#METABOLOMICS WORKBENCH cnoecker_20230321_152156 DATATRACK_ID:3801 STUDY_ID:ST002512 ANALYSIS_ID:AN004137 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Systems biology illuminates the alternative metabolic niche of the human gut PR:PROJECT_TITLE bacterium Eggerthella lenta PR:PROJECT_TYPE Untargeted LC-MS PR:PROJECT_SUMMARY Human gut bacteria perform diverse metabolic functions with consequences for PR:PROJECT_SUMMARY host health. The prevalent and disease-linked Actinobacterium Eggerthella lenta PR:PROJECT_SUMMARY performs several unusual chemical transformations, but it does not metabolize PR:PROJECT_SUMMARY sugars and its core growth strategy remains unclear. To obtain a comprehensive PR:PROJECT_SUMMARY view of the metabolic network of E. lenta, we generated several complementary PR:PROJECT_SUMMARY resources: defined culture media, metabolomics profiles of strain isolates, and PR:PROJECT_SUMMARY a curated genome-scale metabolic reconstruction. Stable isotope-resolved PR:PROJECT_SUMMARY metabolomics revealed that E. lenta uses acetate as a key carbon source while PR:PROJECT_SUMMARY catabolizing arginine to generate ATP, traits which could be recapitulated in PR:PROJECT_SUMMARY silico by our updated metabolic model. We compared these in vitro findings with PR:PROJECT_SUMMARY metabolite shifts observed in E. lenta-colonized gnotobiotic mice, identifying PR:PROJECT_SUMMARY shared signatures across environments and highlighting catabolism of the host PR:PROJECT_SUMMARY signaling metabolite agmatine as an alternative energy pathway. Together, our PR:PROJECT_SUMMARY results elucidate a distinctive metabolic niche filled by E. lenta in the gut PR:PROJECT_SUMMARY ecosystem. PR:INSTITUTE University of California, San Francisco PR:DEPARTMENT Microbiology and Immunology PR:LABORATORY Peter Turnbaugh PR:LAST_NAME Noecker PR:FIRST_NAME Cecilia PR:ADDRESS 513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143 PR:EMAIL cecilia.noecker@ucsf.edu PR:PHONE 415-502-3264 PR:FUNDING_SOURCE This work was supported by the National Institutes of Health (2R01HL122593; PR:FUNDING_SOURCE 1R01AT011117; 1R01DK114034 to P.J.T., F32GM140808 to C.N.). P.J.T. is a Chan PR:FUNDING_SOURCE Zuckerberg Biohub Investigator and held an Investigators in the Pathogenesis of PR:FUNDING_SOURCE Infectious Disease Award from the Burroughs Wellcome Fund. PR:PUBLICATIONS https://doi.org/10.1101/2022.09.19.508335 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M89B04 #STUDY ST:STUDY_TITLE Gnotobiotic mice: Metabolites in intestinal contents of germ-free mice colonized ST:STUDY_TITLE with strains of gut bacterium Eggerthella lenta ST:STUDY_TYPE Untargeted LC-MS ST:STUDY_SUMMARY This dataset contains untargeted metabolomics analysis of intestinal contents of ST:STUDY_SUMMARY gnotobiotic mice either colonized with different strains of Eggerthella lenta ST:STUDY_SUMMARY for 2 weeks, or germ-free controls. ST:INSTITUTE University of California, San Francisco ST:LAST_NAME Noecker ST:FIRST_NAME Cecilia ST:ADDRESS 513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143 ST:EMAIL cecilia.noecker@ucsf.edu ST:PHONE 415-502-3264 ST:SUBMIT_DATE 2023-03-21 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENOTYPE_STRAIN C57BL/6J SU:AGE_OR_AGE_RANGE 6-10 weeks SU:GENDER Male SU:ANIMAL_ANIMAL_SUPPLIER University of California, San Francisco Gnotobiotics core facility #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 14 Cecal_El15644_14 SampleType:Cecal | Group:15644 Replicate=14; Colonized=El; Cage=7; RAW_FILE_NAME=Neg_Cecal_El15644_14.