#METABOLOMICS WORKBENCH ofiehn_20130222_9038611_mwtab.txt DATATRACK_ID:40 STUDY_ID:ST000007 ANALYSIS_ID:AN000021 PROJECT_ID:PR000006 VERSION 1 CREATED_ON 2016-09-17 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Rice Infection Project PR:PROJECT_TYPE Metabolomic and transcriptomic analysis PR:PROJECT_SUMMARY Metabolomic and transcriptomic analysis of the rice response to the bacterial PR:PROJECT_SUMMARY pathogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae PR:INSTITUTE University of California, Davis PR:DEPARTMENT Davis Genome Center PR:LABORATORY Fiehn PR:LAST_NAME Fiehn PR:FIRST_NAME Oliver PR:ADDRESS 451 E. Health Sci. Drive, Davis, California 95616, USA PR:EMAIL ofiehn@ucdavis.edu PR:PHONE - #STUDY ST:STUDY_TITLE Rice Infection Study ST:STUDY_TYPE MS analysis ST:STUDY_SUMMARY Bacterial leaf blight (BLB), caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), ST:STUDY_SUMMARY rise to devastating crop losses in rice. Disease resistant rice cultivars are ST:STUDY_SUMMARY most economical way to combat the disease. The TP309 cultivar is susceptible to ST:STUDY_SUMMARY by Xoo strain PXO99. A transgenic variety, TP309_Xa21, expresses the pattern ST:STUDY_SUMMARY receptor Xa21, and is resistant. PXO99?raxST, a strain lacking the raxST gene, ST:STUDY_SUMMARY able to overcome Xa21-mediated immunity. We used a single extraction solvent to ST:STUDY_SUMMARY comprehensive metabolomics and transcriptomics profiling under sample limited ST:STUDY_SUMMARY and analyze the molecular responses of two rice lines challenged with either ST:STUDY_SUMMARY or PXO99?raxST. LCTOF raw data file filtering resulted in better within group ST:STUDY_SUMMARY of replicate samples for statistical analyses. Accurate mass match compound ST:STUDY_SUMMARY with molecular formula generation (MFG) ranking of 355 masses was achieved with ST:STUDY_SUMMARY METLIN database. GCTOF analysis yielded an additional 441 compounds after ST:STUDY_SUMMARY database processing, of which 154 were structurally identified by retention ST:STUDY_SUMMARY library matching. Multivariate statistics revealed that the susceptible and ST:STUDY_SUMMARY genotypes possess distinct profiles. Although few mRNA and metabolite ST:STUDY_SUMMARY were detected in PXO99 challenged TP309 compared to mock, many differential ST:STUDY_SUMMARY occurred in the Xa21-mediated response to PXO99 and PXO99?raxST. Acetophenone, ST:STUDY_SUMMARY fatty acids, alkaloids, glutathione, carbohydrate and lipid biosynthetic ST:STUDY_SUMMARY were affected. Significant transcriptional induction of several pathogenesis ST:STUDY_SUMMARY genes in Xa21 challenged strains, as well as differential changes to GAD, PAL, ST:STUDY_SUMMARY and Glutathione-S-transferase transcripts indicated limited correlation with ST:STUDY_SUMMARY changes under single time point global profiling conditions. ST:INSTITUTE University of California, Davis ST:DEPARTMENT Davis Genome Center ST:LABORATORY Fiehn ST:LAST_NAME Kind ST:FIRST_NAME Tobias ST:ADDRESS 451 E. Health Sci. Drive, Davis, California 95616, USA ST:EMAIL tkind@ucdavis.edu ST:PHONE - ST:NUM_GROUPS 7 ST:TOTAL_SUBJECTS 60 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Plant SU:SUBJECT_SPECIES Oryza sativa Japonica Group SU:TAXONOMY_ID 39947 SU:GENOTYPE_STRAIN Taipei 309 +Xa21 transgene | Taipei 309; At1g08510 SU:SPECIES_GROUP Plant #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 20434 genotype:Taipei 309 +Xa21 transgene | Xoo infection:mock SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 20439 genotype:Taipei 309 +Xa21 transgene | Xoo infection:mock SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 20444 genotype:Taipei 