#METABOLOMICS WORKBENCH CCNR_Lab_20230221_111946 DATATRACK_ID:3755 STUDY_ID:ST002492 ANALYSIS_ID:AN004081 VERSION 1 CREATED_ON 02-27-2023 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Periodic Table of Plants PR:PROJECT_TYPE MS Untargeted Metabolomics PR:PROJECT_SUMMARY The goal of this study was to use metabolomics as a platform to elucidate the PR:PROJECT_SUMMARY chemical composition of plants in order to increase their resolution and in turn PR:PROJECT_SUMMARY use the identified chemicals to reveal potential health impacts. PR:INSTITUTE Northeastern University; Massachusets Institute of Technology PR:DEPARTMENT Department of Physics PR:LABORATORY BarabasiLab PR:LAST_NAME Barabasi PR:FIRST_NAME Albert-Laszlo PR:ADDRESS 177 Huntington Ave, 11th Floor, Boston, MA, 02115, USA PR:EMAIL ccnrad@gmail.com PR:PHONE 6173734071 PR:FUNDING_SOURCE Rockefeller Foundation PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8QH77 #STUDY ST:STUDY_TITLE Composition of raw plant-based food items ST:STUDY_TYPE Composition of food ST:STUDY_SUMMARY The goal of this study was to use metabolomics as a platform to elucidate the ST:STUDY_SUMMARY chemical composition of plants in order to increase their resolution and in turn ST:STUDY_SUMMARY use the identified chemicals to reveal potential health impacts. 20 plant foods ST:STUDY_SUMMARY were studied: apple, banana, tomato, lettuce, strawberry, carrot, peach, onion, ST:STUDY_SUMMARY spinach, pepper, corn, garlic, basil, potato, soybean, black bean, olive, ST:STUDY_SUMMARY chickpea, sugarbeet, and pear. ST:INSTITUTE Northeastern University; Massachusets Institute of Technology ST:DEPARTMENT Department of Physics ST:LABORATORY BarabasiLab ST:LAST_NAME Barabasi ST:FIRST_NAME Albert-Laszlo ST:ADDRESS 177 Huntington Ave, 11th Floor, Boston, MA, 02115, USA ST:EMAIL ccnrad@gmail.com ST:PHONE 6173734071 ST:SUBMIT_DATE 2023-02-21 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Plant SU:SUBJECT_SPECIES Malus domestica/Musa acuminata/Solanum lycopersicum/Lactuca sativa/Fragaria x SU:SUBJECT_SPECIES ananassa/Daucus carota/Prunus persica/Allium cepa/Spinacia oleracea/Capsicum SU:SUBJECT_SPECIES annuum/Zea mays/Allium sativum/Ocimum basilicum/Solanum tuberosum/Glycine SU:SUBJECT_SPECIES max/Phaseolus vulgaris/Olea europaea/Cicer arietinum/Beta vulgaris/Pyrus SU:SUBJECT_SPECIES communis #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135220 Species:Apple | Variety:Gala SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135221 Species:Apple | Variety:Gala SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135232 Species:Apple | Variety:Gala SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135214 Species:Banana | Variety:Cavendish SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135217 Species:Banana | Variety:Cavendish SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135223 Species:Banana | Variety:Cavendish SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135279 Species:Basil | Variety:Sweet SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135280 Species:Basil | Variety:Sweet SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135287 Species:Basil | Variety:Sweet SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135225 Species:Black bean | Variety:Black Turtle SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135258 Species:Black bean | Variety:Black Turtle SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135266 Species:Black bean | Variety:Black Turtle SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135227 Species:Carrot | Variety:Imperator SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135238 Species:Carrot | Variety:Imperator SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135255 Species:Carrot | Variety:Imperator SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135249 Species:Chickpeas | Variety:Kabuli SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135254 Species:Chickpeas | Variety:Kabuli SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135294 Species:Chickpeas | Variety:Kabuli SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135236 Species:Corn | Variety:Dent bicolor SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135242 Species:Corn | Variety:Dent bicolor SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135283 Species:Corn | Variety:Dent bicolor SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135228 Species:Garlic | Variety:Softneck SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135276 Species:Garlic | Variety:Softneck SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135277 Species:Garlic | Variety:Softneck SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135235 Species:Lettuce | Variety:Iceberg SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135237 Species:Lettuce | Variety:Iceberg SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135253 Species:Lettuce | Variety:Iceberg SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135282 Species:Olives | Variety:Manzanillo SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135302 Species:Olives | Variety:Manzanillo SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135303 Species:Olives | Variety:Manzanillo SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135259 Species:Onion | Variety:Yellow SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135260 Species:Onion | Variety:Yellow SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 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FB06135288 Species:Soybean | Variety:Yellow SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135241 Species:Spinach | Variety:Bloomsdale SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135269 Species:Spinach | Variety:Bloomsdale SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135270 Species:Spinach | Variety:Bloomsdale SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135219 Species:Strawberry | Variety:Honeoye SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135230 Species:Strawberry | Variety:Honeoye SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135251 Species:Strawberry | Variety:Honeoye SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135261 Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135300 Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135301 Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135215 Species:Tomato | Variety:Globe Type SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135224 Species:Tomato | Variety:Globe Type SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135256 Species:Tomato | Variety:Globe Type #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Metabolomics experiments were performed on 20 food items collected from two CO:COLLECTION_SUMMARY local grocery stores (Whole Foods Market and Stop & Shop) depending on CO:COLLECTION_SUMMARY availability, freshness, and level of processing. Six food items of each food: CO:COLLECTION_SUMMARY apple, banana, basil, black bean, carrot, chickpeas, corn, garlic, lettuce, CO:COLLECTION_SUMMARY olives, onion, peach, pear, pepper, potato, spinach, soybean, strawberry, CO:COLLECTION_SUMMARY sugarbeet, and tomato, were bought for analysis. CO:SAMPLE_TYPE Plant #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Since we bought the plant-based food items from local grocery stores, the only TR:TREATMENT_SUMMARY treatment prior to metabolomics analysis would be those performed by the TR:TREATMENT_SUMMARY distribution pipeline to get the items to the grocery stores. We did not perform TR:TREATMENT_SUMMARY any treatments of our own prior to metabolomics analysis. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY After purchase the items are directly taken into a humidity-controlled room and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY exposure to light was minimized. The foods are prepared following how they are SP:SAMPLEPREP_SUMMARY commonly eaten; for example, apples cores are removed, and bananas are peeled. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Food items are rinsed with water if the consumed part is exposed; for example, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY apples are washed while bananas are not. The edible parts are sliced and chopped SP:SAMPLEPREP_SUMMARY into small 1 cm^3 pieces with a knife on a glass cutting board. This process is SP:SAMPLEPREP_SUMMARY repeated for all six items. About 120 g of each item are frozen at -80C for 16 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY hrs and after transferred into a freeze dryer (Catalog No. 10-269-56B from SP:SAMPLEPREP_SUMMARY LabConco/Fisher) and a dark room for 24 hrs. Afterwards the pieces are put into SP:SAMPLEPREP_SUMMARY a coffee grinder (Kitchen Aid, 170W, Model No. BCG111OBO) and pulverized to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY yield a fine powder. The powder is stored at -80C and 200 mg is shipped in argon SP:SAMPLEPREP_SUMMARY filled vials under dry ice to the metabolomics center for analysis. Three vials, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY technical replicates, for each food item were sent. #CHROMATOGRAPHY CH:INSTRUMENT_NAME Waters Acquity CH:COLUMN_NAME Waters ACQUITY UPLC BEH C18 (100 x 