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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST002180","ANALYSIS_ID":"AN003570","VERSION":"1","CREATED_ON":"May 26, 2022, 1:34 pm"},

"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"Health benefits of dietary fiber supplementation.","PROJECT_SUMMARY":"Semi-targeted lipidomics to understand health benefits of dietary fiber supplementation.","INSTITUTE":"Stanford University","LAST_NAME":"Lancaster","FIRST_NAME":"Samuel","ADDRESS":"240 Pasteur Dr, BMI bldg 4400, Stanford California, 94305","EMAIL":"slancast@stanford.edu","PHONE":"6126004033"},

"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Global, distinctive and personal changes in molecular and microbial profiles induced by specific fibers in humans (Targeted)","STUDY_SUMMARY":"Dietary fibers act through the microbiome and improve cardiovascular health, metabolic disorders and cancer prevention. To understand health benefits of dietary fiber supplementation we investigated two popular purified fibers, arabinoxylan (AX) and long-chain inulin (LCI), and a mixture of five fibers. We present multi-omic signatures of metabolomics, lipidomics, proteomics, metagenomics, a cytokine panel and clinical measurements on healthy and insulin resistant participants. Each fiber is associated with fiber-dependent biochemical and microbial responses. AX consumption associates with a significant reduction in LDL and an increase in bile acids, contributing to its observed cholesterol reduction. LCI is associated with an increase in Bifidobacterium. However, at the highest LCI dose there is increased inflammation and elevation in the liver enzyme alanine aminotransferase. This study yields insights into the effects of fiber supplementation, it provides insights into mechanisms behind fiber induced cholesterol reduction, and it shows effects of individual, purified fibers on the microbiome.","INSTITUTE":"Stanford University","LAST_NAME":"Lancaster","FIRST_NAME":"Samuel","ADDRESS":"240 Pasteur Dr, BMI bldg 4400, Stanford California, 94305","EMAIL":"slancast@stanford.edu","PHONE":"6126004033"},

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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"326",
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{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"327",
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"332",
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"Subject ID":"-",
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{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"351",
"Factors":{"Fiber":"Mix","Timepoint":"10","Sex":"M"},
"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME":"351.mzmL"}
},
{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"352",
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},
{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"354",
"Factors":{"Fiber":"Arabinoxylan","Timepoint":"Washout D10","Sex":"M"},
"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME":"354.mzmL"}
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{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"355",
"Factors":{"Fiber":"Inulin","Timepoint":"End Washout","Sex":"M"},
"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME":"355.mzmL"}
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{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"356",
"Factors":{"Fiber":"Mix","Timepoint":"Baseline","Sex":"F"},
"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME":"356.mzmL"}
},
{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"357",
"Factors":{"Fiber":"Mix","Timepoint":"Washout D10","Sex":"F"},
"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME":"357.mzmL"}
},
{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"358",
"Factors":{"Fiber":"Inulin","Timepoint":"30","Sex":"F"},
"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME":"358.mzmL"}
}
],
"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"The study is a longitudinal, randomized crossover design in which 18 consented participants (8 men and 10 women) had their diets periodically supplemented with two fibers, arabinoxylan (AX) and long-chain inulin, and a mixture of fibers consisting of equal parts AX, LCI, acacia gum, glucomannans, and resistant starch. Participants were randomized to consume either AX or LCI first, and the mixed fibers were always administered last. For each of the fiber cycles, blood, urine and stool samples were collected at seven timepoints: baseline, end of week one, end of week two, end of week three, day 3 after end of supplementation and day 10 after end of supplementation. Blood was fractionated into plasma, serum and peripheral blood mononucleotide cells (PBMCs). Lipidomics was performed on the plasma fraction of the blood. Once all samples were in the correct aliquots, they were stored at -80C. Samples were only thawed when prepared for analysis for each of the respective omics assay which were all performed within 5 years of collecting the samples.","SAMPLE_TYPE":"Blood (plasma)"},

"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"Participants went through 3 cycles of fiber supplementation, each cycle was three weeks long with weekly increasing doses of 10 g/day during the first week, 20g/day during the second week and 30 g/day during the third week. Randomized for the first two cycles, fibers tested were chicory inulin (99%>5 dp; range 2-60dp; average >23 dp) and arabinoxylan (psyllium husks powder Now Foods) and a mix of 5 fibers during the third cycle. The fiber mix included equal amounts of inulin, arabinoxylan, glucomannan (Now Foods), resistant starch (Hi Maize from Honeyville), and acacia fiber (Now Foods). Washout period between the cycles was from 6-10 weeks. Fiber was provided in 10 g sachets and participants were instructed to resuspend content of the sachet in at least 8 oz of water and drink one with breakfast for the first week, one with breakfast and one with dinner during the second week, and one with each meal (breakfast, lunch and dinner) during the third week."},