309 +Xa21 transgene | Xoo infection:mock SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 20449 genotype:Taipei 309 +Xa21 transgene | Xoo infection:mock SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 20454 genotype:Taipei 309 +Xa21 transgene | Xoo infection:mock SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 20459 genotype:Taipei 309 +Xa21 transgene | Xoo infection:mock SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 20526 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493.0000 364.0000 761.0000 837.0000 625.0000 459.0000 1867.0000 464.0000 500.0000 852.0000 712.0000 326.0000 2111.0000 579.0000 324.0000 2588.0000 7688.0000 4822.0000 650.0000 3343.0000 912.0000 760.0000 389.0000 686.0000 810.0000 605.0000 369.0000 758.0000 559.0000 533.0000 705.0000 695.0000 680.0000 582.0000 656.0000 522.0000 1234.0000 668.0000 619.0000 893.0000 481.0000 450.0000 416.0000 398.0000 576.0000 549.0000 958.0000 463.0000 N-methylalanine 258.0000 362.0000 479.0000 422.0000 253.0000 243.0000 233.0000 105.0000 218.0000 228.0000 177.0000 334.0000 379.0000 309.0000 250.0000 293.0000 365.0000 549.0000 150.0000 392.0000 363.0000 497.0000 186.0000 437.0000 484.0000 309.0000 282.0000 440.0000 142.0000 322.0000 288.0000 433.0000 315.0000 426.0000 243.0000 182.0000 438.0000 376.0000 264.0000 262.0000 227.0000 376.0000 821.0000 152.0000 213.0000 253.0000 468.0000 429.0000 237.0000 303.0000 290.0000 199.0000 252.0000 234.0000 285.0000 265.0000 203.0000 290.0000 283.0000 314.0000 octadecanol 86.0000 66.0000 121.0000 84.0000 105.0000 71.0000 125.0000 28.0000 58.0000 47.0000 88.0000 113.0000 168.0000 84.0000 105.0000 158.0000 83.0000 150.0000 115.0000 43.0000 110.0000 37.0000 44.0000 48.0000 107.0000 100.0000 107.0000 101.0000 138.0000 73.0000 103.0000 105.0000 79.0000 81.0000 41.0000 102.0000 173.0000 172.0000 104.0000 145.0000 101.0000 80.0000 22.0000 112.0000 100.0000 105.0000 98.0000 90.0000 57.0000 76.0000 98.0000 88.0000 91.0000 114.0000 58.0000 71.0000 72.0000 44.0000 83.0000 74.0000 oleic acid 320.0000 313.0000 373.0000 277.0000 291.0000 281.0000 263.0000 197.0000 249.0000 384.0000 509.0000 278.0000 341.0000 384.0000 254.0000 211.0000 282.0000 456.0000 347.0000 407.0000 413.0000 178.0000 172.0000 106.0000 316.0000 341.0000 332.0000 330.0000 447.0000 214.0000 267.0000 283.0000 246.0000 217.0000 373.0000 289.0000 304.0000 341.0000 261.0000 177.0000 155.0000 135.0000 433.0000 179.0000 315.0000 374.0000 232.0000 256.0000 201.0000 252.0000 286.0000 189.0000 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aconitic acid 229 586574 Fiehn 444212 199256 BinBase adenosine-5-monophosphate 169 1040943 Fiehn 6083 C00020 213958 BinBase alanine 116 243537 Fiehn 602 C00041 199651 BinBase alanine-alanine 116 523055 Fiehn 5484352 200449 BinBase allantoin 331 647887 Fiehn 204 C01551 205697 BinBase alpha ketoglutaric acid 198 507734 Fiehn 51 C00026 200425 BinBase arabinose 217 546892 Fiehn 7044039 C00216 202065 BinBase arabitol 103 566749 Fiehn 439255 C01904 200524 BinBase arachidic acid 117 856203 Fiehn 10467 C06425 201822 BinBase arbutin 254 895157 Fiehn 10348 C06186 202660 BinBase arginine + ornithine 142 619420 Fiehn 6322 C00062 199796 BinBase asparagine 116 553791 Fiehn 439600 C00152 199805 BinBase aspartic acid 232 480543 Fiehn 424 C00049 199612 BinBase benzoic acid 179 338043 Fiehn 243 C00180 211970 BinBase benzylalcohol 165 281322 Fiehn 244 C00556 200353 BinBase beta-alanine 248 431950 Fiehn 239 C00099 227997 BinBase beta-gentiobiose 204 967919 Fiehn 219994 C08240 214469 BinBase beta-sitosterol 129 1129771 Fiehn 22012 C01753 237277 BinBase butyrolactam NIST 142 277000 Fiehn 12025 200952 BinBase