#METABOLOMICS WORKBENCH juliehaines_20220615_085742 DATATRACK_ID:3306 STUDY_ID:ST002200 ANALYSIS_ID:AN003600 VERSION 1 CREATED_ON 07-26-2022 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Human Trisome Project Plasma Metabolomics v1 PR:PROJECT_SUMMARY Analysis of metabolite relative abundance in blood plasma from 316 individuals PR:PROJECT_SUMMARY with trisomy 21 (T21, Down syndrome) and 103 euploid controls. This dataset PR:PROJECT_SUMMARY focuses on hydrophilic metabolites and oxylipins and is part of the Human PR:PROJECT_SUMMARY Trisome Project (HTP, http://www.trisome.org/) run by the Linda Crnic Institute PR:PROJECT_SUMMARY for Down Syndrome at the University of Colorado Anschutz Medical Campus. This PR:PROJECT_SUMMARY data is generated from samples matched at the blood draw to multiple omics PR:PROJECT_SUMMARY datasets including proteomics, cytokine profiling, RNA-seq, and mass cytometry. PR:PROJECT_SUMMARY The HTP is an in-depth study of people with Down syndrome using the latest PR:PROJECT_SUMMARY technologies in precision medicine. The goal of the HTP is to enable advanced PR:PROJECT_SUMMARY therapeutic approaches to enhance the quality of life and extend the lifespan of PR:PROJECT_SUMMARY those with trisomy 21 through the study of the co-occurring conditions of Down PR:PROJECT_SUMMARY syndrome. The HTP leverages a multidisciplinary team of biomedical researchers, PR:PROJECT_SUMMARY clinicians and data scientists located across multiple departments, divisions, PR:PROJECT_SUMMARY institutes and centers at the University of Colorado who work together toward a PR:PROJECT_SUMMARY single goal: to decipher why people with trisomy 21 have a different disease PR:PROJECT_SUMMARY spectrum, being predisposed to some medical conditions while being protected PR:PROJECT_SUMMARY from others. The HTP Biobank provides de-identified samples and clinical PR:PROJECT_SUMMARY information to collaborators that are necessary for investigations that advance PR:PROJECT_SUMMARY our understanding of several co-occurring medical conditions in Down syndrome. PR:PROJECT_SUMMARY Studies using samples and data from the HTP Biobank are enabling the development PR:PROJECT_SUMMARY of novel diagnostics and therapeutic approaches, serving not only individuals PR:PROJECT_SUMMARY with Down syndrome, but also the billions worldwide affected by conditions that PR:PROJECT_SUMMARY commonly co-occur in Down syndrome. This collaborative and multi-disciplinary PR:PROJECT_SUMMARY model allows for one of the largest and most comprehensive studies of PR:PROJECT_SUMMARY individuals with Down syndrome to date, including extensive characterization at PR:PROJECT_SUMMARY the clinical, physiological, cellular and molecular levels. PR:INSTITUTE University of Colorado Denver PR:LABORATORY PIs - Joaquin Espinosa and Angelo D'Alessandro PR:LAST_NAME Haines PR:FIRST_NAME Julie PR:ADDRESS 12801 E 17th Ave, Room 1303, Aurora, Colorado, 80045, USA PR:EMAIL julie.haines@cuanschutz.edu PR:PHONE 3037243339 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8C99T #STUDY ST:STUDY_TITLE Human Trisome Project Plasma Metabolomics v1 ST:STUDY_SUMMARY Analysis of metabolite relative abundance in blood plasma from 316 individuals ST:STUDY_SUMMARY with trisomy 21 (T21, Down syndrome) and 103 euploid controls. This dataset is ST:STUDY_SUMMARY part of the Human Trisome Project run by the Linda Crnic Institute for Down ST:STUDY_SUMMARY Syndrome at the University of Colorado Anschutz Medical Campus. ST:STUDY_SUMMARY http://www.trisome.org/ ST:INSTITUTE University of Colorado Denver ST:LABORATORY PIs - Joaquin Espinosa and Angelo D'Alessandro ST:LAST_NAME Haines ST:FIRST_NAME Julie ST:ADDRESS 12801 E 17th Ave, Room 1303, Aurora, Colorado, 80045, USA ST:EMAIL julie.haines@cuanschutz.edu ST:PHONE 3037243339 ST:SUBMIT_DATE 2022-06-15 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Human SU:SUBJECT_SPECIES Homo sapiens SU:TAXONOMY_ID 9606 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-010 Group:D21 RAW_FILE_NAME=H-010; HTP ID=HTP0355B SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-034 Group:D21 RAW_FILE_NAME=H-034; HTP ID=HTP0492B SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-036 Group:D21 RAW_FILE_NAME=H-036; HTP ID=HTP0495B SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-037 Group:D21 RAW_FILE_NAME=H-037; HTP ID=HTP0493B SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-043 Group:D21 RAW_FILE_NAME=H-043; HTP ID=HTP0520B SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-051 Group:D21 RAW_FILE_NAME=H-051; HTP ID=HTP0146B SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-054 Group:D21 RAW_FILE_NAME=H-054; 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HTP ID=HTP0262A2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-332 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-332; HTP ID=HTP0230A2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-333 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-333; HTP ID=HTP0375A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-334 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-334; HTP ID=HTP0407A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-335 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-335; HTP ID=HTP0415A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-336 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-336; HTP ID=HTP0445A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-337 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-337; HTP ID=HTP0476A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-338 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-338; HTP ID=HTP0066A2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-344 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-344; HTP ID=HTP0005A3 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-345 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-345; HTP ID=HTP0025A3 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-350 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-350; HTP ID=HTP0050A3 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-358 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-358; HTP ID=HTP0439A2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-359 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-359; HTP ID=HTP0070A3 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-360 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-360; HTP ID=HTP0534A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-361 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-361; HTP ID=HTP0213A3 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-362 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-362; HTP ID=HTP0537A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-363 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-363; HTP ID=HTP0546A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-364 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-364; HTP ID=HTP0548A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-366 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-366; HTP ID=HTP0539A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-368 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-368; HTP ID=HTP0226A3 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-372 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-372; HTP ID=HTP0572A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-373 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-373; HTP ID=HTP0574A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-375 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-375; HTP ID=HTP0578A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-376 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-376; HTP ID=HTP0277A3 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-377 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-377; HTP ID=HTP0598A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-378 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-378; HTP ID=HTP0600A SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - H-379 Group:T21 RAW_FILE_NAME=H-379; 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Written CO:COLLECTION_SUMMARY informed consent was obtained from all study participants or their legal CO:COLLECTION_SUMMARY guardians. Data were generated from deidentified biospecimens and linked to CO:COLLECTION_SUMMARY demographics and clinical metadata for analysis. Peripheral blood samples were CO:COLLECTION_SUMMARY collected into BD Vacutainer K2 EDTA tubes (BD, Cat # 366643) and processed CO:COLLECTION_SUMMARY within 2 hrs of blood draw by centrifugation at 700 x g for 15 min to separate CO:COLLECTION_SUMMARY plasma, buffy