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Cecal_El15644_14.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Cecal_El15644_14.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Cecal_El15644_14.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 21 Cecal_El15644_21 SampleType:Cecal | Group:15644 Replicate=21; Colonized=El; Cage=11; 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RAW_FILE_NAME=Neg_SI_GF_2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_SI_GF_2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 26 SI_GF_26 SampleType:SI | Group:GF Replicate=26; Colonized=GF; Cage=13; RAW_FILE_NAME=Neg_SI_GF_26.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_SI_GF_26.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_SI_GF_26.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_SI_GF_26.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 27 SI_GF_27 SampleType:SI | Group:GF Replicate=27; Colonized=GF; Cage=15; RAW_FILE_NAME=Neg_SI_GF_27.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_SI_GF_27.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_SI_GF_27.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_SI_GF_27.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 3 SI_GF_3 SampleType:SI | Group:GF Replicate=3; Colonized=GF; Cage=1; RAW_FILE_NAME=Neg_SI_GF_3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_SI_GF_3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_SI_GF_3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_SI_GF_3.mzML #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Sample collection was performed as described in CO:COLLECTION_SUMMARY doi.org/10.1016/j.chom.2021.11.001 . Briefly, C57BL/6J mice (males, ages 4-8 CO:COLLECTION_SUMMARY weeks) were obtained from the University of California, San Francisco CO:COLLECTION_SUMMARY Gnotobiotics core facility (gnotobiotics.ucsf.edu) and housed in Iso positive CO:COLLECTION_SUMMARY cages (Tecniplast). Mice were colonized via oral gavage with E. lenta CO:COLLECTION_SUMMARY monocultures (109 CFU/mL, 200 μl gavage, n=6 E. lenta DSM 2243, n=5 E. lenta CO:COLLECTION_SUMMARY DSM 15644, n=4 E. lenta AB12n2) or control media (n=5 GF). Colonization was CO:COLLECTION_SUMMARY confirmed via anaerobic culturing and/or qPCR for an E. lenta specific marker CO:COLLECTION_SUMMARY (elnmrk1) [10,26]. Mice were colonized for 2 weeks prior to sacrifice and sample CO:COLLECTION_SUMMARY collection. Samples were collected of ileal, cecal, and colonic contents. CO:SAMPLE_TYPE Intestine CO:COLLECTION_FREQUENCY single time point (72 hours) CO:STORAGE_CONDITIONS -80℃ #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Mice were colonized via oral gavage with E. lenta monocultures (109 CFU/mL, 200 TR:TREATMENT_SUMMARY μl gavage, n=6 E. lenta DSM 2243, n=5 E. lenta DSM 15644, n=4 E. lenta AB12n2) TR:TREATMENT_SUMMARY or control media (n=5 GF). Colonization was confirmed via anaerobic culturing TR:TREATMENT_SUMMARY and/or qPCR for an E. lenta specific marker (elnmrk1). Mice were colonized for 2 TR:TREATMENT_SUMMARY weeks prior to sacrifice and sample collection. Samples were collected of ileal, TR:TREATMENT_SUMMARY cecal, and colonic contents, as well as serum. