#METABOLOMICS WORKBENCH METADATA_TEMPLATE_hauser DATATRACK_ID:381 STUDY_ID:ST000260 ANALYSIS_ID:AN000415 VERSION 1 CREATED_ON 08-09-2023 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Metabolic Response to the Loss of DJ-1 PR:PROJECT_TYPE Comparison of the metabolic responses to the loss of DJ-1 in model organisms PR:PROJECT_SUMMARY Mutations in the DJ-1 gene cause rare forms of autosomal recessive Parkinson's PR:PROJECT_SUMMARY disease in humans, and increased levels of DJ-1 protein are often found in PR:PROJECT_SUMMARY cancers. Thus, understanding the precise function of DJ-1 is of broad interest. PR:PROJECT_SUMMARY We hypothesized that analyzing differences in metabolites between organisms with PR:PROJECT_SUMMARY and without DJ-1 may lead to clues about the protein's function. Here, we PR:PROJECT_SUMMARY present the results of our ongoing studies using multiple different model PR:PROJECT_SUMMARY organisms. PR:INSTITUTE National Institute on Aging PR:DEPARTMENT Laboratory of Neurogenetics PR:LABORATORY Cell Biology and Gene Expression Section PR:LAST_NAME Cookson PR:FIRST_NAME Mark PR:ADDRESS 35 Lincoln Drive, BLDG 35, Room 1A116, Bethesda, MD, 20892 PR:EMAIL cookson@mail.nih.gov PR:PHONE -- PR:FUNDING_SOURCE The NIH Intramural Program, National Institute on Aging PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M84598 #STUDY ST:STUDY_TITLE Analysis of DJ-1 Knockout Mouse Brains ST:STUDY_TYPE Mouse genotype comparison ST:STUDY_SUMMARY We analyzed metabolites in the brains of wild type mice and DJ-1 knockout mice. ST:STUDY_SUMMARY The DJ-1 knockout mouse is a model of an inherited form of Parkinson's disease. ST:INSTITUTE National Institute on Aging ST:DEPARTMENT Laboratory of Neurogenetics ST:LABORATORY Cell Biology and Gene Expression Section ST:LAST_NAME Hauser ST:FIRST_NAME David ST:ADDRESS 35 Lincoln Drive, BLDG 35, Room 1A-1012, Bethesda, MD 20892 ST:EMAIL hauserd@mail.nih.gov ST:PHONE 301-435-8995 ST:SUBMIT_DATE 2015-09-17 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Animal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENOTYPE_STRAIN C57Bl6 SU:AGE_OR_AGE_RANGE 4 Months SU:GENDER Mixed SU:ANIMAL_FEED Ad Libitum SU:ANIMAL_WATER Ad Libitum SU:SPECIES_GROUP Mammal #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1020 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1022 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 517 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 520 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 521 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 836 Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 516 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 518 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 560 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 823 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 825 Sex:F | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1030 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1035 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 519 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 563 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 828 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 829 Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1019 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1031 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1032 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 1033 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 515 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 564 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 565 Sex:M | Genotype:WT SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 567 Sex:M | Genotype:WT #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY -- CO:SAMPLE_TYPE Brain - Cerebral Hemisphere #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY The animals were either wild type of homozygous DJ-1 knockout animals. At 4 TR:TREATMENT_SUMMARY months of age, the mice were euthanized and their brains were processed for TR:TREATMENT_SUMMARY metabolomic analysis. TR:ANIMAL_VET_TREATMENTS None TR:ANIMAL_FASTING No dietary interventions TR:ANIMAL_ENDP_EUTHANASIA The mice were euthanized with CO2 followed by cervical dislocation. TR:ANIMAL_ENDP_TISSUE_COLL_LIST Cerebral Hemispheres TR:ANIMAL_ENDP_TISSUE_PROC_METHOD Immediately after euthanization, the brains were removed and dissected on an ice TR:ANIMAL_ENDP_TISSUE_PROC_METHOD cold stage. The cerebellum was removed and the two cerebral hemispheres were TR:ANIMAL_ENDP_TISSUE_PROC_METHOD bisected along the longtiduinal fissue. The cerebral hemispheres were TR:ANIMAL_ENDP_TISSUE_PROC_METHOD immediately frozen on dry ice in individual tubes. The frozen tissue was then TR:ANIMAL_ENDP_TISSUE_PROC_METHOD sent to Metabolon for subsequent processing. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Frozen cerebral hemispheres were shipped to Metabolon and processed there. A SP:SAMPLEPREP_SUMMARY detailed summary of their methods is unavalible. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE GC #ANALYSIS AN:LABORATORY_NAME Metabolon AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:ANALYSIS_COMMENTS POSITIVE AN:OPERATOR_NAME Metabolon #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Trace DSQ MS:INSTRUMENT_TYPE Single quadrupole MS:MS_TYPE EI MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak area MS_METABOLITE_DATA_START Samples 1020 1022 517 520 521 836 516 518 560 823 825 1030 1035 519 563 828 829 1019 1031 1032 1033 515 564 565 567 Factors Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:F | Genotype:WT Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:DJ-1 Knockout Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT Sex:M | Genotype:WT 1_2-dipalmitoylglycerol 634808.0000 782509.0000 403384.0000 641763.0000 523005.0000 352559.0000 569670.0000 483604.0000 280212.0000 339886.0000 478650.0000 561835.0000 528321.0000 551951.0000 539654.0000 395145.0000 455049.0000 507464.0000 655688.0000 718933.0000 534288.0000 591150.0000 1_5-anhydroglucitol (1_5-AG) 1013401.0000 933198.0000 1382834.0000 1373963.0000 1228379.0000 1247468.0000 747193.0000 505712.0000 929242.0000 625355.0000 769320.0000 1304954.0000 1184418.0000 1135457.0000 1499420.0000 1208666.0000 967737.0000 573591.0000 817910.0000 574154.0000 701317.0000 602106.0000 702987.0000 1035340.0000 835237.0000 1-palmitoylglycerol (1-monopalmitin) 430568.0000 454258.0000 459209.0000 632690.0000 458287.0000 507922.0000 496227.0000 572346.0000 358065.0000 404815.0000 447906.0000 417968.0000 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5-phosphate 1733072.0000 375960.0000 358062.0000 369805.0000 1671653.0000 338292.0000 2108078.0000 2147672.0000 1648012.0000 803045.0000 2039734.0000 321590.0000 246552.0000 615052.0000 533435.0000 775269.0000 1433662.0000 1451335.0000 1672724.0000 253037.0000 514817.0000 501235.0000 1750329.0000 336228.0000 858640.0000 sarcosine (N-Methylglycine) 1139515.0000 1150959.0000 839940.0000 1088563.0000 943788.0000 825092.0000 957034.0000 925054.0000 1172925.0000 806389.0000 903047.0000 962473.0000 845341.0000 1260747.0000 1224330.0000 949850.0000 1197510.0000 961755.0000 1141966.0000 825648.0000 1198623.0000 832383.0000 1185846.0000 1383866.0000 764618.0000 scyllo-inositol 6990664.0000 6837850.0000 5982146.0000 6981339.0000 6102614.0000 6165857.0000 4798261.0000 4682077.0000 4846323.0000 5262356.0000 5000518.0000 6527246.0000 6564837.0000 5708086.0000 5365330.0000 5300956.0000 5196684.0000 7594724.0000 6590654.0000 6475644.0000 6967930.0000 4675844.0000 5031776.0000 5425439.0000 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