#METABOLOMICS WORKBENCH hauserd_20150917_9265731_mwtab.txt DATATRACK_ID:381 STUDY_ID:ST000260 ANALYSIS_ID:AN000413 PROJECT_ID:PR000211 VERSION 1 CREATED_ON 2016-09-17 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Metabolic Response to the Loss of DJ-1 PR:PROJECT_TYPE Comparison of the metabolic responses to the loss of DJ-1 in model organisms PR:PROJECT_SUMMARY Mutations in the DJ-1 gene cause rare forms of autosomal recessive Parkinson's PR:PROJECT_SUMMARY in humans, and increased levels of DJ-1 protein are often found in cancers. PR:PROJECT_SUMMARY understanding the precise function of DJ-1 is of broad interest. We PR:PROJECT_SUMMARY that analyzing differences in metabolites between organisms with and without PR:PROJECT_SUMMARY may lead to clues about the protein's function. Here, we present the results of PR:PROJECT_SUMMARY ongoing studies using multiple different model organisms. PR:INSTITUTE National Institute on Aging PR:DEPARTMENT Laboratory of Neurogenetics PR:LABORATORY Cell Biology and Gene Expression Section PR:LAST_NAME Cookson PR:FIRST_NAME Mark PR:ADDRESS 35 Lincoln Drive, BLDG 35, Room 1A116, Bethesda, MD, 20892 PR:EMAIL cookson@mail.nih.gov PR:PHONE - PR:FUNDING_SOURCE The NIH Intramural Program, National Institute on Aging #STUDY ST:STUDY_TITLE Analysis of DJ-1 Knockout Mouse Brains ST:STUDY_TYPE Mouse genotype comparison ST:STUDY_SUMMARY We analyzed metabolites in the brains of wild type mice and DJ-1 knockout mice. ST:STUDY_SUMMARY DJ-1 knockout mouse is a model of an inherited form of Parkinson's disease. ST:INSTITUTE National Institute on Aging ST:DEPARTMENT Laboratory of Neurogenetics ST:LABORATORY Cell Biology and Gene Expression Section ST:LAST_NAME Hauser ST:FIRST_NAME David ST:ADDRESS 35 Lincoln Drive, BLDG 35, Room 1A-1012, Bethesda, MD 20892 ST:EMAIL hauserd@mail.nih.gov ST:PHONE 301-435-8995 ST:NUM_GROUPS 2 ST:TOTAL_SUBJECTS 25 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Animal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENOTYPE_STRAIN C57Bl6 SU:AGE_OR_AGE_RANGE 4 Months SU:GENDER Mixed SU:ANIMAL_FEED Ad Libitum SU:ANIMAL_WATER Ad Libitum SU:SPECIES_GROUP Mammal #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1020 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1022 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 517 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 520 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 521 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 836 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 516 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 518 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 560 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 823 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 825 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1030 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1035 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 519 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 563 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 828 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 829 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1019 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1031 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1032 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1033 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 515 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 564 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 565 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 567 Sex:M | Genotype:WT #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY - CO:SAMPLE_TYPE Brain - Cerebral Hemisphere #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY The animals were either wild type of homozygous DJ-1 knockout animals. At 4 TR:TREATMENT_SUMMARY of age, the mice were euthanized and their brains were processed for TR:TREATMENT_SUMMARY analysis. TR:ANIMAL_VET_TREATMENTS None TR:ANIMAL_FASTING No dietary interventions TR:ANIMAL_ENDP_EUTHANASIA The mice were euthanized with CO2 followed by cervical dislocation. TR:ANIMAL_ENDP_TISSUE_COLL_LIST Cerebral Hemispheres #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Frozen cerebral hemispheres were shipped to Metabolon and processed there. A SP:SAMPLEPREP_SUMMARY summary of their methods is unavalible. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE GC CH:INSTRUMENT_NAME - CH:COLUMN_NAME - #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:LABORATORY_NAME Metabolon AN:OPERATOR_NAME Metabolon #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo LTQ MS:INSTRUMENT_TYPE Single quadrupole MS:MS_TYPE ESI MS:ION_MODE POSITIVE MS:MS_COMMENTS POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Area MS_METABOLITE_DATA_START Samples 1020 1022 517 520 521 836 516 518 560 823 825 1030 1035 519 563 828 829 1019 1031 1032 1033 515 564 565 567 Factors Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT 1-methylimidazoleacetate 155546.0000 98034.0000 174569.0000 152993.0000 144318.0000 148082.0000 120732.0000 138409.0000 152420.0000 151275.0000 154091.0000 140801.0000 135656.0000 158879.0000 159138.0000 158382.0000 147310.0000 114713.0000 107317.0000 117491.0000 134438.0000 117363.0000 136637.0000 106610.0000 137258.0000 1-oleoylglycerophosphocholine (18:1) 19332.0000 44573.0000 37423.0000 45111.0000 90207.0000 40904.0000 24086.0000 28543.0000 91502.0000 123456.0000 56726.0000 51656.0000 29574.0000 36962.0000 19810.0000 39245.0000 34311.0000 38750.0000 71038.0000 63485.0000 73530.0000 47550.0000 76687.0000 70166.0000 42406.0000 1-palmitoylglycerophosphocholine (16:0) 65125.0000 147811.0000 112261.0000 147766.0000 320635.0000 122601.0000 86118.0000 114092.0000 268688.0000 315904.0000 193544.0000 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