#METABOLOMICS WORKBENCH cwilso6_20200602_111630 DATATRACK_ID:2037 STUDY_ID:ST001403 ANALYSIS_ID:AN002345 VERSION 1 CREATED_ON 07-31-2023 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Ontogeny related changes in the pediatric liver metabolome PR:PROJECT_SUMMARY A major challenge in implementing personalized medicine in pediatrics is PR:PROJECT_SUMMARY identifying appropriate drug dosages for children. The majority of drug dosing PR:PROJECT_SUMMARY studies have been based on adult populations, often with modification of the PR:PROJECT_SUMMARY dosing for children based on size and weight. However, the growth and PR:PROJECT_SUMMARY development experienced by children between birth and adulthood represents a PR:PROJECT_SUMMARY dynamically changing biological system, with implications for effective drug PR:PROJECT_SUMMARY dosing, efficacy as well as potential drug toxicity. The purpose of this study PR:PROJECT_SUMMARY was to apply a metabolomics approach to gain preliminary insights into the PR:PROJECT_SUMMARY ontogeny of liver function from newborn to adolescent. PR:INSTITUTE Moffitt Cancer Center PR:LAST_NAME Fridley PR:FIRST_NAME Brooke PR:ADDRESS 12902 USF Magnolia Dr PR:EMAIL brooke.fridley@moffitt.org PR:PHONE 813-745-1461 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8BM3B #STUDY ST:STUDY_TITLE Ontogeny related changes in the pediatric liver metabolome (part-II) ST:STUDY_SUMMARY A major challenge in implementing personalized medicine in pediatrics is ST:STUDY_SUMMARY identifying appropriate drug dosages for children. The majority of drug dosing ST:STUDY_SUMMARY studies have been based on adult populations, often with modification of the ST:STUDY_SUMMARY dosing for children based on size and weight. However, the growth and ST:STUDY_SUMMARY development experienced by children between birth and adulthood represents a ST:STUDY_SUMMARY dynamically changing biological system, with implications for effective drug ST:STUDY_SUMMARY dosing, efficacy as well as potential drug toxicity. The purpose of this study ST:STUDY_SUMMARY was to apply a metabolomics approach to gain preliminary insights into the ST:STUDY_SUMMARY ontogeny of liver function from newborn to adolescent. ST:INSTITUTE Moffitt Cancer Center ST:LAST_NAME Fridley ST:FIRST_NAME Brooke ST:ADDRESS 12902 Magnolia Drive ST:EMAIL brooke.fridley@moffitt.org ST:PHONE 813-745-1461 ST:SUBMIT_DATE 2020-06-02 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Human SU:SUBJECT_SPECIES Homo sapiens SU:TAXONOMY_ID 9606 SU:AGE_OR_AGE_RANGE 0-18 years old SU:GENDER Male and female #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH64 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH70994 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH71281 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH885 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH8906 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH8910 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH8935 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9027 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9032 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9127 GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH346 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH617 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH677 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH689 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH792 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH872 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH8926 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9011 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9023 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9036 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9101 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9608 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9609 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9612 GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH1860 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH70898 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH71000 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH8902 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH8917 