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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST003435","ANALYSIS_ID":"AN005644","VERSION":"1","CREATED_ON":"08-26-2024"},

"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"The shutdown of NADH oxidation via Respiratory Complex I mimics fatty acid biosynthesis inhibition","PROJECT_TYPE":"LC-MS Quantitative Analysis","PROJECT_SUMMARY":"Proliferating cancer cells actively utilize anabolic processes for biomass production, including de novo biosynthesis of amino acids, nucleotides, and fatty acids. The key enzyme of the fatty acid biosynthesis pathway, fatty acid synthase (FASN), is widely recognized as a promising therapeutic target in cancer and other health conditions. Here, we establish a metabolic signature of FASN inhibition using a panel of pharmacological inhibitors (GSK2194069, TVB-2640, TVB-3166, C75, cerulenin, and Fasnall). We find that the activity of some commonly used FASN inhibitors is inconsistent with the metabolic signature of FASN inhibition (accumulation of malonate, succinate, malonyl coenzyme A, succinyl coenzyme A, and other metabolic perturbations). Moreover, we show that one of these putative FASN inhibitors, Fasnall, is a respiratory Complex I inhibitor that mimics FASN inhibition through NADH accumulation and consequent depletion of the tricarboxylic acid cycle metabolites. We demonstrate that Fasnall impairs tumor growth in several oxidative phosphorylation-dependent cancer models, including combination therapy-resistant melanoma patient-derived xenografts. Fasnall administration does not reproduce neurological side effects in mice reported for other Complex I inhibitors. Our results have significant implications for understanding the FASN role in human health and disease and provide evidence of therapeutic potential for Complex I inhibitors with fast systemic clearance. Our findings also highlight the continuing need for validation of small molecule inhibitors to distinguish high-quality chemical probes and to expand the understanding of their application.","INSTITUTE":"Wistar Institute","DEPARTMENT":"Molecular and Cellular Oncogenesis Program, Ellen and Ronald Caplan Cancer Center","LABORATORY":"Schug's Lab","LAST_NAME":"Mukha","FIRST_NAME":"Dzmitry","ADDRESS":"3601 Spruce St., Philadelphia, Pennsylvania 19104, USA","EMAIL":"dmukha@wistar.org","PHONE":"+12154956903","FUNDING_SOURCE":"This work was supported by grants from the National Institutes of Health (NIH) National Cancer Institute (NCI) DP2 CA249950-01 (Z.T.S.), NIH NCI P01 CA114046 (Z.T.S.), Melanoma Research Foundation 717173 (Z.T.S.), and Susan G. Komen CCR19608782 (Z.T.S.).","PUBLICATIONS":"Submission Pending","DOI":"http://dx.doi.org/10.21228/M8TM76","CONTRIBUTORS":"Dzmitry Mukha, Jena Dessain, Seamus O’Connor, Katherine Pniewski, Fabrizio Bertolazzi, Jeet Patel, Mary Mullins, Zachary T. Schug"},

"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Metabolomics analysis of zebrafish embryos treated with rotenone, Fasnall, TVB-2640, and GSK2194069","STUDY_SUMMARY":"To compare the metabolic effects and toxicity of Fasnall with rotenone in vivo, zebrafish embryos 48 h post-fertilization were exposed to a drug-containing medium for 6 h. Rotenone at 25 nM is lethal to fish embryos, while 5 nM concentration leads to a ~15-fold lactate accumulation. Similarly, Fasnall treatment increases lactate content, although the magnitude of the effect is significantly lower. Unlike 5 nM rotenone, Fasnall treatment does not cause visible phenotypic changes in the yolk. The zebrafish model suggests that Fasnall acts as a Complex I inhibitor in vivo.","INSTITUTE":"Wistar Institute","DEPARTMENT":"Molecular and Cellular Oncogenesis Program, Ellen and Ronald Caplan Cancer Center","LABORATORY":"Schug's Lab","LAST_NAME":"Mukha","FIRST_NAME":"Dzmitry","ADDRESS":"3601 Spruce St, Philadelphia, PA 19104, USA","EMAIL":"dmukha@wistar.org","PHONE":"+12154956903","SUBMIT_DATE":"2024-08-21"},