2.1mm,1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 65C CH:FLOW_GRADIENT 0-1 min 99% (A), 1-13min 99%-65% (A), 13-14.5min 65%-30% (A), 14.5-15.5min CH:FLOW_GRADIENT 30%-1% (A), 15.5-17min 1% (A), 17-17.5min 1%-99% (A) CH:FLOW_RATE 0.6 mL/min CH:SOLVENT_A 100% water; 0.05% perfluoropentanoic acid; 0.1% formic acid CH:SOLVENT_B 95% methanol/5% water; 0.05% perfluoropentanoic acid; 0.1% formic acid CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Focus MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS This is for RP in positive ion mode optimized for hydrophilic compounds. MS:MS_COMMENTS Different from (2) because it uses different mobile phases. MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak area MS_METABOLITE_DATA_START Samples FB06135220 FB06135221 FB06135232 FB06135214 FB06135217 FB06135223 FB06135279 FB06135280 FB06135287 FB06135225 FB06135258 FB06135266 FB06135227 FB06135238 FB06135255 FB06135249 FB06135254 FB06135294 FB06135236 FB06135242 FB06135283 FB06135228 FB06135276 FB06135277 FB06135235 FB06135237 FB06135253 FB06135282 FB06135302 FB06135303 FB06135259 FB06135260 FB06135262 FB06135229 FB06135250 FB06135263 FB06135244 FB06135274 FB06135299 FB06135264 FB06135271 FB06135272 FB06135231 FB06135285 FB06135286 FB06135234 FB06135243 FB06135288 FB06135241 FB06135269 FB06135270 FB06135219 FB06135230 FB06135251 FB06135261 FB06135300 FB06135301 FB06135215 FB06135224 FB06135256 Factors Species:Apple | Variety:Gala Species:Apple | Variety:Gala Species:Apple | Variety:Gala Species:Banana | Variety:Cavendish Species:Banana | Variety:Cavendish Species:Banana | Variety:Cavendish Species:Basil | Variety:Sweet Species:Basil | Variety:Sweet Species:Basil | Variety:Sweet Species:Black bean | Variety:Black Turtle Species:Black bean | Variety:Black Turtle Species:Black bean | Variety:Black Turtle Species:Carrot | Variety:Imperator Species:Carrot | Variety:Imperator Species:Carrot | Variety:Imperator Species:Chickpeas | Variety:Kabuli Species:Chickpeas | Variety:Kabuli Species:Chickpeas | Variety:Kabuli Species:Corn | Variety:Dent bicolor Species:Corn | Variety:Dent bicolor Species:Corn | Variety:Dent bicolor Species:Garlic | Variety:Softneck Species:Garlic | Variety:Softneck Species:Garlic | Variety:Softneck Species:Lettuce | Variety:Iceberg Species:Lettuce | Variety:Iceberg Species:Lettuce | Variety:Iceberg Species:Olives | Variety:Manzanillo Species:Olives | Variety:Manzanillo Species:Olives | Variety:Manzanillo Species:Onion | Variety:Yellow Species:Onion | Variety:Yellow Species:Onion | Variety:Yellow Species:Peach | Variety:Yellow Species:Peach | Variety:Yellow Species:Peach | Variety:Yellow Species:Pear | Variety:Green Anjou Species:Pear | Variety:Green Anjou Species:Pear | Variety:Green Anjou Species:Pepper | Variety:Bell Species:Pepper | Variety:Bell Species:Pepper | Variety:Bell Species:Potato | Variety:Russet Species:Potato | Variety:Russet Species:Potato | Variety:Russet Species:Soybean | Variety:Yellow Species:Soybean | Variety:Yellow Species:Soybean | Variety:Yellow Species:Spinach | Variety:Bloomsdale Species:Spinach | Variety:Bloomsdale Species:Spinach | Variety:Bloomsdale Species:Strawberry | Variety:Honeoye Species:Strawberry | Variety:Honeoye Species:Strawberry | Variety:Honeoye Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red Species:Tomato | Variety:Globe Type Species:Tomato | Variety:Globe Type Species:Tomato | Variety:Globe Type 1-methyladenine 990669.0000 1133127.0000 965828.0000 1132365.0000 921963.0000 1005825.0000 1563890.0000 3094937.0000 1791888.0000 68094.0000 1586291.0000 1853051.0000 1632477.0000 6192921.0000 5321060.0000 4990119.0000 91313.0000 101802.0000 101482.0000 855130.0000 1054124.0000 884597.0000 386979.0000 426794.0000 346933.0000 4184795.0000 4565748.0000 5113172.0000 69398.0000 145939.0000 5876581.0000 5569865.0000 4561881.0000 70501.0000 3362810.0000 3357931.0000 3048231.0000 1907384.0000 1746878.0000 2025082.0000 1-methyladenosine 53240.0000 99678.0000 74751.0000 319010.0000 309501.0000 345891.0000 60611.0000 35571.0000 50030.0000 46967.0000 125178.0000 107751.0000 161799.0000 58104.0000 216099.0000 296666.0000 254432.0000 110373.0000 93076.0000 71360.0000 51210.0000 382308.0000 309454.0000 361022.0000 436391.0000 460761.0000 481097.0000 387886.0000 359903.0000 439826.0000 106651.0000 111476.0000 2580617.0000 2663886.0000 3482566.0000 2-aminoheptanoate 67025.0000 51848.0000 54742.0000 74440.0000 68315.0000 51060.0000 135941.0000 45084.0000 57249.0000 729014.0000 614700.0000 471502.0000 60411.0000 87899.0000 55770.0000 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