#METABOLOMICS WORKBENCH amitch_20150902_9523331_mwtab.txt DATATRACK_ID:354 STUDY_ID:ST000243 ANALYSIS_ID:AN000380 PROJECT_ID:PR000196
VERSION             	1
CREATED_ON          	2016-09-17
#PROJECT
PR:PROJECT_TITLE                 	Metabolomic-based investigation on the effects of antifungal agents in Candida
PR:PROJECT_SUMMARY               	Our aim is to determine the metabolic effects of increasing doses of an
PR:PROJECT_SUMMARY               	agent on C. albicans metabolism (untargeted, steady state metabolomics). We
PR:PROJECT_SUMMARY               	culture in vitro Candida cells to the mid-logarithmic growth in liquid media
PR:PROJECT_SUMMARY               	at 37°C and then inoculate biological replicates (1ml) onto 22mm
PR:PROJECT_SUMMARY               	filters under vocuum filtration in sterile conditions. Subsequently, isolates
PR:PROJECT_SUMMARY               	be cultivated to midlogarithmic phase of growth on the same agar (RPMI-1640) to
PR:PROJECT_SUMMARY               	the antifungal agent has been added at a range of concentrations to achieve
PR:PROJECT_SUMMARY               	equivalent to 0 MIC (no drug), 0.0625 MIC, 0.125 MIC, 0.25 MIC, 0.5 MIC and 1.0
PR:PROJECT_SUMMARY               	at 37°C. At mid-logarithmic phase of growth (12h) replicates will be
PR:PROJECT_SUMMARY               	quenched by immersion into a solvent mixture of 40% acetonitrile: 40% methanol:
PR:PROJECT_SUMMARY               	water precooled at -40°C. The resulting quenched isolate/solvent mixtrue will
PR:PROJECT_SUMMARY               	mechanically lysed by bead-beating with 0.1mm Zirconia beads in a tissue
PR:PROJECT_SUMMARY               	and then centrifuged to seperate out cell wall components. Supernatants will be
PR:PROJECT_SUMMARY               	and stored at -80°C until they will be sent to SECIM facility.
PR:INSTITUTE                     	Weill Cornell Medical College
PR:DEPARTMENT                    	Medicine/Infectious Diseases
PR:LAST_NAME                     	Walsh
PR:FIRST_NAME                    	Thomas
PR:ADDRESS                       	-
PR:EMAIL                         	thw2003@med.cornell.edu
PR:PHONE                         	-
PR:FUNDING_SOURCE                	Southeastern Center for Integrated Metabolomics (SECIM) pilot and feasibility
PR:FUNDING_SOURCE                	NIH U24 DK097209
#STUDY
ST:STUDY_TITLE                   	Metabolomic-based investigation on the effects of antifungal agents in Candida
ST:STUDY_TYPE                    	in vitro study/drug dosage
ST:STUDY_SUMMARY                 	Our aim is to determine the metabolic effects of increasing doses of an
ST:STUDY_SUMMARY                 	agent on C. albicans metabolism (untargeted, steady state metabolomics). We
ST:STUDY_SUMMARY                 	culture in vitro Candida cells to the mid-logarithmic growth in liquid media
ST:STUDY_SUMMARY                 	at 37°C and then inoculate biological replicates (1ml) onto 22mm
ST:STUDY_SUMMARY                 	filters under vocuum filtration in sterile conditions. Subsequently, isolates
ST:STUDY_SUMMARY                 	be cultivated to midlogarithmic phase of growth on the same agar (RPMI-1640) to
ST:STUDY_SUMMARY                 	the antifungal agent has been added at a range of concentrations to achieve
ST:STUDY_SUMMARY                 	equivalent to 0 MIC (no drug), 0.0625 MIC, 0.125 MIC, 0.25 MIC, 0.5 MIC and 1.0
ST:STUDY_SUMMARY                 	at 37°C. At mid-logarithmic phase of growth (12h) replicates will be
ST:STUDY_SUMMARY                 	quenched by immersion into a solvent mixture of 40% acetonitrile: 40% methanol:
ST:STUDY_SUMMARY                 	water precooled at -40°C. The resulting quenched isolate/solvent mixtrue will
ST:STUDY_SUMMARY                 	mechanically lysed by bead-beating with 0.1mm Zirconia beads in a tissue
ST:STUDY_SUMMARY                 	and then centrifuged to seperate out cell wall components. Supernatants will be
ST:STUDY_SUMMARY                 	and stored at -80°C until they will be sent to SECIM facility.