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Intestinal samples (colon, cecum, ileum) were prepared individually using a SP:SAMPLEPREP_SUMMARY single protocol as follows. Samples were kept frozen on dry ice and massed to at SP:SAMPLEPREP_SUMMARY least 10 mg. Four microliters of -20oC extraction solvent (2:2:1 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY methanol:acetonitrile:water + stable isotope labeled internal standards) were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY added per milligram of intestinal sample. Six to eight 1mm zirconia silica beads SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were added to each sample followed by prompt bead beating (15 Hz, for 10 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY minutes). Following a 1 hour incubation in the -20oC freezer, samples were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY centrifuged at 4oC at 18,407 rcf for 5 minutes. Supernatant was collected and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY stored at -20oC prior to centrifugal plate filtration (0.2 micron polyvinylidene SP:SAMPLEPREP_SUMMARY difluoride (PVDF) Agilent Technologies, Santa Clara CA) at 4oC at 4,122 rcf for SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 3 min. Collection plate was sealed and maintained at 4oC prior to prompt SP:SAMPLEPREP_SUMMARY analysis. Serum samples were first thawed on wet ice. 20 μL of serum was SP:SAMPLEPREP_SUMMARY extracted with 4 volumes of methanol, containing stable isotope labeled internal SP:SAMPLEPREP_SUMMARY standards. Samples were homogenized by vortexing for 20 seconds and placed in a SP:SAMPLEPREP_SUMMARY -20oC for 1 hour to maximize protein precipitation. After freezer incubation, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY samples were centrifuged at 4oC at 18,407 rcf for 5 minutes. Supernatant was SP:SAMPLEPREP_SUMMARY removed and dried under vacuum via centrivap (Labconco Corp.). Dried samples SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were then resuspended in 30 μL of 80% acetonitrile in water containing SP:SAMPLEPREP_SUMMARY exogenous standard CUDA at 60 ng/mL. Samples were maintained at 4oC prior to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY prompt analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Samples, pools, and blanks were promptly added to a Thermo Vanquish Autosampler CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY at 4°C in a Vanquish UHPLC (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA). CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Chromatographic separation was performed using an ACQUITY Bridged Ethylene CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Hybrid (BEH) Amide column 2.1 x 150 mm, 1.7-micron particle size, (Waters Corp. CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Milford, MA), using chromatographic conditions published elsewhere (HILIC method CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY described in the Supplementary Methods of doi.org/10.1038/s41586-021-03707-9). CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Vanquish CH:COLUMN_NAME Waters ACQUITY UPLC BEH Amide (150 x 2.1mm,1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 40 CH:FLOW_GRADIENT The gradient profile was held at 100% B for 2 minutes, from 100% B to 70% B in 5 CH:FLOW_GRADIENT minutes, holding at 70% B for 0.7 minute, from 70% B to 40% B for 1.3 minutes, CH:FLOW_GRADIENT holding at 40% B for 0.5 minutes, from 