"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"Fish","SUBJECT_SPECIES":"Danio rerio","TAXONOMY_ID":"7955","GENDER":"Pooled"},
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}
],
"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"For intracellular metabolite samples, the medium was aspirated, and cells were washed with PBS volume matching the volume of the medium. Metabolites were extracted with ice-cold 80% methanol. The volume of the solvent was 500 µl per 6-cm Petri dish (scaled according to the ratio of surface areas for other cell containers). After adding the methanol solution, cells were scraped from the plates, and all the content was transferred to Eppendorf tubes.","COLLECTION_PROTOCOL_FILENAME":"DM_metabolomics_samples.txt","SAMPLE_TYPE":"Media, Metabolite extract","COLLECTION_METHOD":"80% methanol extraction","STORAGE_CONDITIONS":"-80℃","COLLECTION_VIALS":"1.5 ml plastic centrifuge tubes","STORAGE_VIALS":"1.5 ml plastic centrifuge tubes"},

"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"The zebrafish research was approved by the University of Pennsylvania Institutional Animal Care and Use Committee. Husbandry was performed in accordance with institutional animal welfare guidelines. Embryos from wild type, Tübingen zebrafish were collected within 15 minutes of fertilization. Embryos between 2 and 3 crosses were equally pooled and allocated to treatment conditions for all experiments. Embryos were reared at 28 °C in E3 medium (4 mM NaCl, 0.17 mM KCl, 0.33 mM CaCl2, and 0.33 mM MgSO4, no methylene blue) until treatment. Pharmacological agents were diluted from stocks at room temperature in E3 for 15 minutes before treatment. For treatment at 48 h post-fertilization, embryos in their chorions were transferred to clean plates with the inhibitor-supplemented E3 and incubated for 6 hours.","TREATMENT_COMPOUND":"Rotenone, Fasnall, TVB-2640, and GSK2194069","TREATMENT_ROUTE":"Drugs were dissolved in the medium","TREATMENT_VEHICLE":"DMSO"},

"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Zebrafish embryos were combined by eight per Eppendorf tube, washed with PBS twice, and snap-frozen on dry ice. Frozen samples were ground at the temperature of liquid nitrogen by Retsch Cryomill. To each tube, 300 µl of 80% methanol were added.","SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME":"DM_metabolomics_samples.txt","PROCESSING_STORAGE_CONDITIONS":"4℃","EXTRACTION_METHOD":"80% methanol","EXTRACT_ENRICHMENT":"None","EXTRACT_CLEANUP":"None","EXTRACT_STORAGE":"-80℃","SAMPLE_RESUSPENSION":"None","SAMPLE_DERIVATIZATION":"None","SAMPLE_SPIKING":"None","SUBCELLULAR_LOCATION":"Intracellular metabolites and medium metabolites"},

"CHROMATOGRAPHY":{"INSTRUMENT_NAME":"Shimadzu 20AD","COLUMN_NAME":"Merck SeQuant ZIC-HILIC (150 x 2.1mm,5um)","COLUMN_PRESSURE":"900-3000 psi","COLUMN_TEMPERATURE":"40","FLOW_GRADIENT":"0-12.5 min, 80-30% B; 12.5-15 min, 30% B; 15-15.2 min, 30-80% B; 15.2-22.5 min, 80% B","FLOW_RATE":"0-20 min, 0.2 ml/min; 20-21 min 0.2-0.3 ml/min; 21-22 min, 0.3 ml/min; 22-22.1 min, 0.2 ml/min; 22.1-22.5 min, 0.2 ml/min","INJECTION_TEMPERATURE":"4","SAMPLE_INJECTION":"1-5 ul","SOLVENT_A":"100% Water; 0.01% ammonium hydroxide; 20 mM ammonium bicarbonate","SOLVENT_B":"100% Acetonitrile","CHROMATOGRAPHY_TYPE":"HILIC"},

"ANALYSIS":{"LABORATORY_NAME":"Schug's Lab","ANALYSIS_TYPE":"MS","ACQUISITION_DATE":"09/05/2023","SOFTWARE_VERSION":"SCIEX Analyst 1.7.3","OPERATOR_NAME":"Dzmitry Mukha, Ph.D.","DETECTOR_TYPE":"High Energy Dynode (HED) and High-Capacity CEM (Continuous Electron Multiplier)","DATA_FORMAT":".WIFF"},

