#METABOLOMICS WORKBENCH chiharu_20220519_015534_mwtab.txt DATATRACK_ID:3261 STUDY_ID:ST002171 ANALYSIS_ID:AN003558 PROJECT_ID:PR001381 VERSION 1 CREATED_ON May 19, 2022, 6:49 am #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Cecal and serum metabolome of specific-pathogen-free, gnotobiotic (containing a PR:PROJECT_TITLE 14-member synthetic human gut microbiota), and germ-free mice fed with five PR:PROJECT_TITLE distinct rodent diets with varying fiber content and source. PR:PROJECT_SUMMARY In an effort to discern the effects of diverse fibers on host immunity, we PR:PROJECT_SUMMARY employed five distinct rodent diets with varying fiber content and source in PR:PROJECT_SUMMARY specific-pathogen-free, gnotobiotic (containing a 14-member synthetic human gut PR:PROJECT_SUMMARY microbiota), and germ-free mice. PR:INSTITUTE Luxembourg Institute of Health PR:DEPARTMENT Department of Infection and Immunity PR:LAST_NAME Desai PR:FIRST_NAME Mahesh S PR:ADDRESS 4354 Esch-sur-Alzette, Luxembourg PR:EMAIL mahesh.desai@lih.lu PR:PHONE +352 26970-389 #STUDY ST:STUDY_TITLE Serum metabolome of specific-pathogen-free mice fed with five distinct rodent ST:STUDY_TITLE diets with varying fiber content and source. ST:STUDY_SUMMARY In an effort to discern the effects of diverse fibers on host immunity, we ST:STUDY_SUMMARY employed five distinct rodent diets with varying fiber content and source in ST:STUDY_SUMMARY specific-pathogen-free. ST:INSTITUTE Luxembourg Institute of Health ST:DEPARTMENT Department of Infection and Immunity ST:LAST_NAME Desai ST:FIRST_NAME Mahesh S ST:ADDRESS 4354 Esch-sur-Alzette, Luxembourg ST:EMAIL mahesh.desai@lih.lu ST:PHONE +352 26970-389 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENDER Male and female #FACTORS #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Raw file names and additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_LD_4 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:LabDiet RAW_FILE_NAME=21-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_LD_5 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:LabDiet RAW_FILE_NAME=22-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_LD_6 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:LabDiet RAW_FILE_NAME=23-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_LD_8 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:LabDiet RAW_FILE_NAME=24-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_FS_1 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-supplemented RAW_FILE_NAME=25-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_FS_2 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-supplemented RAW_FILE_NAME=26-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_FS_5 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-supplemented RAW_FILE_NAME=27-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_FS_7 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-supplemented RAW_FILE_NAME=28-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_560_FR1 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-rich RAW_FILE_NAME=29-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_561_FR2 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-rich RAW_FILE_NAME=30-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_562_FR3 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-rich RAW_FILE_NAME=31-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_563_FR4 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-rich RAW_FILE_NAME=32-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_In1 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Inulin-supplemented RAW_FILE_NAME=33-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_In3 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Inulin-supplemented RAW_FILE_NAME=34-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_In4 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Inulin-supplemented RAW_FILE_NAME=35-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_In6 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Inulin-supplemented RAW_FILE_NAME=36-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_566_FF1 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-free RAW_FILE_NAME=37-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_567_FF2 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-free