#METABOLOMICS WORKBENCH efahy_20230425_000036 DATATRACK_ID:4372 STUDY_ID:ST002915 ANALYSIS_ID:AN004785 PROJECT_ID:PR001020 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE MoTrPAC PR:PROJECT_SUMMARY MoTrPAC is a national research consortium designed to discover and perform PR:PROJECT_SUMMARY preliminary characterization of the range of molecular transducers (the PR:PROJECT_SUMMARY "molecular map") that underlie the effects of physical activity in humans. The PR:PROJECT_SUMMARY program's goal is to study the molecular changes that occur during and after PR:PROJECT_SUMMARY exercise and ultimately to advance the understanding of how physical activity PR:PROJECT_SUMMARY improves and preserves health. Preclinical and clinical studies will examine the PR:PROJECT_SUMMARY systemic effects of endurance and resistance exercise across a range of ages and PR:PROJECT_SUMMARY fitness levels by molecular probing of multiple tissues before and after acute PR:PROJECT_SUMMARY and chronic exercise. This program is the largest targeted NIH investment of PR:PROJECT_SUMMARY funds into the mechanisms of how physical activity improves health and prevents PR:PROJECT_SUMMARY disease. The MoTrPAC program is supported by the NIH Common Fund and is managed PR:PROJECT_SUMMARY by a trans-agency working group representing multiple NIH institutes and PR:PROJECT_SUMMARY centers, led by the NIH Office of Strategic Coordination, National Institute of PR:PROJECT_SUMMARY Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases, National Institute of Diabetes PR:PROJECT_SUMMARY and Digestive and Kidney Diseases, National Institute on Aging, and National PR:PROJECT_SUMMARY Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering. MoTrPAC Steering Committee: PR:PROJECT_SUMMARY Wendy Kohrt, Chair, Russ Tracy, Co-Chair; NIH Program Manager, Concepcion PR:PROJECT_SUMMARY Nierras. Euan Ashley and Matthew Wheeler are the PIs for the Motrpac PR:PROJECT_SUMMARY Bioinformatics / Data Coordination Center. PR:INSTITUTE MoTrPAC PR:LAST_NAME Ashley PR:FIRST_NAME Euan PR:ADDRESS Falk Building CV267, 870 Quarry Road, Stanford, California 94305 PR:EMAIL motrpac-data-deposition@lists.stanford.edu PR:PHONE (650) 725-1846 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8V97D #STUDY ST:STUDY_TITLE MoTrPAC: Endurance exercise training study in young adult rats, Rat Kidney ST:STUDY_TITLE Powder - Untargeted Reversed-Phase Negative ST:STUDY_SUMMARY The goal of the endurance exercise training study in young adult rats (internal ST:STUDY_SUMMARY code: PASS1B-06) was to perform exercise training studies in adult (6 month) ST:STUDY_SUMMARY F344 rats, and from these rats collect as many tissues as feasible in order to ST:STUDY_SUMMARY provide high quality samples for detailed analysis by chemical analysis sites. ST:STUDY_SUMMARY Tissues were collected from 10-12 rats sedentary control rats concurrent with ST:STUDY_SUMMARY the collection of the 8-week training groups. The 8-week training group and ST:STUDY_SUMMARY controls were from the same cohort and same age at euthanasia (either 8). For ST:STUDY_SUMMARY the older age group, an additional set of controls (n=5-6) were collected with ST:STUDY_SUMMARY the 1-2 week training group. Rats were either sedentary or underwent an exercise ST:STUDY_SUMMARY training program. Rats were exercised on the rodent treadmill 5 days per week ST:STUDY_SUMMARY using a progressive training protocol designed to exercise the rats at ST:STUDY_SUMMARY approximately 70% of VO2max as outlined in the Table on the next page. Training ST:STUDY_SUMMARY was performed no earlier than 10:00 am and no later than 5:00 pm over 5 ST:STUDY_SUMMARY consecutive days per week. Training was initiated with the treadmill set at 70% ST:STUDY_SUMMARY of VO2 max (see tables) and 5 degrees grade for 20 minutes. The duration of ST:STUDY_SUMMARY exercise was increased by one minute each day until day 31 of training (start of ST:STUDY_SUMMARY week 7), when a duration of 50 min was reached. Speed and grade of each training ST:STUDY_SUMMARY session increased in larger increments due to treadmill parameters. The highest ST:STUDY_SUMMARY intensity and duration of training began on day 31. This intensity was ST:STUDY_SUMMARY maintained for the final 10 days of the protocol to ensure steady state had been ST:STUDY_SUMMARY achieved. If any rats were unable to perform at least 4 days of training per ST:STUDY_SUMMARY week they were removed from the study and euthanized. It is important to note ST:STUDY_SUMMARY that the starting treadmill speed varied depending on the sex and age of the ST:STUDY_SUMMARY rat. The initial and maximum speeds were based on VO2max measurements obtained ST:STUDY_SUMMARY during the pre-training testing of the compliant rats. Rats assigned to the ST:STUDY_SUMMARY control group followed a schedule similar to the training group. They were ST:STUDY_SUMMARY placed in one lane on the treadmill for 15 minutes/day, 5 days per week. The ST:STUDY_SUMMARY treadmill was set at 0 m/min at an incline that corresponded to the incline ST:STUDY_SUMMARY being used by the training group. ST:INSTITUTE University of Michigan ST:DEPARTMENT Biomedical Research Core Facilities ST:LABORATORY Metabolomics core ST:LAST_NAME Burant ST:FIRST_NAME Charles ST:ADDRESS 6120 Brehm Tower,1000 Wall St., Ann Arbor, MI, 48105-5714 ST:EMAIL burantc@med.umich.edu ST:PHONE (734) 232-0842 ST:SUBMIT_DATE 2023-04-25 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Rattus norvegicus SU:TAXONOMY_ID 10116 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 1628FB23-6F66-47D4-8D82-63C87726F0FD 90245015906 Group:Control | Timepoint:8 weeks of training or control time | Sex:Female | Tissue:Rat Kidney Powder raw_file=20191031-EX00979-A003-IN0028-S00042190-90245015906-N.zip SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 69FD4884-786D-4F2A-97B1-6174FBD25D60 90248015906 Group:Control | Timepoint:8 weeks of training or control time | Sex:Female | Tissue:Rat Kidney Powder 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CO:SAMPLE_TYPE Kidney #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Samples were collected according to consortium protocol (see protocol TR:TREATMENT_SUMMARY referenced) #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY See SOP SP:SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME pass1b_experimental_design_metabolomics.pdf #CHROMATOGRAPHY CH:METHODS_FILENAME pass1b_rpneg_rppos_ionpneg_methods.pdf CH:INSTRUMENT_NAME Agilent 1290 Infinity II CH:COLUMN_NAME Waters Acquity HSS T3 (100 x 2.1mm, 1.8um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 55C CH:FLOW_GRADIENT Linear ramp from 0% to 100% B from 0-10 minutes, hold 100% B until 17 minutes, CH:FLOW_GRADIENT linear return to 0% B from 17 to 17.1 minutes, hold 0% B until 20 minutes CH:FLOW_RATE 0.45 ml/min CH:SOLVENT_A 100% water, 0.1% formic acid CH:SOLVENT_B 100% methanol, 0.025% formic acid CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Agilent 6545 QTOF MS:INSTRUMENT_TYPE QTOF MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS See SOP protocol MiCAS_SOP004_Data post-processing and QC_v2_20190904.pdf MS:ION_MODE NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS peak area MS_METABOLITE_DATA_START Samples 90245015906 90248015906 90252015906 90265015906 90266015906 90217015906 90229015906 90232015906 90237015906 90239015906 CS00000PB-01 CS00000PB-02 CS00000PB-03 CS00000PB-04 CS00000SB-01 CS00000SB-02 CS00000SB-03 CS00000SB-04 CS00000SB-05 CS00000SB-06 CS00000MP-02 CS00000MP-03 CS00000MP-04 CS00000MP-05 CS00000MP-06 CS00000MP-07 CS00000MP-08 CS00000MP-09 CS0000OP0-01 CS0000OP0-02 CS0000OP0-03 CS0000OP0-04 CS0000OP0-05 CS0000OP0-06 CS0000OP0-07 CS000QCMP-01 CS000QCMP-02 CS000QCMP-03 CS000QCMP-04 CS0UMRG01-01 CS0UMRG01-02 CS0UMRG01-03 CS0UMRG01-04 CSMR80018-01 CSMR80018-02 CSMR80018-03 