#METABOLOMICS WORKBENCH CCNR_Lab_20230221_111946 DATATRACK_ID:3755 STUDY_ID:ST002492 ANALYSIS_ID:AN004082 VERSION 1 CREATED_ON 02-27-2023 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Periodic Table of Plants PR:PROJECT_TYPE MS Untargeted Metabolomics PR:PROJECT_SUMMARY The goal of this study was to use metabolomics as a platform to elucidate the PR:PROJECT_SUMMARY chemical composition of plants in order to increase their resolution and in turn PR:PROJECT_SUMMARY use the identified chemicals to reveal potential health impacts. PR:INSTITUTE Northeastern University; Massachusets Institute of Technology PR:DEPARTMENT Department of Physics PR:LABORATORY BarabasiLab PR:LAST_NAME Barabasi PR:FIRST_NAME Albert-Laszlo PR:ADDRESS 177 Huntington Ave, 11th Floor, Boston, MA, 02115, USA PR:EMAIL ccnrad@gmail.com PR:PHONE 6173734071 PR:FUNDING_SOURCE Rockefeller Foundation PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8QH77 #STUDY ST:STUDY_TITLE Composition of raw plant-based food items ST:STUDY_TYPE Composition of food ST:STUDY_SUMMARY The goal of this study was to use metabolomics as a platform to elucidate the ST:STUDY_SUMMARY chemical composition of plants in order to increase their resolution and in turn ST:STUDY_SUMMARY use the identified chemicals to reveal potential health impacts. 20 plant foods ST:STUDY_SUMMARY were studied: apple, banana, tomato, lettuce, strawberry, carrot, peach, onion, ST:STUDY_SUMMARY spinach, pepper, corn, garlic, basil, potato, soybean, black bean, olive, ST:STUDY_SUMMARY chickpea, sugarbeet, and pear. ST:INSTITUTE Northeastern University; Massachusets Institute of Technology ST:DEPARTMENT Department of Physics ST:LABORATORY BarabasiLab ST:LAST_NAME Barabasi ST:FIRST_NAME Albert-Laszlo ST:ADDRESS 177 Huntington Ave, 11th Floor, Boston, MA, 02115, USA ST:EMAIL ccnrad@gmail.com ST:PHONE 6173734071 ST:SUBMIT_DATE 2023-02-21 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Plant SU:SUBJECT_SPECIES Malus domestica/Musa acuminata/Solanum lycopersicum/Lactuca sativa/Fragaria x SU:SUBJECT_SPECIES ananassa/Daucus carota/Prunus persica/Allium cepa/Spinacia oleracea/Capsicum SU:SUBJECT_SPECIES annuum/Zea mays/Allium sativum/Ocimum basilicum/Solanum tuberosum/Glycine SU:SUBJECT_SPECIES max/Phaseolus vulgaris/Olea europaea/Cicer arietinum/Beta vulgaris/Pyrus SU:SUBJECT_SPECIES communis #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135220 Species:Apple | Variety:Gala SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135221 Species:Apple | Variety:Gala SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135232 Species:Apple | Variety:Gala SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135214 Species:Banana | Variety:Cavendish SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135217 Species:Banana | Variety:Cavendish SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135223 Species:Banana | Variety:Cavendish SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135279 Species:Basil | Variety:Sweet SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135280 Species:Basil | Variety:Sweet SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135287 Species:Basil | Variety:Sweet SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135225 Species:Black bean | Variety:Black Turtle SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135258 Species:Black bean | Variety:Black Turtle SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135266 Species:Black bean | Variety:Black Turtle SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135227 Species:Carrot | Variety:Imperator SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135238 Species:Carrot | Variety:Imperator SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135255 Species:Carrot | Variety:Imperator SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135249 Species:Chickpeas | Variety:Kabuli SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135254 Species:Chickpeas | Variety:Kabuli SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 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FB06135288 Species:Soybean | Variety:Yellow SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135241 Species:Spinach | Variety:Bloomsdale SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135269 Species:Spinach | Variety:Bloomsdale SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135270 Species:Spinach | Variety:Bloomsdale SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135219 Species:Strawberry | Variety:Honeoye SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135230 Species:Strawberry | Variety:Honeoye SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135251 