RAW_FILE_NAME=38-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_568_FF3 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-free RAW_FILE_NAME=39-130.d SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_569_FF4 Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-free RAW_FILE_NAME=40-130.d #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Serum metabolome of specific-pathogen-free mice fed with five distinct rodent CO:COLLECTION_SUMMARY diets with varying fiber content and source. CO:SAMPLE_TYPE Serum #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Experiments were performed with 6-week old female BALB/c mice (Charles River TR:TREATMENT_SUMMARY Laboratories, France), housed in the specific-pathogen-free (SPF) facility of TR:TREATMENT_SUMMARY the Luxembourg Institute of Health. Mice were fed on their respective diets for TR:TREATMENT_SUMMARY 40 days and then sacrificed by cervical dislocation. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Serum metabolites were extracted using the methanol:chloroform:water extraction SP:SAMPLEPREP_SUMMARY protocol. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Other CH:INSTRUMENT_NAME Agilent CE CH:COLUMN_NAME COSMO(+), i.d.50 μm(anion #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Agilent CE-TOFMS MS:INSTRUMENT_TYPE Other MS:MS_TYPE ESI MS:ION_MODE NEGATIVE MS:MS_COMMENTS In-house software (MasterHands) was used for peak area integration and MS:MS_COMMENTS annotation. #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS μM MS_METABOLITE_DATA_START Samples Serum_LD_4 Serum_LD_5 Serum_LD_6 Serum_LD_8 Serum_FS_1 Serum_FS_2 Serum_FS_5 Serum_FS_7 Serum_560_FR1 Serum_561_FR2 Serum_562_FR3 Serum_563_FR4 Serum_In1 Serum_In3 Serum_In4 Serum_In6 Serum_566_FF1 Serum_567_FF2 Serum_568_FF3 Serum_569_FF4 Factors Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:LabDiet Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:LabDiet Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:LabDiet Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:LabDiet Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-supplemented Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-supplemented Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-supplemented Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-supplemented Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-rich Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-rich Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-rich Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-rich Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Inulin-supplemented Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Inulin-supplemented Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Inulin-supplemented Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Inulin-supplemented Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-free Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-free Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-free Organ:Serum | Treatment:SPF | Diet:Fiber-free Acetyl CoA N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Adenosine 3',5'-diphosphate N.D. N.D. N.D. 0.70 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 1.3 N.D. N.D. Adenosine 5'-phosphosulfate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Adenylosuccinate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Adipate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. ADP N.D. N.D. N.D. 0.83 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 0.51 N.D. N.D. ADP-glucose N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. ADP-ribose N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Allantoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. AMP N.D. N.D. N.D. 3.6 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 1.2 N.D. 0.82 ATP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 0.68 N.D. N.D. Azelate 0.92 0.56 0.86 1.0 1.1 0.87 0.76 0.74 2.1 1.1 2.5 0.95 0.58 0.54 0.51 0.56 0.50 0.61 1.0 0.74 Barbiturate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Benzoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Benzoylformate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Benzylsuccinate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Biotin N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Butyrate 56 64 70 46 77 86 34 