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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST002492","ANALYSIS_ID":"AN004083","VERSION":"1","CREATED_ON":"02-27-2023"},

"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"Periodic Table of Plants","PROJECT_TYPE":"MS Untargeted Metabolomics","PROJECT_SUMMARY":"The goal of this study was to use metabolomics as a platform to elucidate the chemical composition of plants in order to increase their resolution and in turn use the identified chemicals to reveal potential health impacts.","INSTITUTE":"Northeastern University; Massachusets Institute of Technology","DEPARTMENT":"Department of Physics","LABORATORY":"BarabasiLab","LAST_NAME":"Barabasi","FIRST_NAME":"Albert-Laszlo","ADDRESS":"177 Huntington Ave, 11th Floor, Boston, MA, 02115, USA","EMAIL":"ccnrad@gmail.com","PHONE":"6173734071","FUNDING_SOURCE":"Rockefeller Foundation","DOI":"http://dx.doi.org/10.21228/M8QH77"},

"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Composition of raw plant-based food items","STUDY_TYPE":"Composition of food","STUDY_SUMMARY":"The goal of this study was to use metabolomics as a platform to elucidate the chemical composition of plants in order to increase their resolution and in turn use the identified chemicals to reveal potential health impacts. 20 plant foods were studied: apple, banana, tomato, lettuce, strawberry, carrot, peach, onion, spinach, pepper, corn, garlic, basil, potato, soybean, black bean, olive, chickpea, sugarbeet, and pear.","INSTITUTE":"Northeastern University; Massachusets Institute of Technology","DEPARTMENT":"Department of Physics","LABORATORY":"BarabasiLab","LAST_NAME":"Barabasi","FIRST_NAME":"Albert-Laszlo","ADDRESS":"177 Huntington Ave, 11th Floor, Boston, MA, 02115, USA","EMAIL":"ccnrad@gmail.com","PHONE":"6173734071","SUBMIT_DATE":"2023-02-21"},

"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"Plant","SUBJECT_SPECIES":"Malus domestica/Musa acuminata/Solanum lycopersicum/Lactuca sativa/Fragaria x ananassa/Daucus carota/Prunus persica/Allium cepa/Spinacia oleracea/Capsicum annuum/Zea mays/Allium sativum/Ocimum basilicum/Solanum tuberosum/Glycine max/Phaseolus vulgaris/Olea europaea/Cicer arietinum/Beta vulgaris/Pyrus communis"},
"SUBJECT_SAMPLE_FACTORS":[
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135220",
"Factors":{"Species":"Apple","Variety":"Gala"}
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"Sample ID":"FB06135221",
"Factors":{"Species":"Apple","Variety":"Gala"}
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"Sample ID":"FB06135232",
"Factors":{"Species":"Apple","Variety":"Gala"}
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"Subject ID":"-",
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"Factors":{"Species":"Banana","Variety":"Cavendish"}
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"Factors":{"Species":"Banana","Variety":"Cavendish"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135223",
"Factors":{"Species":"Banana","Variety":"Cavendish"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135279",
"Factors":{"Species":"Basil","Variety":"Sweet"}
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"Factors":{"Species":"Basil","Variety":"Sweet"}
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"Factors":{"Species":"Basil","Variety":"Sweet"}
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"Sample ID":"FB06135225",
"Factors":{"Species":"Black bean","Variety":"Black Turtle"}
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"Factors":{"Species":"Black bean","Variety":"Black Turtle"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135266",
"Factors":{"Species":"Black bean","Variety":"Black Turtle"}
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"Factors":{"Species":"Carrot","Variety":"Imperator"}
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"Factors":{"Species":"Carrot","Variety":"Imperator"}
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"Sample ID":"FB06135255",
"Factors":{"Species":"Carrot","Variety":"Imperator"}
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"Sample ID":"FB06135249",
"Factors":{"Species":"Chickpeas","Variety":"Kabuli"}
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"Sample ID":"FB06135254",
"Factors":{"Species":"Chickpeas","Variety":"Kabuli"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135294",
"Factors":{"Species":"Chickpeas","Variety":"Kabuli"}
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"Sample ID":"FB06135236",
"Factors":{"Species":"Corn","Variety":"Dent bicolor"}
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"Sample ID":"FB06135242",
"Factors":{"Species":"Corn","Variety":"Dent bicolor"}
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"Sample ID":"FB06135283",
"Factors":{"Species":"Corn","Variety":"Dent bicolor"}
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"Sample ID":"FB06135228",
"Factors":{"Species":"Garlic","Variety":"Softneck"}
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"Sample ID":"FB06135276",
"Factors":{"Species":"Garlic","Variety":"Softneck"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135277",
"Factors":{"Species":"Garlic","Variety":"Softneck"}
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"Sample ID":"FB06135235",
"Factors":{"Species":"Lettuce","Variety":"Iceberg"}
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"Factors":{"Species":"Lettuce","Variety":"Iceberg"}
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"Sample ID":"FB06135253",
"Factors":{"Species":"Lettuce","Variety":"Iceberg"}
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"Subject ID":"-",
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"Factors":{"Species":"Olives","Variety":"Manzanillo"}
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"Sample ID":"FB06135302",
"Factors":{"Species":"Olives","Variety":"Manzanillo"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135303",
"Factors":{"Species":"Olives","Variety":"Manzanillo"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135259",
"Factors":{"Species":"Onion","Variety":"Yellow"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135260",
"Factors":{"Species":"Onion","Variety":"Yellow"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135262",
"Factors":{"Species":"Onion","Variety":"Yellow"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135229",
"Factors":{"Species":"Peach","Variety":"Yellow"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135250",
"Factors":{"Species":"Peach","Variety":"Yellow"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135263",
"Factors":{"Species":"Peach","Variety":"Yellow"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135244",
"Factors":{"Species":"Pear","Variety":"Green Anjou"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135274",
"Factors":{"Species":"Pear","Variety":"Green Anjou"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135299",
"Factors":{"Species":"Pear","Variety":"Green Anjou"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135264",
"Factors":{"Species":"Pepper","Variety":"Bell"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135271",
"Factors":{"Species":"Pepper","Variety":"Bell"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135272",
"Factors":{"Species":"Pepper","Variety":"Bell"}
},
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135231",
"Factors":{"Species":"Potato","Variety":"Russet"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135285",
"Factors":{"Species":"Potato","Variety":"Russet"}
},
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135286",
"Factors":{"Species":"Potato","Variety":"Russet"}
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135234",
"Factors":{"Species":"Soybean","Variety":"Yellow"}
},
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135243",
"Factors":{"Species":"Soybean","Variety":"Yellow"}
},
{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135288",
"Factors":{"Species":"Soybean","Variety":"Yellow"}
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"Sample ID":"FB06135241",
"Factors":{"Species":"Spinach","Variety":"Bloomsdale"}
},
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135269",
"Factors":{"Species":"Spinach","Variety":"Bloomsdale"}
},
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135270",
"Factors":{"Species":"Spinach","Variety":"Bloomsdale"}
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"Factors":{"Species":"Strawberry","Variety":"Honeoye"}
},
{
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"Sample ID":"FB06135230",
"Factors":{"Species":"Strawberry","Variety":"Honeoye"}
},
{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135251",
"Factors":{"Species":"Strawberry","Variety":"Honeoye"}
},
{
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"Sample ID":"FB06135261",
"Factors":{"Species":"Sugarbeet","Variety":"Detroit Red"}
},
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135300",
"Factors":{"Species":"Sugarbeet","Variety":"Detroit Red"}
},
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"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135301",
"Factors":{"Species":"Sugarbeet","Variety":"Detroit Red"}
},
{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135215",
"Factors":{"Species":"Tomato","Variety":"Globe Type"}
},
{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135224",
"Factors":{"Species":"Tomato","Variety":"Globe Type"}
},
{
"Subject ID":"-",
"Sample ID":"FB06135256",
"Factors":{"Species":"Tomato","Variety":"Globe Type"}
}
],
"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"Metabolomics experiments were performed on 20 food items collected from two local grocery stores (Whole Foods Market and Stop & Shop) depending on availability, freshness, and level of processing. Six food items of each food: apple, banana, basil, black bean, carrot, chickpeas, corn, garlic, lettuce, olives, onion, peach, pear, pepper, potato, spinach, soybean, strawberry, sugarbeet, and tomato, were bought for analysis.","SAMPLE_TYPE":"Plant"},

