#METABOLOMICS WORKBENCH leaseep_20230614_064326 DATATRACK_ID:4088 STUDY_ID:ST002754 ANALYSIS_ID:AN004468 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Developmental programming of Kupffer cells by maternal obesity causes fatty PR:PROJECT_TITLE liver disease in the offspring PR:PROJECT_SUMMARY Kupffer cells (KCs) are tissue-resident macrophages which colonize the PR:PROJECT_SUMMARY developing liver early during embryogenesis. Throughout development and PR:PROJECT_SUMMARY adulthood, KCs have distinct core functions that are essential for liver and PR:PROJECT_SUMMARY organismal homeostasis, such as supporting fetal erythropoiesis as well as PR:PROJECT_SUMMARY postnatal erythrocyte recycling and liver metabolism. KCs acquire their PR:PROJECT_SUMMARY tissue-specific transcriptional signature immediately after colonizing the PR:PROJECT_SUMMARY liver, mature together with the tissue, and adapt to the tissue’s function. PR:PROJECT_SUMMARY However, whether perturbation of macrophage core functions during development PR:PROJECT_SUMMARY may contribute to or cause disease at postnatal stages is poorly understood. PR:PROJECT_SUMMARY Here, we utilize a maternal obesity model to disturb KC functions during PR:PROJECT_SUMMARY gestation. We show that offspring born to obese mothers develop fatty liver PR:PROJECT_SUMMARY disease that is accompanied by a local pro-inflammatory response, a phenotype PR:PROJECT_SUMMARY that is augmented if the offspring is kept on control diet after birth. Further, PR:PROJECT_SUMMARY transcriptional analyses reveal that KCs undergo developmental programming PR:PROJECT_SUMMARY through the maternal high-fat diet, which lasts until adulthood. The PR:PROJECT_SUMMARY offspring’s KC developmental programming is irreversible despite the switch to PR:PROJECT_SUMMARY control diet and leads to increased lipid uptake in hepatocytes mediated via PR:PROJECT_SUMMARY paracrine factors stemming from KCs. The transcriptional programming of KCs and PR:PROJECT_SUMMARY the fatty liver disease phenotype are rescued by genetic depletion of PR:PROJECT_SUMMARY hypoxia-inducible factor alpha (Hif-1alpha) in macrophages during gestation. PR:PROJECT_SUMMARY These results demonstrate that macrophages rely on an undisturbed development to PR:PROJECT_SUMMARY fulfil their core functions and support organ homeostasis during adulthood, and PR:PROJECT_SUMMARY establish developmental programming of KCs as a therapeutic strategy for PR:PROJECT_SUMMARY metabolic disorders, such as fatty liver disease. PR:INSTITUTE University of Bonn PR:DEPARTMENT LIMES PR:LABORATORY Mass Lab PR:LAST_NAME Mass PR:FIRST_NAME Elvira PR:ADDRESS Carl-Troll-Str. 31, 53115 Bonn, Germany PR:EMAIL elvira.mass@uni-bonn.de PR:PHONE +49 0228 / 73 6 28 48 PR:FUNDING_SOURCE DFG PR:PUBLICATIONS in preparation PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M81D9R PR:CONTRIBUTORS Nora Balzer, Iva Splichalova, Hao Huang, Stephan Grein, Lea Seep #STUDY ST:STUDY_TITLE Metabolomics analysis of maternal obesity model ST:STUDY_SUMMARY 100μl serum of 11-12 weeks old male mice with a background from various diet ST:STUDY_SUMMARY groups were processed in Metabolon (https://www.metabolon.com) for metabolics ST:STUDY_SUMMARY analysis.Diet groups are CDm CDl CD, CDm CDl HFD, CDmHFDl HFD, HFDm CDl CD, HFDm ST:STUDY_SUMMARY CDl HFD, HFDm