68 28 24 32 24 88 80 71 79 63 112 69 84 cAMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Carbamoylaspartate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Carbamoylphosphate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. CDP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. CDP-choline N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. cGMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Cholate 1.9 3.5 2.6 4.5 N.D. N.D. N.D. 1.3 N.D. 2.4 0.54 0.64 2.0 0.72 2.3 6.5 N.D. N.D. N.D. N.D. cIMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. cis-Aconitate 6.2 7.2 6.7 6.2 5.8 6.3 6.2 4.9 5.8 6.5 6.0 6.2 6.0 5.7 5.5 4.6 4.5 3.0 5.5 5.9 Citraconate 0.13 N.D. N.D. 0.11 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 0.19 N.D. N.D. 0.16 N.D. Citramalate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Citrate 164 173 204 193 153 149 143 150 141 171 169 183 170 159 157 154 137 91 144 168 CMP N.D. N.D. N.D. 1.1 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 1.1 N.D. N.D. CMP-N-acetylneuraminate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. CoA N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Crotonate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. CTP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Cysteate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Cysteine S-sulfate 2.1 1.8 2.1 2.8 2.7 4.2 5.5 4.4 1.8 2.8 2.0 2.6 3.4 3.5 3.6 7.9 2.3 1.1 2.1 2.3 Cysteine sulfinate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dADP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dAMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dATP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. DCA 0.88 N.D. N.D. N.D. 1.3 0.80 N.D. 1.6 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 0.36 0.78 N.D. N.D. N.D. N.D. dCDP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dCMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dCTP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Deamido-NAD+ N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Decanoate 2.2 N.D. 1.7 N.D. 2.0 N.D. 0.80 1.6 1.7 1.1 1.4 N.D. 1.6 1.5 1.8 1.4 1.4 1.8 1.9 1.5 dGTP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. DHAP 7.9 18 16 3.8 27 14 4.7 19 15 6.5 17 3.0 5.0 15 12 7.5 8.1 2.8 7.0 7.9 Digalacturonate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Dihydroorotate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dITP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Dodecanedioate 0.21 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Dodecanoate 8.6 7.5 7.9 6.4 9.3 6.5 6.8 8.0 8.2 7.1 8.1 5.8 8.4 9.4 7.9 7.0 7.7 6.0 8.7 7.4 dTDP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dTMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dTTP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dUDP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dUMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. dUTP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. F1,6P 0.56 1.7 3.0 0.84 5.6 2.4 N.D. 2.2 1.9 N.D. 2.2 N.D. N.D. 1.8 0.80 0.75 1.0 0.60 1.0 1.8 F6P 7.1 10 13 36 28 11 1.3 12 15 2.7 20 N.D. 4.0 19 6.2 5.7 15 56 7.1 5.6 FAD N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Folate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Fumarate 17 13 24 49 22 14 17 11 13 14 13 13 23 21 15 16 16 68 11 10 G1P 1.8 2.9 4.4 14 8.6 3.7 0.89 3.9 6.1 N.D. 6.0 N.D. 1.7 6.2 2.8 3.0 4.6 21 3.0 3.2 G3P N.D. N.D. N.D. N.D. 2.9 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. G6P 34 51 65 170 131 54 9.1 61 77 15 103 9.5 24 103 35 35 76 270 41 32 Galacturonate 1-phosphate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. GDP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. GDP-mannose N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Gluconate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Glucosamine 6-phosphate N.D. N.D. N.D. 3.1 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 15 N.D. N.D. Glucuronate 4.4 4.1 5.1 11 3.8 2.7 3.9 3.4 3.0 N.D. 3.6 5.2 3.8 3.8 3.6 3.8 3.3 8.2 3.0 2.8 Glutarate 188 230 190 239 121 184 192 172 164 193 151 191 266 163 204 225 189 154 158 206 Glycerate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Glycerophosphate 81 80 160 269 186 127 58 100 100 49 118 52 98 174 104 92 104 438 113 86 Glycocholate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Glycolate 77 