"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"ABI Sciex 5500 QTrap","INSTRUMENT_TYPE":"QTRAP","MS_TYPE":"ESI","MS_COMMENTS":"Data were analyzed with SCIEX Multiquant 3.0.3.","ION_MODE":"POSITIVE","CAPILLARY_TEMPERATURE":"500 °C","CAPILLARY_VOLTAGE":"4500","DRY_GAS_FLOW":"70","DRY_GAS_TEMP":"500 °C","ION_SOURCE_TEMPERATURE":"500 °C","ION_SPRAY_VOLTAGE":"4500","MASS_ACCURACY":"UNIT","SOURCE_TEMPERATURE":"500 °C","SPRAY_VOLTAGE":"4500","DESOLVATION_GAS_FLOW":"70","DESOLVATION_TEMPERATURE":"500 °C"},

"MS_METABOLITE_DATA":{
"Units":"Counts per second (cps)",

"Data":[{"Metabolite":"3-Ureidopropionic 61","01 Blank":"","24 Blank":"","49 Blank":"","02 DMEM/F12 no adds":"","48 DMEM/F12 no adds":"","36 13-1 Rotenone 1 nM Medium 1":"","37 13-2 Rotenone 1 nM Medium 2":"","38 13-3 Rotenone 1 nM Medium 3":"","42 21-1 Fasnall 20 uM Medium 1":"","43 21-2 Fasnall 20 uM Medium 2":"","44 21-3 Fasnall 20 uM Medium 3":"","45 25-1 Fasnall 40 uM Medium 1":"","46 25-2 Fasnall 40 uM Medium 2":"","47 25-3 Fasnall 40 uM Medium 3":"","30 05-1 GSK 40 uM Medium 1":"","31 05-2 GSK 40 uM Medium 2":"","32 05-3 GSK 40 uM Medium 3":"","33 09-1 TVB-2640 40 uM Medium 1":"","34 09-2 TVB-2640 40 uM Medium 2":"","35 09-3 TVB-2640 40 uM Medium 3":"","39 17-1 Rotenone 5 nM Medium 1":"","40 17-2 Rotenone 5 nM Medium 2":"","41 17-3 Rotenone 5 nM Medium 3":"","27 01-1 DMSO Medium 1":"","28 01-2 DMSO Medium 2":"","29 01-3 DMSO Medium 3":"","06 14 Rotenone 1 nM 1":"2331179.9700","13 15 Rotenone 1 nM 2":"2328179.3450","20 16 Rotenone 1 nM 3 *":"2468855.7790","08 22 Fasnall 20 uM 1":"2305025.5710","15 23 Fasnall 20 uM 2":"2372225.5040","22 24 Fasnall 20 uM 3":"2102997.3500","09 26 Fasnall 40 uM 1":"2589728.6020","16 27 Fasnall 40 uM 2":"1899076.5630","23 28 Fasnall 40 uM 3":"2345118.8960","04 06 GSK 40 uM 1":"","11 07 GSK 40 uM 2":"1561736.1040","18 07 GSK 40 uM 2":"1484660.6520","25 08 GSK 40 uM 3":"","05 10 TVB-2640 40 uM 1":"2390183.4330","12 11 TVB-2640 40 uM 2":"2258103.5420","19 12 TVB-2640 40 uM 3":"2560196.6740","07 18 Rotenone 5 nM 1":"3715676.9470","14 19 Rotenone 5 nM 2":"3694650.6910","21 19 Rotenone 5 nM 2":"3582213.4140","26 20 Rotenone 5 nM 3":"1257848.1810","03 02 DMSO 1":"1667305.7750","10 03 DMSO 2":"2220854.7290","17 04 DMSO 3":"2251772.7980"},{"Metabolite":"3-Ureidopropionic 90 POS","01 Blank":"10584.5991","24 Blank":"8520.3417","49 Blank":"6113.8857","02 DMEM/F12 no adds":"12162.1703","48 DMEM/F12 no adds":"12706.6108","36 13-1 Rotenone 1 nM Medium 1":"9473.4587","37 13-2 Rotenone 1 nM Medium 2":"20728.4208","38 13-3 Rotenone 1 nM Medium 3":"24679.2110","42 21-1 Fasnall 20 uM Medium 1":"8451.6187","43 21-2 Fasnall 20 uM Medium 2":"13069.1368","44 21-3 Fasnall 20 uM Medium 3":"7680.6796","45 25-1 Fasnall 40 uM Medium 1":"19587.1281","46 25-2 Fasnall 40 uM Medium 2":"10515.5555","47 25-3 Fasnall 40 uM Medium 3":"18555.9204","30 05-1 GSK 