40% B to 30% B for 0.75 minutes, before CH:FLOW_GRADIENT returning to 100% B for 2.5 minutes and holding at 100% B for 4 minutes. CH:FLOW_RATE 400 μL per minute CH:SOLVENT_A 100% water; 0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate, pH 3 CH:SOLVENT_B 95% acetonitrile/5% water; 0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive HF hybrid Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Full MS-ddMS2 data was collected, an inclusion list was used to prioritize MS2 MS:MS_COMMENTS selection of metabolites from our in-house ‘local’ library, when additional MS:MS_COMMENTS scan bandwidth was available MS2 was collected in a data-dependent manner. Mass MS:MS_COMMENTS range was 60-900 mz, resolution was 60k (MS1) and 15k (MS2), centroid data was MS:MS_COMMENTS collected, loop count was 4, isolation window was 1.5 Da. Metabolomics data was MS:MS_COMMENTS processed using MS-DIAL v4.60. Features were excluded from analysis if peak MS:MS_COMMENTS height was not at least 5-fold greater in one or more samples compared to the MS:MS_COMMENTS procedural blank average. MS:ION_MODE NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS relative ion counts MS_METABOLITE_DATA_START Samples Cecal_El15644_14 Cecal_El15644_21 Cecal_El15644_22 Cecal_El15644_23 Cecal_El15644_6 Cecal_El15644_7 Cecal_El2243_12 Cecal_El2243_13 Cecal_El2243_25 Cecal_El2243_4 Cecal_El2243_5 Cecal_ElAB12n2_10 Cecal_ElAB12n2_11 Cecal_ElAB12n2_16 Cecal_ElAB12n2_17 Cecal_ElAB12n2_18 Cecal_ElAB12n2_28 Cecal_ElAB12n2_29 Cecal_ElAB12n2_30 Cecal_GF_1 Cecal_GF_2 Cecal_GF_26 Cecal_GF_27 Cecal_GF_3 LI_El15644_14 LI_El15644_21 LI_El15644_22 LI_El15644_23 LI_El15644_6 LI_El15644_7 LI_El2243_12 LI_El2243_13 LI_El2243_24 LI_El2243_25 LI_El2243_4 LI_El2243_5 LI_ElAB12n2_10 LI_ElAB12n2_11 LI_ElAB12n2_16 LI_ElAB12n2_17 LI_ElAB12n2_18 LI_ElAB12n2_28 LI_ElAB12n2_29 LI_ElAB12n2_30 LI_GF_1 LI_GF_2 LI_GF_26 LI_GF_27 LI_GF_3 SI_El15644_14 SI_El15644_21 SI_El15644_22 SI_El15644_23 SI_El15644_6 SI_El15644_7 SI_El2243_12 SI_El2243_13 SI_El2243_25 SI_El2243_4 SI_El2243_5 SI_ElAB12n2_10 SI_ElAB12n2_11 SI_ElAB12n2_17 SI_ElAB12n2_18 SI_ElAB12n2_28 SI_ElAB12n2_29 SI_ElAB12n2_30 SI_GF_1 SI_GF_2 SI_GF_26 SI_GF_27 SI_GF_3 Factors SampleType:Cecal | Group:15644 SampleType:Cecal | Group:15644 SampleType:Cecal | Group:15644 SampleType:Cecal | Group:15644 SampleType:Cecal | Group:15644 SampleType:Cecal | Group:15644 SampleType:Cecal | Group:2243 SampleType:Cecal | Group:2243 SampleType:Cecal | Group:2243 SampleType:Cecal | Group:2243 SampleType:Cecal | Group:2243 SampleType:Cecal | Group:AB12n2 SampleType:Cecal | Group:AB12n2 SampleType:Cecal | Group:AB12n2 SampleType:Cecal | Group:AB12n2 SampleType:Cecal | Group:AB12n2 SampleType:Cecal | Group:AB12n2 SampleType:Cecal | Group:AB12n2 SampleType:Cecal | Group:AB12n2 SampleType:Cecal | Group:GF SampleType:Cecal | Group:GF SampleType:Cecal | Group:GF SampleType:Cecal | Group:GF SampleType:Cecal | Group:GF SampleType:LI | Group:15644 SampleType:LI | Group:15644 SampleType:LI | Group:15644 SampleType:LI | Group:15644 SampleType:LI | Group:15644 SampleType:LI | Group:15644 SampleType:LI | Group:2243 SampleType:LI | Group:2243 SampleType:LI | Group:2243 SampleType:LI | Group:2243 SampleType:LI | Group:2243 SampleType:LI | Group:2243 SampleType:LI | Group:AB12n2 SampleType:LI | Group:AB12n2 SampleType:LI | Group:AB12n2 SampleType:LI | Group:AB12n2 SampleType:LI | Group:AB12n2 