HFDl CD and HFDm CDl CD. (m: maternal diet, l: lactation) ST:INSTITUTE University of Bonn ST:DEPARTMENT LIMES ST:LABORATORY Mass Lab ST:LAST_NAME Mass ST:FIRST_NAME Elvira ST:ADDRESS LIMES-Institute, Carl-Troll-Str. 31, 53115 Bonn, Germany ST:EMAIL elvira.mass@uni-bonn.de ST:PHONE +49 02 28 / 73 6 28 48 ST:SUBMIT_DATE 2023-06-14 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENOTYPE_STRAIN C57BL/6JRcc SU:AGE_OR_AGE_RANGE 10-12 weeks SU:ANIMAL_HOUSING specific pathogen-free conditions SU:ANIMAL_LIGHT_CYCLE 12-h light/dark cycle #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS FS28908000 UHBO-00909 MOTHER_DIET:CD_CD | OFFSPRING_DIET:CD GROUP_ID=CD_CD_CD; VOL_EXTRACTED=90; diet_condition=CDmaternalCDlactationCDsolid food; maternal_diet=lean mother; RNA_seq_available=yes; colour_of_serum=normal; day_of_experiment_DD_MM_YY=24_05_18 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS FS28908002 UHBO-00910 MOTHER_DIET:CD_CD | OFFSPRING_DIET:CD GROUP_ID=CD_CD_CD; 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The sera CO:COLLECTION_SUMMARY were stored at -80°C until shipped to Metabolon. Further preparation was done CO:COLLECTION_SUMMARY there. CO:SAMPLE_TYPE Blood (serum) #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Samples were taken from the developed Maternal Obesity model. This model was TR:TREATMENT_SUMMARY generated as described in the Material and Methods section. No additional TR:TREATMENT_SUMMARY treatment was done. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Sera were taken and sent to Metabolon. Further sample preparation was done on SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Metabolon Site. In short, samples were prepared using the automated MicroLab SP:SAMPLEPREP_SUMMARY STAR® system from Hamilton Company. Several recovery standards were added prior SP:SAMPLEPREP_SUMMARY to the first step in the extraction process for QC purposes. To remove protein, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY dissociate small molecules bound to protein or trapped in the precipitated SP:SAMPLEPREP_SUMMARY protein matrix, and to recover chemically diverse metabolites, proteins were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY precipitated with methanol under vigorous shaking for 2 min (Glen Mills SP:SAMPLEPREP_SUMMARY GenoGrinder 2000) followed by centrifugation. The resulting extract was divided SP:SAMPLEPREP_SUMMARY into five fractions: two for analysis by two separate reverse phase SP:SAMPLEPREP_SUMMARY (RP)/UPLC-MS/MS methods with positive ion mode electrospray ionization (ESI), SP:SAMPLEPREP_SUMMARY one for analysis by RP/UPLC-MS/MS with negative ion mode ESI, one for analysis SP:SAMPLEPREP_SUMMARY by HILIC/UPLC-MS/MS with negative ion mode ESI, and one sample was reserved for SP:SAMPLEPREP_SUMMARY backup. Samples were placed briefly on a TurboVap® (Zymark) to remove the SP:SAMPLEPREP_SUMMARY organic solvent. The sample extracts were stored overnight under nitrogen before SP:SAMPLEPREP_SUMMARY preparation for analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Low pH polar CH:INSTRUMENT_NAME Waters Acquity CH:COLUMN_NAME Waters ACQUITY UPLC BEH C18 (100 x 2.1mm,1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE - CH:FLOW_GRADIENT - CH:FLOW_RATE - CH:SOLVENT_A - CH:SOLVENT_B - CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:LABORATORY_NAME