ST:INSTITUTE                     	University of Florida
ST:DEPARTMENT                    	SECIM
ST:LAST_NAME                     	Katragkou
ST:FIRST_NAME                    	Aspasia
ST:ADDRESS                       	-
ST:EMAIL                         	ask2012@med.cornell.edu
ST:PHONE                         	-
ST:NUM_GROUPS                    	96
#SUBJECT
SU:SUBJECT_TYPE                  	Yeast cells
SU:SUBJECT_SPECIES               	Candida albicans
SU:TAXONOMY_ID                   	5476
SU:GENOTYPE_STRAIN               	SC5314
#SUBJECT_SAMPLE_FACTORS:         	SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.125MIC_3	:0.125MIC | :2	
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0.25MIC_2	:0.25MIC | :1	
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.25MIC_6	:0.25MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.25MIC_7	:0.25MIC | :2	
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0.5MIC_2	:0.5MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0.5MIC_3	:0.5MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0.5MIC_4	:0.5MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0.5MIC_5	:0.5MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0.5MIC_6	:0.5MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0.5MIC_7	:0.5MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0.5MIC_8	:0.5MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.5MIC_1	:0.5MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.5MIC_2	:0.5MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.5MIC_3	:0.5MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.5MIC_4	:0.5MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.5MIC_5	:0.5MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.5MIC_6	:0.5MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.5MIC_7	:0.5MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0.5MIC_8	:0.5MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_1.0MIC_1	:1.0MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_1.0MIC_2	:1.0MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_1.0MIC_3	:1.0MIC | :1	
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_1.0MIC_5	:1.0MIC | :1	
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_1.0MIC_7	:1.0MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_1.0MIC_8	:1.0MIC | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_1.0MIC_1	:1.0MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_1.0MIC_2	:1.0MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_1.0MIC_3	:1.0MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_1.0MIC_4	:1.0MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_1.0MIC_5	:1.0MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_1.0MIC_6	:1.0MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_1.0MIC_7	:1.0MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_1.0MIC_8	:1.0MIC | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0MIC_1	:no drug | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0MIC_2	:no drug | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0MIC_3	