SampleType:LI | Group:AB12n2 SampleType:LI | Group:AB12n2 SampleType:LI | Group:AB12n2 SampleType:LI | Group:GF SampleType:LI | Group:GF SampleType:LI | Group:GF SampleType:LI | Group:GF SampleType:LI | Group:GF SampleType:SI | Group:15644 SampleType:SI | Group:15644 SampleType:SI | Group:15644 SampleType:SI | Group:15644 SampleType:SI | Group:15644 SampleType:SI | Group:15644 SampleType:SI | Group:2243 SampleType:SI | Group:2243 SampleType:SI | Group:2243 SampleType:SI | Group:2243 SampleType:SI | Group:2243 SampleType:SI | Group:AB12n2 SampleType:SI | Group:AB12n2 SampleType:SI | Group:AB12n2 SampleType:SI | Group:AB12n2 SampleType:SI | Group:AB12n2 SampleType:SI | Group:AB12n2 SampleType:SI | Group:AB12n2 SampleType:SI | Group:GF SampleType:SI | Group:GF SampleType:SI | Group:GF SampleType:SI | Group:GF SampleType:SI | Group:GF 1-(1Z-Hexadecenyl)-sn-glycero-3-phosphocholine 556095.0000 713821.0000 638571.0000 312765.0000 362418.0000 373197.0000 281376.0000 358650.0000 503224.0000 686256.0000 364574.0000 512171.0000 469608.0000 724790.0000 534967.0000 620621.0000 777819.0000 548346.0000 572615.0000 454930.0000 397850.0000 530243.0000 369196.0000 432179.0000 453017.0000 1397081.0000 1715764.0000 1072720.0000 418560.0000 247275.0000 286094.0000 715302.0000 1022190.0000 958188.0000 819560.0000 1677426.0000 948056.0000 1189454.0000 95424.0000 2035340.0000 1579266.0000 1006897.0000 808750.0000 583443.0000 1013635.0000 728417.0000 2199382.0000 257413.0000 925175.0000 146496.0000 209128.0000 254652.0000 129681.0000 107912.0000 175319.0000 182967.0000 177915.0000 119996.0000 507297.0000 136281.0000 219370.0000 165431.0000 159833.0000 199985.0000 228033.0000 197739.0000 124475.0000 110293.0000 204292.0000 256682.0000 338009.0000 167471.0000 12R-Hydroxy-5Z_8Z_10E_14Z-eicosatetraenoic acid 73602.0000 53559.0000 41855.0000 62204.0000 76112.0000 109462.0000 82112.0000 89985.0000 42836.0000 3808901.0000 81788.0000 64778.0000 69418.0000 92052.0000 117410.0000 83542.0000 102503.0000 89106.0000 93816.0000 119532.0000 95247.0000 73635.0000 62611.0000 123271.0000 156068.0000 162108.0000 293856.0000 133518.0000 293938.0000 144941.0000 320564.0000 220128.0000 200947.0000 307778.0000 192194.0000 1333352.0000 402525.0000 1057225.0000 193967.0000 358450.0000 293826.0000 369158.0000 78392.0000 126809.0000 441053.0000 253117.0000 215877.0000 51021.0000 252697.0000 821567.0000 514403.0000 769807.0000 612718.0000 1198203.0000 763153.0000 1176124.0000 970192.0000 397974.0000 1019622.0000 952342.0000 1383283.0000 753372.0000 2446022.0000 378505.0000 1045990.0000 1421298.0000 382166.0000 966463.0000 547383.0000 699812.0000 318529.0000 571271.0000 13-Hydroxy-9Z_11E-octadecadienoic acid 954162.0000 862661.0000 972087.0000 914095.0000 1244383.0000 1623885.0000 1168058.0000 1363912.0000 1056140.0000 10311775.0000 1370904.0000 1077723.0000 1261572.0000 1419606.0000 1653473.0000 1514405.0000 1511533.0000 1363200.0000 1430227.0000 1675762.0000 1770351.0000 1019448.0000 1054460.0000 1501330.0000 2100062.0000 1120726.0000 2001049.0000 1182756.0000 2154920.0000 1484331.0000 2123575.0000 3101664.0000 2169650.0000 1561293.0000 2786216.0000 1827594.0000 2926808.0000 3687982.0000 3073537.0000 2656467.0000 3013258.0000 4853728.0000 1241500.0000 1823562.0000 3096804.0000 2245055.0000 909294.0000 436766.0000 2602613.0000 5807242.0000 4318741.0000 8737325.0000 8986284.0000 9277584.0000 6727260.0000 10892301.0000 