40 uM Medium 1":"16935.2902","31 05-2 GSK 40 uM Medium 2":"6500.2812","32 05-3 GSK 40 uM Medium 3":"18775.8396","33 09-1 TVB-2640 40 uM Medium 1":"10889.8865","34 09-2 TVB-2640 40 uM Medium 2":"15382.1026","35 09-3 TVB-2640 40 uM Medium 3":"8282.2598","39 17-1 Rotenone 5 nM Medium 1":"11355.1009","40 17-2 Rotenone 5 nM Medium 2":"10518.4526","41 17-3 Rotenone 5 nM Medium 3":"24838.2419","27 01-1 DMSO Medium 1":"11956.8451","28 01-2 DMSO Medium 2":"15094.1491","29 01-3 DMSO Medium 3":"5573.6568","06 14 Rotenone 1 nM 1":"126166.1466","13 15 Rotenone 1 nM 2":"125907.4914","20 16 Rotenone 1 nM 3 *":"213368.0733","08 22 Fasnall 20 uM 1":"105165.8956","15 23 Fasnall 20 uM 2":"111219.4730","22 24 Fasnall 20 uM 3":"92934.9221","09 26 Fasnall 40 uM 1":"150574.9969","16 27 Fasnall 40 uM 2":"94238.2196","23 28 Fasnall 40 uM 3":"121945.2328","04 06 GSK 40 uM 1":"84549.9754","11 07 GSK 40 uM 2":"85447.1490","18 07 GSK 40 uM 2":"103453.9007","25 08 GSK 40 uM 3":"36201.8955","05 10 TVB-2640 40 uM 1":"115117.6186","12 11 TVB-2640 40 uM 2":"100699.4895","19 12 TVB-2640 40 uM 3":"113459.1597","07 18 Rotenone 5 nM 1":"497259.8603","14 19 Rotenone 5 nM 2":"459983.7699","21 19 Rotenone 5 nM 2":"421391.9815","26 20 Rotenone 5 nM 3":"181287.8407","03 02 DMSO 1":"85946.8906","10 03 DMSO 2":"129835.2514","17 04 DMSO 3":"101230.3159"},{"Metabolite":"4-Imidazoleacetic 54","01 Blank":"555.9585","24 Blank":"665.5620","49 Blank":"634.6333","02 DMEM/F12 no adds":"3203.7510","48 DMEM/F12 no adds":"2458.6699","36 13-1 Rotenone 1 nM Medium 1":"2221.9858","37 13-2 Rotenone 1 nM Medium 2":"1189.6135","38 13-3 Rotenone 1 nM Medium 3":"831.6743","42 21-1 Fasnall 20 uM Medium 1":"925.8937","43 21-2 Fasnall 20 uM Medium 2":"737.1100","44 21-3 Fasnall 20 uM Medium 3":"1422.1637","45 25-1 Fasnall 40 uM Medium 1":"2732.9582","46 25-2 Fasnall 40 uM Medium 2":"940.1223","47 25-3 Fasnall 40 uM Medium 3":"1237.9162","30 05-1 GSK 40 uM Medium 1":"1240.2105","31 05-2 GSK 40 uM Medium 2":"1504.8939","32 05-3 GSK 40 uM Medium 3":"430.1303","33 09-1 TVB-2640 40 uM Medium 1":"1363.8364","34 09-2 TVB-2640 40 uM Medium 2":"564.1445","35 09-3 TVB-2640 40 uM Medium 3":"677.9795","39 17-1 Rotenone 5 nM Medium 1":"875.0838","40 17-2 Rotenone 5 nM Medium 2":"622.5459","41 17-3 Rotenone 5 nM Medium 3":"786.0029","27 01-1 DMSO Medium 1":"554.2941","28 01-2 DMSO Medium 2":"1694.1724","29 01-3 DMSO Medium 3":"458.9967","06 14 Rotenone 1 nM 1":"2232.5265","13 15 Rotenone 1 nM 2":"3874.8546","20 16 Rotenone 1 nM 3 *":"2262.4007","08 22 Fasnall 20 uM 1":"3259.4014","15 23 Fasnall 20 uM 2":"6652.2664","22 24 Fasnall 20 uM 3":"2980.8266","09 26 Fasnall 40 uM 1":"2778.7967","16 27 Fasnall 40 uM 2":"4694.9769","23 28 Fasnall 40 uM 3":"2848.7107","04 06 GSK 40 uM 1":"3525.3871","11 07 GSK 40 uM 2":"3921.2145","18 07 GSK 40 uM 2":"4164.4143","25 08 GSK 40 uM 3":"2218.7854","05 10 TVB-2640 40 