61 58 55 59 52 48 51 77 65 68 62 56 56 48 48 50 58 62 52 Glyoxylate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. GMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. GTP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Heptanoate N.D. N.D. N.D. N.D. 1.3 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Hexanoate N.D. N.D. 4.3 N.D. 5.8 N.D. 3.7 2.0 1.9 N.D. N.D. N.D. 5.3 2.4 2.5 2.5 2.3 2.8 1.8 5.1 Hippurate 8.9 4.8 9.4 10 N.D. N.D. N.D. N.D. 8.3 14 9.5 8.2 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Homovanillate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. IDP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. IMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Indolelactate 1.3 1.2 1.3 N.D. 1.4 1.1 1.5 1.4 0.93 1.8 1.4 1.5 0.84 0.89 0.96 1.1 1.2 0.95 1.1 0.99 Isethionate 5.4 4.9 7.7 5.7 7.5 4.9 9.6 5.9 5.1 4.5 6.2 4.9 4.9 6.9 5.4 2.8 6.2 11 8.3 6.9 Isobutyryl CoA N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Isocitrate 11 11 15 11 10 10 9.3 10 11 12 11 12 10 11 10 11 8.0 5.4 9.9 11 Itaconate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 0.27 N.D. N.D. 0.55 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. ITP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Lactate 4891 5117 5493 6340 7827 6318 6639 4895 6794 8742 6343 8197 5787 6057 5673 5099 4718 5736 4356 5573 Malate 98 93 145 300 142 95 99 78 89 111 100 86 153 144 96 99 102 386 74 65 Malonate 3.1 2.6 2.0 2.6 1.6 2.0 2.4 2.4 2.0 2.4 1.7 1.8 2.4 1.6 1.8 2.0 1.5 2.2 2.0 1.6 Malonyl CoA N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Methanesulfonate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Methyl sulfate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. (Methylthio)acetate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. m-Hydroxybenzoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Mucate 2.1 2.3 2.7 5.0 2.2 2.2 2.0 1.5 1.7 1.4 1.8 2.0 1.9 1.5 2.2 2.3 1.6 4.1 1.8 1.4 N-Acetylaspartate 6.1 8.4 95 27 74 20 1.9 3.6 7.5 2.3 4.3 1.7 13 11 13 8.8 3.1 0.90 10 4.6 N-Acetyl-beta-alanine N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N-Acetylglucosamine 1-phosphate 1.4 1.4 1.6 4.4 2.4 1.8 0.89 1.6 1.7 1.4 1.9 1.3 1.9 1.7 1.7 1.4 2.1 9.3 1.5 1.7 N-Acetylglucosamine 6-phosphate 2.1 2.4 2.6 5.5 3.0 2.3 1.3 2.1 1.9 1.4 2.5 1.4 2.3 1.9 2.2 1.9 2.1 7.8 1.8 2.3 N-Acetylglutamate 0.99 0.50 1.0 2.6 1.2 0.71 0.88 0.68 0.57 0.53 0.88 0.93 1.3 0.84 0.74 0.62 1.1 4.4 0.56 0.55 N-Acetylleucine N.D. N.D. N.D. 0.35 0.62 0.44 0.75 0.46 0.44 0.51 0.43 0.81 0.50 0.42 0.36 0.44 0.46 N.D. 0.37 0.43 N-Acetylmethionine N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N-Acetylmuramate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N-Acetylneuraminate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N-Acetylphenylalanine 0.57 0.43 0.40 N.D. N.D. 0.34 0.81 N.D. N.D. 1.1 N.D. 0.77 0.39 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 0.43 0.33 NAD+ N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. NADH N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. NADP+ N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. NADPH N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N-Carbamylglutamate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N-Formylaspartate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N-Formylmethionine N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Nicotinate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. o-Coumarate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Octanoate N.D. N.D. N.D. N.D. 2.6 N.D. 1.6 1.2 N.D. N.D. N.D. N.D. 2.1 N.D. 1.3 N.D. N.D. N.D. N.D. 1.9 o-Hydroxybenzoate 2.4 N.D. 1.6 2.5 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. o-Hydroxyhippurate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. O-Phosphoserine N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Orotate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Orotidine 5'-monophosphate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. P1, P4-Di(adenosine-5') tetraphosphate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Pantothenate 4.6 4.1 4.2 4.7 5.0 3.0 3.3 3.0 3.8 2.2 3.5 2.7 3.4 3.3 2.8 2.7 2.4 3.4 1.9 1.1 p-Coumarate 2.7 1.7 3.7 3.9 N.D. N.D. 3.7 N.D. N.D. 3.5 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2.6 N.D. 2.6 N.D. N.D. Pelargonate 2.8 2.9 2.9 2.4 8.6 2.5 1.8 3.0 