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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST001876","ANALYSIS_ID":"AN003038","VERSION":"1","CREATED_ON":"02-08-2024"},
"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"Metabolomics analysis of multiple samples","PROJECT_SUMMARY":"Liquid chromatography–high resolution mass spectrometry (LC-HRMS) is the most popular platform for untargeted metabolomics methods, but annotating LC-HRMS data is a long-standing bottleneck that we are facing since years ago in metabolomics research. A wide variety of methods have been established to deal with the annotation issue. To date, however, there is a scarcity of efficient, systematic, and easy-to-handle tools that are tailored for metabolomics and exposome community. Herein, we developed a user-friendly and powerful stand-alone software, MetEx, to enable implementation of classical peak detection-based annotation and a brand-new annotation method based on targeted extraction algorithms. Especially the newly proposed annotation method of targeted extraction can identify more than 2 times more metabolites than traditional peak detection-based annotation methods because it reduces the loss of metabolite signal in the data preprocessing process.","INSTITUTE":"Dalian Institute of Chemical Physics","LABORATORY":"Laboratory of High Resolution Separation/Analysis and Metabonomics","LAST_NAME":"Zheng","FIRST_NAME":"Fujian","ADDRESS":"457 Zhongshan Road Dalian, China 116023, Dalian, Liaoning, 116021, China","EMAIL":"zhengfj@dicp.ac.cn","PHONE":"18698730176","DOI":"http://dx.doi.org/10.21228/M8XD6P"},
"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Metabolomics analysis of multiple samples on Agilent 6546-Part 2","STUDY_TYPE":"Metabolomics","STUDY_SUMMARY":"Metabolomics analysis of multiple samples from mouse, trying to annotate the metabolites in them. Agilent 6546 LC-QTOF was used for metabolomics detection.","INSTITUTE":"Dalian Institute Of Chemical Physics","LABORATORY":"Laboratory of High Resolution Separation/Analysis and Metabonomics","LAST_NAME":"Zheng","FIRST_NAME":"Fujian","ADDRESS":"No. 457 Zhongshan Road, Shahekou District, Dalian, Liaoning Province, China","EMAIL":"zhengfj@dicp.ac.cn","PHONE":"18698730176","SUBMIT_DATE":"2021-06-28"},
"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"Mammal","SUBJECT_SPECIES":"Mus musculus","TAXONOMY_ID":"10090"},
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"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"Six- to eight-week-old male C57BL/6 mice were fed a regular standard breeding diet and housed under standard pathogen-free (SPF) conditions. Faecal samples and liver tissue were collected and immediately stored at -80 °C for further analysis.","SAMPLE_TYPE":"Mouse feces and liver","STORAGE_CONDITIONS":"-80℃"},
"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"No treatment"},
"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Faecal samples were collected and immediately stored at -80 °C for further analysis. After the mice were sacrificed, liver tissue was sampled, immediately frozen in liquid nitrogen, and then stored at -80 °C. The study was approved by the Animal Ethics Committee of Saiye Biology (ACU20-A027). Mouse liver tissue (20 mg) and 600 μL CH3OH/H2O (8:2, vol/vol) solvent were combined in a centrifuge tube and then homogenized (28 Hz, 60 s and 30 s) in a frozen mixed ball grinding machine (MM400, Retsch Technology, Han, Germany). The mixture