13070193.0000 3343843.0000 4317094.0000 10998789.0000 12884439.0000 7447342.0000 20291312.0000 6873084.0000 10859193.0000 13824069.0000 4940090.0000 6261646.0000 4531480.0000 5899522.0000 3440844.0000 6118954.0000 13S-Hydroxy-9Z_11E_15Z-octadecatrienoic acid 274929.0000 267849.0000 294797.0000 274733.0000 325513.0000 421286.0000 313575.0000 356690.0000 292959.0000 1619950.0000 345085.0000 317938.0000 343360.0000 414839.0000 437903.0000 398782.0000 441657.0000 427782.0000 443347.0000 454402.0000 603692.0000 264201.0000 317169.0000 469772.0000 615164.0000 342681.0000 594616.0000 313398.0000 587377.0000 370195.0000 564642.0000 966044.0000 566062.0000 543510.0000 719745.0000 534045.0000 733005.0000 884353.0000 843413.0000 690014.0000 703667.0000 1411947.0000 326257.0000 529742.0000 1326514.0000 875410.0000 256712.0000 111164.0000 879962.0000 1199836.0000 1110310.0000 2253876.0000 2254292.0000 2539048.0000 1515280.0000 2398338.0000 2968499.0000 716896.0000 1112333.0000 2697760.0000 2858306.0000 1646416.0000 7792516.0000 2053936.0000 2668529.0000 3226496.0000 1555008.0000 2384920.0000 1741348.0000 1524687.0000 796712.0000 1994182.0000 1_4-Cyclohexanedicarboxylic acid 101157.0000 131332.0000 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13S-Hydroxy-9Z,11E,15Z-octadecatrienoic acid 293.21164 1,4-Cyclohexanedicarboxylic acid 171.06516 14-Hydroxy-4Z,7Z,10Z,12E,16Z,19Z-docosahexaenoic acid 343.22729 16-Hydroxyhexadecanoic acid 271.22745 1-Kestose 539.13647 1-Methylguanosine 296.09924 1-Methyluric acid 181.03569 1-Myristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 512.29828 1-Oleoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phospho-(1'-rac-glycerol) 509.28802 1-Palmitoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phospho-(1'-rac-glycerol) 483.27219 1-Stearoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phosphocholine 568.3606 2-Benzothiazolesulfonic acid 213.96231 2'-Deoxycytidine 226.08246 2-Hydroxy-4-methylpentanoic acid 131.0703 2-Hydroxycinnamic acid 163.03905 2-Hydroxyglutaric acid 147.02882 2-Hydroxy palmitic acid 271.22726 2-Hydroxyquinoline 144.04433 2-Ketogluconic acid 193.03445 2-Methylglutaric acid 145.04965 2-methylmaleic acid/citraconic acid 129.0183 2'-O-Methylcytidine 256.09402 2'-O-Methylinosine 281.08878 2'-O-Methyluridine 257.07767 (2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl)acetic acid 190.04996 3,4-Dihydroxyhydrocinnamic acid 181.04974 3-Hydroxybutyric acid 103.03896 3-Hydroxyglutaric acid 147.02887 3-Hydroxyhippuric acid 194.045 3-Methoxy-4-hydroxyphenylglycol sulfate 263.02271 3-Oxo-1,8-octanedicarboxylic acid 215.09169 3-Phenyllactic acid 165.05475 4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid 237.09081 4,6-Dihydroxypyrimidine 111.01897 4-Acetamidobutyric acid 144.06561 4-Guanidinobutyric acid 144.07672 4-Hydroxy-6-methyl-2-pyrone 125.02332 4-Hydroxybenzaldehyde 121.02833 4-Hydroxyphenyllactic acid 181.04973 4-Hydroxyphenylpyruvic acid 179.03389 4-Hydroxyquinoline-2-carbaldehyde 172.03944 4-Pyridoxic acid 182.04495 5-Hydroxy-3,4-dihydro-2(1H)-quinolinone 162.05505 5-Hydroxy-3-indoleacetic acid 190.0499 Adenine 134.04613 Adonitol 151.06012 Ala-Ala 159.07661 Ala-Arg 244.14119 Ala-Asp 203.06659 Ala-Glu 217.08221 Ala-His 225.09833 Ala-Ile 201.1237 Ala-Leu 201.12355 Ala-Lys 216.13449 Alanine 88.03927 Ala-Phe 235.10809 Ala-Thr 189.0872 Aleuritic acid 303.21707 Allantoin 157.03563 alpha-Asp-Lys 