2.7 2.3 2.1 2.2 2.1 2.8 1.6 2.5 1.9 N.D. 2.7 2.2 PEP 9.0 9.4 37 49 32 14 4.8 15 22 11 19 5.6 14 24 22 7.8 17 31 13 27 Phenaceturate 2.5 1.6 1.8 4.6 N.D. N.D. 4.6 2.8 1.0 1.8 1.1 2.0 0.72 N.D. N.D. 1.0 1.5 N.D. 1.8 1.0 Phenyl phosphate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Phenylpyruvate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Phosphonoacetate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Phthalate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. p-Hydroxybenzoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. p-Hydroxyphenylacetate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Pimelate 0.68 N.D. N.D. 0.68 0.33 0.39 0.78 N.D. N.D. 1.6 0.77 0.96 0.55 N.D. N.D. 0.42 N.D. 0.38 N.D. 0.50 Porphobilinogen N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Propionate 25 N.D. N.D. 9.8 N.D. 14 N.D. N.D. 12 9.4 8.6 N.D. N.D. N.D. N.D. 9.0 N.D. 25 N.D. N.D. Prostaglandin E2 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Prostaglandin F2alpha N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. PRPP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Pyrrole-2-carboxylate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Pyruvate 123 105 66 45 81 72 232 89 110 329 91 243 143 55 223 76 64 27 111 100 Quinate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. R5P 3.7 7.6 16 5.5 7.3 6.6 4.3 18 N.D. N.D. 4.7 2.5 4.3 12 9.4 N.D. 4.5 3.2 7.8 8.2 Ribulose 1,5-diphosphate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Ru5P 13 26 61 34 21 29 14 67 11 7.4 20 10 20 38 25 18 20 22 32 35 S7P 8.5 16 28 45 15 18 3.1 24 8.0 2.9 14 3.4 6.5 22 9.1 8.7 15 117 14 13 Saccharate 0.59 0.70 0.83 1.2 0.52 0.34 0.68 N.D. 0.84 0.67 0.95 1.1 N.D. N.D. 0.74 N.D. N.D. 0.78 0.58 N.D. Sebacate N.D. 0.20 0.16 0.22 0.16 N.D. 0.19 N.D. 0.20 0.20 0.16 N.D. N.D. N.D. N.D. 0.14 N.D. 0.19 N.D. N.D. Serine O-sulfate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Shikimate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Sinapate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Sorbitol 6-phosphate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Succinate 48 42 78 104 79 46 162 35 56 162 60 170 150 51 32 35 38 78 25 37 Succinyl CoA N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Syringate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Tartrate N.D. N.D. N.D. N.D. 11 3.7 17 14 N.D. N.D. N.D. N.D. 6.0 7.1 19 17 8.0 4.2 5.7 5.0 Taurocholate 1.0 1.3 0.82 12 1.2 1.3 N.D. 0.99 1.4 0.82 1.6 0.73 1.4 0.67 0.85 2.5 2.8 21 3.7 1.7 TDP-glucose N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Terephthalate 0.49 N.D. 0.64 0.57 0.87 1.1 0.58 0.68 0.69 0.91 0.77 0.53 0.68 0.67 0.67 0.64 0.71 N.D. 0.65 0.37 Threonate 40 49 46 68 53 43 30 32 34 32 39 39 40 37 46 42 50 64 44 45 Tiglate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. trans-4-Hydroxy-3-methoxycinnamate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. trans-Aconitate 1.5 2.5 1.6 4.9 N.D. 1.2 3.0 1.2 1.3 3.7 1.5 1.8 1.3 N.D. 2.1 2.7 2.4 1.7 2.0 1.1 trans-Cinnamate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Trehalose 6-phosphate 0.64 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 1.0 N.D. N.D. N.D. N.D. 2.0 N.D. N.D. UDP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. UDP-glucose N.D. N.D. N.D. 1.4 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 1.5 N.D. N.D. UDP-glucuronate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. UDP-N-acetylglucosamine N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. UMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Undecanoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Urate 80 82 82 142 85 78 159 73 120 112 108 128 121 71 80 86 95 227 89 79 UTP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Xanthurenate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. XMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. XTP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 1-Aminoethylphosphonate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2',3'-cCMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2,3-DPG N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2.4 2,3-Pyridinedicarboxylate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2,4-Dihydroxypyrimidine-5-carboxylate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2,5-Dihydroxybenzoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Amino-3-phosphonopropionate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Aminoethylphosphonate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Deoxyglucose 