#METABOLOMICS WORKBENCH wdwvt1_20210120_100719 DATATRACK_ID:2407 STUDY_ID:ST001688 ANALYSIS_ID:AN002757 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE A gut microbe-focused metabolomics pipeline enables mechanistic interrogation of PR:PROJECT_TITLE microbiome metabolism PR:PROJECT_SUMMARY Gut microbes modulate host phenotypes and are associated with numerous health PR:PROJECT_SUMMARY effects in humans, ranging from cancer immunotherapy response to metabolic PR:PROJECT_SUMMARY disease and obesity. However, difficulty in accurate and high-throughput PR:PROJECT_SUMMARY functional analysis of human gut microbes has hindered defining mechanistic PR:PROJECT_SUMMARY connections between individual microbial strains and host phenotypes. One key PR:PROJECT_SUMMARY way the gut microbiome influences host physiology is through the production of PR:PROJECT_SUMMARY small molecules1–3, yet progress in elucidating this chemical interplay has PR:PROJECT_SUMMARY been hindered by limited tools calibrated to detect products of anaerobic PR:PROJECT_SUMMARY biochemistry in the gut. Here we construct a microbiome-focused, integrated PR:PROJECT_SUMMARY mass-spectrometry pipeline to accelerate the identification of PR:PROJECT_SUMMARY microbiota-dependent metabolites (MDMs) in diverse sample types. We report the PR:PROJECT_SUMMARY metabolic profiles of 178 gut microbe strains using our library of 833 PR:PROJECT_SUMMARY metabolites. Leveraging this metabolomics resource we establish deviations in PR:PROJECT_SUMMARY the relationships between phylogeny and metabolism, use machine learning to PR:PROJECT_SUMMARY discover novel metabolism in Bacteroides, and employ comparative genomics-based PR:PROJECT_SUMMARY discovery of candidate biochemical pathways. MDMs can be detected in diverse PR:PROJECT_SUMMARY body fluids in gnotobiotic and conventional mice and traced back to PR:PROJECT_SUMMARY corresponding metabolomic profiles of cultured bacteria. Collectively, our PR:PROJECT_SUMMARY microbiome-focused metabolomics pipeline and interactive metabolomics profile PR:PROJECT_SUMMARY explorer are a powerful tool for characterizing microbe and microbe-host PR:PROJECT_SUMMARY interactions. PR:INSTITUTE Stanford University PR:DEPARTMENT Microbiology and Immunology PR:LABORATORY Justin Sonnenburg PR:LAST_NAME Van Treuren PR:FIRST_NAME Will PR:ADDRESS Sherman Fairchild Building, 299 Campus Drive, Stanford CA, 94305 PR:EMAIL wdwvt@stanford.edu PR:PHONE 7209370980 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8W11P PR:CONTRIBUTORS Shuo Han1,*, Will Van Treuren1,2,*, Curt R. Fischer3, 4, Bryan D. Merrill1,2, PR:CONTRIBUTORS Leah Guthrie1, Brian C. DeFelice4, Lalla A. Fall3,5, Dylan Dodd1,5,^, Michael A. PR:CONTRIBUTORS Fischbach4,6,^, and Justin L. Sonnenburg1,4,7,^. #STUDY ST:STUDY_TITLE A gut microbe-focused metabolomics pipeline enables mechanistic interrogation of ST:STUDY_TITLE microbiome metabolism (part-II) ST:STUDY_TYPE Bacterial Metabolomics ST:STUDY_SUMMARY The C18 positive mode data for A gut microbe-focused metabolomics pipeline ST:STUDY_SUMMARY enables mechanistic interrogation of microbiome metabolism. ST:INSTITUTE Stanford University ST:DEPARTMENT Microbiology and Immunology ST:LABORATORY Justin Sonnenburg ST:LAST_NAME Van Treuren ST:FIRST_NAME Will ST:ADDRESS Sherman Fairchild Building, 299 Campus Drive, Stanford CA, 94305 ST:EMAIL wdwvt@stanford.edu ST:PHONE 7209370980 ST:SUBMIT_DATE 2021-01-20 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Bacteria SU:SUBJECT_SPECIES Bacteria SU:SUBJECT_COMMENTS 178 Bacterial strains #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ncbimw_0760 experiment:20180512.0 | sample_type:media_blank media=mm; subculture_time=-; preculture_time=-; c18positive=s00015; c18negative=s00136; hilicpositive=s00223; taxonomy=-; phylum=-; class=-; order=-; family=-; genus=-; species=-; strain=-; morphology=-; RAW_FILE_NAME=ncbimw_0760 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ncbimw_0761 experiment:20180512.0 | sample_type:media_blank media=mm; subculture_time=-; preculture_time=-; c18positive=s00059; c18negative=s00176; 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CO:COLLECTION_PROTOCOL_FILENAME wdwvt1_20210120_100719_PR_CO_methods.pdf CO:SAMPLE_TYPE Bacterial cells #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY The 'treatment' groups are specified in Supplemental Table 5 of the associated TR:TREATMENT_SUMMARY Han*, Van Treuren* et al. manuscript. An abbreviated version is shown in the TR:TREATMENT_SUMMARY 'study_guide' file associated with this study. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Please see 'methods.pdf' associated with this project. SP:SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME wdwvt1_20210120_100719_PR_CO_methods.pdf #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Please see 'methods.pdf' associated with this project. This is the data from the CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY C18 negative method. CH:INSTRUMENT_NAME Agilent 1290 Infinity II CH:COLUMN_NAME Waters Acquity BEH C18 (100 x 2mm,1.7um) CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Agilent 6540 QTOF MS:INSTRUMENT_TYPE QTOF MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Please see 'methods.pdf' associated with this project. This is the data from the MS:MS_COMMENTS C18 negative method. MS:ION_MODE NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS counts (area) MS_METABOLITE_DATA_START Samples ncbimw_0760 ncbimw_0761 ncbimw_0005 ncbimw_0006 ncbimw_0007 ncbimw_0008 ncbimw_0009 ncbimw_0042 ncbimw_0043 ncbimw_0044 ncbimw_0045 ncbimw_0046 ncbimw_0047 ncbimw_0048 ncbimw_0049 ncbimw_0050 ncbimw_0051 ncbimw_0078 ncbimw_0079 ncbimw_0080 ncbimw_0081 ncbimw_0131 ncbimw_0132 ncbimw_0133 ncbimw_0134 ncbimw_0135 ncbimw_0158 ncbimw_0159 ncbimw_0160 ncbimw_0161 ncbimw_0162 ncbimw_0210 ncbimw_0211 ncbimw_0212 ncbimw_0213 ncbimw_0214 ncbimw_0238 ncbimw_0239 ncbimw_0240 ncbimw_0241 ncbimw_0242 ncbimw_0261 ncbimw_0262 ncbimw_0263 ncbimw_0264 ncbimw_0265 ncbimw_0291 ncbimw_0292 ncbimw_0293 ncbimw_0294 ncbimw_0295 ncbimw_0329 ncbimw_0330 ncbimw_0331 ncbimw_0332 ncbimw_0333 ncbimw_0363 ncbimw_0364 ncbimw_0365 ncbimw_0366 ncbimw_0367 ncbimw_0420 ncbimw_0421 ncbimw_0422 ncbimw_0423 ncbimw_0424 ncbimw_0634 ncbimw_0635 ncbimw_0636 ncbimw_0637 ncbimw_0638 ncbimw_0674 ncbimw_0675 ncbimw_0676 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