#METABOLOMICS WORKBENCH Nagireddy_Putluri_20170523_164849 DATATRACK_ID:924 STUDY_ID:ST000614 ANALYSIS_ID:AN000939 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Tobacco-specific carcinogens induce hypermethylation, DNA adducts and DNA damage PR:PROJECT_TITLE in Bladder Cancer PR:PROJECT_SUMMARY Smoking is a major risk factor for the development of Bladder cancer (BCa); PR:PROJECT_SUMMARY however, the metabolic alterations and functional consequences associated with PR:PROJECT_SUMMARY cigarette smoke carcinogens in BCa remain poorly defined. We assessed the PR:PROJECT_SUMMARY metabolic profile in BCa and identified the key alterations in metabolism PR:PROJECT_SUMMARY associated with smoking. PR:INSTITUTE Baylor College of Medicine PR:LAST_NAME Putluri PR:FIRST_NAME Nagireddy PR:ADDRESS One Baylor Plaza, Houston, TX, 77030, USA PR:EMAIL putluri@bcm.edu PR:PHONE 713-798-3139 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8161N #STUDY ST:STUDY_TITLE Tobacco-specific carcinogens in Bladder Cancer ST:STUDY_SUMMARY Smoking induced methylation plays a critical role in the accumulation of ST:STUDY_SUMMARY methylated metabolites, DNA adducts damage and altered metabolism in BCa. These ST:STUDY_SUMMARY deregulated metabolites can be detected non-invasively and can be used as causal ST:STUDY_SUMMARY biomarkers that can predict the risk of developing BCa in smokers ST:INSTITUTE Baylor College of Medicine ST:LAST_NAME Putluri ST:FIRST_NAME Nagireddy ST:ADDRESS One Baylor Plaza ST:EMAIL putluri@bcm.edu ST:PHONE 7137983144 ST:SUBMIT_DATE 2017-05-23 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Bladder Cancer Tissues SU:SUBJECT_SPECIES Homo sapiens SU:TAXONOMY_ID 9606 SU:SPECIES_GROUP Human #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 13742-N Diagonsis:Benign | Smoking Status:Smoker SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 18132-1N Diagonsis:Benign | Smoking Status:Smoker SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 19071-1 N Diagonsis:Benign | Smoking Status:Smoker SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 19229-1N Diagonsis:Benign | Smoking Status:Smoker SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 19627-1 N Diagonsis:Benign | Smoking Status:Smoker SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 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For cell lines, 3 x106 cell pellets SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were thawed at 4 °C and subjected to three freeze-thaw cycles, freezing in SP:SAMPLEPREP_SUMMARY liquid nitrogen and thawing on ice, to rupture the cell membranes. The SP:SAMPLEPREP_SUMMARY extraction step start with 750 µL ice-cold methanol:water (4:1) containing 20 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY µL spiked internal standards was added to each cell pellet or tissue sample. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Ice-cold chloroform and water was added in a 3:1 ratio for a final proportion of SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 1:4:3:1 water:methanol:chloroform:water. The organic (methanol and chloroform) SP:SAMPLEPREP_SUMMARY and aqueous layers dried and re suspended with 50:50 methonal: water. The SP:SAMPLEPREP_SUMMARY extract was deproteinized using a 3-kDa molecular filter (Amicon Ultracel-3K SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Membrane; Millipore Corporation, Billerica, MA) and the filtrate was dried under SP:SAMPLEPREP_SUMMARY vacuum (Genevac EZ-2plus; Gardiner, Stone Ridge, NY). Prior to mass SP:SAMPLEPREP_SUMMARY spectrometry, the dried extracts were resuspended in identical volumes of SP:SAMPLEPREP_SUMMARY injection solvent composed of 1:1 water:methanol and subjected to liquid SP:SAMPLEPREP_SUMMARY chromatography-mass spectrometry. 50 ul of urine was used for sample SP:SAMPLEPREP_SUMMARY preparation. Internal standard was spiked into raw sample. Then it was processed SP:SAMPLEPREP_SUMMARY through Amicon 3k filter. After that, 50 ul of urine sample was diluted with 450 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY solvent ( methanol water =50:50 v/v) and subjected to LC/MS analysis. The SP:SAMPLEPREP_SUMMARY injection volume was 10 ul. #CHROMATOGRAPHY CH:INSTRUMENT_NAME Unspecified CH:COLUMN_NAME Waters XBridge Amide (100 x 4.6mm,3.5um) CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Agilent 6495 QQQ MS:INSTRUMENT_TYPE Triple quadrupole MS:MS_TYPE ESI MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak intensity MS_METABOLITE_DATA_START Samples 04755f1cc 13742 14021 16867 17F35E1F 19229 1afbc5b2 20957 2192252c 21981 22018 5A929F9E 5b47e65a 9AB7EADC 9B7DA93A H13329-13 H13928 H14335-13 H16027-13 H17407-14 H17745-14 H20232-14 H20475-13 H20941-13 H21013-14 H21617-13 H21956-14 H2693-14 H335-14 H4407-14 H4545-14 H6181-14 H6828-14 H8541-14 W610-14 W768-13 07d3d7e4 0a15bd3c 0d33871d 0e54addb 16276 16368 16763 18132 18890 19071 19627 19801 19846 1b44fdcd 200945e 4 20500 20636 21813 22186 22201 22233 276330f9 31842d51 4856 4b24c7f3 6394FAA2 8230 a98f2fbe dac57f3d ddae2cee H00545-15 H16912-13 H17983-13 H18484-14 H19025-13 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Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Current Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Current Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Current Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Current Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Current Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking Status:Former Smoker Diagonsis:Cancer | Smoking 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