6-phosphate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2.9 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Deoxyribose 1-phosphate N.D. 1.1 N.D. N.D. 2.9 1.0 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 0.84 N.D. 0.59 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Furoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Hydroxy-4-methylpentanoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Hydroxybutyrate 25 7.6 18 28 11 22 29 17 7.1 17 7.8 18 38 20 15 25 15 34 9.7 24 2-Hydroxyglutarate 2.0 2.5 2.1 3.3 2.0 1.9 2.0 1.9 2.1 1.8 2.1 2.2 2.3 1.7 1.7 1.5 2.0 1.3 1.6 2.2 2-Hydroxyisobutyrate 3.8 4.1 2.9 4.4 8.5 6.5 7.7 6.0 3.0 2.4 3.0 3.2 7.4 8.0 8.1 9.5 9.7 10 13 9.3 2-Hydroxyoctanoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Hydroxypentanoate 3.1 2.8 3.2 5.1 2.8 2.3 3.2 3.0 1.8 N.D. 2.1 2.2 3.5 4.1 2.8 3.5 3.4 6.4 3.8 3.3 2-Hydroxyphenylacetate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Isopropylmalate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Oxoadipate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Oxobutyrate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Oxoglutarate 43 42 33 26 38 34 56 29 30 50 39 39 45 31 38 29 28 19 35 29 2-Oxoisopentanoate 9.9 7.8 8.0 7.2 12 9.9 6.7 10 7.1 6.0 8.7 5.1 8.7 9.6 12 10 7.2 4.1 11 8.5 2-Oxooctanoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2PG 2.2 2.5 10 12 7.9 3.5 1.5 3.9 4.4 1.9 4.2 1.5 3.1 6.8 5.0 1.4 3.8 9.9 3.1 8.0 2-Quinolinecarboxylate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 2-Thiopheneacetate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 3-(2-Hydroxyphenyl)propionate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 3-(4-Hydroxyphenyl)propionate 3.0 N.D. 3.4 3.3 N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 3',5'-Cyclic dAMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 3'-AMP N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 3-Hydroxy-3-methylglutarate N.D. N.D. 1.7 2.8 1.1 1.8 1.6 1.2 N.D. 1.0 N.D. N.D. 2.6 1.4 N.D. 1.7 N.D. 2.1 N.D. 1.7 3-Hydroxybutyrate 501 358 483 369 404 786 544 680 87 148 128 162 675 477 277 415 403 913 782 1293 3-Hydroxypropionate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 3-Indolebutyrate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 3-Indoxyl sulfate 39 16 24 31 5.6 6.3 12 12 11 17 13 15 12 7.5 10 14 8.2 5.0 9.0 5.8 3PG 16 21 83 116 74 28 9.4 30 40 20 39 9.2 29 52 45 16 35 75 27 68 3-Phenyllactate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 3-Phenylpropionate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 3-Ureidopropionate 16 12 8.2 12 8.1 4.9 11 15 7.7 9.2 7.1 17 16 16 15 33 10 19 10 12 4-Acetylbutyrate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 4-Hydroxy-3-methoxymandelate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 4-Hydroxymandelate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 4-Methyl-2-oxopentanoate 25 20 32 34 38 25 15 28 21 18 25 12 26 31 26 29 21 14 28 18 4-Methylthio-2-oxobutyrate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 4-Oxohexanoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 4-Oxopentanoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 4-Pyridoxate N.D. N.D. 0.15 0.34 N.D. N.D. 0.23 N.D. N.D. 0.26 0.21 0.25 0.14 N.D. N.D. N.D. N.D. 0.28 N.D. N.D. 6-Hydroxyhexanoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. 6-Phosphogluconate 0.92 0.80 1.8 3.3 1.5 1.2 1.3 1.3 1.4 1.5 1.6 0.76 1.1 1.7 2.3 1.0 2.0 5.9 1.7 8.1 10-Hydroxydecanoate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. threo-beta-methylaspartate N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MS_METABOLITE_DATA_END #METABOLITES METABOLITES_START metabolite_name KEGG ID quantified m/z Formula Acetyl CoA C00024 403.5590 C23H38N7O17P3S Adenosine 3',5'-diphosphate C00054 426.0248 C10H15N5O10P2 Adenosine 5'-phosphosulfate C00224 426.0155 C10H14N5O10PS Adenylosuccinate C03794 462.0702 C14H18N5O11P Adipate C06104 145.0516 C6H10O4 ADP C00008 426.0261 C10H15N5O10P2 ADP-glucose C00498 588.0781 C16H25N5O15P2 ADP-ribose C00301 558.0676 C15H23N5O14P2 Allantoate C00499 175.0491 C4H8N4O4 AMP C00020 346.0588 C10H14N5O7P ATP C00002 505.9920 C10H16N5O13P3 Azelate C08261 