uM 1":"2954.7941","12 11 TVB-2640 40 uM 2":"3112.8444","19 12 TVB-2640 40 uM 3":"3530.9405","07 18 Rotenone 5 nM 1":"3464.8009","14 19 Rotenone 5 nM 2":"2652.3912","21 19 Rotenone 5 nM 2":"2306.9445","26 20 Rotenone 5 nM 3":"5004.5374","03 02 DMSO 1":"1781.7415","10 03 DMSO 2":"2714.9003","17 04 DMSO 3":"2429.3196"},{"Metabolite":"4-Imidazoleacetic 81 POS","01 Blank":"1799.9927","24 Blank":"4424.3664","49 Blank":"1915.0633","02 DMEM/F12 no adds":"7483.6626","48 DMEM/F12 no adds":"11773.5437","36 13-1 Rotenone 1 nM Medium 1":"4694.0800","37 13-2 Rotenone 1 nM Medium 2":"1612.7317","38 13-3 Rotenone 1 nM Medium 3":"850.8884","42 21-1 Fasnall 20 uM Medium 1":"3580.6066","43 21-2 Fasnall 20 uM Medium 2":"8615.3982","44 21-3 Fasnall 20 uM Medium 3":"1988.2526","45 25-1 Fasnall 40 uM Medium 1":"9359.9698","46 25-2 Fasnall 40 uM Medium 2":"5566.2715","47 25-3 Fasnall 40 uM Medium 3":"3107.8044","30 05-1 GSK 40 uM Medium 1":"815.0075","31 05-2 GSK 40 uM Medium 2":"759.1526","32 05-3 GSK 40 uM Medium 3":"6940.8467","33 09-1 TVB-2640 40 uM Medium 1":"2165.4689","34 09-2 TVB-2640 40 uM Medium 2":"2552.5327","35 09-3 TVB-2640 40 uM Medium 3":"2923.7932","39 17-1 Rotenone 5 nM Medium 1":"2004.5724","40 17-2 Rotenone 5 nM Medium 2":"1999.3636","41 17-3 Rotenone 5 nM Medium 3":"1734.3690","27 01-1 DMSO Medium 1":"3427.0502","28 01-2 DMSO Medium 2":"4111.5726","29 01-3 DMSO Medium 3":"3101.6264","06 14 Rotenone 1 nM 1":"28447.0515","13 15 Rotenone 1 nM 2":"35655.4333","20 16 Rotenone 1 nM 3 *":"27060.5942","08 22 Fasnall 20 uM 1":"28865.6370","15 23 Fasnall 20 uM 2":"39322.0675","22 24 Fasnall 20 uM 3":"14925.3756","09 26 Fasnall 40 uM 1":"44143.2271","16 27 Fasnall 40 uM 2":"37674.4196","23 28 Fasnall 40 uM 3":"18084.7418","04 06 GSK 40 uM 1":"22787.2062","11 07 GSK 40 uM 2":"36024.5563","18 07 GSK 40 uM 2":"21571.2380","25 08 GSK 40 uM 3":"24655.6953","05 10 TVB-2640 40 uM 1":"22598.6794","12 11 TVB-2640 40 uM 2":"37216.1457","19 12 TVB-2640 40 uM 3":"38717.2207","07 18 Rotenone 5 nM 1":"20471.3974","14 19 Rotenone 5 nM 2":"30238.0223","21 19 Rotenone 5 nM 2":"30577.2766","26 20 Rotenone 5 nM 3":"35548.9578","03 02 DMSO 1":"28206.4849","10 03 DMSO 2":"37232.3804","17 04 DMSO 3":"34833.6230"},{"Metabolite":"5-Aminovaleric 83","01 Blank":"1618.8428","24 Blank":"2499.6908","49 Blank":"2132.8238","02 DMEM/F12 no adds":"2175.6853","48 DMEM/F12 no adds":"1188.6221","36 13-1 Rotenone 1 nM Medium 1":"1961.7851","37 13-2 Rotenone 1 nM Medium 2":"431.3588","38 13-3 Rotenone 1 nM Medium 3":"3447.5841","42 21-1 Fasnall 20 uM Medium 1":"2311.6399","43 21-2 Fasnall 20 uM Medium 2":"1563.1394","44 21-3 Fasnall 20 uM Medium 3":"4713.4938","45 25-1 Fasnall 40 uM Medium 1":"977.3042","46 25-2 Fasnall 40 uM Medium 2":"2772.7088","47 25-3 Fasnall 40 uM Medium 3":"1328.1303","30 05-1 GSK 40 uM Medium 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