"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Lipids were extracted using a modified biphasic separation protocol with methyl tertiary-butyl ether (MTBE)(Matyash et al., 2008). Pipetting was performed using Rainin BioClean Ultra pipette tips. In 2 ml Protein LoBind Eppendorf tubes (cat# 022431102), 40 μl of neat plasma were mixed with 260 μl ice-cold MeOH and briefly vortexed to denature proteins. Next, 40 μL of an isotopically labeled standard lipid stock that approximates the blood plasma lipid composition was added to each sample (SCIEX, cat# 5040156, LPISTDKIT-101), which was prepared according to the instruction in Lipidomics Workflow Manager (LWM). The mix was briefly vortexed. Next, 1000 μL ice-cold MTBE was added after which samples were vortexed for 10 seconds followed by shaking at 4ºC for 30 min. Phase separation was induced by adding 250 μL of HPLC grade water. Samples were subsequently vortexed for 60 seconds. Next, samples were centrifuged at 16,000 g for 5 min at room temperature. 750 μL of the upper organic (MTBE) phase were transferred to a new 2 mL tube. This MTBE lipid fraction was dried down in a nitrogen blower for about 2 hours. For storage at -20ºC, 200 μL of MeOH was added to dried-down samples."},

"CHROMATOGRAPHY":{"CHROMATOGRAPHY_SUMMARY":"The Lipidyzer (SCIEX), a QTRAP system with SelexION ion mobility, was used for targeted profiling as described previously (Contrepois et al., 2018).DMS separates lipids based on the principle that each lipid class has a different head group dipole moment and thus mobility in the DMS aperture (Schneider et al., 2010).","CHROMATOGRAPHY_TYPE":"Flow induction analysis","INSTRUMENT_NAME":"Shimazdu LC-30AD","COLUMN_NAME":"none","FLOW_RATE":"8 μL/min","SOLVENT_A":"10 mM ammonium acetate in dichloromethane:MeOH (50:50)"},

"ANALYSIS":{"ANALYSIS_TYPE":"MS"},

"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"ABI Sciex 5500 QTrap","INSTRUMENT_TYPE":"QTRAP","MS_TYPE":"ESI","ION_MODE":"UNSPECIFIED","MS_COMMENTS":"The Lipidyzer (SCIEX), a QTRAP system with SelexION ion mobility, was used for targeted profiling as described previously (Contrepois et al., 2018). In brief, flow injection analysis was performed with a LC-30AD (Shimazdu) operating at 8 μL/min (50 μL injection volume) using a running solution that consisted of 10 mM ammonium acetate in dichloromethane:MeOH (50:50). DMS separates lipids based on the principle that each lipid class has a different head group dipole moment and thus mobility in the DMS aperture (Schneider et al., 2010). The lipid molecular species were identified and quantified using multiple reaction monitoring (MRM) and positive/negative switching. Two acquisition methods were employed covering 10 lipid classes across positive and negative mode. Method 1 had SelexION voltages turned on while Method 2 had SelexION voltages turned off. Method 1 employed an isocratic flow of 8 μL/min for 7.9 min, followed by a 2 minute wash at 30 μL/min. Method 2 employed an isocratic flow of 8 μL/min for 6 minutes, followed by 2 minute wash at 30 μL/min. Each lipid was acquired throughout 20 cycles. Lipid classes targeted in positive mode: SM, DAG, CE, CER, and TAG. Lipid classes targeted in negative mode: LPE, LPC, PC, PE, and FFA. Lipids were quantified using the LWM software, which compares endogenous lipids to the known concentrations of structurally most similar spiked-in lipid standards and reports all detected lipids in nmol/g. Data analysis. Data were downloaded from the Lipidyzer LWM and merged and processed in R. In brief, Excel files (LWM output) were read with the “loadWorkbook” package. From all samples, lipid concentrations determined in a blank control (sample processed in parallel without the addition of cells) were subtracted to correct for background signals. The data set was further filtered accepting only lipid species that detected in at least 25% of all samples. Missing values were imputed by drawing from a random distribution."},

"MS_METABOLITE_DATA":{
"Units":"nmol/g",

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