260.1246 alpha-Glu-Asp 261.07169 Arabitol 151.05998 Arginine 173.10324 Asn-Ala 202.08272 Asn-Asp 246.07274 Asn-Gln 259.10452 Asn-Ser 218.07791 Asn-Thr 232.09331 Asn-Val 230.11403 Asp-Ala 203.06648 Asparagine 131.04512 Asp-Arg 288.13083 Aspartic acid 132.0291 Asp-Asn 246.07254 Asp-Asp 247.05647 Asp-Gln 260.08832 Asp-Glu 261.07227 Asp-Gly-Asp 304.07672 Asp-His 269.08853 Asp-Leu 245.11374 Asp-Phe 279.09808 Asp-Pro 229.08237 Asp-Ser 219.06157 Asp-Thr 233.07718 Asp-Trp 318.10922 Asp-Tyr 295.09464 Azelaic acid 187.09656 Baicalin 445.07687 C12-AS 265.14752 Caffeic acid 179.03404 Carbamoyl-DL-aspartic acid 175.03551 Chenodeoxycholic acid 24-acyl-beta-D-glucuronide 567.31793 Cholesterol 3-sulfate 465.30331 Cholic acid 407.28033 Citric acid 191.01888 Citrulline 174.08743 Creatinine 112.05062 Cysteic acid 167.99634 Cystine 239.01579 Cytidine 242.07753 Daidzein 253.0502 Daidzein 4'-sulfate 333.00604 Daidzin 415.10226 delta-Hydroxylysine 161.09253 Deoxyuridine 227.06668 Dimethylarginine 201.13525 DL-Isocitric acid lactone 173.0081 DL-Leu-DL-Val 229.15503 DL-o-Tyrosine 180.06566 Docosahexanoic acid 327.23245 Dodecanedioic acid 229.14375 D-SACCHARIC ACID 209.02942 D-(+)-Trehalose 387.11356 Ferulic acid 193.0498 Formononetine 267.06625 Fumaric acid 115.0026 Galactinol 341.10818 galactitol 181.07066 gamma-Glutamylglutamine 274.10394 gamma-Glutamylleucine 259.12943 gamma-Glutamylmethionine 277.08655 gamma-Glutamyltyrosine 309.10892 Genistin 431.0972 Gentianose 503.1601 Gentisinic acid 153.01808 Gln-Ala 216.09825 Gln-Leu 258.14545 Gln-Ser 232.09334 Gln-Thr 246.10905 Gln-Val 244.12978 Glu-Ala 217.08228 Glucuronic acid 193.03455 Glu-His 283.10419 Glu-Leu 259.12936 Glu-Lys 274.14035 Glu-Ser 233.07739 Glutamic acid 146.04474 Glutamine 145.06076 Glutaric acid 131.03394 Glu-Thr 247.09297 Gly-Arg 230.125 Gly-Asn 188.06702 Gly-Asp 189.05075 Gly-Glu 203.0666 Gly-Gly 131.0451 Gly-Ile 187.10793 Gly-Lys 202.11888 Gly-Phe 221.09233 Gly-Pro-Ala 242.11424 Gly-Ser 161.05606 Gly-Thr 175.07149 Gly-Tyr 237.08701 Gly-Val 173.09219 Guanine 150.04111 Guanosine 282.08395 Hexadecanedioic acid 285.20621 His-Ala 225.09834 His-Asp 269.08817 His-Gln 282.12033 His-Glu 283.10428 His-Leu 267.14578 His-Thr 255.10918 Histidine 154.06114 Homogentisic acid 167.034 Homovanillic acid sulfate 261.0069 (-)-Hydroxycitric acid lactone 189.00293 Hypotaurine 108.01137 Hypoxanthine 135.03012 Ile-Arg 286.18814 Ile-Gly-Ile 300.19223 Ile-Lys 258.18176 Ile-Met 261.12692 Ile-Phe 277.15475 Inosine 267.07294 Isoleucine 130.08624 Isomaltose 387.11362 Isoschaftoside 563.1402 Isovitexin 431.09763 lactic acid 89.02325 Lactitol 343.1236 L-Cysteine-glutathione disulfide 425.07999 L-Cysteinesulfinic acid 152.00127 L-Dehydroascorbic acid 173.00827 Leu-Arg 286.18805 Leu-Asp 245.11334 Leucine 130.08626 Leu-Gln 258.14542 Leu-Glu 259.12924 Leu-His 267.14584 Leu-Ile 243.17081 Leu-Lys 258.18185 Leu-Ser 217.11865 Leu-Thr 231.13446 Leu-Trp 316.16574 Leu-Tyr 293.15005 L-Fucitol 165.07593 L-gamma-Glutamyl-glutamic acid 275.08801 Linoleoylglycine 336.25385 L-Saccharopine 275.1225 Lysine 145.09718 lysoPC 16:0 540.32983 lysoPC 16:1 538.31427 lysoPC 18:1 566.34509 lysoPC 18:2 564.32953 lysoPC 18:3 562.31445 lysoPC 20:1 594.37756 lysoPC 20:2 592.36072 lysoPC 20:3 590.34613 lysoPC 20:4 588.33081 lysoPC 20:5 586.31091 lysoPE 16:0 452.27747 lysoPE 16:1 450.26202 lysoPE 18:0 480.30853 lysoPE 18:1 478.29272 lysoPE 18:2 476.27722 lysoPE 18:3 474.2623 