Species:Strawberry | Variety:Honeoye SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135261 Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135300 Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135301 Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135215 Species:Tomato | Variety:Globe Type SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135224 Species:Tomato | Variety:Globe Type SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135256 Species:Tomato | Variety:Globe Type #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Metabolomics experiments were performed on 20 food items collected from two CO:COLLECTION_SUMMARY local grocery stores (Whole Foods Market and Stop & Shop) depending on CO:COLLECTION_SUMMARY availability, freshness, and level of processing. Six food items of each food: CO:COLLECTION_SUMMARY apple, banana, basil, black bean, carrot, chickpeas, corn, garlic, lettuce, CO:COLLECTION_SUMMARY olives, onion, peach, pear, pepper, potato, spinach, soybean, strawberry, CO:COLLECTION_SUMMARY sugarbeet, and tomato, were bought for analysis. CO:SAMPLE_TYPE Plant #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Since we bought the plant-based food items from local grocery stores, the only TR:TREATMENT_SUMMARY treatment prior to metabolomics analysis would be those performed by the TR:TREATMENT_SUMMARY distribution pipeline to get the items to the grocery stores. We did not perform TR:TREATMENT_SUMMARY any treatments of our own prior to metabolomics analysis. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY After purchase the items are directly taken into a humidity-controlled room and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY exposure to light was minimized. The foods are prepared following how they are SP:SAMPLEPREP_SUMMARY commonly eaten; for example, apples cores are removed, and bananas are peeled. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Food items are rinsed with water if the consumed part is exposed; for example, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY apples are washed while bananas are not. The edible parts are sliced and chopped SP:SAMPLEPREP_SUMMARY into small 1 cm^3 pieces with a knife on a glass cutting board. This process is SP:SAMPLEPREP_SUMMARY repeated for all six items. About 120 g of each item are frozen at -80C for 16 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY hrs and after transferred into a freeze dryer (Catalog No. 10-269-56B from SP:SAMPLEPREP_SUMMARY LabConco/Fisher) and a dark room for 24 hrs. Afterwards the pieces are put into SP:SAMPLEPREP_SUMMARY a coffee grinder (Kitchen Aid, 170W, Model No. BCG111OBO) and pulverized to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY yield a fine powder. The powder is stored at -80C and 200 mg is shipped in argon SP:SAMPLEPREP_SUMMARY filled vials under dry ice to the metabolomics center for analysis. Three vials, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY technical replicates, for each food item were sent. #CHROMATOGRAPHY CH:INSTRUMENT_NAME Waters Acquity CH:COLUMN_NAME Waters ACQUITY UPLC BEH C18 (100 x 2.1mm,1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 65C CH:FLOW_GRADIENT 0-1 min 99% (A), 1-13min 99%-65% (A), 13-14.5min 65%-30% (A), 14.5-15.5min CH:FLOW_GRADIENT 30%-1% (A), 15.5-17min 1% (A), 17-17.5min 1%-99% (A) CH:FLOW_RATE 0.6 mL/min CH:SOLVENT_A 100% water; 0.05% perfluoropentanoic acid; 0.1% formic acid CH:SOLVENT_B 95% methanol/5% water; 0.05% perfluoropentanoic acid; 0.1% formic acid CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Focus MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS This is for RP in positive ion mode optimized for hydrophobic compounds by MS:MS_COMMENTS changing the mobile phases from (1). MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak area MS_METABOLITE_DATA_START Samples FB06135220 FB06135221 FB06135232 FB06135214 FB06135217 FB06135223 FB06135279 FB06135280 FB06135287 FB06135225 FB06135258 FB06135266 FB06135227 FB06135238 FB06135255 FB06135249 FB06135254 FB06135294 FB06135236 FB06135242 FB06135283 FB06135228 FB06135276 FB06135277 FB06135235 FB06135237 FB06135253 FB06135282 FB06135302 FB06135303 FB06135259 FB06135260 FB06135262 FB06135229 FB06135250 FB06135263 FB06135244 FB06135274 FB06135299 FB06135264 FB06135271 FB06135272 FB06135231 FB06135285 FB06135286 FB06135234 FB06135243 FB06135288 FB06135241 FB06135269 FB06135270 FB06135219 FB06135230 FB06135251 FB06135261 FB06135300 FB06135301 FB06135215 FB06135224 FB06135256 Factors Species:Apple | Variety:Gala Species:Apple | Variety:Gala Species:Apple | Variety:Gala Species:Banana | Variety:Cavendish Species:Banana | Variety:Cavendish Species:Banana | Variety:Cavendish Species:Basil | Variety:Sweet Species:Basil | Variety:Sweet Species:Basil | Variety:Sweet Species:Black bean | Variety:Black Turtle Species:Black bean | Variety:Black Turtle Species:Black bean | Variety:Black Turtle Species:Carrot | Variety:Imperator Species:Carrot | Variety:Imperator Species:Carrot | Variety:Imperator Species:Chickpeas | Variety:Kabuli Species:Chickpeas | Variety:Kabuli Species:Chickpeas | Variety:Kabuli Species:Corn | Variety:Dent bicolor Species:Corn | Variety:Dent bicolor Species:Corn | Variety:Dent bicolor Species:Garlic | Variety:Softneck Species:Garlic | Variety:Softneck Species:Garlic | Variety:Softneck Species:Lettuce | Variety:Iceberg Species:Lettuce | Variety:Iceberg Species:Lettuce | Variety:Iceberg Species:Olives | Variety:Manzanillo Species:Olives | Variety:Manzanillo Species:Olives | Variety:Manzanillo Species:Onion | Variety:Yellow Species:Onion | Variety:Yellow Species:Onion | Variety:Yellow Species:Peach | Variety:Yellow Species:Peach | Variety:Yellow Species:Peach | Variety:Yellow Species:Pear | Variety:Green Anjou Species:Pear | Variety:Green Anjou Species:Pear | Variety:Green Anjou Species:Pepper | Variety:Bell Species:Pepper | Variety:Bell Species:Pepper | Variety:Bell Species:Potato | Variety:Russet Species:Potato | Variety:Russet Species:Potato | Variety:Russet Species:Soybean | Variety:Yellow Species:Soybean | Variety:Yellow Species:Soybean | Variety:Yellow Species:Spinach | Variety:Bloomsdale Species:Spinach | Variety:Bloomsdale Species:Spinach | Variety:Bloomsdale Species:Strawberry | Variety:Honeoye Species:Strawberry | Variety:Honeoye Species:Strawberry | Variety:Honeoye Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red Species:Tomato | Variety:Globe Type Species:Tomato | Variety:Globe Type Species:Tomato | Variety:Globe Type 1_2-dilinolenoyl-digalactosylglycerol (18:3/18:3) 5348578.0000 5263336.0000 4561471.0000 891791.0000 835554.0000 1093824.0000 184215520.0000 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1,2-dilinoleoyl-GPA (18:2/18:2)* 46891867 2530 13-HODE + 9-HODE C14767,C14762 1386 1-linolenoyl-2-hexadecatrienoyl-digalactosylglycerol (18:3/16:3) 1820 1-linolenoyl-2-hexadecatrienoyl-galactosylglycerol (18:3/16:3) 1911 1-linolenoyl-digalactosylglycerol (18:3)* 10349562 1399 1-linolenoyl-galactosylglycerol (18:3)* 11497202 1455 1-linolenoyl-GPA (18:3)* 50990923 1477 1-linoleoyl-2-linolenoyl-digalactosylglycerol (18:2/18:3)* 2073 1-linoleoyl-2-linolenoyl-galactosylglycerol (18:2/18:3)* 2209 1-linoleoyl-2-linolenoyl-GPA (18:2/18:3)* 52928943 2300 1-oleoyl-2-linoleoyl-GPA (18:1/18:2)* 52929548 C00416 2800 1-palmitoleoyl-2-linolenoyl-GPG (16:1/18:3)* 2400 1-palmitoyl-2-linolenoyl-digalactosylglycerol (16:0/18:3) 2278 1-palmitoyl-2-linolenoyl-galactosylglycerol (16:0/18:3)* 2455 1-palmitoyl-2-linolenoyl-GPA (16:0/18:3)* 52929561 2526 1-palmitoyl-2-linoleoyl-digalactosylglycerol (16:0/18:2)* 2498 1-palmitoyl-2-linoleoyl-galactosylglycerol (16:0/18:2)* 2731 1-palmitoyl-2-linoleoyl-GPA (16:0/18:2)* 9547167 2820 1-palmitoyl-2-linoleoyl-GPG (16:0/18:2) 52927246 2730 1-palmitoyl-2-oleoyl-GPA (16:0/18:1) 5283523 C13889 3293 1-palmitoyl-2-oleoyl-GPG (16:0/18:1) 70789105 3206 1-palmitoyl-GPA (16:0) 6419701 C04036 1625 1-stearoyl-2-linoleoyl-GPG (18:0/18:2)* 3208 2-linolenoyl-digalactosylglycerol (18:3)* 1374 2-linolenoyl-galactosylglycerol (18:3)* 1432 5-Hydroxy-6,7,4'-trimethoxyflavone 161271 1200 alpha-tocopherol 86472 C02477 2522 alpha-tocotrienol 5282347 C14153 1986 beta-cryptoxanthin 5281235 C08591 2560 beta-sitosterol 222284 C01753 3054 campesterol 173183 C01789 2873 carotene diol (1) 1720 carotene diol (2) 1904 carotene diol (3) 1948 dehydrophytosphingosine* 14757418 1302 delta-tocopherol 92094 C14151 2259 gamma-tocopherol/beta-tocopherol C14152,C02483 2384 gamma-tocotrienol 5282349 C14155 1918 genistein 5280961 C06563 800 glycitein 5317750 C14536 700 heme 26945 C00032 1124 linolenoyl ethanolamide 5283449 1488 linoleoylcholine* 53481656 1388 luteolin 5280445 C01514 735 N-palmitoyl-phytosphingosine (t18:0/16:0) 10506988 2632 oleanolate 10494 C17148 1644 oleoylcholine 59040790 1449 palmitoylcholine 151731 1482 palmitoyl ethanolamide 4671 C16512 1643 pheophorbide A 253193 C18021 1562 pheophytin A 135398712 C05797 3176 phytonadione (Vitamin K1) 5284607 C02059 2932 phytosphingosine 122121 C12144 1367 sphingadienine 6449795 1350 sphinganine 3126 C00836 1413 stigmastadienone 249915307 2688 stigmasterol 5280794 C05442 2875 X-23753 X-23764 X-23782 X-24208 X-24210 X-24234 X-24984 METABOLITES_END #END