capric acid 117 451122 Fiehn 2969 C01571 213517 BinBase cellobiose 204 942646 Fiehn 208839 BinBase cellobiotol 204 956355 Fiehn 160514 200508 BinBase cerotic acid 117 1032431 Fiehn 10469 199267 BinBase cis-sinapinic acid 338 718366 Fiehn 1549091 199283 BinBase citric acid 273 617288 Fiehn 311 C00158 199168 BinBase citrulline 256 622791 Fiehn 9750 C00327 202827 BinBase cysteine 220 501345 Fiehn 60960 C00097 200918 BinBase dehydroascorbate 173 633331 Fiehn 210328 C00425 200336 BinBase diacetone alcohol NIST 115 209137 Fiehn 31256 200347 BinBase elaidic acid 339 780799 Fiehn 637517 C01712 201152 BinBase enolpyruvate NIST 217 234457 Fiehn 295001 BinBase erythritol 205 471274 Fiehn 222285 C00503 200514 BinBase erythronic acid 218 512521 Fiehn 2781043 212276 BinBase erythronic acid lactone 147 407645 Fiehn 5325915 200446 BinBase ferulic acid 338 733320 Fiehn 445858 C01494 199329 BinBase fructose 307 638631 Fiehn 439553 C00095 199188 BinBase fucose 1 + rhamnose 2 117 577861 Fiehn 444200 C01018 205102 BinBase fumaric acid 245 390708 Fiehn 444972 C00122 218753 BinBase GABA 174 488961 Fiehn 119 C00334 205021 BinBase galactinol 204 1018547 Fiehn 439451 211957 BinBase galactinol isomer 204 1048423 Fiehn 439451 199208 BinBase galactonic acid 292 692399 Fiehn 12310779 C00880 202883 BinBase galactose 160 647787 Fiehn 59083882 C00124 202679 BinBase gamma-tocopherol 223 1026222 Fiehn 92729 C02483 202089 BinBase glucoheptulose 331 828610 Fiehn 102926 202881 BinBase gluconic acid 333 693140 Fiehn 10690 C00257 211990 BinBase glucose 160 649920 Fiehn 5793 C00031 199413 BinBase glucose-1-phosphate 217 594823 Fiehn 65533 C11450 199178 BinBase glucose-6-phosphate 387 809066 Fiehn 5958 C00092 199350 BinBase glutamic acid 246 529370 Fiehn 33032 C00025 199604 BinBase glutamine 156 600452 Fiehn 738 C00064 199776 BinBase glyceric acid 189 377001 Fiehn 439194 C00258 199174 BinBase glycerol 205 344223 Fiehn 11126194 C00116 199617 BinBase glycerol-3-galactoside NIST 204 803554 Fiehn 656504 C05401 225851 BinBase glycerol-alpha-phosphate 299 591357 Fiehn 754 C03189 199419 BinBase glycerol-beta-phosphate 211 574994 Fiehn 2526 C02979 212582 BinBase glycine 174 368041 Fiehn 750 C00037 199588 BinBase glycolic acid 177 227487 Fiehn 3698251 C00160 202167 BinBase guanosine 324 955097 Fiehn 6802 C00387 213207 BinBase heptadecanoic acid 117 750645 Fiehn 10465 200398 BinBase hydroxycarbamate NIST 278 325357 Fiehn 16639161 203241 BinBase hydroxylamine 146 255313 Fiehn 10931771 C00192 205859 BinBase idonic acid NIST 333 698217 Fiehn 193325 199232 BinBase inositol-4-monophosphate 318 845491 Fiehn 6349 C03546 200698 BinBase inositol myo- 305 729867 Fiehn 892 C00137 199164 BinBase inulobiose 204 930708 Fiehn 25201864 C01711 202729 BinBase inulotriose 1 217 1124267 Fiehn 16219508 200576 BinBase isocitric acid 245 616685 Fiehn 5318532 C00451 199172 BinBase iso-galactinol 204 1001826 Fiehn 439451 199352 BinBase isoleucine 158 358756 Fiehn 6306 C00407 199785 BinBase isolinoleic acid NIST 95 794629 Fiehn 3931 269289 BinBase isonicotinic acid 180 367074 Fiehn 12214824 C07446 206136 BinBase isothreonic acid 292 489846 Fiehn 151152 200467 BinBase lactic acid 117 216442 Fiehn 107689 C00186 199591 BinBase lactobionic acid 204 952195 Fiehn 7314 214401 BinBase lauric acid 117 547810 Fiehn 3893 C02679 201826 BinBase leucine 158 345953 Fiehn 6106 C00123 199607 BinBase leucrose 204 887898 Fiehn 165577 202085 BinBase levoglucosan 204 569799 Fiehn 79029 199201 BinBase lignoceric acid 117 977850 Fiehn 11197 C08320 199247 BinBase linoleic acid 337 777102 Fiehn 5280450 C01595 199240 BinBase linolenic acid 108 779785 Fiehn 5280934 C06427 199206 BinBase lysine 156 