lysoPE 20:1 506.32468 lysoPE 20:2 504.3093 lysoPE 20:3 502.29312 lysoPE 20:4 500.27829 lysoPE 22:6 524.27783 Lys-Val 244.16573 Malic acid 133.01317 Manninotriose 503.16122 Mannose 179.05521 Melezitose 503.16086 Melibiose 341.10815 Met-Asp 263.07022 Met-Gln 276.10208 Methionine 148.04259 Methionine sulfoxide 164.03769 Met-Ile 261.1275 Met-Met 279.08411 Met-Ser 235.07494 Met-Thr 249.0909 Met-Val 247.11169 N2,N2-Dimethylguanosine 310.11542 N6-Acetyllysine 187.10796 N-Acetyl-alanine 130.04987 N-Acetylaspartic acid 174.03993 N-Acetylaspartylglutamic acid 303.08289 N-Acetyl-D-galactosamine 4-sulfate 300.03735 N-Acetyl-D-galactosaminitol 222.09779 N-ACETYL-DL-METHIONINE 190.05342 N-Acetyl-DL-valine 158.08133 N-Acetylglucosaminylasparagine 334.12503 N-Acetyl-glutamic acid 188.05551 N-Acetylhistidine 196.07198 N-Acetylleucine 172.09689 N-Acetyl-mannosamine 220.08218 N-Acetylneuraminic acid 308.09875 N-Acetylornithine 173.09219 N-Acetylphenylalanine 206.08173 N-Acetylserine 146.04478 N-Acetyl-tryptophan 245.0925 N-Acetyltyrosine 222.07639 N-Arachidonoyl-alanine 374.26904 Naringenin-4'-O-beta-D-glucuronide 447.09259 N-Carboxyethyl-gamma-aminobutyric acid 174.07616 N-Cinnamoylglycine 204.0658 Neodiosmin 607.1665 N-Formylmethionine 176.03793 N-Methylglutamic acid 160.06056 N-Oleoylglycine 338.26956 N-Oleoyl-serine 368.27991 Orotic acid 155.00887 Palatinose 341.10837 Palatinose1 377.08347 Pantothenic acid 218.10258 PG 40:8 817.50323 PG 44:12 865.50262 Phe-Ala 235.10823 Phe-Asp 279.09787 Phe-Glu 293.11392 Phe-Gly 221.09233 Phe-Leu 277.15512 Phe-Lys 292.16641 Phenylalanine 164.0706 Phe-Phe 311.13934 Phe-Ser 251.10318 Phe-Thr 265.11899 Phe-Val 263.13974 Phosphoric acid 96.95889 Phthalic acid 165.0183 Pimelic acid 159.06523 Pro-Ala 185.09222 Pro-Asp 229.08234 Pro-Glu 243.09787 Pro-Gly 171.07657 Pro-Ile 227.13954 Pro-Leu 227.13945 Proline-hydroxyproline 227.103 Pro-Met 245.09615 Pro-Phe 261.1236 Pro-Ser 201.08725 Pro-Thr 215.10287 Pro-Val 213.12369 Pseudouridine 243.06155 Purine 119.03508 Quinic acid 191.05518 Raffinose 503.16043 Ribothymidine 257.07797 Sarcosine 88.03931 Sebacic acid 201.11237 Ser-Asp 219.06174 Ser-Gln 232.09322 Ser-Glu 233.07735 Ser-Gly 161.05611 Ser-Gly-Ser 248.08806 Ser-His 241.09361 Serine 104.03416 Ser-Lys 232.12955 Ser-Met 235.07524 Ser-Ser 191.06657 Ser-Thr 205.08228 Ser-Tyr 267.0983 Ser-Val 203.10292 Sinapic acid 223.06047 S-Sulfocysteine 199.96844 STACHYOSE 665.21362 suberic acid 173.08096 Succinic acid 117.01817 Sucrose 341.10867 Sulfoacetic acid 138.96959 Swertisin 445.11292 Taurine 124.00624 Thr-Ala 189.08728 Thr-Asp 233.07724 Threonic acid 135.02879 Threonine 118.0498 Thr-Glu 247.09299 Thr-Gly-Thr 276.11969 Thr-His 255.10921 Thr-Phe 265.1189 Thr-Thr 219.09793 Thr-Val 217.11852 Thr-Val-Leu 330.20285 Thymidine 241.08215 TRANS-4-HYDROXYPROLINE 130.04993 trans-Traumatic acid 227.12801 Trp-Leu 316.16602 Trp-Thr 304.12988 Trp-Val 302.1507 Tryptophan 203.08171 Tyr-Asp 295.09274 Tyr-Glu 309.10901 Tyr-Leu 293.15033 Tyr-Thr 281.11401 Tyr-Val 279.13461 Uracil 111.01888 Uridine 243.06154 UROCANATE 137.03452 Val-Arg 272.17233 Val-Asp 231.09787 Val-Glu 245.11404 Val-Gly-Val 272.16122 Val-His 253.13014 Val-Leu 229.15498 Val-Lys 244.16589 Val-Met 247.11201 Val-Phe 263.14005 Val-Ser 203.10283 Val-Thr 217.11873 Val-Tyr 279.13443 Val-Val 215.13939 Vanillin 151.03883 Verbascose 827.26703 Wogonoside 459.0925 Xanthine 151.02505 Xanthosine 283.06815 METABOLITES_END #END