#METABOLOMICS WORKBENCH spencerw_20221114_201308 DATATRACK_ID:3572 STUDY_ID:ST002348 ANALYSIS_ID:AN003833 VERSION 1 CREATED_ON 12-12-2022 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Metabolite profiling of glycolytic and sulfoglycolytic E. coli PR:PROJECT_SUMMARY Targeted comparative metabolite profiling of glucose-grown and PR:PROJECT_SUMMARY sulfoquinovose-grown E. coli BW25113 PR:INSTITUTE University of Melbourne PR:LAST_NAME Williams PR:FIRST_NAME Spencer PR:ADDRESS 05, 532, David Penington Building, Parkville, 3010, VIC, Australia PR:EMAIL sjwill@unimelb.edu.au PR:PHONE +61383442422 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8RX35 #STUDY ST:STUDY_TITLE Comparative metabolite profiling of glycolytic and sulfoglycolytic E. coli ST:STUDY_SUMMARY Glycolytic E. coli (E. coli grown on glucose as a sole carbon source) and ST:STUDY_SUMMARY sulfoglycolytic E. coli (E. coli grown on the sulfosugar sulfoquinovose as a ST:STUDY_SUMMARY sole carbon source) were grown to mid-log phase in M9 minimal medium. Samples ST:STUDY_SUMMARY were harvested at mid-log phase and analysed using GC-EI-QqQ-MS. ST:INSTITUTE University of Melbourne ST:LAST_NAME Williams ST:FIRST_NAME Spencer ST:ADDRESS 05, 532, David Penington Building, Parkville, 3010, VIC, Australia ST:EMAIL sjwill@unimelb.edu.au ST:PHONE +61383442422 ST:SUBMIT_DATE 2022-11-14 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Bacteria SU:SUBJECT_SPECIES Escherichia coli SU:TAXONOMY_ID 562 SU:GENOTYPE_STRAIN BW25113 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM Glc 1 Factor:Glc RAW_FILE_NAME=JM Glc 1_UNK-0004_17102019_4.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM Glc 2 Factor:Glc RAW_FILE_NAME=JM Glc 2_UNK-0006_17102019_6.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM Glc 3 Factor:Glc RAW_FILE_NAME=JM Glc 3_UNK-0009_17102019_9.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM Glc 4 Factor:Glc RAW_FILE_NAME=JM Glc 4_UNK-0012_17102019_12.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM Glc 5 Factor:Glc RAW_FILE_NAME=JM Glc 5_UNK-0015_17102019_15.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM Glc 6 Factor:Glc RAW_FILE_NAME=JM Glc 6_UNK-0017_17102019_17.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - PBQC 1 Factor:PBQC RAW_FILE_NAME=PBQC 1_UNK-0003_17102019_3.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - PBQC 2 Factor:PBQC RAW_FILE_NAME=PBQC 2_UNK-0008_17102019_8.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - PBQC 3 Factor:PBQC RAW_FILE_NAME=PBQC 3_UNK-0014_17102019_14.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - PBQC 4 Factor:PBQC RAW_FILE_NAME=PBQC 4_UNK-0019_17102019_19.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM SQ 1 Factor:SQ RAW_FILE_NAME=JM SQ 1_UNK-0005_17102019_5.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM SQ 2 Factor:SQ RAW_FILE_NAME=JM SQ 2_UNK-0007_17102019_7.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM SQ 3 Factor:SQ RAW_FILE_NAME=JM SQ 3_UNK-0010_17102019_10.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM SQ 4 Factor:SQ RAW_FILE_NAME=JM SQ 4_UNK-0013_17102019_13.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM SQ 5 Factor:SQ RAW_FILE_NAME=JM SQ 5_UNK-0016_17102019_16.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - JM SQ 6 Factor:SQ RAW_FILE_NAME=JM SQ 6_UNK-0018_17102019_18.mzXML #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Cells were metabolically arrested by infusing with ice-cold PBS and washed with CO:COLLECTION_SUMMARY PBS. CO:SAMPLE_TYPE Bacterial cells #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY E. coli adapted to growth on the relevant substrate was grown on M9 minimal TR:TREATMENT_SUMMARY medium containing either Glc or SQ as a sole carbon source until mid-log phase TR:TREATMENT_SUMMARY was achieved. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Cell pellets were resuspended in chilled extraction solution (500 µL) comprised SP:SAMPLEPREP_SUMMARY of 3:1 MeOH: H2O and (13C5, 15N)valine (1 mM, 0.5 µL) and (13C6)sorbitol (1 mM, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 0.5 µL) as internal standards. The suspensions were subjected to freeze-thaw SP:SAMPLEPREP_SUMMARY cycles to facilitate lysis of the cells (30 s in liquid N2, 30 s in a dry SP:SAMPLEPREP_SUMMARY ice/EtOH bath for 10 cycles), and shaken (9000 rpm, 10 min, 2°C). The samples SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were then centrifuged (12700 rpm, 5 min, 1°C). The cell lysate supernatant was SP:SAMPLEPREP_SUMMARY transferred into glass inserts and dried. All samples were washed with MeOH (50 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY µL). All samples were methoximated with methoxylamine hydrochloride solution SP:SAMPLEPREP_SUMMARY (30 mg/mL in pyridine, 20 µL) for 2 h at 37°C, followed by trimethylsilyation SP:SAMPLEPREP_SUMMARY in BSTFA + 1% TMCS (20 µL) for 1 h at 37°C with continuous mixing. Samples SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were incubated at rt for 1 h prior to GC-MS analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:METHODS_FILENAME Chromatograph_Glc_SQ_E_coli.pdf CH:INSTRUMENT_NAME Shimadzu GC-2010 CH:COLUMN_NAME J&W DB-5 (30 m × 0.25mm,1.00um) CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE GC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Shimazu TQ8040 MS:INSTRUMENT_TYPE Triple quadrupole MS:MS_TYPE EI MS:MS_COMMENTS Please see attached file. MS:ION_MODE UNSPECIFIED #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS a.u. MS_METABOLITE_DATA_START Samples JM Glc 1 JM Glc 2 JM Glc 3 JM Glc 4 JM Glc 5 JM Glc 6 PBQC 1 PBQC 2 PBQC 3 PBQC 4 JM SQ 1 JM SQ 2 JM SQ 3 JM SQ 4 JM SQ 5 JM SQ 6 Factors Factor:Glc Factor:Glc Factor:Glc Factor:Glc Factor:Glc Factor:Glc Factor:PBQC Factor:PBQC Factor:PBQC Factor:PBQC Factor:SQ Factor:SQ Factor:SQ Factor:SQ Factor:SQ Factor:SQ 1_2_3-Trihydroxybenzene 14550.0000 22906.0000 18905.0000 15611.0000 15803.0000 17963.0000 2205.0000 20839.0000 18388.0000 20191.0000 20304.0000 19771.0000 18606.0000 17309.0000 15470.0000 17385.0000 1-Hexadecanol 66841.0000 114046.0000 98442.0000 70041.0000 103939.0000 83901.0000 72707.0000 69085.0000 49457.0000 48786.0000 48400.0000 39293.0000 56966.0000 53408.0000 58939.0000 47011.0000 2-Aminoheptanedioic acid 72815.0000 62555.0000 97821.0000 53466.0000 38164.0000 59531.0000 37933.0000 35557.0000 54313.0000 37486.0000 37971.0000 18956.0000 39262.0000 32162.0000 36652.0000 17433.0000 2-Deoxyglucose 19098.0000 9248.0000 9613.0000 12069.0000 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2841.0000 1646.0000 1579.0000 3862.0000 3970.0000 2344.0000 3197.0000 3952.0000 3363.0000 2865.0000 Gluconolactone 39563.0000 55649.0000 57543.0000 44239.0000 36679.0000 40938.0000 36089.0000 51588.0000 44742.0000 49043.0000 37706.0000 49195.0000 47172.0000 52549.0000 50826.0000 56251.0000 Glucose 6-phosphate 24852.0000 42638.0000 130557.0000 43279.0000 68871.0000 47590.0000 21536.0000 27826.0000 33446.0000 56501.0000 97182.0000 35899.0000 26552.0000 50940.0000 29482.0000 35016.0000 Glucose 6-phosphate2 321126.0000 242951.0000 261581.0000 280592.0000 195626.0000 203185.0000 239545.0000 247898.0000 330417.0000 584912.0000 577923.0000 670681.0000 272832.0000 710634.0000 772113.0000 509045.0000 Glutamate_ gamma-methyl ester 215352.0000 243808.0000 261046.0000 250872.0000 111698.0000 207538.0000 205333.0000 221201.0000 216651.0000 237068.0000 174398.0000 228401.0000 222674.0000 300225.0000 289413.0000 290675.0000 Glutaric acid 38021.0000 24530.0000 28860.0000 21911.0000 20606.0000 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6648.0000 3519.0000 1846.0000 2138.0000 6361.0000 Hydroquinone 13135.0000 16238.0000 17865.0000 