coat (white blood cells, WBCs), and red blood cells (RBCs) which CO:COLLECTION_SUMMARY were aliquoted, flash-frozen, and stored at -80°C. Subsequent processing was CO:COLLECTION_SUMMARY carried out as described below, with aliquots selected to minimize freeze/thaw CO:COLLECTION_SUMMARY cycles. CO:SAMPLE_TYPE Blood (plasma) #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY n/a #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Metabolite extraction: Samples were thawed on ice and 20 μL of sample was SP:SAMPLEPREP_SUMMARY diluted in 480 μL of LC-MS grade cold methanol/acetonitrile/water (5:3:2). SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Samples were incubated at 4°C for 30 min with vigorous vortexing. Supernatants SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were clarified by centrifugation (10 min, 18,213 g, 4C) then 50 uL aliquots were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY transferred to autosampler vials. Lipid extraction: Samples were thawed on ice SP:SAMPLEPREP_SUMMARY and 10 uL of sample was diluted in 90 uL of LC-MS grade cold methanol. Samples SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were briefly vortexed to mix then incubated for 30 min at -20C. Supernatants SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were clarified by centrifugation (10 min, 18,213 g, 4C) then 25 uL aliquots were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY transferred to autosampler vials and diluted with 25 uL of 10 mM ammonium SP:SAMPLEPREP_SUMMARY acetate. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY 5 minute negative metabolites CH:METHODS_FILENAME Merged_chromatography_methods_metabolites_and_lipids.docx CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Vanquish CH:COLUMN_NAME Phenomenex Kinetex C18 2.1 x 150 mm, 1.7 um CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Resolution 70,000, scan range 65-900 m/z, maximum injection time 200 ms, MS:MS_COMMENTS microscans 2, automatic gain control (AGC) 3 x 10^6 ions, source voltage 4.0 kV, MS:MS_COMMENTS capillary temperature 320 C, and sheath gas 45, auxiliary gas 15, and sweep gas MS:MS_COMMENTS 0 (all nitrogen). Data converted to mzXML using RawConverter. Metabolites were MS:MS_COMMENTS annotated and integrated using Maven in conjunction with the KEGG database. MS:ION_MODE NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS peak area MS_METABOLITE_DATA_START Samples H-010 H-034 H-036 H-037 H-043 H-051 H-054 H-056 H-057 H-058 H-059 H-063 H-065 H-066 H-069 H-076 H-077 H-080 H-081 H-082 H-084 H-085 H-088 H-089 H-091 H-092 H-101 H-137 H-152 H-154 H-162 H-169 H-170 H-171 H-176 H-177 H-183 H-206 H-224 H-231 H-240 H-243 H-244 H-256 H-261 H-264 H-281 H-283 H-290 H-292 H-294 H-298 H-299 H-300 H-301 H-302 H-307 H-309 H-310 H-311 H-312 H-313 H-314 H-315 H-316 H-320 H-321 H-322 H-323 H-324 H-325 H-326 H-327 H-328 H-329 H-330 H-339 H-340 H-341 H-342 H-343 H-346 H-347 H-348 H-349 H-351 H-352 H-353 H-354 H-355 H-356 H-357 H-365 H-367 H-369 H-370 H-371 H-374 H-388 H-389 H-392 H-398 H-419 H-001 H-002 H-003 H-004 H-005 H-006 H-007 H-008 H-009 H-011 H-012 H-013 H-014 H-015 H-016 H-017 H-018 H-019 H-020 H-021 H-022 H-023 H-024 H-025 H-026 H-027 H-028 H-029 H-030 H-031 H-032 H-033 H-035 H-038 H-039 H-040 H-041 H-042 H-044 H-045 H-046 H-047 H-048 H-049 H-050 H-052 H-053 H-055 H-060 H-061 H-062 H-064 H-067 H-068 H-070 H-071 H-072 H-073 H-074 H-075 H-078 H-079 H-083 H-086 H-087 H-090 H-093 H-094 H-095 H-096 H-097 H-098 H-099 H-100 H-102 H-103 H-104 H-105 H-106 H-107 H-108 H-109 H-110 H-111 H-112 H-113 H-114 H-115 H-116 H-117 H-118 H-119 H-120 H-121 H-122 H-123 H-124 H-125 H-126 H-127 H-128 H-129 H-130 H-131 H-132 H-133 H-134 H-135 H-136 H-138 H-139 H-140 H-141 H-142 H-143 H-144 H-145 H-146 H-147 H-148 H-149 H-150 H-151 H-153 H-155 H-156 H-157 H-158 H-159 H-160 H-161 H-163 H-164 H-165 H-166 H-167 H-168 H-172 H-173 H-174 H-175 H-178 H-179 H-180 H-181 H-182 H-184 H-185 H-186 H-187 H-188 H-189 H-190 H-191 H-192 H-193 H-194 H-195 H-196 H-197 H-198 H-199 H-200 H-201 H-202 H-203 H-204 H-205 H-207 H-208 H-209 H-210 H-211 H-212 H-213 H-214 H-215 H-216 H-217 H-218 H-219 H-220 H-221 H-222 H-223 H-225 H-226 H-227 H-228 H-229 H-230 H-232 H-233 H-234 H-235 H-236 H-237 H-238 H-239 H-241 H-242 H-245 H-246 H-247 H-248 H-249 H-250 H-251 H-252 H-253 H-254 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