187.0996 C9H16O4 Barbiturate C00813 127.0161 C4H4N2O3 Benzoate C00180 121.0311 C7H6O2 Benzoylformate C02137 149.0254 C8H6O3 Benzylsuccinate C09816 207.0689 C11H12O4 Biotin C00120 243.0832 C10H16N2O3S Butyrate C00246 87.0465 C4H8O2 cAMP C00575 328.0478 C10H12N5O6P Carbamoylaspartate C00438 175.0374 C5H8N2O5 Carbamoylphosphate C00169 139.9769 CH4NO5P CDP C00112 402.0153 C9H15N3O11P2 CDP-choline C00307 547.1244 C14H26N4O11P2 cGMP C00942 344.0433 C10H12N5O7P Cholate C00695 407.2830 C24H40O5 cIMP C00943 329.0319 C10H11N4O7P cis-Aconitate C00417 173.0112 C6H6O6 Citraconate C02226 129.0207 C5H6O4 Citramalate C02614 147.0309 C5H8O5 Citrate C00158 191.0225 C6H8O7 CMP C00055 322.0476 C9H14N3O8P CMP-N-acetylneuraminate C00128 613.1436 C20H31N4O16P CoA C00010 382.5542 C21H36N7O16P3S Crotonate C01771 85.0310 C4H6O2 CTP C00063 481.9806 C9H16N3O14P3 Cysteate C00506 167.9988 C3H7NO5S Cysteine S-sulfate C05824 199.9717 C3H7NO5S2 Cysteine sulfinate C00606 152.0031 C3H7NO4S dADP C00206 410.0304 C10H15N5O9P2 dAMP C00360 330.0637 C10H14N5O6P dATP C00131 489.9965 C10H16N5O12P3 DCA C04483 391.2877 C24H40O4 dCDP C00705 386.0190 C9H15N3O10P2 dCMP C00239 306.0526 C9H14N3O7P dCTP C00458 465.9861 C9H16N3O13P3 Deamido-NAD+ C00857 663.0891 C21H26N6O15P2 Decanoate C01571 171.1410 C10H20O2 dGTP C00286 505.9918 C10H16N5O13P3 DHAP C00111 168.9933 C3H7O6P Digalacturonate C02273 369.0706 C12H18O13 Dihydroorotate C00337 157.0269 C5H6N2O4 dITP C01345 490.9807 C10H15N4O13P3 Dodecanedioate C02678 229.1475 C12H22O4 Dodecanoate C02679 199.1723 C12H24O2 dTDP C00363 401.0187 C10H16N2O11P2 dTMP C00364 321.0522 C10H15N2O8P dTTP C00459 480.9857 C10H17N2O14P3 dUDP C01346 387.0036 C9H14N2O11P2 dUMP C00365 307.0366 C9H13N2O8P dUTP C00460 466.9695 C9H15N2O14P3 F1,6P C00354 338.9910 C6H14O12P2 F6P C00085 259.0249 C6H13O9P FAD C00016 784.1532 C27H33N9O15P2 Folate C00504 440.1352 C19H19N7O6 Fumarate C00122 115.0061 C4H4O4 G1P C00103 259.0248 C6H13O9P G3P C00661 168.9927 C3H7O6P G6P C00092 259.0251 C6H13O9P Galacturonate 1-phosphate C04037 273.0049 C6H11O10P GDP C00035 442.0206 C10H15N5O11P2 GDP-mannose C00096 604.0733 C16H25N5O16P2 Gluconate C00257 195.0533 C6H12O7 Glucosamine 6-phosphate C00352 258.0405 C6H14NO8P Glucuronate C00191 193.0370 C6H10O7 Glutarate C00489 131.0369 C5H8O4 Glycerate C00258 105.0207 C3H6O4 Glycerophosphate C00093 171.0084 C3H9O6P Glycocholate C01921 464.3056 C26H43NO6 Glycolate C00160 75.0100 C2H4O3 Glyoxylate C00048 72.9939 C2H2O3 GMP C00144 362.0535 C10H14N5O8P GTP C00044 521.9862 C10H16N5O14P3 Heptanoate C17714 129.0931 C7H14O2 Hexanoate C01585 115.0777 C6H12O2 Hippurate C01586 178.0532 C9H9NO3 Homovanillate C05582 181.0517 C9H10O4 IDP C00104 427.0096 C10H14N4O11P2 IMP C00130 347.0431 C10H13N4O8P Indolelactate C02043 204.0685 C11H11NO3 Isethionate C05123 124.9928 C2H6O4S Isobutyryl CoA C00630 417.5751 C25H42N7O17P3S Isocitrate C00311 191.0219 C6H8O7 Itaconate C00490 129.0205 C5H6O4 ITP C00081 506.9761 C10H15N4O14P3 Lactate C00186 89.0270 C3H6O3 Malate C00711 133.0157 C4H6O5 Malonate C00383 103.0051 C3H4O4 Malonyl CoA C00083 425.5544 C24H38N7O19P3S Methanesulfonate C11145 94.9823 CH4O3S Methyl sulfate C02704 110.9771 CH4O4S (Methylthio)acetate C03173 105.0049 C3H6O2S m-Hydroxybenzoate C00587 137.0261 C7H6O3 Mucate C00879 209.0325 C6H10O8 N-Acetylaspartate C01042 174.0430 C6H9NO5 N-Acetyl-beta-alanine C01073 130.0526 C5H9NO3 N-Acetylglucosamine 1-phosphate C04501 300.0516 C8H16NO9P N-Acetylglucosamine 6-phosphate C00357 300.0518 C8H16NO9P N-Acetylglutamate C00624 188.0582 C7H11NO5 N-Acetylleucine C02710 172.0993 C8H15NO3 N-Acetylmethionine C02712 190.0559 C7H13NO3S N-Acetylmuramate C02713 292.1063 C11H19NO8 N-Acetylneuraminate C00270 308.1020 C11H19NO9 N-Acetylphenylalanine C03519 206.0840 C11H13NO3 NAD+ C00003 662.1057 C21H27N7O14P2 NADH C00004 664.1199 C21H29N7O14P2 NADP+ C00006 742.0724 C21H28N7O17P3 NADPH C00005 371.5424 C21H30N7O17P3 N-Carbamylglutamate C05829 189.0541 C6H10N2O5 N-Formylaspartate C01044 160.0264 C5H7NO5 N-Formylmethionine C03145 176.0408 C6H11NO3S Nicotinate C00253 122.0267 C6H5NO2 o-Coumarate C01772 163.0419 C9H8O3 Octanoate C06423 143.1092 C8H16O2 o-Hydroxybenzoate C00805 137.0266 C7H6O3 o-Hydroxyhippurate C07588 194.0483 C9H9NO4 O-Phosphoserine C01005 184.0038 C3H8NO6P Orotate C00295 155.0120 C5H4N2O4 Orotidine 5'-monophosphate C01103 367.0217 C10H13N2O11P P1, P4-Di(adenosine-5') tetraphosphate