#METABOLOMICS WORKBENCH amitch_20170921_130234 DATATRACK_ID:1244 STUDY_ID:ST000886 ANALYSIS_ID:AN001444 VERSION 1 CREATED_ON 07-31-2023 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE World Food crops Breeding PR:PROJECT_SUMMARY The aim of the study is to perform LC-MS global metabolomics analysis on two PR:PROJECT_SUMMARY different wheat genotypes were treated with the high temperature and control PR:PROJECT_SUMMARY conditions under fully irrigated condition PR:INSTITUTE University of Florida PR:DEPARTMENT Agronomy PR:LAST_NAME Babar PR:FIRST_NAME Ali PR:ADDRESS University of Florida PR:EMAIL mababar@ufl.edu PR:PHONE none PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M85Q46 #STUDY ST:STUDY_TITLE Mechanism Behind Stay Green Trait in Bread Wheat (Triticum aestivum L.) ST:STUDY_TYPE Comparison ST:STUDY_SUMMARY Two different wheat genotypes were treated with the high temperature and control ST:STUDY_SUMMARY conditions under full irrigated condition. Leaf tissues were collected for all ST:STUDY_SUMMARY 2-different treatments with six replicates after 7 and 10 days of high ST:STUDY_SUMMARY temperature treatment. ST:INSTITUTE University of Florida ST:DEPARTMENT Agronomy ST:LAST_NAME Babar ST:FIRST_NAME Ali ST:ADDRESS 3105 Mccarty Hall, gainesville, FL 32611 ST:EMAIL mababar@ufl.edu ST:PHONE 217-552-2346 ST:SUBMIT_DATE 2017-09-21 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Plant SU:SUBJECT_SPECIES Triticum aestivum SU:TAXONOMY_ID 4565 SU:SPECIES_GROUP Plant #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 19 Strain:SONALIKA | Treatment:Control | Timepoint:10 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 20 Strain:SONALIKA | Treatment:Control | Timepoint:10 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 21 Strain:SONALIKA | Treatment:Control | Timepoint:10 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 22 Strain:SONALIKA | Treatment:Control | Timepoint:10 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 23 Strain:SONALIKA | Treatment:Control | Timepoint:10 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 24 Strain:SONALIKA | Treatment:Control | Timepoint:10 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 10 Strain:SONALIKA | Treatment:Control | Timepoint:7 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 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Add 20μL of Metabolites Internal Standard Mix to each SP:SAMPLEPREP_SUMMARY sample. Add 750 μL of Methanol and 750 μL of 10mM Ammonium Acetate to each SP:SAMPLEPREP_SUMMARY sample. Homogenize for 30 seconds at 1800 rpm on the BeadBeater. Sonicate for SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 10-20 minutes at room temperature. Centrifuge at room temperature for 10 minutes SP:SAMPLEPREP_SUMMARY at 17,000 xg. Transfer 50 μL of supernatant to a labeled LC vial with a fused SP:SAMPLEPREP_SUMMARY insert. Transfer the rest of the supernatant to a labeled 2 mL LC Vial with no SP:SAMPLEPREP_SUMMARY fused insert to store in -80°C. SP:SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME Plant_Tissue_SamplePrep_Instrument_method.pdf;Appendix_A SP:SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME -_Internal_Standard_Prep_GLCMS.pdf #CHROMATOGRAPHY CH:METHODS_FILENAME Plant_Tissue.pdf CH:CHROMATOGRAPHY_COMMENTS Reverse phase or HILIC- HPLC-MS CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Dionex Ultimate 3000 CH:COLUMN_NAME ACE Excel 2 C18-PFP (100 x 2.1mm, 2um) CH:FLOW_RATE 350ul/min CH:SOLVENT_A 100% water; 0.1% formic acid CH:SOLVENT_B 100% acetonitrile CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:ACQUISITION_PARAMETERS_FILE Plant_Tissue_SamplePrep_Instrument_method.pdf #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:ION_MODE NEGATIVE MS:MS_RESULTS_FILE ST000886_AN001444_Results.txt UNITS:Peak Height Has m/z:Yes #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak height MS_METABOLITE_DATA_START Samples 19 20 21 22 23 24 10 11 12 7 8 9 25 26 27 28 29 30 13 14 15 16 17 18 49 50 51 52 53 54 37 38 39 40 41 42 55 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BOC-L-Tyrosine_R2 206.0466 C12H22O11-DISACCHARIDE-(6C/6C; GLC-GLC/GLC-FRC/GAL-GLC) 0.86 341.1098 C6H12O6-HEXOSE/KETOSE/INOSITOL 0.79 179.0568 CAFFEATE 1549111 7.56 179.0370 CARNOSINE 439224 0.70 225.1002 CITRATE 311 1.85 191.0204 CITRIC ACID-13C6 16217547 1.85 197.0402 Cyclic ADP-ribose 123847 3.30 540.0556 CYTIDINE 6175 1.56 242.0791 DEOXYCYTIDINE 13711 2.14 226.0841 DEOXYURIDINE 13712 4.37 227.0681 D-GLUCURONIC ACID/D-GLUCURONOLACTONE/D-(+)-GALACTURONIC ACID 0.74 193.0360 DISACCHARIDE (6C/6C)/2-alpha-D-glucosyl-D-glucose 0.84 377.0869 D-SACCHARIC ACID 33037 0.72 209.0310 FERULATE 445858 8.35 193.0511 Ferulic acid sulfate_R1 6305574 8.11 273.0087 Ferulic acid sulfate_R2 6305574 8.25 273.0086 GLUCONIC ACID/D-GULONIC ACID GAMA-LACTONE 0.71 195.0516 GLUCOSE/FRUCTOSE_R1 5793 0.72 217.0305 GLUCOSE/FRUCTOSE_R2 C00293/C01496 0.72 215.0336 GLUTATHIONE 124886 1.51 306.0775 GLYCERIC ACID 439194 0.79 105.0188 GLYCOLATE 757 0.89 75.0084 GUANINE 764 1.44 150.0421 Guanosine 6802 6.28 282.0855 HEXANESULFONIC ACID 49937 7.91 165.0563 HEXANESULFONIC ACID-Sulfate 8.10 79.9568 HYDROQUINONE 785 7.42 109.0296 Inosine_R1 C00294 0.95 267.0730 Inosine_R2 C00294 0.84 267.0729 ISOCITRIC ACID 1198 1.14 191.0204 Kynurenic Acid 3845 7.63 188.0356 L-2-PHOSPHOGLYCERIC ACID 439278 0.74 184.9859 L-ARGININE 6322 0.70 173.1050 L-CYSTATHIONINE 439258 0.71 221.0603 L-GLUTAMIC ACID 33032 0.75 146.0464 L-GLUTAMINE 5961 0.72 145.0623 L-HISTIDINE 6274 0.69 154.0628 L-ISOLEUCINE_R1 6306 2.40 130.0878 L-ISOLEUCINE_R2 6306 2.16 130.0878 L-METHIONINE 6137 1.36 148.0441 L-Phenylalanine-13C6 71309396 6.19 170.0925 L-SERINE 5951 0.71 104.0355 L-TYROSINE 6057 3.32 180.0672 L-Tyrosine-13C6 12144755 3.31 186.0873 L-VALINE 6287 1.08 116.0721 LysoPE (16:0) 13.44 452.2800 MALATE 92824 1.05 133.0148 MALONATE 867 1.19 103.0038 Mannitol 6251 0.71 181.0722 METHYL BETA-D-GALACTOSIDE 94214 0.98 193.0724 Myo-Inositol D6 0.68 231.1000 N-ACETYL-DL-GLUTAMIC ACID 185 2.14 188.0571 N-ACETYL-DL-SERINE 352294 1.06 146.0464 N-ACETYLGLYCINE 10972 1.17 116.0357 N-ACETYL-L-ASPARTIC ACID 65065 1.59 174.0414 N-BOC-L-Aspartic Acid_R1 158.0101 N-BOC-L-Aspartic Acid_R2 232.0837 N-BOC-L-tert-Leucine_R1 10.85 230.1404 N-BOC-L-tert-Leucine_R2 10.85 156.0672 N-BOC-L-Tryptophan_R1 303.1361 N-BOC-L-Tryptophan_R2 229.0625 Nicotinamide ribotide 14180 1.22 379.0559 N-METHYL-L-GLUTAMATE 439377 0.91 160.0621 OXALOACETATE 970 1.06 130.9991 PICOLINIC ACID 1018 1.28 122.0252 Proline 614 C16435 0.94 114.0564 PYRIDOXAL 1050 1.85 166.0517 QUINATE 6508 0.81 191.0568 ROSMARINIC ACID 1100862 8.94 359.0788 S-(5'-ADENOSYL)-L-HOMOCYSTEINE 439155 4.76 383.1161 Salicylic Acid-D4 46782907 9.92 141.0502 SARCOSINE/BETA-ALANINE 0.76 88.0402 (S)-DIHYDROOROTATE 439216 1.25 157.0259 SHIKIMATE_R1 8742 1.05 173.0461 SHIKIMATE_R2 8742 1.16 173.0461 SUCCINATE 1110 2.23 117.0197 SUCCINIC ACID-13C4 16213533 2.23 121.0312 TARTARIC ACID_R1 444305 1.12 149.0094 TARTARIC ACID_R2 444305 0.83 149.0096 TAURINE 1123 0.85 124.0076 THREONINE/HOMOSERINE 0.71 118.0514 Tryptophan 6305 7.62 203.0835 Tryptophan-2,3,3-D3 7.64 206.1024 URATE 1175 1.79 167.0218 URIDINE 6029 2.76 243.0629 Vanilloloside 44577222 7.84 315.1096 XANTHINE 1188 2.44 151.0267 Xanthurenic Acid 5699 7.45 204.0309 METABOLITES_END #END