effects of PM. In this study we hypothesize that NO2 and PM2.5 affect the cardiopulmonary system beyond what either pollutant is capable of inducing by itself. Cardiopulmonay impairment will be assessed by measuring changes in bronchoalveolar lavage (BAL) neutrophils and cytokines, heart rate variability, and plasma factors involved in inflammation and coagulation.","INSTITUTE":"EPA","LABORATORY":"National Health and Environmental Effects Research Laboratory","LAST_NAME":"Devlin","FIRST_NAME":"Robert","ADDRESS":"109 Alexander Drive, Research Triangle Park, NC 27709","EMAIL":"devlin.robert@epa.gov","PHONE":"919-966-6255"},

"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Controlled Human Exposure to Particulate Matter (PM) and Gaseous Co-Pollutants","STUDY_TYPE":"Exposome Evaluation","STUDY_SUMMARY":"This study is designed to provide the environmental aspects to support both the acquisition of study samples and the advancement of environmental chemical speciation information and data analyis needed. The aims of the study are as follows:1)Do the metabolomics profiles appear to be impacted by exposure to PM and NO2+PM. 2)are the metabolomic profiles related to the PM and NO2+PM distinct 3)which features (chemical or physical) of the PM and NO2+PM have the most significant impact on the metabolomic profiles.","INSTITUTE":"RTI International","DEPARTMENT":"RCMRC","LAST_NAME":"Sumner","FIRST_NAME":"Susan","ADDRESS":"3040 E Cornwallis Road, Research Triangle Park, NC, 27519, USA","EMAIL":"ssumner@rti.org","PHONE":"919-541-7479","NUM_GROUPS":"3","TOTAL_SUBJECTS":"87","NUM_MALES":"47","NUM_FEMALES":"40"},

"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"Human","SUBJECT_SPECIES":"Homo sapiens","TAXONOMY_ID":"9606","WEIGHT_OR_WEIGHT_RANGE":"Normal/Overweight/Obese","GENDER":"Male/Female","HUMAN_RACE":"Black/White"},
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"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"Plasma collected Pre-exposure, immediately Post-exposure or 24 hour Post Exposure"},

"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"Healthy adults were exposed to clean air and subsequently to air into which PM concentrated from the ambient, outdoor environment or PM in combination with NO2 had been introduced."},

"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Aliquots of 30µL plasma were mixed with 1mL 3:3:2 ACN:IPA:H2O by vortex mixer then centrifuged. Supernatant recovered. Archived 450µL of supernatant. Continued prep of remaining 450µL supernatant. Evaporated to dryness w/speed vac. Formation of methoximes by adding 10µL of 40mg/mL MeOx in pyridine to each sample. Placed onto Thermomixer for 90 min at 30⁰C. Then FAME retention index markers and MSTFA added to each sample for derivatization step. Samples returned to Thermomixer for 45 min at 70⁰C."},

"CHROMATOGRAPHY":{"CHROMATOGRAPHY_TYPE":"GC","INSTRUMENT_NAME":"Leco Pegasus 4D GC","COLUMN_NAME":"Restek Rtx-5Sil MS (30 x 0.25mm, 0.25um)","FLOW_GRADIENT":"constant flow","FLOW_RATE":"1ml/min","COLUMN_PRESSURE":"12.8psi","INJECTION_TEMPERATURE":"250C","RETENTION_INDEX":"FAME markers C8-C30"},

"ANALYSIS":{"ANALYSIS_TYPE":"MS"},

"MS":{"MS_COMMENTS":"-","INSTRUMENT_NAME":"Leco Pegasus 4D GCxGC TOF","INSTRUMENT_TYPE":"GC x GC-TOF","MS_TYPE":"EI","ION_MODE":"POSITIVE"},

"MS_METABOLITE_DATA":{
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