:no drug | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0MIC_4	:no drug | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0MIC_5	:no drug | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0MIC_6	:no drug | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0MIC_7	:no drug | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_1_0MIC_8	:no drug | :1	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0MIC_1	:no drug | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0MIC_2	:no drug | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0MIC_3	:no drug | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0MIC_4	:no drug | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0MIC_5	:no drug | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0MIC_6	:no drug | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0MIC_7	:no drug | :2	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	-	EXP_2_0MIC_8	:no drug | :2	
#COLLECTION
CO:COLLECTION_SUMMARY            	Culture supernatants (appx. 1 ml from each replicate) will be removed and
CO:COLLECTION_SUMMARY            	at -80C
CO:SAMPLE_TYPE                   	Cells
CO:VOLUMEORAMOUNT_COLLECTED      	1 mL
CO:STORAGE_CONDITIONS            	-80C
#TREATMENT
TR:TREATMENT_SUMMARY             	Candida cells grown to the mid-logarithmic phase will be exposed in biological
TR:TREATMENT_SUMMARY             	(X8) to the antifungal agent (micafungin) to a range of concentrations
TR:TREATMENT_SUMMARY             	of the strain's MIC, Minimal Inhibitory Concentration) 0.0625MIC 0.125MIC
TR:TREATMENT_SUMMARY             	0.5MIC 1.0MIC. No drug exposed Candida cells will serve as controls
#SAMPLEPREP
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	-
SP:SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME  	Sample_Preparation_of_Cell_Lysates.pdf
#CHROMATOGRAPHY
CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE           	Reversed phase
MS:INSTRUMENT_NAME               	Thermo Q Exactive Orbitrap
CH:COLUMN_NAME                   	ACE Excel 2 C18-PFP (100 x 2.1mm, 2um)
CH:METHODS_FILENAME              	Metabolomics_LCMSProtocol.pdf;Appendix_A_-_Internal_Standard_Prep_GLCMS.pdf
CH:INTERNAL_STANDARD             	Appendix A - Internal Standard Prep GLCMS.pdf
#ANALYSIS
AN:ANALYSIS_TYPE                 	MS
AN:LABORATORY_NAME               	Garrett Lab
AN:DETECTOR_TYPE                 	Orbitrap
#MS
MS:MS_COMMENTS                   	-
MS:INSTRUMENT_NAME               	Thermo Q Exactive Orbitrap
MS:INSTRUMENT_TYPE               	Orbitrap
MS:MS_TYPE                       	ESI
MS:ION_MODE                      	NEGATIVE
#MS_METABOLITE_DATA
MS_METABOLITE_DATA:UNITS         	Peak height
MS_METABOLITE_DATA_START
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2-deoxy-D-galactose (fructose/glucose)	163.0608	1.09	UFLORIDA_MS_RI					UFLORIDA_FEATURE
3-(2-HYDROXYPHENYL)PROPANOATE	165.0555	8.74	UFLORIDA_MS_RI	873				UFLORIDA_FEATURE
3'-CMP	322.0441	1.79	UFLORIDA_MS_RI	6131				UFLORIDA_FEATURE