14412.0000 14531.0000 13323.0000 9012.0000 17735.0000 12034.0000 19786.0000 18376.0000 18965.0000 16293.0000 18289.0000 19231.0000 18932.0000 Hydroxylamine 9470698.0000 8576032.0000 7583100.0000 7851980.0000 6303281.0000 6702645.0000 9872212.0000 9376407.0000 8693664.0000 6975347.0000 10829196.0000 9113458.0000 8284552.0000 6990999.0000 7011132.0000 7369829.0000 ISTD_Leucine 394697.0000 435606.0000 373608.0000 396185.0000 325734.0000 305953.0000 323047.0000 396390.0000 342984.0000 372194.0000 403060.0000 382843.0000 351267.0000 360278.0000 345363.0000 367359.0000 Itaconic acid 231752.0000 197548.0000 197235.0000 221582.0000 106921.0000 142191.0000 117359.0000 118670.0000 114672.0000 115390.0000 71371.0000 70271.0000 51714.0000 70587.0000 58036.0000 65881.0000 ITSD_Sorbitol 2150013.0000 2035166.0000 2332039.0000 1976472.0000 1337122.0000 1377999.0000 1863097.0000 1110583.0000 1302460.0000 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36068.0000 44879.0000 37045.0000 34479.0000 32967.0000 30227.0000 30925.0000 31657.0000 31279.0000 33194.0000 31663.0000 32083.0000 25404.0000 28670.0000 26800.0000 30403.0000 Lactitol 206421.0000 191126.0000 144095.0000 219915.0000 61887.0000 64613.0000 214003.0000 170074.0000 192003.0000 239805.0000 202270.0000 336544.0000 231716.0000 348666.0000 368055.0000 308077.0000 L-Arginine 110983.0000 95675.0000 79234.0000 69725.0000 51568.0000 43250.0000 28523.0000 8438.0000 7037.0000 4335.0000 4160.0000 5659.0000 4697.0000 5267.0000 2958.0000 1576.0000 L-Asparagine 589099.0000 594627.0000 430762.0000 444081.0000 340766.0000 334614.0000 33276.0000 22206.0000 26908.0000 20089.0000 5510.0000 272.0000 3457.0000 2390.0000 3126.0000 5394.0000 L-Aspartic acid 71149.0000 83237.0000 55879.0000 62328.0000 41676.0000 46790.0000 55697.0000 81437.0000 58417.0000 77587.0000 75997.0000 84918.0000 98642.0000 107556.0000 101924.0000 93323.0000 L-Cysteine 464112.0000 756509.0000 338181.0000 1041343.0000 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29756.0000 15309.0000 9133.0000 11369.0000 19308.0000 10873.0000 9993.0000 Niacinamide 4589113.0000 4310808.0000 3907437.0000 4246264.0000 3747130.0000 3968410.0000 2793654.0000 3655382.0000 4015353.0000 4222433.0000 3689693.0000 3906873.0000 4353270.0000 3688319.0000 3930649.0000 3797338.0000 Nicotinic acid 290423.0000 283796.0000 532949.0000 278308.0000 157424.0000 243261.0000 206717.0000 200214.0000 212926.0000 234450.0000 183136.0000 238995.0000 296261.0000 293330.0000 303756.0000 305551.0000 Norvaline 3773793.0000 3223527.0000 2801733.0000 3372802.0000 2804116.0000 2772618.0000 3159192.0000 3214494.0000 3049364.0000 3189349.0000 3147836.0000 3374301.0000 3192539.0000 3287886.0000 3486694.0000 3388549.0000 Octadecanol 122755.0000 171655.0000 160818.0000 118383.0000 165855.0000 141893.0000 133156.0000 119448.0000 102555.0000 110029.0000 103974.0000 78048.0000 105250.0000 115364.0000 107588.0000 172761.0000 Oleic acid 102116.0000 125384.0000 182511.0000 196154.0000 217095.0000 218109.0000 74288.0000 244495.0000 235840.0000 228020.0000 93970.0000 111295.0000 217388.0000 210941.0000 243318.0000 213675.0000 O-Phosphoethanolamine 25516.0000 14141.0000 11267.0000 17866.0000 8867.0000 15669.0000 8700.0000 12107.0000 10636.0000 7259.0000 10404.0000 9900.0000 13837.0000 11090.0000 9620.0000 10878.0000 Ornithine 132112.0000 184851.0000 159354.0000 96143.0000 86834.0000 67816.0000 84295.0000 61160.0000 53431.0000 54187.0000 59306.0000 55546.0000 47624.0000 47265.0000 42366.0000 45650.0000 Ornithine2 154242.0000 170450.0000 141483.0000 161592.0000 92097.0000 130238.0000 93091.0000 30065.0000 14919.0000 5856.0000 717.0000 1284.0000 159.0000 633.0000 301.0000 680.0000 Orotic acid 14888434.0000 11369612.0000 10239073.0000 13862538.0000 8695554.0000 7403238.0000 3642130.0000 3668591.0000 3982664.0000 4016173.0000 89639.0000 71868.0000 