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"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"A Metabolome Atlas of the Aging Mouse Brain","PROJECT_SUMMARY":"The mammalian brain relies on neurochemistry to fulfill its functions. Yet, the complexity of the brain metabolome and its changes during diseases or aging remains poorly understood. To start bridging this gap, we generated a metabolome atlas of the aging mouse brain from 10 anatomical regions spanning from adolescence to late adulthood. We combined data from three chromatography-based mass spectrometry assays and structurally annotated 1,709 metabolites to reveal the underlying architecture of aging-induced changes in the brain metabolome. Overall differences between sexes were minimal. We found 94% of all metabolites to significantly differ between brain sections in at least one age group. We also discovered that 90% of the metabolome showed significant changes with respect to age groups. For example, we identified a shift in sphingolipid patterns during aging that is related to myelin remodeling in the transition from adolescent to adult brains. This shift was accompanied by large changes in overall signature in a range of other metabolic pathways. We found clear metabolic similarities in brain sections that were functionally related such as brain stem, cerebrum and cerebellum. In cerebrum, metabolic correlation patterns got markedly weaker in the transition from adolescent to ear adults, whereas correlation patterns between cerebrum and brainstem regions decreased from early to late adulthood. We were also able to map metabolic changes to gene and protein brain atlases to link molecular changes to metabolic brain phenotypes. Metabolic profiles can be investigated via https://atlas.metabolomics.us/. This new resource enables brain researchers to link new metabolomic studies to a foundation data set.","INSTITUTE":"University of California, Davis","DEPARTMENT":"Genome Center","LABORATORY":"West Coast Metabolomics Center","LAST_NAME":"Ding","FIRST_NAME":"Jun","ADDRESS":"451 East Health Science Drive, Davis, CA, 95616, USA","EMAIL":"junding@ucdavis.edu","PHONE":"773-326-5420","FUNDING_SOURCE":"NIH U2C ES030158"},

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"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"Brain tissue samples were collected from 3 weeks, 16 weeks and 59 weeks old male and female wild type mice on a C57BL/6NCrl background and performed under approved institutional IACUC protocols. Briefly, mice were anesthetized with 4% Isoflurane in 100% oxygen at a flow rate of 3 L/h to a surgical plane. Blood was then collected by retro-orbital bleed into an EDTA tube and centrifuged at 3000 rpm for 15 min to separate and remove plasma. While under anesthsia mice were perfused for approximately 10 minutes with phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4 at room temperature. Following perfusion, the brain was removed and placed in a petri dish containing PBS at 4oC for dissection of individual brain regions. A dissection microscope, fine tip (#5) forceps, and razor blade was used to isolate and separate brain regions (olfactory bulb, hippocampus, hypothalamus, thalamus, midbrain, cerebellum, pons, medulla, cerebral cortex, and basal ganglia collected as caudate putamen and basal forebrain) in induvial mice while being careful to avoid contamination from neighboring regions. Briefly, after separating the olfactory bulbs, the left and right cerebral cortices were then removed while taking care not to disrupt the regions underneath. This enabled access to and removal of the left and right hippocampus. After cutting along the thalamus, the left and right caudate putamen was separated and removed from the basal forebrain. Subsequently, the cerebellum and midbrain were isolated and removed, followed by separation and removal of the thalamus and the hypothalamus from the pons and medulla. The pons was then separated from the medulla. Any spinal cord remaining on the medulla was removed. Each region was immediately placed in a cryo vial and flash frozen in liquid nitrogen for analysis.","SAMPLE_TYPE":"Brain"},