3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARATE		3.01	UFLORIDA_MS_RI	1662				UFLORIDA_FEATURE
3-HYDROXYPHENYLACETATE	151.0402	7.47	UFLORIDA_MS_RI	12122				UFLORIDA_FEATURE
3-METHYL-2-OXOVALERIC ACID	129.0557	6.72	UFLORIDA_MS_RI	47				UFLORIDA_FEATURE
3-SULFINO-L-ALANINE		0.83	UFLORIDA_MS_RI	1549098				UFLORIDA_FEATURE
4-ACETAMIDOBUTANOATE	168.0633	3.48	UFLORIDA_MS_RI	18189				UFLORIDA_FEATURE
4-COUMARATE		8.28	UFLORIDA_MS_RI	637542				UFLORIDA_FEATURE
4-HYDROXYBENZALDEHYDE		8.03	UFLORIDA_MS_RI	126				UFLORIDA_FEATURE
4-METHYL-2-OXO-PENTANOIC ACID	129.0557	7.31	UFLORIDA_MS_RI	70				UFLORIDA_FEATURE
5-AMINOLEVULINIC ACID		0.81	UFLORIDA_MS_RI	137				UFLORIDA_FEATURE
5-OXO-L-PROLINE		1.9	UFLORIDA_MS_RI	7405				UFLORIDA_FEATURE
ADENOSINE 5'-MONOPHOSPHATE	346.055	1.69	UFLORIDA_MS_RI	6083				UFLORIDA_FEATURE
ADP	428.0368	1.09	UFLORIDA_MS_RI	6022		C00008		UFLORIDA_FEATURE
ALLANTOIN		0.80	UFLORIDA_MS_RI	204				UFLORIDA_FEATURE
ALPHA-AMINOADIPATE		0.97	UFLORIDA_MS_RI	92136				UFLORIDA_FEATURE
ALPHA-KETOGLUTARIC ACID		1.45	UFLORIDA_MS_RI	51				UFLORIDA_FEATURE
arginine	175.119							UFLORIDA_FEATURE
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Aspartic acid_R2	134.0452	0.73	UFLORIDA_MS_RI	5960		C16433		UFLORIDA_FEATURE
AZELAIC ACID	187.0974	8.59	UFLORIDA_MS_RI	2266				UFLORIDA_FEATURE
BETA-ALANINE		0.79	UFLORIDA_MS_RI	239				UFLORIDA_FEATURE
CITRAMALATE		2.23	UFLORIDA_MS_RI	1081				UFLORIDA_FEATURE
CITRATE		1.92	UFLORIDA_MS_RI	311				UFLORIDA_FEATURE
CITRULLINE		0.84	UFLORIDA_MS_RI	9750				UFLORIDA_FEATURE
CMP		1.11	UFLORIDA_MS_RI	6131				UFLORIDA_FEATURE
Creatine-D3		0.95	UFLORIDA_MS_RI					UFLORIDA_FEATURE
CYTIDINE		1.68	UFLORIDA_MS_RI	6175				UFLORIDA_FEATURE
CYTIDINE 2',3'-CYCLIC MONO-PHOS-PHATE	304.0336	1.1	UFLORIDA_MS_RI	53481030				UFLORIDA_FEATURE
D-(-)-3-PHOSPHOGLYCERIC ACID	184.9855	0.84	UFLORIDA_MS_RI	724				UFLORIDA_FEATURE
D-(-)-ARABINOSE	173.0426	0.81	UFLORIDA_MS_RI	66308				UFLORIDA_FEATURE
D-GLUCURONOLACTONE	193.0351	0.78	UFLORIDA_MS_RI	92283				UFLORIDA_FEATURE
FUMARATE	115.0035	2.08	UFLORIDA_MS_RI	444972				UFLORIDA_FEATURE
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GLUCOSE/FRUCTOSE [M+Cl]-		0.72	UFLORIDA_MS_RI			C00293;C01496		UFLORIDA_FEATURE
Glutamine		0.79	UFLORIDA_MS_RI	5961				UFLORIDA_FEATURE
GLUTARATE		4.66	UFLORIDA_MS_RI	743				UFLORIDA_FEATURE
GLUTATHIONE		1.67	UFLORIDA_MS_RI	124886				UFLORIDA_FEATURE
GLYCERALDEHYDE		1.32	UFLORIDA_MS_RI	751				UFLORIDA_FEATURE
GLYCERATE		0.91	UFLORIDA_MS_RI	439194				UFLORIDA_FEATURE
GLYCEROL 2-PHOSPHATE		0.82	UFLORIDA_MS_RI	2526				UFLORIDA_FEATURE
GLYCOLATE		0.94	UFLORIDA_MS_RI	757				UFLORIDA_FEATURE
GLYOXYLIC ACID		0.87	UFLORIDA_MS_RI	760				UFLORIDA_FEATURE
guanine	174.0386							UFLORIDA_FEATURE
GUANOSINE	284.0989	6.01	UFLORIDA_MS_RI	6802				UFLORIDA_FEATURE
Histidine	156.0773	0.7	UFLORIDA_MS_RI	6274		C00135		UFLORIDA_FEATURE
HOMOVANILLATE	181.0505	7.49	UFLORIDA_MS_RI	1738				UFLORIDA_FEATURE
HYPOTAURINE		0.78	UFLORIDA_MS_RI	107812				UFLORIDA_FEATURE
HYPOXANTHINE		2.05	UFLORIDA_MS_RI	790				UFLORIDA_FEATURE
