#METABOLOMICS WORKBENCH hauserd_20150917_9265731_mwtab.txt DATATRACK_ID:381 STUDY_ID:ST000260 ANALYSIS_ID:AN000414 PROJECT_ID:PR000211 VERSION 1 CREATED_ON 2016-09-17 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Metabolic Response to the Loss of DJ-1 PR:PROJECT_TYPE Comparison of the metabolic responses to the loss of DJ-1 in model organisms PR:PROJECT_SUMMARY Mutations in the DJ-1 gene cause rare forms of autosomal recessive Parkinson's PR:PROJECT_SUMMARY in humans, and increased levels of DJ-1 protein are often found in cancers. PR:PROJECT_SUMMARY understanding the precise function of DJ-1 is of broad interest. We PR:PROJECT_SUMMARY that analyzing differences in metabolites between organisms with and without PR:PROJECT_SUMMARY may lead to clues about the protein's function. Here, we present the results of PR:PROJECT_SUMMARY ongoing studies using multiple different model organisms. PR:INSTITUTE National Institute on Aging PR:DEPARTMENT Laboratory of Neurogenetics PR:LABORATORY Cell Biology and Gene Expression Section PR:LAST_NAME Cookson PR:FIRST_NAME Mark PR:ADDRESS 35 Lincoln Drive, BLDG 35, Room 1A116, Bethesda, MD, 20892 PR:EMAIL cookson@mail.nih.gov PR:PHONE - PR:FUNDING_SOURCE The NIH Intramural Program, National Institute on Aging #STUDY ST:STUDY_TITLE Analysis of DJ-1 Knockout Mouse Brains ST:STUDY_TYPE Mouse genotype comparison ST:STUDY_SUMMARY We analyzed metabolites in the brains of wild type mice and DJ-1 knockout mice. ST:STUDY_SUMMARY DJ-1 knockout mouse is a model of an inherited form of Parkinson's disease. ST:INSTITUTE National Institute on Aging ST:DEPARTMENT Laboratory of Neurogenetics ST:LABORATORY Cell Biology and Gene Expression Section ST:LAST_NAME Hauser ST:FIRST_NAME David ST:ADDRESS 35 Lincoln Drive, BLDG 35, Room 1A-1012, Bethesda, MD 20892 ST:EMAIL hauserd@mail.nih.gov ST:PHONE 301-435-8995 ST:NUM_GROUPS 2 ST:TOTAL_SUBJECTS 25 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Animal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENOTYPE_STRAIN C57Bl6 SU:AGE_OR_AGE_RANGE 4 Months SU:GENDER Mixed SU:ANIMAL_FEED Ad Libitum SU:ANIMAL_WATER Ad Libitum SU:SPECIES_GROUP Mammal #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1020 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1022 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 517 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 520 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 521 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 836 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 516 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 518 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 560 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 823 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 825 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1030 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1035 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 519 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 563 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 828 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 829 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1019 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1031 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1032 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1033 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 515 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 564 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 565 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 567 Sex:M | Genotype:WT #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY - CO:SAMPLE_TYPE Brain - Cerebral Hemisphere #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY The animals were either wild type of homozygous DJ-1 knockout animals. At 4 TR:TREATMENT_SUMMARY of age, the mice were euthanized and their brains were processed for TR:TREATMENT_SUMMARY analysis. TR:ANIMAL_VET_TREATMENTS None TR:ANIMAL_FASTING No dietary interventions TR:ANIMAL_ENDP_EUTHANASIA The mice were euthanized with CO2 followed by cervical dislocation. TR:ANIMAL_ENDP_TISSUE_COLL_LIST Cerebral Hemispheres #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Frozen cerebral hemispheres were shipped to Metabolon and processed there. A SP:SAMPLEPREP_SUMMARY summary of their methods is unavalible. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE GC CH:INSTRUMENT_NAME - CH:COLUMN_NAME - #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:LABORATORY_NAME Metabolon AN:OPERATOR_NAME Metabolon #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo LTQ MS:INSTRUMENT_TYPE Single quadrupole MS:MS_TYPE ESI MS:ION_MODE NEGATIVE MS:MS_COMMENTS NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Area MS_METABOLITE_DATA_START Samples 1020 1022 517 520 521 836 516 518 560 823 825 1030 1035 519 563 828 829 1019 1031 1032 1033 515 564 565 567 Factors Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT 10-heptadecenoate (17:1n7) 84055.0000 76923.0000 84055.0000 142963.0000 88527.0000 106815.0000 89942.0000 119576.0000 68738.0000 84724.0000 69332.0000 111009.0000 102461.0000 115374.0000 92405.0000 114757.0000 102063.0000 76590.0000 70914.0000 97710.0000 99167.0000 91623.0000 78743.0000 104465.0000 88993.0000 10-nonadecenoate (19:1n9) 12188.0000 16847.0000 19710.0000 18676.0000 16069.0000 15011.0000 21492.0000 16311.0000 15423.0000 17136.0000 17266.0000 16395.0000 18789.0000 23344.0000 21806.0000 20994.0000 20731.0000 17147.0000 17591.0000 17050.0000 14403.0000 11211.0000 14333.0000 8684.0000 18854.0000 15-HETE 141337.0000 119880.0000 126489.0000 120967.0000 136203.0000 137262.0000 129946.0000 124358.0000 128257.0000 128867.0000 119376.0000 145558.0000 134649.0000 165704.0000 120642.0000 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myo-inositol hexakisphosphate 5492.0000 4866.0000 4107.0000 3560.0000 4456.0000 3617.0000 3747.0000 5314.0000 4689.0000 5372.0000 5701.0000 4642.0000 5157.0000 3666.0000 3903.0000 4174.0000 4314.0000 4790.0000 4702.0000 4428.0000 4847.0000 4580.0000 4503.0000 3500.0000 N-acetylmethionine 23175.0000 22429.0000 19109.0000 16775.0000 20430.0000 17599.0000 20547.0000 19375.0000 23584.0000 23651.0000 24548.0000 21165.0000 20392.0000 18135.0000 20093.0000 19620.0000 22451.0000 25656.0000 24307.0000 22733.0000 21692.0000 24297.0000 24107.0000 23326.0000 23123.0000 N-oleoyltaurine 10477.0000 17507.0000 14056.0000 33577.0000 28873.0000 15201.0000 12876.0000 43170.0000 15615.0000 27893.0000 12408.0000 15793.0000 13934.0000 31721.0000 16785.0000 31320.0000 26422.0000 17298.0000 15512.0000 19392.0000 11915.0000 20093.0000 30778.0000 20502.0000 14709.0000 N-palmitoyltaurine 32481.0000 38396.0000 31632.0000 55984.0000 33248.0000 31047.0000 21825.0000 63136.0000 22282.0000 37474.0000 21956.0000 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2-arachidonoylglycerophosphoethanolamine* NIA_Hauser_Lab 2-arachidonoylglycerophosphoinositol* NIA_Hauser_Lab 2-docosahexaenoylglycerophosphoethanolamine* NIA_Hauser_Lab 2-hydroxypalmitate 92836 NIA_Hauser_Lab 2-hydroxystearate 69417 C03045 NIA_Hauser_Lab 2-oleoylglycerophosphoethanolamine* NIA_Hauser_Lab 2-oleoylglycerophosphoglycerol* NIA_Hauser_Lab 2-oleoylglycerophosphoserine* NIA_Hauser_Lab 2-palmitoylglycerophosphoethanolamine* NIA_Hauser_Lab 2-stearoylglycerophosphoinositol* NIA_Hauser_Lab 3-(4-hydroxyphenyl)lactate 9378 C03672 NIA_Hauser_Lab 3'-dephosphocoenzyme A 444485 C00882 NIA_Hauser_Lab 3-indoxyl sulfate 10258 NIA_Hauser_Lab 5-HETE 5280733 C04805 NIA_Hauser_Lab 5-oxoproline 499 C01879 NIA_Hauser_Lab acetyl CoA 444493 C00024 NIA_Hauser_Lab adenosine 5'diphosphoribose 192 C00301 NIA_Hauser_Lab adenylosuccinate 195 C03794 NIA_Hauser_Lab adrenate (22:4n6) 5497181 C16527 NIA_Hauser_Lab anserine 112072 C01262 NIA_Hauser_Lab arachidonate (20:4n6) 444899 C00219 NIA_Hauser_Lab 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(18:2n6) 5280450 C01595 NIA_Hauser_Lab linolenate [alpha or gamma; (18:3n3 or 6)] 5280934 C06427 NIA_Hauser_Lab margarate (17:0) 10465 NIA_Hauser_Lab mead acid (20:3n9) 5312531 NIA_Hauser_Lab myo-inositol hexakisphosphate 890 C01204 NIA_Hauser_Lab N-acetylmethionine 448580 C02712 NIA_Hauser_Lab N-oleoyltaurine 6437033 NIA_Hauser_Lab N-palmitoyltaurine 14504290 NIA_Hauser_Lab N-stearoyltaurine 168274 NIA_Hauser_Lab oleic ethanolamide 5283454 NIA_Hauser_Lab palmitate (16:0) 985 C00249 NIA_Hauser_Lab palmitoleate (16:1n7) 445638 C08362 NIA_Hauser_Lab palmitoyl ethanolamide 4671 C16512 NIA_Hauser_Lab phenol sulfate 74426 C02180 NIA_Hauser_Lab phosphoethanolamine 1015 C00346 NIA_Hauser_Lab prostaglandin D2 448457 C00696 NIA_Hauser_Lab prostaglandin E2 5280360 C00584 NIA_Hauser_Lab pseudouridine 15047 C02067 NIA_Hauser_Lab S-adenosylhomocysteine (SAH) 439155 C00021 NIA_Hauser_Lab stearate (18:0) 5281 C01530 NIA_Hauser_Lab succinate 1110 C00042 NIA_Hauser_Lab sucrose 5988 C00089 NIA_Hauser_Lab tauro(alpha + beta)muricholate 168408 NIA_Hauser_Lab taurocholate 6675 C05122 NIA_Hauser_Lab uridine 6029 C00299 NIA_Hauser_Lab METABOLITES_END #END