was centrifuged for 10 min at 15,000 g and 4 °C, 500 μL of supernatant was transferred to a new centrifuge tube for lyophilization, and the residue was reconstituted with 100 μL of Mix-IS-MeOH. Mouse faeces: A 60 mg sample of mouse faeces and 600 μL CH3OH/H2O (8:2, vol/vol) solvent were combined in a centrifuge tube and then homogenized (28 Hz, 60 s and 30 s) in a frozen mixed ball grinding machine (MM400, Retsch Technology, Han, Germany). The mixture was centrifuged for 10 min at 15,000 g and 4 °C; then, 500 μL of supernatant was transferred to a new centrifuge tube for lyophilization, and the residue was reconstituted with 100 μL of Mix-IS-MeOH."},
"CHROMATOGRAPHY":{"INSTRUMENT_NAME":"Agilent 1290 Infinity","COLUMN_NAME":"Waters Acquity BEH C8 (100 x 2.1mm,1.7um)","COLUMN_TEMPERATURE":"50","FLOW_RATE":"0.35 mL/min","CHROMATOGRAPHY_TYPE":"Reversed phase"},
"ANALYSIS":{"ANALYSIS_TYPE":"MS"},
"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"Agilent 6456 Q-TOF","INSTRUMENT_TYPE":"QTOF","MS_TYPE":"ESI","MS_COMMENTS":"the capillary voltage was 3.5 kV, the sheath gas temperature and gas temperature were 350 and 325 °C, respectively. Sheath gas flow and gas flow were 11 and 7 L/min, respectively. Nebulizer was set as 35 psi. The data was processed by XCMS, MS-DIAL, MZmine 2 and MetEx.","ION_MODE":"POSITIVE"},
"MS_METABOLITE_DATA":{
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"Data":[{"Metabolite":"1_3-Diphenylguanidine","Feces-15V-1":"426.0000","Feces-15V-2":"1217.0000","Feces-15V-3":"3135.0000","Feces-15V-4":"1648.0000","Feces-15V-5":"1938.0000","Feces-15V-6":"","Feces-30V-1":"2362.0000","Feces-30V-2":"2921.0000","Feces-30V-3":"1421.0000","Feces-30V-4":"1342.0000","Feces-30V-5":"1470.0000","Feces-30V-6":"2967.0000","Feces-45V-1":"733.0000","Feces-45V-2":"1871.0000","Feces-45V-3":"1734.0000","Feces-45V-4":"2246.0000","Feces-45V-5":"3731.0000","Feces-45V-6":"2345.0000","Liver-15V-1":"1875.0000","Liver-15V-2":"1969.0000","Liver-15V-3":"1922.0000","Liver-15V-4":"2471.0000","Liver-15V-5":"3850.0000","Liver-15V-6":"909.0000","Liver-30V-1":"3166.0000","Liver-30V-2":"3714.0000","Liver-30V-3":"3014.0000","Liver-30V-4":"1446.0000","Liver-30V-5":"2452.0000","Liver-30V-6":"2009.0000","Liver-45V-1":"3528.0000","Liver-45V-2":"2462.0000","Liver-45V-3":"1154.0000","Liver-45V-4":"2585.0000","Liver-45V-5":"109.0000","Liver-45V-6":"1755.0000"},{"Metabolite":"17beta-Trenbolone","Feces-15V-1":"3586888.0000","Feces-15V-2":"3429901.0000","Feces-15V-3":"3550388.0000","Feces-15V-4":"3544024.0000","Feces-15V-5":"3358508.0000","Feces-15V-6":"3575452.0000","Feces-30V-1":"3638190.0000","Feces-30V-2":"3528667.0000","Feces-30V-3":"3639144.0000","Feces-30V-4":"3544433.0000","Feces-30V-5":"3551644.0000","Feces-30V-6":"3379654.0000","Feces-45V-1":"3662090.0000","Feces-45V-2":"3362728.0000","Feces-45V-3":"3561425.0000","Feces-45V-4":"3505031.0000","Feces-45V-5":"3261227.0000","Feces-45V-6":"3485127.0000","Liver-15V-1":"12957.0000","Liver-15V-2":"11586.0000","Liver-15V-3":"7526.0000","Liver-15V-4":"3848.0000","Liver-15V-5":"7271.0000","Liver-15V-6":"12638.0000","Liver-30V-1":"3850.0000","Liver-30V-2":"7518.0000","Liver-30V-3":"11471.0000","Liver-30V-4":"16420.0000","Liver-30V-5":"14016.0000","Liver-30V-6":"8343.0000","Liver-45V-1":"3630.0000","Liver-45V-2":"24632.0000","Liver-45V-3":"4086.0000","Liver-45V-4":"7873.0000","Liver-45V-5":"8951.0000","Liver-45V-6":"12459.0000"},{"Metabolite":"18:1(2S-OH) 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