"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"Since we bought the plant-based food items from local grocery stores, the only treatment prior to metabolomics analysis would be those performed by the distribution pipeline to get the items to the grocery stores. We did not perform any treatments of our own prior to metabolomics analysis."},

"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"After purchase the items are directly taken into a humidity-controlled room and exposure to light was minimized. The foods are prepared following how they are commonly eaten; for example, apples cores are removed, and bananas are peeled. Food items are rinsed with water if the consumed part is exposed; for example, apples are washed while bananas are not. The edible parts are sliced and chopped into small 1 cm^3 pieces with a knife on a glass cutting board. This process is repeated for all six items. About 120 g of each item are frozen at -80C for 16 hrs and after transferred into a freeze dryer (Catalog No. 10-269-56B from LabConco/Fisher) and a dark room for 24 hrs. Afterwards the pieces are put into a coffee grinder (Kitchen Aid, 170W, Model No. BCG111OBO) and pulverized to yield a fine powder. The powder is stored at -80C and 200 mg is shipped in argon filled vials under dry ice to the metabolomics center for analysis. Three vials, technical replicates, for each food item were sent."},

"CHROMATOGRAPHY":{"INSTRUMENT_NAME":"Waters Acquity","COLUMN_NAME":"Waters ACQUITY UPLC BEH C18 (100 x 2.1mm,1.7um)","COLUMN_TEMPERATURE":"65C","FLOW_GRADIENT":"0-1min 45% (A), 1-4min 45%-35% (A), 4-12min 25%-11% (A), 12-15min 11%-1% (A)","FLOW_RATE":"0.6 mL/min","SOLVENT_A":"95% methanol/5% water; 6.5mM Ammonium Bicarbonate at pH 8","SOLVENT_B":"70% acetonitrile/30% water; 6.5mM Ammonium Bicarbonate at pH 8","CHROMATOGRAPHY_TYPE":"Reversed phase"},

"ANALYSIS":{"ANALYSIS_TYPE":"MS"},

"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"Thermo Q Exactive Focus","INSTRUMENT_TYPE":"Orbitrap","MS_TYPE":"ESI","MS_COMMENTS":"This is for RP in Negative ion mode optimized for hydrophilic compounds.","ION_MODE":"NEGATIVE"},

"MS_METABOLITE_DATA":{
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