Metabolon AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Proprietary analytical software for integration and peak picking MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak Area MS_METABOLITE_DATA_START Samples UHBO-00909 UHBO-00910 UHBO-00911 UHBO-00912 UHBO-00930 UHBO-00931 UHBO-00932 UHBO-00913 UHBO-00914 UHBO-00915 UHBO-00933 UHBO-00934 UHBO-00935 UHBO-00936 UHBO-00916 UHBO-00917 UHBO-00918 UHBO-00919 UHBO-00937 UHBO-00938 UHBO-00939 UHBO-00920 UHBO-00921 UHBO-00922 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C00588 cis-4-hydroxyproline 440014 C03440 citrulline 9750 C00327 creatine 586 C00300 creatinine 588 C00791 cystathionine 439258 C02291 cysteine 5862 C00097 cysteine-glutathione disulfide 3080690 R00900 cysteine sulfinic acid 109 C00606 cysteinylglycine disulfide* 22833544 #N/A cytidine 6175 C00475 cytidine 5'-monophosphate (5'-CMP) 6131 C00055 cytosine 597 C00380 deoxycarnitine 22620 C01181 dihydroxyacetone phosphate (DHAP) 668 C00111 dimethylarginine (SDMA + ADMA) C21189,C03626 dimethylglycine 673 C03626 dimethyl sulfone 6213 C11142 EDTA 6049 C00284 formiminoglutamate 439233 C00439 fructosyllysine 9839580 #N/A gamma-glutamyl-2-aminobutyrate #N/A gamma-glutamylalanine 440103 C03738 gamma-glutamyl-alpha-lysine 65254 #N/A gamma-glutamylcitrulline* #N/A gamma-glutamyl-epsilon-lysine 7015685 #N/A gamma-glutamylglutamate 92865 C05282 gamma-glutamylglutamine 150914 C05283 gamma-glutamylglycine 100099 #N/A gamma-glutamylhistidine 7017195 #N/A gamma-glutamylisoleucine* 22885096 #N/A 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N-methyl-GABA 70703 C15987 N-methylpipecolate 11286529 #N/A N-methylproline 643474 #N/A N-monomethylarginine 132862 C03884 N,N-dimethylalanine 5488191 #N/A N,N-dimethyl-pro-pro #N/A N,N,N-trimethyl-5-aminovalerate 14274897 #N/A N,N,N-trimethyl-alanylproline betaine (TMAP) #N/A ophthalmate 7018721 #N/A ornithine 6262 C00077 oxindolylalanine 20977764 #N/A phenylacetylglycine 68144 C05598 phenylalanine 6140 C00079 phenylalanylhydroxyproline* 53480675 #N/A phosphate 1061 C00009 phosphoethanolamine 1015 C00346 picolinate 1018 C10164 pimeloylcarnitine/3-methyladipoylcarnitine (C7-DC) #N/A pipecolate #N/A pro-hydroxy-pro 11902893 #N/A proline C00148,C000763 prolylglycine 6426709 #N/A propionylcarnitine (C3) 107738 C03017 putrescine 1045 C00134 pyridoxal 1050 C00250 pyridoxamine 1052 C00534 pyrraline 14274616 C21013 quinolinate 1066 C03722 (R)-3-hydroxybutyrylcarnitine 53481617 #N/A S-1-pyrroline-5-carboxylate 11966181 C04322 (S)-3-hydroxybutyrylcarnitine 71464477 #N/A sarcosine 1088 C00213 S-carboxymethyl-cysteine 193653 C03727 serine 5951 C00065 serotonin 5202 C00780 S-methylcysteine sulfoxide 82142 #N/A spermidine 1102 C00315 stachydrine 115244 C10172 suberoylcarnitine (C8-DC) #N/A succinylcarnitine (C4-DC) 71464481 #N/A taurine 1123 C00245 thiamin (vitamin B1) 1130 DG00125,C00378,D08580 thioproline 93176 #N/A threonine 6288 C00188 tigloylglycine 6441567 #N/A trans-3,4-methyleneheptanoylglycine 129822188 #N/A trans-4-hydroxyproline 5810 C01157 trans-urocanate 736715 C00785 trigonelline (N'-methylnicotinate) 5570 C01004 trimethylamine N-oxide 1145 C01104 tryptophan 6305 C00078 tyrosine 6057 C00082 urea 1176 C00086 valine 6287 C00183 valylleucine 352039 #N/A xanthurenate 5699 C02470 METABOLITES_END #END