CSMR80018-04 CSMR80019-01 CSMR80019-02 CSMR80019-03 CSMR80019-04 90559015906 90560015906 90564015906 90567015906 90571015906 90421015906 90422015906 90423015906 90426015906 90430015906 90576015906 90578015906 90581015906 90585015906 90587015906 90439015906 90441015906 90444015906 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11.25 227.201824 FA(14:0-OH) 10.55 243.196324 FA(14:1) 10.94 225.185824 FA(14:2) 10.68 223.170124 FA(15:0) 11.44 241.217024 FA(16:0) 11.64 255.233524 FA(16:0-COOH) 10.34 285.206624 FA(16:0-OH) 11.08 271.227624 FA(16:1) 11.37 253.217724 FA(17:0) 11.82 269.248424 FA(18:0) 12.02 283.264824 FA(18:1) 11.72 281.249224 FA(18:2) 11.5 279.233524 FA(18:3) 11.3 277.217824 FA(18:4) 11.09 275.201124 FA(19:1) 11.9 295.263924 FA(20:0) 12.45 311.295124 FA(20:1) 12.09 309.280224 FA(20:2) 11.84 307.264524 FA(20:3) 11.64 305.248924 FA(20:4) 11.48 303.233524 FA(20:5(5Z,8Z,11Z,14Z,17Z))) 11.28 301.217824 FA(22:0) 13 339.326224 FA(22:3) 11.98 333.279324 FA(22:4) 11.76 331.264824 FA(22:5) 11.58 329.249124 FA(22:6(4Z,7Z,10Z,16Z,19Z)) 11.46 327.233524 FA(23:0) 12.8 353.342524 FA(24:0) 13.7 367.357524 FA(24:1) 13.06 365.341924 FA(26:0) 13.87 395.389424 FA(8:0-COOH) 6.3 173.081024 FA(8:0-OH) 7.2 159.102424 FA(9:0-COOH) 6.7 187.097324 gamma-glutamylisoleucine 4.02 259.129324 gamma-glutamylleucine 4.17 259.126424 gibberellic acid 5.72 345.133724 glutamate 0.69 146.046024 glutamate-13C5 0.64 151.062724 glutamine 0.61 145.062124 glutamine-13C5 0.62 150.078424 glutarate 3.03 131.034224 glycochenodeoxycholate 10.05 448.305524 glycocholate 9.56 464.302324 glycodeoxycholate 10.19 448.305524 glycohyocholate 9.56 464.302324 glycohyodeoxycholate 9.26 448.305824 glycoursodeoxycholate 9.26 448.305724 hippurate 4.35 178.043224 histidine 0.59 154.062224 histidine-13C6 0.57 160.086624 hydroxyindole acetate 5.01 190.050224 hydroxyphenyllactic acid 3.38 181.050224 hyodeoxycholate 9.98 391.284524 indoleacrylate 3.61 186.055224 indole lactate 5.49 204.064024 isoleucine-13C6 1.96 136.107324 isoleucine-13C6+leucine-13C6 1.96 136.107324 ketoleucine 4.51 129.054324 kynurenate 3.98 188.037824 lactate 1.05 89.024624 lactate-13C3 0.75 92.035324 leucine-13C6 1.96 136.107324 lithocholate 11.07 375.290424 lithocholate glycine conjugate 10.62 432.311924 lysine-13C6 0.56 151.118224 malate 0.86 133.014824 malate-13C4 0.75 137.028724 maleate 0.77 115.004324 methyl-3-hydroxybenzoate 4.8 151.040024 m-hydroxybenzoate 6.12 137.022824 N-acetylleucine 5.43 172.095024 N-acetylphenylalanine 5.53 206.082224 naproxen 8.5 229.087024 N-methylaspartate 0.92 146.045924 omega-muricholate 10.1 407.279824 ortho-hydroxyphenylacetate 9 151.040024 oxaloacetate 0.6 130.998624 PA(16:0) 14.43 409.235324 PA(18:1) 14.81 435.250024 pantothenate 5.6 218.103424 phenylacetate 4.05 135.045024 phenylalanine 2.93 164.067224 phenylalanine-13C9 2.93 173.097324 phenyllactate 5.04 165.054724 phthalate 4.32 165.019324 pregnenolone sulfate 9.1 395.189724 retinoate 11.11 299.201524 rosmarinate 7.55 359.077024 salicylate 7.52 137.024424 salicylurate 5.03 194.045124 S-allylcysteine 2.42 160.043924 serine 0.59 104.035524 serine-13C3 0.6 107.047224 sphingosine-1P (C18) 10.66 378.241224 succinate 1.86 117.018324 taurine 0.61 124.008124 tauro-alpha-muricholate 8.45 514.283924 tauro-alpha-muricholate + tauro-beta-muricholiate 8.67 514.284024 tauro-beta-muricholate 8.67 514.284024 taurochenodeoxycholate 9.97 498.288524 taurocholate 10.31 514.285224 taurodeoxycholate 9.76 498.289024 taurohyocoholate 8.74 514.284224 taurohyodeoxycholate 8.95 498.288724 taurolithocholate 11.49 482.294524 tauroursodeoxycholate 8.95 498.288724 threonine 0.63 118.051324 threonine-13C4 0.68 122.064624 tryosine 1.32 180.065724 tryptophan 3.61 203.082324 tryptophan-15N2 3.61 205.076124 tyrosine-13C9 1.69 189.091324 urate 1.26 167.021224 uridine 1.87 243.061024 ursodeoxycholate 9.98 391.284524 valine-13C5 0.95 121.088624 xanthosine 2.81 283.068024 METABOLITES_END #END