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH8920 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH8925 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9003 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9006 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9013 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH9611 GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH1055 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH1157 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH1281 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH1296 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH1325 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH1547 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH435 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH569 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH759 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH774 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH780 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH825 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - CMH86 GROUP_DESCRIPTION:< 1 year of age #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Postmortem pediatric human liver tissue samples were obtained through the Brain CO:COLLECTION_SUMMARY and Tissue Bank for Developmental Disorders at the University of Maryland CO:COLLECTION_SUMMARY (Baltimore, MD), the Liver Tissue Cell Distribution System (LTCDS; University of CO:COLLECTION_SUMMARY Pittsburgh and University of Minnesota), and XenoTech LLC (Lenexa, KS). The use CO:COLLECTION_SUMMARY of these tissues was classified as nonhuman subject research by the Children's CO:COLLECTION_SUMMARY Mercy Hospital Pediatric Institutional Review Board A replication set of CO:COLLECTION_SUMMARY post-mortem liver tissue samples from autopsy of fetuses (from therapeutic CO:COLLECTION_SUMMARY abortions or stillbirths) and infants was provided by the Erasmus Medical Center CO:COLLECTION_SUMMARY Tissue Bank, Sophia Children’s Hospital, Rotterdam, The Netherlands. Tissue CO:COLLECTION_SUMMARY was procured at the time of autopsy within 24 h after death and snap-frozen at CO:COLLECTION_SUMMARY −80 °C for later research use. The Erasmus Medical Center Research Ethics CO:COLLECTION_SUMMARY Board waived the need for formal ethics approval according to the Dutch Law on CO:COLLECTION_SUMMARY Medical Research in Humans. Tissue was collected when parental written informed CO:COLLECTION_SUMMARY consent for both autopsy and the explicit use of the tissue for research was CO:COLLECTION_SUMMARY present. Samples were selected based on the absence of a clinical diagnosis or CO:COLLECTION_SUMMARY medications affecting the liver (CMH and Erasmus), and tissue that was CO:COLLECTION_SUMMARY histologically normal (Erasmus). Samples were stratified into four age groups: CO:COLLECTION_SUMMARY less than one year of age (age group 1), one to less than six years (age group CO:COLLECTION_SUMMARY 2), six to less than 12 years (age group 3), and 12 to 18 years of age (age CO:COLLECTION_SUMMARY group 4). In total 98 liver samples were available for metabolomic analysis. CO:SAMPLE_TYPE Liver #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY No treatment. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Given that the metabolomic platform changed between the first analysis and the SP:SAMPLEPREP_SUMMARY sample set containing the replication samples, the second experiment examined SP:SAMPLEPREP_SUMMARY the entire set of 98 samples. The same 48 samples previously processed in SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Experiment 1 and designated as “batch 1” above were re-analyzed on the new SP:SAMPLEPREP_SUMMARY platform, with the results designated “batch 2”. The replication samples SP:SAMPLEPREP_SUMMARY from Erasmus/Sophia Children’s Hospital and additional samples from CMH (N=50) SP:SAMPLEPREP_SUMMARY are designated as “batch 3”. Following the sample extraction, the resulting SP:SAMPLEPREP_SUMMARY extract was analyzed using a Waters ACQUITY ultra-performance liquid SP:SAMPLEPREP_SUMMARY chromatography (UPLC) and a Thermo Scientific Q-Exactive high SP:SAMPLEPREP_SUMMARY resolution/accurate mass spectrometer interfaced with a heated electrospray SP:SAMPLEPREP_SUMMARY ionization (HESI-II) source and Orbitrap mass analyzer operated at 35,000 mass SP:SAMPLEPREP_SUMMARY resolution (Evans et al., 2014). Four methods were utilized: two separate SP:SAMPLEPREP_SUMMARY reverse phase (RP)/UPLC-MS/MS methods with positive ion mode electrospray SP:SAMPLEPREP_SUMMARY ionization (ESI), RP/UPLC-MS/MS with negative ion mode ESI, and HILIC/UPLC-MS/MS SP:SAMPLEPREP_SUMMARY with negative ion mode ESI. The MS analysis alternated between MS and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY data-dependent MSn scans using dynamic exclusion. The scan range varied slightly SP:SAMPLEPREP_SUMMARY between methods but covered 70-1000 m/z. The final experiment 2 metabolomic SP:SAMPLEPREP_SUMMARY dataset comprised a total of 971 biochemicals, 779 compounds of known identity SP:SAMPLEPREP_SUMMARY (named biochemicals) and 192 compounds of unknown structural identity. #CHROMATOGRAPHY CH:INSTRUMENT_NAME Waters Acquity CH:COLUMN_NAME Waters Acquity BEH C8 (100 x 2.1mm,1.7um) CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Metabolon MS:ION_MODE UNSPECIFIED MS:MS_RESULTS_FILE ST001403_AN002345_Results.txt UNITS:m/z #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS estimated abundances MS_METABOLITE_DATA_START Samples CMH64 CMH70994 CMH71281 CMH885 CMH8906 CMH8910 CMH8935 CMH9027 CMH9032 CMH9127 CMH346 CMH617 CMH677 CMH689 CMH792 CMH872 CMH8926 CMH9011 CMH9023 CMH9036 CMH9101 CMH9608 CMH9609 CMH9612 CMH1860 CMH70898 CMH71000 CMH8902 CMH8917 CMH8920 CMH8925 CMH9003 CMH9006 CMH9013 CMH9611 CMH1157 CMH1281 CMH1296 CMH1325 CMH1547 CMH435 CMH569 CMH759 CMH774 CMH780 CMH825 CMH86 Factors GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:12 to 18 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:1 to 5.99 years GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years GROUP_DESCRIPTION:6 to 11.99 years 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(ethanedioate) 5260969.0000 3723819.0000 3200132.0000 7239190.0000 7778243.0000 5757028.0000 5237210.0000 4537376.0000 4023069.0000 7005535.0000 3112540.0000 4876172.0000 2994295.0000 4077370.0000 4308111.0000 3931616.0000 3155875.0000 8806823.0000 4976554.0000 6709745.0000 9790050.0000 7747815.0000 7375036.0000 6649334.0000 4738152.0000 5526126.0000 3337254.0000 6734547.0000 5464097.0000 5780572.0000 2512480.0000 4734095.0000 8375290.0000 3277620.0000 6481581.0000 6121532.0000 5708565.0000 3920242.0000 5393141.0000 3318969.0000 4412702.0000 12782385.0000 3937164.0000 5129700.0000 4904308.0000 4599596.0000 8326377.0000 oxypurinol 38731848.0000 54436812.0000 74909072.0000 158089104.0000 111013128.0000 157185392.0000 109709856.0000 138992672.0000 182179568.0000 137454.0000 129806328.0000 158832128.0000 187244928.0000 187202768.0000 152039744.0000 176653888.0000 169720528.0000 166638432.0000 180169696.0000 133569232.0000 135978048.0000 95307472.0000 157851232.0000 173395760.0000 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aconitate [cis or trans] C00417 adenine C00147 adenosine C00212 adenosine 2'-monophosphate (2'-AMP) C00946 adenosine 3',5'-cyclic monophosphate (cAMP) C00575 adenosine 3',5'-diphosphate C00054 adenosine 3'-monophosphate (3'-AMP) C01367 adenosine 5'-diphosphate (ADP) C00008 adenosine 5'-diphosphoribose (ADP-ribose) C00301 adenosine 5'-monophosphate (AMP) C00020 adenylosuccite C03794 adipate C06104 adipoylcarnitine adrete (22:4n6) C16527 alanine C00041 alanylleucine allantoin C02350 alpha-hydroxyisovalerate alpha-hydroxyisovaleroyl carnitine* alpha-ketoglutarate C00026 alpha-tocopherol C02477 anserine C01262 anthranilate C00108 arabitol/xylitol arabote/xylote arachidate (20:0) C06425 arachidonoyl ethanolamide C11695 arachidote (20:4n6) C00219 arginine C00062 argininosuccite C03406 ascorbate (Vitamin C) C00072 asparagine C00152 aspartate C00049 azelate (nonedioate) C08261 azeloylcarnitine behenoyl sphingomyelin (d18:1/22:0)* benzoate C00180 benzoylcarnitine* benzyl alcohol glucuronide 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uracil C00106 urate C00366 urea C00086 uridine C00299 uridine 2'-monophosphate (2'-UMP)* uridine 3'-monophosphate (3'-UMP) valerylglycine valine C00183 valylglutamine valylglycine valylleucine vanillylmandelate (VMA) C05584 vecuronium venlafaxine C07187 xanthine C00385 xanthosine C01762 METABOLITES_END #END