C01260 417.0209 C20H28N10O19P4 Pantothenate C00864 218.1057 C9H17NO5 p-Coumarate C00811 163.0426 C9H8O3 Pelargonate C01601 157.1256 C9H18O2 PEP C00074 166.9775 C3H5O6P Phenaceturate C05598 192.0672 C10H11NO3 Phenyl phosphate C02734 173.0027 C6H7O4P Phenylpyruvate C00166 163.0420 C9H8O3 Phosphonoacetate C05682 138.9812 C2H5O5P Phthalate C01606 165.0216 C8H6O4 p-Hydroxybenzoate C00156 137.0255 C7H6O3 p-Hydroxyphenylacetate C00642 151.0413 C8H8O3 Pimelate C02656 159.0679 C7H12O4 Porphobilinogen C00931 225.0904 C10H14N2O4 Propionate C00163 73.0302 C3H6O2 Prostaglandin E2 C00584 351.2193 C20H32O5 Prostaglandin F2alpha C00639 353.2368 C20H34O5 PRPP C00119 388.9478 C5H13O14P3 Pyrrole-2-carboxylate C05942 110.0260 C5H5NO2 Pyruvate C00022 87.0102 C3H4O3 Quinate C00296 191.0579 C7H12O6 R5P C00117 229.0144 C5H11O8P Ribulose 1,5-diphosphate C01182 308.9808 C5H12O11P2 Ru5P C00199 229.0143 C5H11O8P S7P C05382 289.0356 C7H15O10P Saccharate C00818 209.0330 C6H10O8 Sebacate C08277 201.1150 C10H18O4 Serine O-sulfate C02703 183.9937 C3H7NO6S Shikimate C00493 173.0474 C7H10O5 Sinapate C00482 223.0638 C11H12O5 Sorbitol 6-phosphate C01096 261.0403 C6H15O9P Succinate C00042 117.0209 C4H6O4 Succinyl CoA C00091 432.5624 C25H40N7O19P3S Syringate C10833 197.0470 C9H10O5 Tartrate C00898 149.0107 C4H6O6 Taurocholate C05122 514.2886 C26H45NO7S TDP-glucose C00842 563.0720 C16H26N2O16P2 Terephthalate C06337 165.0216 C8H6O4 Threonate C01620 135.0316 C4H8O5 Tiglate C08279 99.0461 C5H8O2 trans-4-Hydroxy-3-methoxycinnamate C01494 193.0524 C10H10O4 trans-Aconitate C02341 173.0109 C6H6O6 trans-Cinnamate C00423 147.0466 C9H8O2 Trehalose 6-phosphate C00689 421.0796 C12H23O14P UDP C00015 402.9983 C9H14N2O12P2 UDP-glucose C00029 565.0510 C15H24N2O17P2 UDP-glucuronate C00167 579.0303 C15H22N2O18P2 UDP-N-acetylglucosamine C00043 606.0779 C17H27N3O17P2 UMP C00105 323.0316 C9H13N2O9P Undecanoate C17715 185.1573 C11H22O2 Urate C00366 167.0225 C5H4N4O3 UTP C00075 482.9646 C9H15N2O15P3 Xanthurenate C02470 204.0319 C10H7NO4 XMP C00655 363.0378 C10H13N4O9P XTP C00700 522.9712 C10H15N4O15P3 1-Aminoethylphosphonate C03782 124.0182 C2H8NO3P 2',3'-cCMP C02354 304.0369 C9H12N3O7P 2,3-DPG C01159 264.9544 C3H8O10P2 2,3-Pyridinedicarboxylate C03722 166.0166 C7H5NO4 2,4-Dihydroxypyrimidine-5-carboxylate C03030 155.0113 C5H4N2O4 2,5-Dihydroxybenzoate C00628 153.0198 C7H6O4 2-Amino-3-phosphonopropionate C05672 168.0083 C3H8NO5P 2-Aminoethylphosphonate C03557 124.0182 C2H8NO3P 2-Deoxyglucose 6-phosphate C06369 243.0294 C6H13O8P 2-Deoxyribose 1-phosphate C00672 213.0192 C5H11O7P 2-Furoate C01546 111.0101 C5H4O3 2-Hydroxy-4-methylpentanoate C03264 131.0730 C6H12O3 2-Hydroxybutyrate C05984 103.0418 C4H8O3 2-Hydroxyglutarate C02630 147.0312 C5H8O5 2-Hydroxyisobutyrate - 103.0418 C4H8O3 2-Hydroxyoctanoate - 159.1043 C8H16O3 2-Hydroxypentanoate - 117.0572 C5H10O3 2-Hydroxyphenylacetate C05852 151.0413 C8H8O3 2-Isopropylmalate C02504 175.0630 C7H12O5 2-Oxoadipate C00322 159.0316 C6H8O5 2-Oxobutyrate C00109 101.0255 C4H6O3 2-Oxoglutarate C00026 145.0149 C5H6O5 2-Oxoisopentanoate C00141 115.0417 C5H8O3 2-Oxooctanoate - 157.0884 C8H14O3 2PG C00631 184.9881 C3H7O7P 2-Quinolinecarboxylate C06325 172.0424 C10H7NO2 2-Thiopheneacetate C02595 141.0031 C6H6O2S 3-(2-Hydroxyphenyl)propionate C01198 165.0576 C9H10O3 3-(4-Hydroxyphenyl)propionate C01744 165.0574 C9H10O3 3',5'-Cyclic dAMP C00968 312.0531 C10H12N5O5P 3'-AMP C01367 346.0588 C10H14N5O7P 3-Hydroxy-3-methylglutarate C03761 161.0469 C6H10O5 3-Hydroxybutyrate C01089 103.0420 C4H8O3 3-Hydroxypropionate C01013 89.0257 C3H6O3 3-Indolebutyrate C11284 202.0893 C12H13NO2 3-Indoxyl sulfate - 212.0049 C8H7NO4S 3PG C00197 184.9881 C3H7O7P 3-Phenyllactate C05607 165.0576 C9H10O3 3-Phenylpropionate C05629 149.0625 C9H10O2 3-Ureidopropionate C02642 131.0472 C4H8N2O3 4-Acetylbutyrate C02129 129.0570 C6H10O3 4-Hydroxy-3-methoxymandelate C05584 197.0473 C9H10O5 4-Hydroxymandelate C11527 167.0375 C8H8O4 4-Methyl-2-oxopentanoate C00233 129.0571 C6H10O3 4-Methylthio-2-oxobutyrate C01180 147.0143 C5H8O3S 4-Oxohexanoate - 129.0570 C6H10O3 4-Oxopentanoate - 115.0415 C5H8O3 4-Pyridoxate C00847 182.0478 C8H9NO4 6-Hydroxyhexanoate C06103 131.0720 C6H12O3 6-Phosphogluconate C00345 275.0186 C6H13O10P 10-Hydroxydecanoate C02774 187.1361 C10H20O3 threo-beta-methylaspartate C03618 146.0477 C5H9NO4 METABOLITES_END #END