"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"Five milligrams of tissue from each brain region were homogenized in 225 µL of -20oC cold, internal standard-containing methanol using a GenoGrinder 2010 (SPEX SamplePrep) for 2 min at 1,350 rpm. The homogenate was vortexed for 10 s. 750 µL of -20oC cold, internal standard-containing methyl tertiary-butyl ether (MTBE) was added, and the mixture was vortexed for 10 s and shaken at 4 oC for 5 min with an Orbital Mixing Chilling/Heating Plate (Torrey Pines Scientific Instruments). MTBE contained cholesteryl ester 22:1 as internal standard. Next, 188 µL room temperature water was added and vortexed for 20 s to induce phase separation. After centrifugation for 2 min at 14,000 g, two 350 µL aliquots of the upper non-polar phase and two 125 µL aliquots of the bottom polar phase were collected and dried down. Remaining fractions were combined to form QC pools and were injected after every set of 10 biological samples. The non-polar phase employed for lipidomics was resuspended in a mixture of methanol/toluene (60 µL, 9:1, v/v) containing an internal standard [12-[(cyclohexylamino) carbonyl]amino]-dodecanoic acid (CUDA)] before injection. Resuspension of dried polar phases for HILIC analysis was performed in a mixture of internal standard-containing acetonitrile/water (90 µL, 4:1, v/v). The second dried polar phase was reserved for GC analysis and a following derivatization process was carried out before injection. First, carbonyl groups were protected by methoximation with methoxyamine hydrochloride in pyridine (40 mg/mL, 10 µL) was added to the dried samples. Then, the mixture was incubated at 30˚C for 90 min followed by trimethylsilylation with N-methyl-N-(trimethylsilyl) trifluoroacetamide (MSTFA, 90 μL) containing C8–C30 fatty acid methyl esters (FAMEs) as internal standards by shaking at 37˚C for 30 min."},

"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Five milligrams of tissue from each brain region were homogenized in 225 µL of -20oC cold, internal standard-containing methanol using a GenoGrinder 2010 (SPEX SamplePrep) for 2 min at 1,350 rpm. The homogenate was vortexed for 10 s. 750 µL of -20oC cold, internal standard-containing methyl tertiary-butyl ether (MTBE) was added, and the mixture was vortexed for 10 s and shaken at 4 oC for 5 min with an Orbital Mixing Chilling/Heating Plate (Torrey Pines Scientific Instruments). MTBE contained cholesteryl ester 22:1 as internal standard. Next, 188 µL room temperature water was added and vortexed for 20 s to induce phase separation. After centrifugation for 2 min at 14,000 g, two 350 µL aliquots of the upper non-polar phase and two 125 µL aliquots of the bottom polar phase were collected and dried down. Remaining fractions were combined to form QC pools and were injected after every set of 10 biological samples. The non-polar phase employed for lipidomics was resuspended in a mixture of methanol/toluene (60 µL, 9:1, v/v) containing an internal standard [12-[(cyclohexylamino) carbonyl]amino]-dodecanoic acid (CUDA)] before injection. Resuspension of dried polar phases for HILIC analysis was performed in a mixture of internal standard-containing acetonitrile/water (90 µL, 4:1, v/v). The second dried polar phase was reserved for GC analysis and a following derivatization process was carried out before injection. First, carbonyl groups were protected by methoximation with methoxyamine hydrochloride in pyridine (40 mg/mL, 10 µL) was added to the dried samples. Then, the mixture was incubated at 30˚C for 90 min followed by trimethylsilylation with N-methyl-N-(trimethylsilyl) trifluoroacetamide (MSTFA, 90 μL) containing C8–C30 fatty acid methyl esters (FAMEs) as internal standards by shaking at 37˚C for 30 min."},

"CHROMATOGRAPHY":{"CHROMATOGRAPHY_SUMMARY":"GC","CHROMATOGRAPHY_TYPE":"GC","INSTRUMENT_NAME":"Agilent 6890N","COLUMN_NAME":"Restek Rtx-5Sil MS (30 x 0.25mm, 0.25um)"},

"ANALYSIS":{"ANALYSIS_TYPE":"MS"},

"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"Leco Pegasus IV TOF","INSTRUMENT_TYPE":"GC-TOF","MS_TYPE":"EI","ION_MODE":"POSITIVE","MS_COMMENTS":"0.5 μL sample was injected with 25 s splitless time on an Agilent 6890 GC (Agilent Technologies, Santa Clara, CA) using a Restek Rtx-5Sil MS column (30 m x 0.25 mm, 0.25 μm) with 10 m Guard column (10 m x 0.25 mm, 0.25 μm) and 1 mL/min Helium gas flow. Oven temperature was held 50°C for 1 min, ramped up to 330 °C at 20 °C/min and held for 5 min. Data was acquired at 70 eV electron ionization at 17 spectra/s from 85 to 500 Da at 1850 V detector voltage on a Leco Pegasus IV time-of-flight mass spectrometer (Leco Corporation, St. Joseph, MI). The transfer line temperature was held at 280 °C with an ion source temperature set at 250 °C. Standard metabolites mixtures and blank samples were injected at the beginning of the run and every ten samples throughout the run for quality control. Raw data was preprocessed by ChromaTOF version 4.50 for baseline subtraction, deconvolution and peak detection. Binbase was used for metabolite annotation and reporting."},

"MS_METABOLITE_DATA":{
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