#METABOLOMICS WORKBENCH amitch_20150902_9523331_mwtab.txt DATATRACK_ID:354 STUDY_ID:ST000243 ANALYSIS_ID:AN000379 PROJECT_ID:PR000196 VERSION 1 CREATED_ON 2016-09-17 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Metabolomic-based investigation on the effects of antifungal agents in Candida PR:PROJECT_SUMMARY Our aim is to determine the metabolic effects of increasing doses of an PR:PROJECT_SUMMARY agent on C. albicans metabolism (untargeted, steady state metabolomics). We PR:PROJECT_SUMMARY culture in vitro Candida cells to the mid-logarithmic growth in liquid media PR:PROJECT_SUMMARY at 37°C and then inoculate biological replicates (1ml) onto 22mm PR:PROJECT_SUMMARY filters under vocuum filtration in sterile conditions. Subsequently, isolates PR:PROJECT_SUMMARY be cultivated to midlogarithmic phase of growth on the same agar (RPMI-1640) to PR:PROJECT_SUMMARY the antifungal agent has been added at a range of concentrations to achieve PR:PROJECT_SUMMARY equivalent to 0 MIC (no drug), 0.0625 MIC, 0.125 MIC, 0.25 MIC, 0.5 MIC and 1.0 PR:PROJECT_SUMMARY at 37°C. At mid-logarithmic phase of growth (12h) replicates will be PR:PROJECT_SUMMARY quenched by immersion into a solvent mixture of 40% acetonitrile: 40% methanol: PR:PROJECT_SUMMARY water precooled at -40°C. The resulting quenched isolate/solvent mixtrue will PR:PROJECT_SUMMARY mechanically lysed by bead-beating with 0.1mm Zirconia beads in a tissue PR:PROJECT_SUMMARY and then centrifuged to seperate out cell wall components. Supernatants will be PR:PROJECT_SUMMARY and stored at -80°C until they will be sent to SECIM facility. PR:INSTITUTE Weill Cornell Medical College PR:DEPARTMENT Medicine/Infectious Diseases PR:LAST_NAME Walsh PR:FIRST_NAME Thomas PR:ADDRESS - PR:EMAIL thw2003@med.cornell.edu PR:PHONE - PR:FUNDING_SOURCE Southeastern Center for Integrated Metabolomics (SECIM) pilot and feasibility PR:FUNDING_SOURCE NIH U24 DK097209 #STUDY ST:STUDY_TITLE Metabolomic-based investigation on the effects of antifungal agents in Candida ST:STUDY_TYPE in vitro study/drug dosage ST:STUDY_SUMMARY Our aim is to determine the metabolic effects of increasing doses of an ST:STUDY_SUMMARY agent on C. albicans metabolism (untargeted, steady state metabolomics). We ST:STUDY_SUMMARY culture in vitro Candida cells to the mid-logarithmic growth in liquid media ST:STUDY_SUMMARY at 37°C and then inoculate biological replicates (1ml) onto 22mm ST:STUDY_SUMMARY filters under vocuum filtration in sterile conditions. Subsequently, isolates ST:STUDY_SUMMARY be cultivated to midlogarithmic phase of growth on the same agar (RPMI-1640) to ST:STUDY_SUMMARY the antifungal agent has been added at a range of concentrations to achieve ST:STUDY_SUMMARY equivalent to 0 MIC (no drug), 0.0625 MIC, 0.125 MIC, 0.25 MIC, 0.5 MIC and 1.0 ST:STUDY_SUMMARY at 37°C. At mid-logarithmic phase of growth (12h) replicates will be ST:STUDY_SUMMARY quenched by immersion into a solvent mixture of 40% acetonitrile: 40% methanol: ST:STUDY_SUMMARY water precooled at -40°C. The resulting quenched isolate/solvent mixtrue will ST:STUDY_SUMMARY mechanically lysed by bead-beating with 0.1mm Zirconia beads in a tissue ST:STUDY_SUMMARY and then centrifuged to seperate out cell wall components. Supernatants will be ST:STUDY_SUMMARY and stored at -80°C until they will be sent to SECIM facility. ST:INSTITUTE University of Florida ST:DEPARTMENT SECIM ST:LAST_NAME Katragkou ST:FIRST_NAME Aspasia ST:ADDRESS - ST:EMAIL ask2012@med.cornell.edu ST:PHONE - ST:NUM_GROUPS 96 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Yeast cells SU:SUBJECT_SPECIES Candida albicans SU:TAXONOMY_ID 5476 SU:GENOTYPE_STRAIN SC5314 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_1_0.0625MIC_1 :0.0625MIC | :1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_1_0.0625MIC_2 :0.0625MIC | :1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_1_0.0625MIC_3 :0.0625MIC | :1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_1_0.0625MIC_4 :0.0625MIC | :1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_1_0.0625MIC_5 :0.0625MIC | :1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_1_0.0625MIC_6 :0.0625MIC | :1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_1_0.0625MIC_7 :0.0625MIC | :1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_1_0.0625MIC_8 :0.0625MIC | :1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_2_0.0625MIC_1 :0.0625MIC | :2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - EXP_2_0.0625MIC_2 :0.0625MIC | :2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 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No drug exposed Candida cells will serve as controls #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY - SP:SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME Sample_Preparation_of_Cell_Lysates.pdf #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap CH:COLUMN_NAME ACE Excel 2 C18-PFP (100 x 2.1mm, 2um) CH:METHODS_FILENAME Metabolomics_LCMSProtocol.pdf;Appendix_A_-_Internal_Standard_Prep_GLCMS.pdf CH:INTERNAL_STANDARD Appendix A - Internal Standard Prep GLCMS.pdf #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:LABORATORY_NAME Garrett Lab AN:DETECTOR_TYPE Orbitrap #MS MS:MS_COMMENTS - MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak height MS_METABOLITE_DATA_START Samples EXP_1_0.0625MIC_1 EXP_1_0.0625MIC_2 EXP_1_0.0625MIC_3 EXP_1_0.0625MIC_4 EXP_1_0.0625MIC_5 EXP_1_0.0625MIC_6 EXP_1_0.0625MIC_7 EXP_1_0.0625MIC_8 EXP_2_0.0625MIC_1 EXP_2_0.0625MIC_2 EXP_2_0.0625MIC_3 EXP_2_0.0625MIC_4 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