663088 Fiehn 5962 C00047 199784 BinBase malate 233 462908 Fiehn 222656 C00149 199166 BinBase maleic acid 147 365286 Fiehn 444266 C01384 199224 BinBase mannitol 103 665209 Fiehn 6251 C00392 210512 BinBase mannonic acid NIST 333 689431 Fiehn 3246006 C00514 199322 BinBase melibiose 204 981832 Fiehn 440658 200816 BinBase methanolphosphate 241 290941 Fiehn 13130 199608 BinBase methionine 176 483425 Fiehn 6137 C00073 200533 BinBase monopalmitin-1-glyceride 371 901207 Fiehn 14900 202859 BinBase montanic acid 117 1086666 Fiehn 10470 201821 BinBase N-acetyl-D-mannosamine 205 733793 Fiehn 11096158 C00645 205676 BinBase N-acetylglutamate 158 477593 Fiehn 185 C00624 212819 BinBase N-methylalanine 130 286258 Fiehn 5288725 C02721 205663 BinBase octadecanol 327 755073 Fiehn 8221 D01924 199219 BinBase oleic acid 339 778858 Fiehn 965 C01712 199610 BinBase ornithine 142 527822 Fiehn 6262 C00077 202829 BinBase oxalic acid 147 259625 Fiehn 971 C00209 207563 BinBase oxoproline 156 486399 Fiehn 7405 C01879 199593 BinBase palmitic acid 313 713542 Fiehn 985 C00249 199173 BinBase pantothenic acid 103 691214 Fiehn 988 C00864 205158 BinBase pelargonic acid 117 399163 Fiehn 8158 C01601 201810 BinBase pentadecanoic acid 132 674704 Fiehn 13849 C16537 203296 BinBase phenol 151 217964 Fiehn 20488062 C15584 200340 BinBase phenylalanine 218 537760 Fiehn 6140 C00079 199798 BinBase phosphoethanolamine 100 604454 Fiehn 1015 C00346 199628 BinBase phosphoric acid 299 344674 Fiehn 1004 C00009 199165 BinBase phytol 143 761377 Fiehn 145386 C01389 199184 BinBase pipecolic acid 156 401074 Fiehn 849 C00408 228067 BinBase proline 142 364232 Fiehn 145742 C00148 199611 BinBase propane-1,3-diol NIST 177 214259 Fiehn 10442 C02457 272666 BinBase putrescine 174 587728 Fiehn 9532 C00134 206261 BinBase pyrazine 2,5-dihydroxy NIST 241 396061 Fiehn 15532987 203238 BinBase pyruvate 174 211146 Fiehn 1060 C00022 202618 BinBase quinic acid 255 634218 Fiehn 6508 242548 BinBase raffinose 361 1121372 Fiehn 439242 C00492 199180 BinBase ribitol 217 572822 Fiehn C00474 204361 BinBase ribonic acid 292 598019 Fiehn 5460677 C01685 199341 BinBase ribose 307 553411 Fiehn 447347 C00121 204210 BinBase salicin 217 875358 Fiehn 439503 C01451 199248 BinBase salicylic acid 267 480445 Fiehn 338 C00805 199200 BinBase serine 204 394656 Fiehn 5951 C00065 199440 BinBase shikimic acid 204 610984 Fiehn 8742 C00493 199162 BinBase sorbitol 103 667682 Fiehn 453 C00794 204185 BinBase stearic acid 117 787358 Fiehn 5281 C01530 199195 BinBase stigmasterol 159 1110434 Fiehn 222284 C05442 199227 BinBase succinic acid 147 370518 Fiehn 1110 C00042 199210 BinBase sucrose 271 915457 Fiehn 5988 C00089 202121 BinBase threitol 217 467314 Fiehn 8998 C16884 202661 BinBase threonic acid 292 497167 Fiehn 5460407 199262 BinBase threonine 117 409403 Fiehn 6288 C00188 199626 BinBase tocopherol 237 1067178 Fiehn 14985 C02477 199211 BinBase trans-sinapinic acid 338 788461 Fiehn 637775 C00482 199228 BinBase trehalose 191 947837 Fiehn 7427 C01083 199289 BinBase tyrosine 218 671085 Fiehn 6057 C00082 199781 BinBase urea 171 328046 Fiehn 1176 C00086 199594 BinBase valine 144 313224 Fiehn 6287 C00183 199605 BinBase vanillic acid 297 598898 Fiehn 8468 C06672 199316 BinBase xylitol 217 563718 Fiehn 6912 C00379 199436 BinBase xylose 103 542808 Fiehn 135191 C00181 200500 BinBase xylulose NIST 173 553050 Fiehn 5289590 231908 BinBase glycerol-3-galactoside 204 803554 fucose 1 _ rhamnose 2 117 577861 tocopherol alpha 237 1067178 inulobiose 2 204 930708 propane-1,3-diol NIST 177 214259 arginine_ornithine 142 619420 pyrazine 2,5-dihydroxy NIST 241 396061 1,2-anhydro-myo-inositol NIST 318 652000 METABOLITES_END #END