#METABOLOMICS WORKBENCH CCNR_Lab_20230221_111946 DATATRACK_ID:3755 STUDY_ID:ST002492 ANALYSIS_ID:AN004084 VERSION 1 CREATED_ON 02-27-2023 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Periodic Table of Plants PR:PROJECT_TYPE MS Untargeted Metabolomics PR:PROJECT_SUMMARY The goal of this study was to use metabolomics as a platform to elucidate the PR:PROJECT_SUMMARY chemical composition of plants in order to increase their resolution and in turn PR:PROJECT_SUMMARY use the identified chemicals to reveal potential health impacts. PR:INSTITUTE Northeastern University; Massachusets Institute of Technology PR:DEPARTMENT Department of Physics PR:LABORATORY BarabasiLab PR:LAST_NAME Barabasi PR:FIRST_NAME Albert-Laszlo PR:ADDRESS 177 Huntington Ave, 11th Floor, Boston, MA, 02115, USA PR:EMAIL ccnrad@gmail.com PR:PHONE 6173734071 PR:FUNDING_SOURCE Rockefeller Foundation PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8QH77 #STUDY ST:STUDY_TITLE Composition of raw plant-based food items ST:STUDY_TYPE Composition of food ST:STUDY_SUMMARY The goal of this study was to use metabolomics as a platform to elucidate the ST:STUDY_SUMMARY chemical composition of plants in order to increase their resolution and in turn ST:STUDY_SUMMARY use the identified chemicals to reveal potential health impacts. 20 plant foods ST:STUDY_SUMMARY were studied: apple, banana, tomato, lettuce, strawberry, carrot, peach, onion, ST:STUDY_SUMMARY spinach, pepper, corn, garlic, basil, potato, soybean, black bean, olive, ST:STUDY_SUMMARY chickpea, sugarbeet, and pear. ST:INSTITUTE Northeastern University; Massachusets Institute of Technology ST:DEPARTMENT Department of Physics ST:LABORATORY BarabasiLab ST:LAST_NAME Barabasi ST:FIRST_NAME Albert-Laszlo ST:ADDRESS 177 Huntington Ave, 11th Floor, Boston, MA, 02115, USA ST:EMAIL ccnrad@gmail.com ST:PHONE 6173734071 ST:SUBMIT_DATE 2023-02-21 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Plant SU:SUBJECT_SPECIES Malus domestica/Musa acuminata/Solanum lycopersicum/Lactuca sativa/Fragaria x SU:SUBJECT_SPECIES ananassa/Daucus carota/Prunus persica/Allium cepa/Spinacia oleracea/Capsicum SU:SUBJECT_SPECIES annuum/Zea mays/Allium sativum/Ocimum basilicum/Solanum tuberosum/Glycine SU:SUBJECT_SPECIES max/Phaseolus vulgaris/Olea europaea/Cicer arietinum/Beta vulgaris/Pyrus SU:SUBJECT_SPECIES communis #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135220 Species:Apple | Variety:Gala SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135221 Species:Apple | Variety:Gala SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135232 Species:Apple | Variety:Gala SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135214 Species:Banana | Variety:Cavendish SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135217 Species:Banana | Variety:Cavendish SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135223 Species:Banana | Variety:Cavendish SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135279 Species:Basil | Variety:Sweet SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135280 Species:Basil | Variety:Sweet SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135287 Species:Basil | Variety:Sweet SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135225 Species:Black bean | Variety:Black Turtle SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135258 Species:Black bean | Variety:Black Turtle SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135266 Species:Black bean | Variety:Black Turtle SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135227 Species:Carrot | Variety:Imperator SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135238 Species:Carrot | Variety:Imperator SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135255 Species:Carrot | Variety:Imperator SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135249 Species:Chickpeas | Variety:Kabuli SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135254 Species:Chickpeas | Variety:Kabuli SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135294 Species:Chickpeas | Variety:Kabuli SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135236 Species:Corn | Variety:Dent bicolor SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135242 Species:Corn | Variety:Dent bicolor SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135283 Species:Corn | Variety:Dent bicolor SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135228 Species:Garlic | Variety:Softneck SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135276 Species:Garlic | Variety:Softneck SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135277 Species:Garlic | Variety:Softneck SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135235 Species:Lettuce | Variety:Iceberg SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135237 Species:Lettuce | Variety:Iceberg SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135253 Species:Lettuce | Variety:Iceberg SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135282 Species:Olives | Variety:Manzanillo SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135302 Species:Olives | Variety:Manzanillo SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135303 Species:Olives | Variety:Manzanillo SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135259 Species:Onion | Variety:Yellow SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135260 Species:Onion | Variety:Yellow SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 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FB06135288 Species:Soybean | Variety:Yellow SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135241 Species:Spinach | Variety:Bloomsdale SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135269 Species:Spinach | Variety:Bloomsdale SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135270 Species:Spinach | Variety:Bloomsdale SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135219 Species:Strawberry | Variety:Honeoye SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135230 Species:Strawberry | Variety:Honeoye SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135251 Species:Strawberry | Variety:Honeoye SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135261 Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135300 Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135301 Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135215 Species:Tomato | Variety:Globe Type SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135224 Species:Tomato | Variety:Globe Type SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - FB06135256 Species:Tomato | Variety:Globe Type #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Metabolomics experiments were performed on 20 food items collected from two CO:COLLECTION_SUMMARY local grocery stores (Whole Foods Market and Stop & Shop) depending on CO:COLLECTION_SUMMARY availability, freshness, and level of processing. Six food items of each food: CO:COLLECTION_SUMMARY apple, banana, basil, black bean, carrot, chickpeas, corn, garlic, lettuce, CO:COLLECTION_SUMMARY olives, onion, peach, pear, pepper, potato, spinach, soybean, strawberry, CO:COLLECTION_SUMMARY sugarbeet, and tomato, were bought for analysis. CO:SAMPLE_TYPE Plant #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Since we bought the plant-based food items from local grocery stores, the only TR:TREATMENT_SUMMARY treatment prior to metabolomics analysis would be those performed by the TR:TREATMENT_SUMMARY distribution pipeline to get the items to the grocery stores. We did not perform TR:TREATMENT_SUMMARY any treatments of our own prior to metabolomics analysis. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY After purchase the items are directly taken into a humidity-controlled room and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY exposure to light was minimized. The foods are prepared following how they are SP:SAMPLEPREP_SUMMARY commonly eaten; for example, apples cores are removed, and bananas are peeled. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Food items are rinsed with water if the consumed part is exposed; for example, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY apples are washed while bananas are not. The edible parts are sliced and chopped SP:SAMPLEPREP_SUMMARY into small 1 cm^3 pieces with a knife on a glass cutting board. This process is SP:SAMPLEPREP_SUMMARY repeated for all six items. About 120 g of each item are frozen at -80C for 16 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY hrs and after transferred into a freeze dryer (Catalog No. 10-269-56B from SP:SAMPLEPREP_SUMMARY LabConco/Fisher) and a dark room for 24 hrs. Afterwards the pieces are put into SP:SAMPLEPREP_SUMMARY a coffee grinder (Kitchen Aid, 170W, Model No. BCG111OBO) and pulverized to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY yield a fine powder. The powder is stored at -80C and 200 mg is shipped in argon SP:SAMPLEPREP_SUMMARY filled vials under dry ice to the metabolomics center for analysis. Three vials, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY technical replicates, for each food item were sent. #CHROMATOGRAPHY CH:INSTRUMENT_NAME Waters Acquity CH:COLUMN_NAME Waters ACQUITY UPLC BEH Amide (150 x 2.1mm,1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 40C CH:FLOW_GRADIENT 0-4min 100% (A), 4-6min 100%-50% (A), 6-11min 50%-20% (A), 11-12min 20%-0% (A), CH:FLOW_GRADIENT 12-14min 0% (A) CH:FLOW_RATE 0.4 mL/min CH:SOLVENT_A 100% water; 10mM Ammonium Formate, pH 10.8 CH:SOLVENT_B 100% acetonitrile; 10mM Ammonium Formate, pH 10.8 CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Focus MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS This is for HILIC in Negative ion mode optimized for hydrophilic compounds. MS:ION_MODE NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak area MS_METABOLITE_DATA_START Samples FB06135220 FB06135221 FB06135232 FB06135214 FB06135217 FB06135223 FB06135279 FB06135280 FB06135287 FB06135225 FB06135258 FB06135266 FB06135227 FB06135238 FB06135255 FB06135249 FB06135254 FB06135294 FB06135236 FB06135242 FB06135283 FB06135228 FB06135276 FB06135277 FB06135235 FB06135237 FB06135253 FB06135282 FB06135302 FB06135303 FB06135259 FB06135260 FB06135262 FB06135229 FB06135250 FB06135263 FB06135244 FB06135274 FB06135299 FB06135264 FB06135271 FB06135272 FB06135231 FB06135285 FB06135286 FB06135234 FB06135243 FB06135288 FB06135241 FB06135269 FB06135270 FB06135219 FB06135230 FB06135251 FB06135261 FB06135300 FB06135301 FB06135215 FB06135224 FB06135256 Factors Species:Apple | Variety:Gala Species:Apple | Variety:Gala Species:Apple | Variety:Gala Species:Banana | Variety:Cavendish Species:Banana | Variety:Cavendish Species:Banana | Variety:Cavendish Species:Basil | Variety:Sweet Species:Basil | Variety:Sweet Species:Basil | Variety:Sweet Species:Black bean | Variety:Black Turtle Species:Black bean | Variety:Black Turtle Species:Black bean | Variety:Black Turtle Species:Carrot | Variety:Imperator Species:Carrot | Variety:Imperator Species:Carrot | Variety:Imperator Species:Chickpeas | Variety:Kabuli Species:Chickpeas | Variety:Kabuli Species:Chickpeas | Variety:Kabuli Species:Corn | Variety:Dent bicolor Species:Corn | Variety:Dent bicolor Species:Corn | Variety:Dent bicolor Species:Garlic | Variety:Softneck Species:Garlic | Variety:Softneck Species:Garlic | Variety:Softneck Species:Lettuce | Variety:Iceberg Species:Lettuce | Variety:Iceberg Species:Lettuce | Variety:Iceberg Species:Olives | Variety:Manzanillo Species:Olives | Variety:Manzanillo Species:Olives | Variety:Manzanillo Species:Onion | Variety:Yellow Species:Onion | Variety:Yellow Species:Onion | Variety:Yellow Species:Peach | Variety:Yellow Species:Peach | Variety:Yellow Species:Peach | Variety:Yellow Species:Pear | Variety:Green Anjou Species:Pear | Variety:Green Anjou Species:Pear | Variety:Green Anjou Species:Pepper | Variety:Bell Species:Pepper | Variety:Bell Species:Pepper | Variety:Bell Species:Potato | Variety:Russet Species:Potato | Variety:Russet Species:Potato | Variety:Russet Species:Soybean | Variety:Yellow Species:Soybean | Variety:Yellow Species:Soybean | Variety:Yellow Species:Spinach | Variety:Bloomsdale Species:Spinach | Variety:Bloomsdale Species:Spinach | Variety:Bloomsdale Species:Strawberry | Variety:Honeoye Species:Strawberry | Variety:Honeoye Species:Strawberry | Variety:Honeoye Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red Species:Sugarbeet | Variety:Detroit Red Species:Tomato | Variety:Globe Type Species:Tomato | Variety:Globe Type Species:Tomato | Variety:Globe Type 2_3-dihydroxy-2-methylbutyrate 3652347.0000 3965866.0000 4345817.0000 5028369.0000 5036043.0000 4940972.0000 38902268.0000 50090984.0000 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677 C04039 1050 2,4,6-trihydroxybenzoate 66520 781 2,4-dihydroxybutyrate 192742 1793 2,6-dihydroxybenzoic acid 9338 729 2-hydroxyadipate 193530 C02360 3000 2-hydroxybehenate 193484 722 2-hydroxysebacate 128458 2358 2-isopropylmalate 77 C02504 2605 2R,3R-dihydroxybutyrate 13120901 1543 3-dehydroshikimate 439774 C02637 1962 3-deoxyoctulosonate 119228 C01187 2706.7 3-hydroxy-3-methylglutarate C03761 2850 3-hydroxyadipate 151913 3131 3-hydroxybutyrate (BHBA) C03197,C01089 1480 3-hydroxyisobutyrate 11966314 C01188,C06001 1619 3-hydroxysuberate 22328017 3000 3-methyl-2-oxobutyrate 49 C00141 911 3-methylglutaconate 1551553 2700 3-methylglutarate/2-methylglutarate 2832 4-hydroxybutyrate (GHB) 10413 C00989 1765 allantoic acid 203 C00499 2960 allantoin C02350,C02348,C01551 1672 alpha-hydroxyisovalerate 99823 1052 alpha-ketoglutaramate* 48 C00940 1916 alpha-ketoglutarate 51 C00026 2700 arabinose 66308 C00216 1804.5 arabitol/xylitol C00542,C01904,C00379 1932.4 arabonate/xylonate C00502,C05411 2700 chiro-inositol C19891 3191.2 citramalate 1081 C00815 3201 cysteine s-sulfate 115015 C05824 2273 dehydroascorbate 440667 C05422 1130 dihydroorotate 648 C00337 1910 erythritol 222285 C00503 1491 erythronate* 2781043 2186 fructose 2723872 C00095 2065 fumarate 444972 C00122 3084 galactinol 439451 C01235 4656 galactitol (dulcitol) 11850 C01697 2360 galactonate C15930,C00880 3085 galactose 1-phosphate 123912 C00446 4552 glucarate (saccharate) 33037 C00818 3850 glucoheptose 76599 2573 gluconate C00257 2922 glucosamine-6-phosphate 440997 C00352 4521.5 glucose 5793 C00031 2342 glucose 6-phosphate 5958 C00092 4537 glucuronate C16245 3233.3 glutarate (C5-DC) C00489 2900 glycerate C00258 2070.4 glycerophosphoglycerol 54575349 C03274 2430 glycerophosphoinositol* 167572 3850 glycolate (hydroxyacetate) 757 C00160 1790.4 guanosine 6802 C00387 2051.9 gulonate* 152304 C00800 2750 inositol 1-phosphate (I1P) 440194 C01177 4785 isocitrate 5318532 C00451 4400 isocitric lactone 98259 2970 lactate 612 C00186 1469 linoleoyl ethanolamide 5283446 756 lyxonate 2350 malate 525 C00497,C00149,C00711 3343.1 maleate 444266 C01384 2640 malonate 867 C00383 3447 mannitol/sorbitol C00392,C00794 2320 mannonate* 3246006 2736 melilotoside (1) 2161 methylsuccinate 10349 2800 myo-inositol 892 C00137 3506.3 N2-acetyllysine 92907 C12989 3372.6 N-acetylalanine 88064 C02847 1564.8 N-acetylaspartate (NAA) 65065 C01042 3143 N-acetylglucosamine 6-phosphate 439219 C00357 4114 N-delta-acetylornithine 9920500 C00437 2719.9 orotate 967 C00295 1638.1 orotidine 92751 2250 pentose acid* 7991 C00803 2180 phosphoenolpyruvate (PEP) 1005 C00074 4212 protocatechuic acid-3-glucoside 274340078 2674 pyridoxate 6723 C00847 846 quinate 6508 C00296 2432.9 ribitol 6912 C00532,C01904,C00474,C00379 1789.6 ribonate 5460677 C01685 2425 ribose 5779 C00121 1508.2 ribulose/xylulose 1400 salicylate 338 C00805 802 sedoheptulose 5459879 C02076 2255 shikimate 8742 C00493 2725 SQDG (18:3/16:0) 6450969 742 succinate 1110 C00042 3149 sucrose 5988 C00089 3092 tartarate C00552,C00898,C02107 3500 tartronate (hydroxymalonate) 45 C02287 3700 threonate C01620 2384 tricarballylate 14925 C19806 4200 UDP-galactose 18068 C00052 4000 UDP-glucose 8629 C00029 3950 UDP-N-acetylglucosamine/galactosamine C00203,C00043 3665 UMP 6030 C00105 4150 uracil 1174 C00106 1089.7 uridine 3'-monophosphate (3'-UMP) 101543 C01368 3800 xylose 135191 C00181 1727 METABOLITES_END #END