INDOLE-3-ACETATE	174.0559	9.16	UFLORIDA_MS_RI	802				UFLORIDA_FEATURE
ISOCITRIC ACID	215.0161	1.12	UFLORIDA_MS_RI	1198				UFLORIDA_FEATURE
L-ASPARAGINE		0.79	UFLORIDA_MS_RI	6267				UFLORIDA_FEATURE
L-CYSTATHIONINE		0.78	UFLORIDA_MS_RI	439258				UFLORIDA_FEATURE
L-CYSTEINE	122.0276	0.76	UFLORIDA_MS_RI	5862				UFLORIDA_FEATURE
L-CYSTINE	239.016	0.72	UFLORIDA_MS_RI	67678				UFLORIDA_FEATURE
L-Isoleucine		2.45	UFLORIDA_MS_RI	6306				UFLORIDA_FEATURE
L-Leucine	132.1022	2.5	UFLORIDA_MS_RI	6106		C16439		UFLORIDA_FEATURE
L-METHIONINE		1.51	UFLORIDA_MS_RI	6137				UFLORIDA_FEATURE
L-SERINE		0.79	UFLORIDA_MS_RI	5951				UFLORIDA_FEATURE
lysine	147.1128							UFLORIDA_FEATURE
MALONATE		1.21	UFLORIDA_MS_RI	867				UFLORIDA_FEATURE
METHYL BETA-D-GALACTOSIDE		1.00	UFLORIDA_MS_RI	94214				UFLORIDA_FEATURE
MYO-INOSITOL	179.0560	0.80	UFLORIDA_MS_RI	892				UFLORIDA_FEATURE
N-ACETYL-DL-GLUTAMIC ACID		2.24	UFLORIDA_MS_RI	185				UFLORIDA_FEATURE
N-ACETYLGLYCINE	116.0352	1.14	UFLORIDA_MS_RI	10972				UFLORIDA_FEATURE
N-ACETYL-L-ALANINE		2.25	UFLORIDA_MS_RI	88064				UFLORIDA_FEATURE
N-ACETYL-L-ASPARTIC ACID		1.54	UFLORIDA_MS_RI	65065				UFLORIDA_FEATURE
N-ACETYL-L-LEUCINE	174.1127	7.61	UFLORIDA_MS_RI	70912				UFLORIDA_FEATURE
N-ACETYLNEURAMINATE		0.9	UFLORIDA_MS_RI	439197				UFLORIDA_FEATURE
NALPHA-ACETYL-L-LYSINE		1.14	UFLORIDA_MS_RI	92907				UFLORIDA_FEATURE
N-METHYL-D-ASPARTIC ACID		0.84	UFLORIDA_MS_RI	22880				UFLORIDA_FEATURE
O-ACETYL-L-SERINE		0.83	UFLORIDA_MS_RI	99478				UFLORIDA_FEATURE
Phenylalanine		5.57	UFLORIDA_MS_RI	6140				UFLORIDA_FEATURE
Proline_R1	114.0559	0.87	UFLORIDA_MS_RI	614		C16435		UFLORIDA_FEATURE
Proline_R2	114.0559	0.97	UFLORIDA_MS_RI	614		C16435		UFLORIDA_FEATURE
PYRIDOXINE		2.81	UFLORIDA_MS_RI	1054				UFLORIDA_FEATURE
QUINATE	193.0708	0.85	UFLORIDA_MS_RI	6508				UFLORIDA_FEATURE
(R)-MALATE		1.13	UFLORIDA_MS_RI	92824				UFLORIDA_FEATURE
(S)-DIHYDROOROTATE	159.0402	1.12	UFLORIDA_MS_RI	439216				UFLORIDA_FEATURE
SUCCINATE		2.29	UFLORIDA_MS_RI	1110				UFLORIDA_FEATURE
SUCROSE	365.1055	0.92	UFLORIDA_MS_RI	5988				UFLORIDA_FEATURE
TAURINE		0.78	UFLORIDA_MS_RI	1123				UFLORIDA_FEATURE
Threonine	120.066	0.8	UFLORIDA_MS_RI	6288		C00188		UFLORIDA_FEATURE
TRANS-ACONITATE	173.0090	3.51	UFLORIDA_MS_RI	444212				UFLORIDA_FEATURE
Tryptophan		6.45	UFLORIDA_MS_RI	6305				UFLORIDA_FEATURE
Tryptophan-2,3,3-D3		6.44	UFLORIDA_MS_RI					UFLORIDA_FEATURE
Tyrosine		3.24	UFLORIDA_MS_RI	6057				UFLORIDA_FEATURE
UDP		0.81	UFLORIDA_MS_RI	6031		C00015		UFLORIDA_FEATURE
UMP	325.0433	1.18	UFLORIDA_MS_RI	6030		C00105		UFLORIDA_FEATURE
URACIL		1.48	UFLORIDA_MS_RI	1174				UFLORIDA_FEATURE
URATE		1.86	UFLORIDA_MS_RI	1175				UFLORIDA_FEATURE
URIDINE	267.0589	2.86	UFLORIDA_MS_RI	6029				UFLORIDA_FEATURE
UROCANATE	139.0504	2.03	UFLORIDA_MS_RI	736715				UFLORIDA_FEATURE
Valine	118.0866	1.17	UFLORIDA_MS_RI	6287		C16436		UFLORIDA_FEATURE
XANTHINE		2.52	UFLORIDA_MS_RI	1188				UFLORIDA_FEATURE
XYLITOL	151.0610	0.81	UFLORIDA_MS_RI	6912				UFLORIDA_FEATURE
METABOLITES_END
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