54745.0000 23923.0000 21461.0000 92446.0000 Oxalic acid 186208.0000 144826.0000 139377.0000 128298.0000 103047.0000 122634.0000 156681.0000 157160.0000 126454.0000 116369.0000 142621.0000 147766.0000 128649.0000 126302.0000 114362.0000 127310.0000 Oxoglutaric acid 585291.0000 700472.0000 673124.0000 518540.0000 176961.0000 387749.0000 405120.0000 466993.0000 433218.0000 471593.0000 386398.0000 400532.0000 418126.0000 442756.0000 463398.0000 443353.0000 Palmitic acid 10626184.0000 11619234.0000 12388344.0000 10898221.0000 11372259.0000 10224858.0000 8235670.0000 12418410.0000 9954858.0000 10538272.0000 10932108.0000 10213295.0000 11492153.0000 10096032.0000 9048432.0000 9322202.0000 Palmitoleic acid 1314818.0000 2053740.0000 1870327.0000 1738527.0000 1472426.0000 1670200.0000 306549.0000 1861454.0000 1567334.0000 1511732.0000 1772632.0000 1844592.0000 1685444.0000 1828639.0000 1512755.0000 1597815.0000 Pantothenic acid 191256.0000 202548.0000 216973.0000 201928.0000 172072.0000 159171.0000 112566.0000 117161.0000 120516.0000 146849.0000 83534.0000 77742.0000 72714.0000 83119.0000 90784.0000 82081.0000 Pelargonic acid 571036.0000 756118.0000 352057.0000 691046.0000 546108.0000 554632.0000 931873.0000 446536.0000 511296.0000 470241.0000 532686.0000 652119.0000 652955.0000 739832.0000 685049.0000 581210.0000 Phenyllactic acid 55372.0000 72438.0000 55807.0000 53974.0000 69974.0000 49734.0000 42855.0000 42515.0000 39169.0000 40602.0000 26543.0000 32095.0000 27061.0000 33430.0000 35359.0000 32292.0000 Phenylpyruvic acid 1902.0000 1331.0000 2595.0000 1431.0000 2958.0000 1963.0000 1654.0000 931.0000 1535.0000 1772.0000 916.0000 398.0000 382.0000 925.0000 882.0000 583.0000 Phosphoenolpyruvic acid 107133.0000 68074.0000 83474.0000 82098.0000 91851.0000 114674.0000 42052.0000 44275.0000 41999.0000 57396.0000 25552.0000 14193.0000 12087.0000 19982.0000 12347.0000 17875.0000 Phosphoric acid 47523209.0000 47086772.0000 46826492.0000 46504728.0000 45714855.0000 44687771.0000 45524175.0000 45710802.0000 44836541.0000 46001779.0000 45436820.0000 45787186.0000 46174491.0000 46520358.0000 45090426.0000 45888029.0000 Pimelic acid 5756.0000 3967.0000 4069.0000 3274.0000 2579.0000 1786.0000 6489.0000 2719.0000 1265.0000 2448.0000 3565.0000 3101.0000 3025.0000 1820.0000 4303.0000 1367.0000 Psicose_1 118988.0000 115695.0000 110193.0000 106570.0000 59520.0000 57239.0000 49274.0000 29789.0000 38881.0000 60222.0000 15784.0000 15061.0000 11204.0000 16419.0000 11760.0000 7930.0000 Psicose_2 209029.0000 221231.0000 233228.0000 232923.0000 132953.0000 129118.0000 99382.0000 74396.0000 99483.0000 152906.0000 42301.0000 41679.0000 36076.0000 88540.0000 74173.0000 70312.0000 Putrescine 22307691.0000 25714617.0000 29064377.0000 22030796.0000 21831796.0000 25131665.0000 21896720.0000 22334169.0000 22316061.0000 22137903.0000 18737915.0000 20075994.0000 22393517.0000 19223862.0000 21671816.0000 20731032.0000 Pyrocatechol 10507.0000 9817.0000 8526.0000 9175.0000 8893.0000 8743.0000 10843.0000 9176.0000 7347.0000 8220.0000 10079.0000 9550.0000 7551.0000 8745.0000 8070.0000 8024.0000 Pyroglutamic acid 37512678.0000 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N-Acetylmannosamine N-Acetylputrescine N-Acetylserine Niacinamide Nicotinic acid Norvaline Octadecanol Oleic acid O-Phosphoethanolamine Ornithine Ornithine2 Orotic acid Oxalic acid Oxoglutaric acid Palmitic acid Palmitoleic acid Pantothenic acid Pelargonic acid Phenyllactic acid Phenylpyruvic acid Phosphoenolpyruvic acid Phosphoric acid Pimelic acid Psicose_1 Psicose_2 Putrescine Pyrocatechol Pyroglutamic acid Pyruvic acid Pyruvic acid2 Rhamnose (S)-3-Hydroxyisobutyric acid Sebacic acid Sorbitol Stearic acid Stigmasterol Suberic acid Succinic acid Sucrose Thymine Trehalose Triethanolamine Tryptamine Uracil Urea Ureidosuccinic acid Xanthine METABOLITES_END #END